长链非编码RNAMTHFSD-62在肠癌预后中的应用制造技术

本发明专利技术提出了长链非编码RNA MTHFSD

【技术实现步骤摘要】
长链非编码RNA MTHFSD
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62在肠癌预后中的应用


[0001]本专利技术涉及长链非编码RNA MTHFSD
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62在肠癌预后中的应用。

技术介绍

[0002]结肠癌是最常见的消化道恶性肿瘤，结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)是结肠癌最常见的亚型。作为癌症死亡的第二大原因，50岁以下患者的结肠癌发病率不断增加。尽管在改变风险因素模式、通过筛查进行癌症预防和早期诊断以及更好的结肠癌治疗方式方面取得了成就，但结肠癌的发病率正在迅速增加，5年生存率很低。因此，鉴定出有希望的预后标志物有助于结肠癌患者的预后管理以及新型治疗方法的开发。
[0003]长链非编码RNA(long non
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coding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200bp的非编码RNA，其不具备或具有有限的蛋白质编码能力。越来越多的研究表明，lncRNAs不是“垃圾DNA”普遍转录的产物，相反，它们在与癌症进展相关的各个环节中均起着至关重要的作用。例如，lncRNA USP2
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AS1通过使Hippo信号通路失活促进肠癌细胞的增殖和迁移。IGFL1
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AS1可严重恶化患者预后，促进COAD进展，是一种独立的肿瘤标志物。然而，大量参与结肠癌发生发展的lncRNAs的功能尚未阐明。

技术实现思路

[0004]本专利技术通过对公共数据库中的数据进行挖掘，发现了一个未被报道的lncRNA Lnc
‑r/>MTHFSD
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62在结直肠癌中显著低表达。通过Kaplan
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Meier生存分析发现Lnc
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MTHFSD
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62的低表达与显著较差的预后相关，该结果也在一个独立的数据集中得到验证。进一步分析其预后独立性发现，Lnc
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MTHFSD
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62是肠癌的独立预后因子，其预后意义不会受到各种临床特征的影响。随后，我们通过差异基因分析、通路功能富集分析进一步探索MTHFSD
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62在肠癌中的作用机制。最后，我们构建了列线图以提高Lnc
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MTHFSD
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62在临床上的可应用性。
附图说明
[0005]图1为Lnc
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MTHFSD
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62的表达与肠癌的预后之间的关系。(A)Lnc
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MTHFSD
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62在TCGA
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COAD队列和GTEX队列两种不同样本类型中的表达情况。(B)TCGA
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COAD队列中Lnc
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MTHFSD
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62高表达组和低表达组的OS卡普兰
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迈耶曲线。(C)GEO
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COAD队列中Lnc
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MTHFSD
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62高表达组和低表达组的OS卡普兰
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迈耶曲线。(D)不同Lnc
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MTHFSD
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62表达组的临床特征，X轴是Lnc
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MTHFSD
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62高表达组的频率，Y轴是Lnc
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MTHFSD
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62低表达组的频率。
[0006]图2为Lnc
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MTHFSD
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62的多因素分析图；
[0007]图3中，A为根据Lnc
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MTHFSD
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62的表达情况和临床特征构建的列线图；B为矫正曲线。
[0008]图4为Lnc
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MTHFSD
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62表达在肠癌中的作用机制。(A)差异基因火山图；(B)KEGG通路分析；(C)GSEA分析中富集于高表达组的信号通路；(D)GSEA分析中富集于低表达组的信号通路。
具体实施方式
[0009]为使本专利技术要解决的技术问题、技术方案和优点更加清楚，下面将结合具体实施例进行详细描述。
[0010]研究方法
[0011]1.研究队列
[0012]从TCGA数据库中下载433名COAD患者的RNA
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seq数据和临床信息(https://www.cancer.gov/)。正常对照人群的表达谱从GTEx数据库下载。该队列的临床资料包括年龄、性别、肿瘤分期、T、N、M和放疗史等特征。作为验证，在GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)数据库中下载了GSE29623数据集中65例COAD患者的基因表达谱和完整的生存信息。
[0013]2.统计分析
[0014]使用Wilcoxon
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Mann
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Whitney检验对数值型变量进行分析，使用卡方检验对分类型变量进行分析。采用Kaplan
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Meier和log
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rank test进行总生存期(OS)的分析。所有的统计分析都在R语言(version 4.0)上进行。
[0015]3.差异基因和功能分析
[0016]本专利技术采用DEGseq2对差异基因进行分析，差异基因分析阈值为FDR<0.05和|logFC|>1.5。使用R包“clusterProfiler”进行KEGG通路富集分析。使用R包'clusterProfiler'中的gseKEGG和gsePathway函数进行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)，参数:nPerm＝1000,minGSSize＝10,maxGSSize＝1000,pvalue
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Cutoff＝0.05。
[0017]结果：
[0018]1.Lnc
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MTHFSD
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62在结肠癌中显著低表达且与不良预后相关。
[0019]对比TCGA
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COAD队列中的结肠癌组织与GTEX数据库中癌旁组织中的Lnc
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MTHFSD
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62表达情况，发现TCGA
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COAD队列的Lnc
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MTHFSD
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62表达显著低于GTEX队列(图1A，p<0.0001)。随后，我们根据Lnc
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MTHFSD
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62表达中位数将TCGA
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COAD队列分为高表达组和低表达组。对比两组之间的生存期发现，低表达组患者与高表达组患者相比具有显著较短的总生存期(图1B，p＝0.0242)。作为验证，我们纳入了一个独立的数据集GSE29623。根据Lnc
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MTHFSD
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62的表达中位数将本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.肠癌预后标志物，其特征在于，所述肠癌预后标志物为长链非编码RNA MTHFSD
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62。2.如权利要求1所述的肠癌预后标志物，其特征在于，所述肠癌为结肠腺癌。3.检测长链非编码RNA MTHFSD
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62表达量的试剂在制备肠癌患者预后评估产品中的应用。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述产品为试剂或试剂盒。5.调控长链非编码RNA MTHFSD
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62表达量的试剂在制备治疗肠癌的药...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾添晟，赖国锋，陆家雯，梁美，杜颜，
申请(专利权)人：广州天祥生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：