肺鳞癌分子分型及生存风险基因群及诊断产品和应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，公开了一组用于肺鳞癌分子分型及生存风险评估的基因群。本发明专利技术还公开了检测所述基因群的基因表达水平的试剂在制备产品中的应用，所述产品用于确定肺鳞癌分子亚型及评估肺鳞癌患者的生存风险。所述产品包括二代测序(NGS)检测试剂盒、荧光定量PCR检测试剂盒、基因芯片和蛋白芯片。本发明专利技术还公开了利用所述检测试剂盒进行肺鳞癌分子分型及生存风险评估的方法。分型及生存风险评估的方法。分型及生存风险评估的方法。

【技术实现步骤摘要】
肺鳞癌分子分型及生存风险基因群及诊断产品和应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及用于对肺鳞癌进行分子分型及评估肺鳞癌患者生存风险的基因群及其体外诊断产品和应用。

技术介绍

[0002]肺癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一。根据2019年国家癌症中心发布的统计数据，肺癌位居我国恶性肿瘤发病和死亡首位。2015年我国新发肺癌病例约为78.7万例，发病率为57.26/10万，因肺癌死亡人数约为63.1万例，死亡率为45.87/10万。非小细胞肺癌(non
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small cell lung cancer，NSCLC)是肺癌最常见的病理亚型，约占肺癌总数的85％，并可进一步分为腺癌、鳞状细胞癌、大细胞癌等。对于早期非小细胞肺癌(IA
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IIA期)以手术治疗为主，多数不进行辅助化疗。然而这些早期非小细胞肺癌术后的5年生存率也仅有49
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71％。如何识别这些早期肺癌患者中的高危人群，及早进行术后辅助治疗以提高这部分患者的5年生存率是目前非小细胞肺癌新的研究方向。对于临床晚期失去手术治疗机会的NSCLC患者，传统姑息化疗疗效有限且毒副反应明显，导致患者预后不佳。NSCLC驱动基因的发现及相应分子靶向药物的研发，以及近年推出免疫检查点抑制剂的临床应用，极大地推动了肺癌诊治进入“精准医学”和“个体化诊治”时代。然而，需要指出的是，无论是靶向治疗还是免疫治疗，并非所有患者都可获益。NSCLC中的肺鳞癌(LSC)主要发生于老年男性，与吸烟关系密切，约占NSCLC的30％。与NSCLC中的肺腺癌相比，肺鳞癌通常对常规化疗和放疗相对不敏感，而且因驱动基因较少，有效的靶向治疗方法不多。
[0003]近年来，高通量检测技术及分析方法的发展进步为肿瘤研究带来了新的机遇。基于基因表达谱和分子生物学特征为基础提出的肿瘤分子生物学分型及远处转移或生存风险评估，能较好地反映肿瘤的生物学行为，对临床治疗具有潜在指导意义。尽管同属于非小细胞肺癌大类，我们的前期研究发现肺鳞癌的基因表达谱以及与预后密切相关的基因表达改变与肺腺癌有很大差异。临床上有关肺腺癌的分子分型及生存风险评估的研究已有多项报道，而侧重于肺鳞癌的研究尚不多见。

