本发明专利技术公开了一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用，属于分子育种技术领域。该SNP分子标记对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus6.0版本序列信息11号染色体第18,362,638位，此处碱基为G/A，GG基因型个体的腹脂重显著小于AA基因型个体。使用该分子标记进行标记辅助选择，能够降低鸡腹脂的沉积，节省生产成本并加快遗传进展。利用本发明专利技术分子标记构建的检测方法，成本低、操作简便，具有重要的实际应用价值。要的实际应用价值。要的实际应用价值。
【技术实现步骤摘要】
一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]随着肉鸡行业的快速发展和集约化选择，导致肉鸡体内脂肪(尤其是腹部脂肪)过度沉积。而肉鸡腹部脂肪沉积过多会对胴体产量、饲料转化率、生育率和孵化率等产生不利影响。这些问题是造成全球肉鸡生产者遭受重大经济损失的原因。因此控制鸡腹部脂肪沉积，是肉鸡育种者们的主要目标之一。然而，由于鸡腹部脂肪测量的复杂性，大大阻碍基于腹部脂肪测量的遗传改良，因此在这种情况下，分子标记辅助选择(MAS)是提高选择效率的有效方法，用于促进生产低腹脂的鸡。
[0003]肉鸡的腹脂是一个高遗传力的性状，腹脂遗传力在0.50
‑
0.80，表明遗传选择能有效减少肉鸡腹脂过度沉积。目前对肉鸡的腹脂含量采用直接选择育种已经取得了一定的进展，而通过分子标记手段从遗传上可进一步降低肉鸡的腹脂沉积。与腹脂重相关的遗传变异可以用遗传标记进行关联，通过对标记的选择而同时改善肉鸡的腹脂沉积。全基因组关联分析是鉴定表型和基因型之间遗传联系的最主要手段之一。为鉴定表型和基因型之间的遗传联系，便于对腹脂重进行早期选择，节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸡的育种。因此，与肉鸡腹脂重性状相关的分子标记的研究具有重要意义。
技术实现思路
[0004]本专利技术为了准确地确定待测鸡的基因型以方便对腹脂重性状进行早期选择，节省生产成本并加快遗传进展，提供了一种与鸡腹脂性状相关的分子标记及其应用，为分子标记育种选育工作提供基础。
[0005]一种与鸡腹脂重性状相关的SNP分子标记，所述SNP(单核苷酸多态性)分子标记位于11号染色体第18,362,638,rs14028856。
[0006]本专利技术中，分子标记chr11:18362638所含多态性位点的基因型为GG，对应于低腹脂重水平，所含多态性位点的基因型为GA，对应于腹脂重水平居中，所含多态性位点的基因型为AA，对应于高腹脂重水平。
[0007]本专利技术还提供一种上述的与鸡腹脂重相关的分子标记的检测试剂在检测鸡腹脂重中的应用。
[0008]本专利技术还提供一种用于扩增chr11:18362638分子标记的引物。其序列如SEQ ID NO:1
‑
2所示。
[0009]上游引物F：ATGCTCACCTGGAATAACCCC(SEQ ID NO.1)
[0010]下游引物R：GCGCAGATAAGATGGCAGGTA(SEQ ID NO.2)
[0011]本专利技术还提供一种上述的引物在检测鸡的腹脂重或制备检测鸡的腹脂重的试剂盒中的应用。
[0012]本专利技术还提供一种用于检测鸡腹脂重的试剂盒，包括上述的引物。
[0013]本专利技术还提供一种检测鸡腹脂重的方法，检测待测样本鸡中如上述的分子标记的基因型。一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用，为根据上述SNP位点的基因型对鸡腹脂重性状进行早期选择，包括如下步骤：
[0014](1)提取待测鸡的基因组DNA；
[0015](2)利用上述的引物进行PCR扩增，检测待测鸡11号染色体第18,362,638位SNP位点的基因型；
[0016](3)将所述扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；
[0017](4)根据基因分型结果，判断所述待测样本鸡的腹脂性状。
[0018]步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组DNA，以ddH2O溶解。
[0019]步骤(2)中PCR方法的反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火34s，72℃延伸40s，30个循环；72℃延伸10min。
