与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记及其应用与检测方法技术

本发明专利技术涉及分子遗传学领域，尤其涉及与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记及其应用与检测方法。本发明专利技术发现DKK2基因内含子区第12726碱基或猪八号染色体第114874954一处SNP位点(A

【技术实现步骤摘要】
与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记及其应用与检测方法


[0001]本专利技术涉及分子遗传学领域，尤其涉及与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记及其应用与检测方法。

技术介绍

[0002]中国是猪肉生产及消费大国，猪肉在国民生活中占有重要地位。2021年，全国肉类产量8887.0万吨，其中猪肉产量5296.0万吨，占肉类总产量的59.6％，生猪及猪肉产业关系着社会的稳定与民生的根本。目前国内猪肉市场主要以瘦肉型猪为主，其生长速度快，瘦肉率高，然而早期猪选种计划中没有将肉质纳入选种改良目标，使得市场上猪肉的肉品质与风味情况良莠不齐。随着人民生活水平的提高，消费者们在选购时会更加关注猪肉的肉质。这种需求在推动市场转变的同时也带动了行业的革新。生产肉质鲜嫩、风味独特、营养丰富的猪肉成了养殖业及相关工作者的新目标。
[0003]猪肉肉质狭义的定义为人对猪肉最直观的感官品质，如视觉、嗅觉、味觉和触觉等，具体的猪肉品质可以通过下列指标进行评价：肉色、肌肉系水力、风味、pH值、滴水损失、大理石纹、系水力、嫩度、风味、多汁性等。而广义的肉品质还包括肉的深加工品质、营养价值和卫生质量等。已有大量文献报道肌内脂肪含量及其脂肪酸组成既是肌肉呈现大理石纹的原因，也与猪肉多汁性、嫩度和风味等肉质性状高度相关，是公认的生产和研究中重点关注的影响肉质风味和肉质评定的主要指标之一。
[0004]然而通常情况下的肉质指标都为屠宰后测定，不仅检测成本高，而且测定比较困难。此外，肉质性状除了受自身遗传因素影响，季节、温度及屠宰前处理等环境因素都会对其造成重要影响，这些因素都可能降低遗传评估的准确性，进而影响肉质性状的遗传改良。因此，研发出快速、简便、有效的猪肌内脂肪性状的分子遗传标记，可以应用于大群体的快速检测，增加肌内脂肪性状的选择压，加快遗传改良工作的进程。
[0005]DKK2(Dickkopf WNT Signaling Pathway Inhibitor 2)基因编码的蛋白质是Dickkopf家族的一员，是WNT信号的抑制剂。WNT信号通路是一个复杂的蛋白质作用网络，其功能最常见于胚胎发育和癌症，也参与成年动物的正常生理过程等。已有研究表明WNT信号通过参与进脂肪沉积与分化中，通过β
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catenin通路，结合TCF/LEF转录因子家族结合启动转录，进而结合不同的转录辅激活物，促进前脂肪细胞的增殖、维持或影响分化。那么DKK2作为该通路的抑制剂，也将影响脂肪细胞的增殖或分化。在秦川牛上的研究显示，存在于DKK2第一外显子的SNP(C29T)与肌内脂肪含量相关。也有研究者利用小鼠3T3
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L1胚胎成纤维细胞、c3h/10t1/2间充质干细胞，验证了DKK2基因有抑制成脂的作用。此外，同属于DKK家族的DKK1基因目前研究相较更为透彻和全面，已有多项研究在人和鼠上证明DKK1基因可以减少和调节脂肪的生成。然而从前期研究和文献资料查阅情况来看，DKK2基因功能尚未在猪物种上进行验证，其具体作用机制尚不明晰，亦不清楚是否存在SNP位点与猪肌内脂肪性状相关，进而能够作为分子标记应用于遗传育种之中。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术要解决的技术问题在于提供与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记及其应用与检测方法。
[0007]本专利技术提供了与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于猪DKK2基因内含子区第12726位碱基或猪八号染色体第114874954位碱基，该位点的碱基为A或C。
[0008]本专利技术提供了所述SNP分子标记在检测猪肌内脂肪性状中的应用。
[0009]本专利技术所述的应用中，所述脂肪性状包括肌内脂肪含量。所述SNP分子标记的基因型为AA，则待测猪为肌内脂肪低型；所述SNP分子标记的基因型为CC，则待测猪为肌内脂肪高型；所述SNP分子标记的基因型为AC，则待测猪为肌内脂肪中间型。
