鉴定克式棒状杆菌的方法技术

本发明专利技术提出了具有如SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的至少之一在鉴定克式棒状杆菌中的用途、引物组、试剂盒及其在鉴定克式棒状杆菌中的应用、鉴定克式棒状杆菌的方法和引物组在制备试剂盒中的用途，蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白可作为鉴定克式棒状杆菌的标志基因，通过检测这三种蛋白可以实现准确鉴定克式棒状杆菌的效果，并且，检测结果的准确性高，重现性好，应用前景好，尤其可应用于诊断感染克式棒状杆菌所患的肉芽肿性乳腺炎。乳腺炎。

【技术实现步骤摘要】
鉴定克式棒状杆菌的方法


[0001]本专利技术涉及生物领域。具体地，本专利技术涉及鉴定克式棒状杆菌的方法。

技术介绍

[0002]克氏棒状杆菌(Corynebacterium kroppenstedtii)于1998年首次被Collins等人从临床痰液标本中分离出来，归类于放线菌门放线菌目棒状杆菌科的棒状杆菌属，是一种革兰阳性短小棒状杆菌，亲脂生长。该菌不含分枝菌酸、无动力、无芽孢、不产生白喉毒素，过氧化氢酶和七叶甙反应阳性。
[0003]克氏棒状杆菌在普通培养基上(比如脑心培养基)难以生长，而在含Tween 80的脑心培养基平板中生长良好。但即使如此，该菌通过传统培养的方式能被检测的阳性率也较低。
[0004]近年来，随着测序技术的发展，通过测序技术能够提升阳性检出率，但是测序技术成本较高，且需要专业的技术人员操作，流程较为复杂，因此不适合在临床大规模进行推广。
[0005]荧光定量PCR是一种核酸分析技术，因其具有操作简单、快捷方便，价格低廉等优点，目前使用最广泛。设计特异性引物和探针可对靶标序列双重识别，特异性好、假阳性低。此外，该技术综合了PCR扩增技术、荧光标记及信号获取技术，具有很高的灵敏度，可检测数个拷贝。通过荧光信号的采集可以直接对产物进行定量，线性关系好、线性范围宽。由于扩增和检测在同一管内完成，无需开盖，不存在污染的问题。因此通过荧光定量PCR来检测克氏棒状杆菌，具有准确、快速的优点。
[0006]目前有研究者利用克氏棒状杆菌的16S核糖体RNA(16s rRNA)为靶标进行荧光定量PCR的引物设计。16S rRNA是原核生物的核糖体中30S亚基的组成部分，16S rRNA的长度约为1.5kb，研究发现物种间16S rRNA序列既有高变区(V区，物种之间有差异)也有保守区(物种之间高度相似)，往往需要对16S rRNA的全长区域(～1.5kb)进行全长扩增测序才可能进行物种鉴定，而常用的16s rRNA测序选取16s rRNA可变区(约100
‑
300bp)区域进行测序，虽然可以对物种鉴定区分到属水平，但很难区分到种水平。同样的，荧光定量PCR的靶标区域一般为100
‑
200bp以内，虽然以探针引物作为杂交能够大幅提升特异性。但是，由于靶标区域有限，导致对于物种的鉴定的区分能力有限，在区分同属于棒状杆菌属但不同种的细菌的时候分辨能力有限，可能导致误检。因此，需要一种更特异的方式对克氏棒状杆菌进行鉴定。