[0020]步骤(2)中所述PCR扩增的扩增体系包括：DNA 1μL，2xTaqMasterMix 10μL，上下游引物各1μL，ddH2O 7μL。
[0021]本专利技术还提供一种上述的与鸡腹脂重相关的分子标记、上述的引物、上述的试剂盒在鸡育种中的应用。
[0022]本专利技术还提供一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用，并可以在低腹脂鸡的鸡育种中的应用。基于上述方法检测并判断基因型；当基因型为GG时，说明待测鸡的具有低腹脂重。
[0023]本专利技术公开了以下有益效果：
[0024]鸡的腹脂脂肪沉积过多不仅能造成经济效益下降，而且还会影响鸡的健康。本专利技术为了解决这一难题，提供一种与鸡腹脂重相关的分子标记，该分子标记位于鸡11号染色体18362638位置，通过研究发现，该位点的等位基因GG有利于降低鸡腹脂的沉积。对比市面上采用酶切的方法进行鉴定与腹脂重的分子标记，我们提供的方法更加简便，准确，并且测定成本和条件低，不存在假阳性的结果，并且可以对肉鸡腹脂重进行早期选择，淘汰不符合标准的基因型，节省养殖成本，提高优势基因型进行留种率，提高经济效益并加快遗传进展。
附图说明
[0025]图1为京星黄鸡在11号染色体上关于腹脂重的全基因组关联分析(GWAS)曼哈顿图；横坐标表示为鸡的染色体编号；纵坐标表示为SNP位点的
‑
logP值。
[0026]图2为chr11:18362638不同纯合基因型腹脂重的表型。
[0027]图3为chr11:18362638在多群体中腹脂重的表型。
[0028]图4为chr11:18362638纯合基因型鉴定。
具体实施方式
[0029]下面结合说明书附图和具体实施例对本专利技术作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
[0030]实施例1.与鸡腹脂重相关SNP标记的确定
[0031](1)动物材料
[0032]本专利技术使用来自于第十六世代鸡IMF选择系(n＝256)和对照系(n＝264)群体，共计520只母鸡。IMF选择系和对照系群体源于同一个基础群(京星黄鸡，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所)，自2000年起以IMF性状为主选性状进行定向选育。与对照系相比，选育后可使IMF选择系群体的IMF含量显著提高(P<0.001)，腹脂重也显著提高。饲养过程中采用自由采食和饮水，日粮参考黄羽肉鸡饲养标准(NY/T33
‑
2004)。
[0033](2)DNA提取与表型测定
[0034]用采血管收集所有试验鸡的翅静脉血0.5mL，使用标准的苯酚
‑
氯仿发提取全基因组DNA，经NanoPhotometer核酸蛋白检测仪准确测定DNA样品的浓度和纯度(OD值：OD260/280、OD260/230)；检测合格的DNA样品，使用2％琼脂糖凝胶进行电泳，本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与鸡的腹脂重性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记序列为ACACATCAGATTTCAATCTCG/AGCAGCCATGGGATCATTTTC，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus
‑
6.0版本序列信息11号染色体，其中第18,362,638位的碱基为G或A，基因型为GG、GA、AA；GG基因型腹脂重低于GA型和AA基因型。2.一种检测权利要求1所述的与鸡腹脂重性状相关的SNP分子标记的引物，其特征在于，包括：上游引物F：ATGCTCACCTGGAATAACCCC；下游引物R：GCGCAGATAAGATGGCAGGTA。3.一种权利要求2所述的引物在检测鸡的腹脂重性状或制备检测鸡的腹脂性状的试剂盒中的应用，其特征包括权利要求2中的引物。4.一种检测鸡腹脂重性状的方法，其特征在于，检测待测样本鸡中如权利要求1所述的SNP分子标记的基因型。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，包...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵桂苹，文杰，崔焕先，朱雨婷，刘丽，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。