技术实现思路

[0004]在一方面，本专利技术提供一组用于确定肺鳞癌分子亚型和/或评估肺鳞癌患者的生存风险的基因群，其包括分子分型及生存风险评估相关基因。在一实施方案中，所述基因群还包括参考基因。肺鳞癌的分子亚型包括LSC1亚型、LSC2亚型、LSC3亚型、LSC4亚型、LSC5亚型和混合亚型。
[0005]在一方面，本专利技术还提供用于检测本专利技术的基因群中的基因的表达水平的试剂。在一优选实施方案中，所述试剂为检测本专利技术基因转录的RNA、特别是mRNA的量的试剂；或者其为检测与mRNA互补的cDNA的量的试剂。在一具体实施方案中，所述试剂为引物、探针或其组合。
[0006]在另一方面，本专利技术还提供对肺鳞癌进行分子分型和/或生存风险评估的产品，其
包含本专利技术的试剂。本专利技术还提供本专利技术的基因群或试剂在制备产品中的应用。所述产品用于确定肺鳞癌分子亚型和/或评估肺鳞癌患者的生存风险。在一实施方案中，所述产品为二代测序试剂盒、实时荧光定量PCR检测试剂盒、基因芯片、蛋白芯片、ELISA诊断试剂盒或免疫组化(IHC)试剂盒。在优选的实施方案中，所述产品为二代测序试剂盒或实时荧光定量PCR检测试剂盒。
[0007]在一方面，本专利技术还提供用于确定受试者的肺鳞癌分子亚型和/或生存风险的方法，所述方法包括：(1)提供受试者的样本；(2)测定所述样本中本专利技术的基因群中基因的表达水平；(3)确定所述受试者的肺鳞癌分子亚型和/或生存风险。
附图说明
[0008]图1示出肺鳞癌分子分型及生存风险评估相关基因在不同中的差异表达。
[0009]图2示出肺鳞癌不同分子亚型Kaplan
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Meier生存分析的结果。每种亚型生存风险有不同，LSC2亚型和LSC4亚型的5年无复发生存率较好，LSC1亚型、LSC3亚型及LSC5亚型的5年无复发生存率相对较差。
[0010]图3示出肺鳞癌病例不同风险组Kaplan
‑
Meier生存分析的结果。低风险组(复发风险指数为0
‑
35)的5年无复发生存率较高，并且显著高于高风险组(复发风险指数为36
‑
100)。
具体实施方式
[0011]一般定义和术语
[0012]以下将对本专利技术进一步详细说明，应理解，所述用语旨在描述目的，而非限制本专利技术。
[0013]除非另有说明，本文使用的所述技术和科学术语具有与本专利技术所属领域技术人员通常所理解的相同的含义。若存在矛盾，则以本申请提供的定义为准。文中未注明具体条件的实验方法，通常例如可以按照常规条件Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,4th,Cold Spring Harbor,N.Y.,2012中所述的条件，或按照制造商所建议的条件。
[0014]当以范围、优选范围、或者优选的数值上限以及优选的数值下限的形式表述某个量、浓度或其他值或参数的时候，应当理解相当于具体揭示了通过将任意一对范围上限或优选数值与任意范围下限或优选数值结合起来的任何范围，而不考虑该范围是否具体揭示。除非另有说明，本文所列出的数值范围旨在包括范围的端点和该范围内的所有整数和分数(小数)。
[0015]术语“约”或“大约”当与数值变量并用时，通常指该变量的数值和该变量的所有数值在实验误差内(例如对于平均值95％的置信区间内)或在指定数值的
±
10％内，或更宽范围内。
[0016]术语“任选”或“任选存在”是指随后描述的事件或情况可能发生或可能不发生，该描述包括发生所述事件或情况和不发生所述事件或情况。
[0017]表述“包含”或与其同义的类似表述“包括”、“含有”和“具有”等是开放性的，不排除额外的未列举的元素、步骤或成分。表述“由
…
组成”排除未指明的任何元素、步骤或成
分。表述“基本上由
…
组成”指范围限制在指定的元素、步骤或成分，加上任选存在的不会实质上影响所要求保护的主题的基本和新的特征的元素、步骤或成分。应当理解，表述“包含”涵盖表述“基本上由
…
组成”和“由
…
组成”。
[0018]表述“至少一个(种)”或者“一个(种)或多个(种)”可以表示1、2、3、4、5、6、7个(种)或更多个(种)，并且至多为其修饰的集合的总数。
