一种大豆低聚糖相关的KASP标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记及其应用，属于分子育种技术领域，所述KASP标记包括S18_51868868T/G和S10_38081012T/C中的一种或两种，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。本发明专利技术的KASP标记可准确对棉子糖和水苏糖含量性状进行基因分型，通过基因分型发现基因型为GG的大豆种质的棉子糖含量高于TT的棉子糖含量，基因型为TT的大豆种质的水苏糖含量高于CC的水苏糖含量，因此，本发明专利技术的KASP标记能够用于大豆高低聚糖含量种质的选育，且本发明专利技术的KASP标记进行早期育种的选择，减少大豆育种工作量，加快大豆育种进程具有重要意义。豆育种进程具有重要意义。豆育种进程具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
一种大豆低聚糖相关的KASP标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子育种
，尤其涉及一种大豆低聚糖相关的KASP标记及其应用。

技术介绍

[0002]大豆低聚糖是大豆子粒中可溶性糖类的总称，主要包括蔗糖、棉子糖、水苏糖。研究表明，低聚糖有很好的理化性质—安全无毒性、低甜度、热稳定性强等，并且，它有很重要的生理功能—防止腹泻、抗癌、保护肝脏功能等。因此，大豆低聚糖是一种保健食品，广泛应用于饮料、酸奶、水产制品、果酱、糕点和面包等食品中，具有广阔的市场。
[0003]虽然大豆低聚糖对人类健康和植物生长发育发挥着重要作用，但目前对大豆资源的利用程度较低，专用型大豆品种少，培育专用型大豆具有很好的发展前景。大豆低聚糖是典型的数量性状，受多基因控制，容易受到土壤环境，气候变化等外界环境因素的影响。在常规的筛选中，每个大豆种质的低聚糖都进行测定，存在鉴定周期长、成本高、费时费力的问题，不能满足稳定高效的筛选需求。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种大豆低聚糖相关的KASP标记及其应用。
[0005]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：
[0006]本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，所述KASP标记包括S18_51868868T/G和S10_38081012T/C中的一种或两种，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。
[0007]优选的，所述S18_51868868T/G处碱基是T的大豆为棉子糖含量低的大豆，碱基是G的大豆为棉子糖含量高的大豆。
[0008]优选的，所述S10_38081012T/C碱基是T的大豆为水苏糖含量高的大豆，碱基是C的大豆为水苏糖含量低的大豆。
[0009]本专利技术还提供了一种用于检测上述KASP标记的引物对，所述KASP标记的引物对包括S18_51868868T/G引物对和S10_38081012T/C引物对中的一种或两种；
[0010]所述S18_51868868T/G的上游引物F1的序列如SEQ ID No.1所示，上游引物F2的序列如SEQ ID No.2所示，下游引物R的序列如SEQ ID No.3所示；
[0011]所述S10_38081012T/C的上游引物F1的序列如SEQ ID No.4所示，上游引物F2的序列如SEQ ID No.5所示，下游引物R的序列如SEQ ID No.6所示。
[0012]本专利技术还提供了一种用于检测上述KASP标记的试剂盒，所述试剂盒包含上述的引物对。
[0013]本专利技术还提供了一种上述KASP标记、引物对或试剂盒在提高大豆低聚糖种质育种中的应用。
[0014]本专利技术还提供了一种筛选高低聚糖含量大豆的方法，包括如下步骤：
[0015]以待测大豆基因组DNA为模板，利用上述的引物对分别进行PCR扩增反应，通过PCR扩增产物的荧光信号，进行基因分型。
[0016]优选的，选择大豆基因组中第18号染色体51868868bp位置上的基因型为GG和/或大豆基因组中第10号染色体38081012bp位置上的基因型为TT，则待测大豆为高低聚糖含量大豆。
[0017]相对于现有技术，本专利技术具有如下有益效果：
[0018]本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，本专利技术利用GWAS分析低聚糖显著关联的SNP位点，并设计得到2个KASP标记，本专利技术的S18_51868868T/G检测高棉子糖含量的准确率为91.3％，S10_38081012T/C检测高水苏糖含量的准确率为93.5％，故本专利技术的KASP标记可准确对棉子糖和水苏糖含量性状进行基因分型，通过基因分型发现基因型为GG的大豆种质的棉子糖含量高于TT的棉子糖含量，基因型为TT的大豆种质的水苏糖含量高于CC的水苏糖含量，因此，本专利技术的KASP标记能够用于大豆高低聚糖含量种质的选育，且本专利技术的KASP标记进行早期育种的选择，减少大豆育种工作量，加快大豆育种进程具有重要意义。
附图说明
[0019]图1为自然群体重测序结果，其中A为进化树，B为主成分分析，C为连锁不平衡分析；
[0020]图2为2020年及2021年两个环境大豆种质低聚糖全基因组关联分析曼哈顿图及Q
‑
Q图，其中A、B、C分别是2020年水苏糖、棉子糖和蔗糖的GWAS结果，D、E、F、分别是2021年水苏糖、棉子糖、蔗糖的GWAS结果；
[0021]图3为KASP标记对不同大豆种质基因分型，其中A为棉子糖基因分型图，B为水苏糖基因分型图。
具体实施方式
[0022]本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，所述KASP标记包括S18_51868868T/G和S10_38081012T/C中的一种或两种，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。
[0023]在本专利技术中，当所述KASP标记包括S18_51868868T/G和S10_38081012T/C中的一种或两种，均与大豆低聚糖含量相关。作为一优选的实施方式，本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，所述KASP标记为S18_51868868T/G，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G。作为另一优选的实施方式，本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，所述KASP标记为S10_38081012T/C，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。作为又一优选的实施方式，本专利技术提供了一种大豆低聚糖相关的KASP标记，所述KASP标记为S18_51868868T/G和S10_38081012T/C，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。
[0024]在本专利技术中，所述S18_51868868T/G处碱基是T的大豆优选为棉子糖含量低的大
豆，碱基是G的大豆优选为棉子糖含量高的大豆；所述S10_38081012T/C碱基是T的大豆优选为水苏糖含量高的大豆，碱基是C的大豆优选为水苏糖含量低的大豆。
[0025]本专利技术还提供了一种用于检测上述KASP标记的引物对，所述KASP标记的引物对包括S18_51868868T/G引物对和S10_38081012T/C引物对中的一种或两种；
[0026]所述S18_51868868T/G的上游引物F1的序列如S本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种大豆低聚糖相关的KASP标记，其特征在于，所述KASP标记包括S18_51868868T/G和S10_38081012T/C中的一种或两种，所述S18_51868868T/G为大豆基因组第18号染色体51868868bp位置上的碱基为T/G，所述S10_38081012T/C为大豆基因组第10号染色体38081012bp位置上的碱基为T/C。2.根据权利要求1所述的KASP标记，其特征在于，所述S18_51868868T/G处碱基是T的大豆为棉子糖含量低的大豆，碱基是G的大豆为棉子糖含量高的大豆。3.根据权利要求1所述的KASP标记，其特征在于，所述S10_38081012T/C碱基是T的大豆为水苏糖含量高的大豆，碱基是C的大豆为水苏糖含量低的大豆。4.一种用于检测权利要求1所述KASP标记的引物对，其特征在于，所述KASP标记的引物对包括S18_51868868T/G引物对和S10_38081012T/C引物对中的一种或两种；所述S18_51868868T/G的上游引物F1的序列如SEQ ID N...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈华涛，李岩哲，张威，张红梅，许文静，崔晓艳，刘晓庆，王琼，陈新，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：