一种舌骨牡蛎线粒体基因组序列和舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物和方法技术

本发明专利技术公开了一种舌骨牡蛎线粒体基因组序列和舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物和方法。鉴定引物包括巢式外围引物和巢式内围引物，所述的巢式外围引物包括HSCOI OU F:5'

【技术实现步骤摘要】
一种舌骨牡蛎线粒体基因组序列和舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物和方法

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[0001]本专利技术属于生物化学与分子生物学，具体涉及一种舌骨牡蛎线粒体基因组序列和舌骨牡蛎鉴定引物和方法。

技术介绍
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[0002]今天，人们已经认识到海洋生物资源的开发和利用，对于满足人类的生存及其重要，已经成为世界各海洋大国关注的对象，其中基因资源的开发和利用是人们关注的焦点。从海洋生物的基因入手，有助于培育出优质、高产、抗逆的养殖新品种，解决人类温饱问题；同时，可以发掘很多其它有用的东西，如药物，化学材料等。发掘海洋生物基因资源，有一种保护海洋生物的一种有效手段；由于海洋的幅员辽阔，海洋深度是人类很难达到的地方，随着现代科技的发展，海洋生物资源的开发成了人类尚待开发使用的又一个重要资源领域。我国是全球海洋生物多样性最丰富的国家之一，随着国家海洋战略的调整和发展，以及技术的进步，我国科研人员也逐步将视角投向海洋深处。在海洋生物资源的开发和利用中，我们需要对这些资源进行分类，厘清那些可见的和不可见的海洋生物以及海洋生物制品。由于海洋生物资源的种类繁多，所以要要传统的方式对于海洋生物进行鉴别，其困难难度是比较大的。随着生物技术的发展，由于每种生物的基因都有其特有的核苷酸排列顺序，将以DNA为载体的核苷酸序列，如同商品标签上的数字条形码一样，因此利用DNA核苷酸序列(即DNA barcoding，DNA条形码)作为物种的鉴定标签。因此，建立起海洋生物DNA条形码的数据库，对于我们开发和利用海洋生物资源，具有重要的意义。
[0003]但是任何一种方法都不可能是万能的，DNA条形码在物种鉴定方面有着序列短，测试速度快的优势，同样也存在它的局限性。由于DNA的分类方法是依据生物DNA的遗传变异频率，对于近期分化的种或者新种，由于DNA突变的速率，短期内的变化微弱而显得比较困难，而且依据某个单独的基因做为分类的依据，就能对所有的物种进行分类鉴定，这也是不切实际的。DNA条形码的鉴定也是基于现有已经确定的物种，因此，我们可以利用线粒体基因组对于物种进行准确分类，为海洋生物资源的开发提供基础。舌骨牡蛎体形巨大，属于动物界，软体动物门，双壳纲，珍珠贝目，缘曲牡蛎科，舌骨牡蛎属。