[0010]本专利技术还提供了检测所述SNP分子标记基因型的引物对，所述引物对分为上游引物和下游引物，所述上游引物具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；所述下游引物具有如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。所述上游引物的序列为AGGCTTCCTGCTTGTCA(SDEQ ID NO.1)，引物在8号染色体第114874697
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114874714bp；所述下游引物的序列为TCTTATGTTTGTTGGCTGT(SEQ ID NO.2)，引物在8号染色体第114874686
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114874705bp。该引物对产物长度578bp，退火温度59℃。
[0011]本专利技术还提供了检测所述SNP分子标记基因型的试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物对。
[0012]进一步的，本专利技术提供的试剂盒中还包括Taq DNA聚合酶、PCR缓冲液，该试剂盒使用方便、快捷、高效、结果准确。
[0013]本专利技术还提供了检测与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记的方法，其包括使用所述的引物对和/或所述的试剂盒检测待测物。
[0014]本专利技术所述的方法中，所述方法包括使用所述的引物对或所述的试剂盒，PCR扩增待测猪基因组DNA，对PCR产物用BspHI内切酶进行酶切，若酶切产物为399bp和179bp，(两条产物)突变处碱基为A；若酶切产物为578bp，(一条产物)则突变处碱基为C。
[0015]本专利技术所述的方法中，所述PCR扩增反应程序为：95℃5min；95℃30s，59℃30s，72℃35s，共35个循环；72℃10min；4℃∞；所述酶切反应程序为：37℃，过夜；65℃20min；4℃∞。
[0016]本专利技术提供了如下I～III中的任一项在猪种质资源改良和/或选育高或适宜肌内脂肪猪种中的应用:
[0017]I：所述的SNP分子标记；II：所述的引物对；III：所述的试剂盒。
[0018]本专利技术还提供了猪的育种方法，所述方法包括使用所述的引物对或所述的试剂盒对亲本或子代的基因型进行检测。本专利技术提供了方法依据所述SNP分子标记区分或预期猪只的肌内脂肪含量。
[0019]本专利技术所述的方法中，所述方法具体包括在猪DKK2基因内含子区第12726碱基或猪八号染色体第114874954碱基突变位置上游利用特异性引物扩增出突变所创造BspHI内切酶位点，利用PCR
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RFLP方法检测SNP分子标记基因型。
[0020]本专利技术所述的猪分为七个类型：华北型、华中型、华南型、西南型、高原型、江海型和外来型；具体包括民猪、枣庄黑盖猪、沙子岭猪、大围子猪、宁乡猪、金华猪、小梅山猪、兰
塘猪、莆田猪、鄂西猪、内江猪、藏猪、大白猪、巴克夏猪和杜洛克猪。
[0021]以沙子岭猪为中国地方猪种代表，大白猪、巴克夏猪为外来猪种代表，进行全基因组重测序。在前期的表型研究中发现，沙子岭猪作为中国地方猪种，其肉质和肉风味较好，尤其体现在肌内脂肪较高。为寻找肌内脂肪差异的基因组数据基础，对3个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于猪DKK2基因内含子区第12726位碱基或猪八号染色体第114874954位碱基，该位点的碱基为A或C。2.权利要求1所述SNP分子标记在检测猪肌内脂肪性状中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述脂肪性状包括肌内脂肪含量。4.检测权利要求1所述SNP分子标记基因型的引物对，其特征在于，所述引物对分为上游引物和下游引物，所述上游引物具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；所述下游引物具有如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。5.检测权利要求1所述SNP分子标记基因型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求4所述的引物对。6.检测与猪肌内脂肪性状相关的SNP分子标记的方法，其特征在于，包括使用权利要求4所述的引物对和/或权利要求5所述的试剂盒检测待测物。7.根据权利要求6所述的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：方美英，何帅涵，王余北，汤启国，雒亚彪，产舒恒，薛明明，
申请(专利权)人：三亚中国农业大学研究院，
类型：发明
国别省市：