一种快速验证INDEX纯度的方法、试剂盒及其应用技术

本申请公开了一种快速验证INDEX纯度的方法、试剂盒及其应用。所述方法包括如下步骤：扩增制备多个特异性的已知序列的非人源DNA片段；将上述DNA片段进行排列组合，形成多个标记物片段组合，并对标记物片段组合进行记录和编号；通过不同的INDEX与不同的标记物片段组合连接、建库；对上述连接有INDEX的文库样本进行二代测序，判断INDEX是否存在污染。本申请的验证方法目前可以适配所有类型的NGS接头INDEX检测，包含illumina长短接头、MGI长短接头，单INDEX或双INDEX均可；通过二代测序及数据分析，可以快速验证INDEX是否正确，并能准确发现污染达到1％以上的接头污染。污染达到1％以上的接头污染。

【技术实现步骤摘要】
一种快速验证INDEX纯度的方法、试剂盒及其应用


[0001]本申请涉及DNA测序
，具体涉及一种快速验证INDEX纯度的方法、试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]当前NGS市场对于接头试剂盒的需求量很大，接头试剂盒中接头种类繁多，在接头的生产过程中，操作环境和操作规程很容容易产生错误和交叉污染。一旦接头出现问题，会导致后续使用这些接头的实验结果错误或污染，导致严重测序事故。
[0003]传统的二代建库只能确定一批上机的样本中是否包含这些INDEX，而无法验证每个INDEX与样本的对应关系，也无法发现接头污染。一代测序可以得到每个样本具体的INDEX序列，但步骤繁琐，数据判读费时费力，且一代测序会有背景杂峰，无法发现较低程度的接头污染。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本申请的目的在于能够提供一种快速验证INDEX纯度的方法、试剂盒及其应用，旨在解决上述
技术介绍
中存在的无法验证每个INDEX与样本的对应关系，也无法发现接头污染及步骤繁琐，数据判读费时费力的问题。
[0005]为了实现上述技术目的，本申请主要采用如下技术方案：
[0006]第一方面，本申请提供了一种快速验证INDEX纯度的方法，所述方法包括如下步骤：
[0007]扩增制备多个特异性的已知序列的非人源DNA片段；
[0008]将上述DNA片段进行排列组合，形成多个标记物片段组合，并对标记物片段组合进行记录和编号；
[0009]通过不同的INDEX与不同的标记物片段组合连接、建库；
[0010]对上述连接有INDEX的文库样本进行二代测序，判断INDEX是否存在污染。
[0011]第二方面，本申请提供了一种扩增如第一方面所述的DNA片段的引物对，当扩增如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.11所示，反向引物如SEQ ID No.12所示；
[0012]当扩增如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.13所示，反向引物如SEQ ID No.14所示；
[0013]当扩增如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.15所示，反向引物如SEQ ID No.16所示；
[0014]当扩增如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.17所示，反向引物如SEQ ID No.18所示；
[0015]当扩增如SEQ ID No.5所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.19所示，反向引物如SEQ ID No.20所示；
[0016]当扩增如SEQ ID No.6所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.21所示，反向引物如SEQ ID No.22所示；
[0017]当扩增如SEQ ID No.7所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.23所示，反向引物如SEQ ID No.24所示；
[0018]当扩增如SEQ ID No.8所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.25所示，反向引物如SEQ ID No.26所示；
[0019]当扩增如SEQ ID No.9所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.27所示，反向引物如SEQ ID No.28所示；
[0020]当扩增如SEQ ID No.10所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.29所示，反向引物如SEQ ID No.30所示。
[0021]第三方面，本申请提供了一种快速验证INDEX纯度的试剂盒，所述试剂盒包括如第二方面所述的引物对。
[0022]第四方面，本申请提供了一种如第一方面所述的快速验证INDEX纯度的方法在验证INDEX纯度中的应用。
[0023]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果之一：
[0024]本申请的验证方法目前可以适配所有类型的NGS接头INDEX检测，包含illumina长短接头、MGI长短接头，单INDEX或双INDEX均可；通过二代测序及数据分析，可以快速验证INDEX是否正确，并能准确发现污染达到1％以上的接头污染。
具体实施方式
[0025]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。本申请中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
[0026]需要说明的是，本专利技术的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序，也不对其后的技术特征起到实质的限定作用。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本专利技术的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
[0027]本申请实施例提供了一种快速验证INDEX纯度的方法，所述方法包括如下步骤：
[0028]扩增制备多个特异性的已知序列的非人源DNA片段；
[0029]将上述DNA片段进行排列组合，形成多个标记物片段组合，并对标记物片段组合进行记录和编号；
[0030]通过不同的INDEX与不同的标记物片段组合连接、建库；
[0031]对上述连接有INDEX的文库样本进行二代测序，判断INDEX是否存在污染。
[0032]在一些实施例中，所述非人源DNA片段碱基数量为255bp。
[0033]在一些实施例中，所述非人源DNA片段选自如SEQ ID No.1
‑
10所示的核苷酸序列。
[0034]在一些实施例中，所述DNA片段通过排列组合制备成96种不同的组合物。
[0035]在一些实施例中，所述DNA片段排列组合中，每个标记物片段组合与相邻的标记物片段组合之间有2个片段的差异。
[0036]在一些实施例中，判断INDEX是否存在污染的方法包括：将INDEX文库样本二代测序后，核对每个INDEX下的标记物与建库添加的是否一致，以及是否包含未添加的标记物，若不一致或包含未添加的标记物，则代表INDEX存在污染。
[0037]本申请实施例提供了一种扩增如上所述的核苷酸序列的引物对，当扩增如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.11所示，反向引物如SEQ ID No.12所示；
[0038]当扩增如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.13所示，反向引物如SEQ ID No.14所示本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种快速验证INDEX纯度的方法，所述方法包括如下步骤：扩增制备多个特异性的已知序列的非人源DNA片段；将上述DNA片段进行排列组合，形成多个标记物片段组合，并对标记物片段组合进行记录和编号；通过不同的INDEX与不同的标记物片段组合连接、建库；对上述连接有INDEX的文库样本进行二代测序，判断INDEX是否存在污染。2.根据权利要求1所述的快速验证INDEX纯度的方法，所述非人源DNA片段碱基数量为255bp。3.根据权利要求2所述的快速验证INDEX纯度的方法，所述非人源DNA片段选自如SEQ ID No.1
‑
10所示的核苷酸序列。4.根据权利要求3所述的快速验证INDEX纯度的方法，所述DNA片段通过排列组合制备成96种不同的组合物。5.根据权利要求4所述的快速验证INDEX纯度的方法，所述DNA片段排列组合中，每个标记物片段组合与相邻的标记物片段组合之间有2个片段的差异。6.根据权利要求1所述的快速验证INDEX纯度的方法，判断INDEX是否存在污染的方法包括：将INDEX文库样本二代测序后，核对每个INDEX下的标记物与建库添加的是否一致，以及是否包含未添加的标记物，若不一致或包含未添加的标记物，则代表INDEX存在污染。7.扩增如权利要求3所述的核苷酸序列的引物对，当扩增如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列时，正向引物如SEQ ID No.11所示，反向引物如SEQ ID No.12所示；当扩增如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列时，正向引物如SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：冯延叶，李艳玲，黄泽斌，赖煦卉，孙大鹏，
申请(专利权)人：上海英基生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：