技术实现思路

[0007]本专利技术旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此，本专利技术提出了编码蛋白X的基因、编码蛋白MraZ的基因和编码分泌蛋白的基因的至少之一在鉴定克式棒状杆菌中的用途、引物组、试剂盒及其在鉴定克式棒状杆菌中的应用、鉴定克式棒状杆菌的方法和引物组在制备试剂盒中的用途，蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白可作为鉴
定克式棒状杆菌的标志基因，通过检测这三种蛋白可以实现准确鉴定克式棒状杆菌的效果，并且，检测结果的准确性高，重现性好，应用前景好，尤其可应用于诊断感染克式棒状杆菌所患的肉芽肿性乳腺炎。
[0008]在本专利技术的一个方面，本专利技术提出了编码蛋白X的基因、编码蛋白MraZ的基因和编码分泌蛋白的基因的至少之一在鉴定克式棒状杆菌中的用途，所述编码蛋白X的基因具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列。编码蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的基因可作为鉴定克式棒状杆菌的标志基因，通过检测这三种基因可以实现准确鉴定克式棒状杆菌的效果，并且，检测结果的准确性高，重现性好，应用前景好，尤其可应用于诊断感染克式棒状杆菌所患的肉芽肿性乳腺炎。
[0009]根据本专利技术的实施例，所述编码蛋白MraZ的基因具有如SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列，所述编码分泌蛋白的基因具有如SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列。
[0010]在本专利技术的另一方面，本专利技术提出了一种引物组。根据本专利技术的实施例，所述引物组包括下列三组引物中的至少一组：第一引物组，所述第一引物组适用于扩增编码蛋白X的基因的至少一部分，所述蛋白X是如前面所述应用中所限定的；第二引物组，所述第二引物组适用于扩增编码蛋白MraZ的基因的至少一部分，所述蛋白MraZ是如前面所述应用中所限定的；第三引物组，所述第三引物组适用于扩增编码分泌蛋白的基因的至少一部分，所述分泌蛋白是如前面所述应用中所限定的。采用本专利技术的引物组可以扩增编码蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的基因，从而有助于克式棒状杆菌的鉴定。
[0011]根据本专利技术的实施例，所述第一引物组包括具有如SEQ ID NO：4所示核苷酸序列的第一引物、具有如SEQ ID NO：5所示核苷酸序列的第二引物和具有如SEQ ID NO：6所示核苷酸序列的第一探针引物；所述第二引物组包括具有如SEQ ID NO：7所示核苷酸序列的第三引物、具有如SEQ ID NO：8所示核苷酸序列的第四引物和具有如SEQ ID NO：9所示核苷酸序列的第二探针引物；所述第三引物组包括具有如SEQ ID NO：10所示核苷酸序列的第五引物、具有如SEQ ID NO：11所示核苷酸序列的第六引物和具有如SEQ ID NO：12所示核苷酸序列的第三探针引物，所述第一探针引物、第二探针引物和第三探针引物具有荧光基因。
[0012]在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了一种试剂盒。根据本专利技术的实施例，所述试剂盒包括：前面所述引物组。利用前面所述引物组可以扩增编码蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的基因，从而有助于克式棒状杆菌的鉴定。
[0013]在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了前面所述引物组或试剂盒在鉴定克式棒状杆菌中的应用。如前所述，本专利技术的引物组或试剂盒可以扩增编码蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的基因，从而实现克式棒状杆菌的鉴定，有助于克式棒状杆菌特性的深入理论研究和实践应用，例如诊断感染克式棒状杆菌所患的肉芽肿性乳腺炎。
[0014]在本专利技术的又一方面，本专利技术提出了一种鉴定克式棒状杆菌的方法。根据本专利技术的实施例，所述方法包括：确定待测菌株中是否含有蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的至少之一；当所述克式棒状杆菌中含有蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的至少之一，是所述待测菌株为克式棒状杆菌的指示，所述蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白是如前面所述用途中所限定的。
编码蛋白X、蛋白MraZ和分泌蛋白的基因可以作为克式棒状杆菌标志基因，通过检测这三种基因可以实现准确鉴定克式棒状杆菌的效果。
[0015]根据本专利技术的实施例，所述方法包括：提取所述待测菌株的DNA；以所述DNA为模板，利用前面所述引物组或试剂盒进行扩增，得到扩增产物；将所述扩增产物进行比对分析，确定是否可以编码蛋白X、蛋白MraZ和/或分泌蛋本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.编码蛋白X的基因、编码蛋白MraZ的基因和编码分泌蛋白的基因的至少之一在鉴定克式棒状杆菌中的用途，所述编码蛋白X的基因具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述编码蛋白MraZ的基因具有如SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列，所述编码分泌蛋白的基因具有如SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列具有至少70％同源性的核苷酸序列。3.一种引物组，其特征在于，包括下列三组引物中的至少一组：第一引物组，所述第一引物组适用于扩增编码蛋白X的基因的至少一部分，所述蛋白X是如权利要求1或2所述应用中所限定的；第二引物组，所述第二引物组适用于扩增编码蛋白MraZ的基因的至少一部分，所述蛋白MraZ是如权利要求1或2所述应用中所限定的；第三引物组，所述第三引物组适用于扩增编码分泌蛋白的基因的至少一部分，所述分泌蛋白是如权利要求1或2所述应用中所限定的。4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述第一引物组包括具有如SEQ ID NO：4所示核苷酸序列的第一引物、具有如SEQ ID NO：5所示核苷酸序列的第二引物和具有如SEQ ID NO：6所示核苷酸序列的第一探针引物；所述第二引物组包括具有如SEQ ID NO：7所示核苷酸序列的第三引物、具有如SEQ ID NO：8...

【专利技术属性】
技术研发人员：付爱思，
申请(专利权)人：武汉臻熙医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：