[0019]本文所述的基因表达水平的检测可以例如通过检测目标核酸(例如RNA转录物)来实现，也可以例如通过检测目标多肽的量(例如编码的蛋白)，例如用蛋白组学方法检测蛋白表达水平来实现。目标多肽的量，例如目标基因编码的多肽、蛋白或蛋白片段的量，可以针对样本中总蛋白的量或参考基因本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组用于确定肺鳞癌分子亚型和/或评估肺鳞癌患者的生存风险的基因群，其包括分子分型及生存风险评估相关基因，其中，所述分子分型及生存风险评估相关基因包括：(1)以下凝血相关基因中的一个或多个：C4BPA、FGA、HNF1B、SFTA2、SFTA3、SFTPB、CAPN8、CHIA、CLDN18、CRTAC1、FGG、GKN2、HP、ORM1、PLA2G1B、RASGRF1、ROS1和SERPIND1；(2)以下肽交联相关基因中的一个或多个：SPRR1A、SPRR1B、SPRR2A、SPRR2B、SPRR2D、SPRR2E、A2ML1、CRCT1、IL36B、IL36G、IL36RN、IVL、LCE3E、PGLYRP3、PI3、RAET1L、SBSN、SERPINB13、SPRR2C、SPRR2G、SPRR3、SPRR4、TMPRSS11B、TMPRSS11D和TMPRSS11F；(3)以下尼古丁代谢相关基因中的一个或多个：DNAJB3、UGT1A1、UGT1A2P、UGT1A6、ADH7、NTRK2和UGT1A4。2.权利要求1所述的基因群，其包括16个分子分型及生存风险评估相关基因，所述分子分型及生存风险评估相关基因包括：(1)凝血相关基因：C4BPA、FGA、HNF1B、SFTA2、SFTA3和SFTPB；(2)肽交联相关基因：SPRR1A、SPRR1B、SPRR2A、SPRR2B、SPRR2D和SPRR2E；(3)尼古丁代谢相关基因：DNAJB3、UGT1A1、UGT1A2P和UGT1A6。3.权利要求1所述的基因群，其包括50个分子分型及生存风险评估相关基因，所述分子分型及生存风险评估相关基因包括：(1)凝血相关基因：C4BPA、FGA、HNF1B、SFTA2、SFTA3、SFTPB、CAPN8、CHIA、CLDN18、CRTAC1、FGG、GKN2、HP、ORM1、PLA2G1B、RASGRF1、ROS1和SERPIND1；(2)肽交联相关基因：SPRR1A、SPRR1B、SPRR2A、SPRR2B、SPRR2D、SPRR2E、A2ML1、CRCT1、IL36B、IL36G、IL36RN、IVL、LCE3E、PGLYRP3、PI3、RAET1L、SBSN、SERPINB13、SPRR2C、SPRR2G、SPRR3、SPRR4、TMPRSS11B、TMPRSS11D和TMPRSS11F；(3)尼古丁代谢相关基因：DNAJB3、UGT1A1、UGT1A2P、UGT1A6、ADH7、NTRK2和UGT1A4。4.权利要求1
‑
3中任一项所述的基因群，其还包括参考基因；优选地，所述参考基因包括以下中的1个、更优选3个、最优选6个：ACTB、GAPDH、GUSB、TFRC、MRPL19、PSMC4和SF3A1。5.权利要求2所述的基因群，其还包括参考基因；优选地，所述参考基因包括ACTB、GAPDH、GUSB、TFRC、MRPL19、PSMC4和SF3A1中的三个；更优选地，所述参考基因包括ACTB、GAPDH和GUSB。6.权利要求3所述的基因群，其还包括参考基因；优选地，所述参考基因包括GAPDH、GUSB、TFRC、MRPL19、PSMC4和SF3A1。7.用于检测权利要求1
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6中任一项所述的基因群中的基因的表达水平的试剂。8.权利要求7所述的试剂，其为检测所述基因转录的RNA、特别是mRNA的量的试剂；或者，其为检测与mRNA互补的cDNA的量的试剂。9.权利要求7或8所述的试剂，其为引物、探针或其组合。10.权利要求9所述的试剂，其为引物；优选地，所述引物具有如SEQ ID NO.1
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SEQ ID NO.100或SEQ ID NO.1
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SEQ ID NO.112所示的序列，或者具有如SEQ ID NO.113
‑
SEQ ID NO.144或SEQ ID NO.113
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SEQ ID NO.150所示的序列。11.权利要求9所述的试剂，其为探针；
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【专利技术属性】
技术研发人员：周彤，胡志元，周伟庆，马琳琳，陆俊欢，
申请(专利权)人：上海善准医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：