技术实现思路

[0004]本专利技术提供了一种舌骨牡蛎的线粒体基因组序列，并提供一种DNA条形码检测方法，为海洋资源的分类和识别提供了一种有效的方法。
[0005]本专利技术的第一个目的是提供舌骨牡蛎的线粒体基因组序列，如SEQ ID NO.1所示。
[0006]本专利技术的第二个目的是提供一种舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物，包括巢式外围引物和巢式内围引物，所述的巢式外围引物包括HSCOI OU F:5'
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ATGCGTTGGGAGTTTGTGGTA
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3'和HSCOI OU R:5'
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TCGAAAGAACATAATGAAAGTGGC
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3'；所述的巢式内围引物包括HSCOI IN F:5'
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CTATAAACGGCACTGGATGGA
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3'和HSCOI IN R:5'
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AAAGACACGTCAACAGAACCC
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3'。
[0007]本专利技术的第三个目的是提供一种舌骨牡蛎鉴定试剂盒，其含有上述舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物。
[0008]本专利技术的第四个目的是提供一种舌骨牡蛎的鉴定方法，其包括以下步骤：
[0009]提取待测样品线粒体基因组，应用巢式外围引物进行第一次PCR扩增获得第一次扩增产物，以此第一扩增产物为模板，用巢式内围引物进行第二次扩增，获得第二次扩增产物，如果两次都能获得扩增产物，并第二次扩增产物为1000bp大小则为舌骨牡蛎，否则则不是。
[0010]优选，所述的第一次PCR扩增，其PCR扩增体系是：1μl模板，9.5μl超纯水，12.5μl 2
×
Taq PCR Master
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Mix，1mmol/L的HSCOI OU F、HSCOI OU R各2μL。
[0011]优选，所述的第一次PCR扩增，其PCR扩增程序是94℃5min；94℃30s，51℃50s，72℃1.2min，循环30次；72℃延伸10min。
[0012]优选，所述的第二次PCR扩增，其PCR扩增体系是1μl模板，9.5μl超纯水，12.5μl 2
×
Taq PCR Master
‑
Mix，1mmol/L的HSCOI IN F、HSCOI IN R各2μL。
[0013]优选，所述的第二次PCR扩增，其PCR扩增程序是94℃5min；94℃30s，51℃50s，72℃1.2min，循环30次；72℃延伸10min。
[0014]近年来，分子系统发生学成为分类学研究中的常备方法，但随着研究的不断深入，越来越多的证据表明单个基因或少数基因在物种间及物种内部存在进化速率的差异，无法从根本上代表物种的进化模式。随着测序技术的不断革新，测序成本不断降低，线粒体测序技术的发展，分子系统发生学进入了全新的研究领域，因此，可以利用线粒体进行分子进化，探索物种起源。舌骨牡蛎体形巨大，属于动物界，软体动物门，双壳纲，珍珠贝目，缘曲牡蛎科，舌骨牡蛎属。目前全球还没有该物种相关的线粒体基因组序列。本专利技术提供了一种舌骨牡蛎的线粒体基因组序列，并提供一种舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物和检测方法，为海洋资源的分类和识别提供了一种有效的方法。
附图说明
[0015]图1是舌骨牡蛎线粒体基因组测序流程与舌骨牡蛎线粒体基因组图谱。A,线粒体基因组测序流程图；B，舌骨牡蛎线粒体基因组图谱,环内基因代表转录方向为顺时针方向，环外基因则相反。不同功能基因用不同颜色标识。内置灰色直方图展示基因组GC含量，中间灰线为50％阈值线。
[0016]图2是舌骨牡蛎线粒体基因克隆与进化分类。A，采用巢式引物所得到的1000bp的核酸序列DNA条形码电泳结果；B，舌骨牡蛎COI基因进化分类中，在与Crassostrea gigas，KJ855245.1；Crassostrea sikamea，FJ841966.1；Crassostrea hongkongensis，FJ841963.1；Crassostrea ariakensis，EU672835.1；Crassostrea iredalei，FJ841967.1；Saccostrea mordax，KP769562.1；Saccostrea kegaki，KT936587.1；Saccostrea cucullata，MF198445.1；Saccostrea malabonensis，ON649706.1；Neopycnodonte cochlear，AB076939.1；Pycnodonte taniguchii，AB076916.1；Hyotissa imbricata，AB076917.1；Hyotissa本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.舌骨牡蛎的线粒体基因组序列，其特征在于，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。2.一种舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物，其特征在于，包括巢式外围引物和巢式内围引物，所述的巢式外围引物包括HSCOI OU F:5'
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ATGCGTTGGGAGTTTGTGGTA
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3'和HSCOIOU R:5'
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TCGAAAGAACATAATGAAAGTGGC
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3'；所述的巢式内围引物包括HSCOI IN F:5'
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CTATAAACGGCACTGGATGGA
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3'和HSCOI IN R:5'
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AAAGACACGTCAACAGAACCC
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3'。3.一种舌骨牡蛎鉴定试剂盒，其特征在于，含有权利要求2所述的舌骨牡蛎DNA条形码鉴定引物。4.一种舌骨牡蛎的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测样品线粒体基因组，应用巢式外围引物进行第一次PCR扩增获得第一次扩增产物，以此第一扩增产物为模板，用巢式内围引物进行第二次扩增，获得第二次扩增产物，如果两次都...

【专利技术属性】
技术研发人员：向志明，杨雨澄，曾靓，林天祥，张扬，喻子牛，
申请(专利权)人：中国科学院南海海洋研究所，
类型：发明
国别省市：