湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法、基因库技术

本发明专利技术为一种湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，基于用药前患者微生物宏基因组数据、用药后患者微生物宏基因组数据以及对照微生物宏基因组数据筛选得到差异数据录入宏基因数据库效果。该方法解决了现有方案中不容易发现一致的趋势，不能更精确、显著的表征的问题。本发明专利技术通过比较痛风患者用药前后和健康对照，发现筛选了体现病证的一致趋势，是更加有参考价值，更精确、明显的表征。明显的表征。明显的表征。

【技术实现步骤摘要】
Actinobacteria、Fusobacteri和Verrucomicrobia一种或多种丰度差异。
[0014]可选地，所述物种注释差异包括Firmicutes门的Butyrivibrio,Abiotrophia, Streptococcus和Bacillus，以及Verrucomicrobia门的Akkermansia任一菌种或多种用药前后丰度趋势变化差异。
[0015]可选地，KEGG功能差异包括：谷胱甘肽代谢、泛醌和其他萜类醌生物合成、色氨酸代谢和丙酮酸代谢途径任一途径或多种途径用药前后丰度趋势变化差异。
[0016]为实现上述目的，根据本专利技术的实施例，本专利技术提供了一种宏基因组库，通过如上所述的宏基因组学的建库方法得到的宏基因组库。
[0017]为实现上述目的，根据本专利技术的实施例，本专利技术提供了一种提供湿热蕴结症痛风诊断信息的试剂盒，所述试剂盒包括：
[0018]从分离自受试者粪便中提取DNA；
[0019]对提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及通过对PCR的产物与来源于湿热蕴结症痛风患者肠道宏基因组库比较并确定所述受试者样品与湿热蕴结症痛风患者肠道宏基因组库的相似程度。
[0020]可选地，所述比较并确定包括比较并确定来源于选自由Firmicutes门的 Butyrivibrio,Abiotrophia,Streptococcus和Bacillus，以及Verrucomicrobia门的 Akkermansia一种或多种细菌的丰度。
[0021]可选地，所述比较并确定包括比较并确定来源于选自由谷胱甘肽代谢、泛醌和其他萜类醌生物合成、色氨酸代谢和丙酮酸代谢途径组成的群组中一种或多种代谢途径的丰度。
[0022]本专利技术的有益效果：
[0023]专利技术人发现，先前的研究痛风患者的肠道微生物，使用16srRNA或宏基因组学，仅限于不同的组成和丰富的物种痛风患者和健康对照，很少使用的湿热蕴结症痛风的痛风患者前后药物研究肠道微生物的变化。如果湿热蕴结症痛风患者之前和之后痛风患者用药分析，和对照组使用健康人同时，它将更清楚地找湿热蕴结症痛风的特定症状对患者的影响。本专利技术通过比较痛风患者用药前后和健康对照，发现筛选了体现病症的一致趋势，是更加有参考价值，更精确、明显的表征。
附图说明
[0024]图1：痛风患者的粪便微生物组与健康对照组的比较；
[0025]图1A:A
‑
B
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Con三个类群在门水平上的物种注释结果；
[0026]图1B：A
‑
B
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Con三个类群的PCoA，反映了类群间的相似性；
[0027]图1C和D：反映alpha多样性的Box图；
[0028]图2：A
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B
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Con组间在属水平上的物种差异统计，ABCD依次代表了 A&B&Con、A&B、A&Con和B&Con的组间比较；
[0029]图3：两组间KEGG通路富集的气泡图，ABC图分别为两组差异表达基因富集的KEGG通路比较；D～F图分别为两组差异KOs富集的KEGG通路比较；
[0030]图4：H组与T组在属属水平上的物种差异统计；
[0031]图4A：用药前H组与T组肠道微生物群的变化；
[0032]图4B：H组与T组后肠道微生物群的变化；
[0033]图4C：H组用药前后肠道微生物群的变化；
[0034]图4D：T组用药前后肠道微生物群的变化；
[0035]图5：两组中的B：F比值和丰度(log2)变化趋势曲线；左图为下组患者治疗前后B/F比值变化的方框图，右图为治疗前后上组患者B/F比值变化的方框图；
[0036]图6：三组菌类在门水平上的物种丰度趋势图；左图为三组A&B&Con对 Bacteroidetes和Firmicutes的B/F比值变化的箱形图；左图为三组A&B&Con对Bacteroidetes和Firmicutes的B/F比值变化的箱形图；
[0037]图7：A：体检指标与门级种的相关性分析；临床试验指标与门级种的相关性分析；B：临床试验指标与属级种的相关性分析；x轴为临床试验指标，y轴为种名；
[0038]图8：A、B组主要焦点种与临床实验室指标交互网络图；A：下组A、B聚焦物种与临床实验室指标的交互图；B：上组A、B聚焦物种与临床实验室指标的交互图。
具体实施方式
[0039]所举实施例是为了更好地对本专利技术进行说明，但并不是本专利技术的内容仅局限于所举实施例。所以熟悉本领域的技术人员根据上述
技术实现思路
对实施方案进行非本质的改进和调整，仍属于本专利技术的保护范围。
[0040]下文中，将参考所附附图对本申请进行详细描述，使得本领域技术人员可以容易地实施本专利技术。然而，本专利技术可以由很多不同方式实现，而不限于本文描述的示例性具体实施方案。
[0041]参考下文中的描述，将会理解本专利技术的示例性实施方案的目标和优点，并且使本专利技术的示例性实施方案的目标和优点更加明显，但是本专利技术的示例性实施方案的目标和优点并不限于以下描述。在示例性实施方案的描述中，当认为对现有技术的详细解释可能会不必要地模糊本专利技术的重点时，会将这些对现有技术的详细解释省略。
[0042]实施例一
[0043]样本收集
[0044]我们从深圳市中医院招募了30名痛风患者和29名年龄匹配的健康对照组。本研究招募的所有患者均为痛风，其他疾病携带者均排除在本研究之外。发病年份见表S1(6.33
±
5.58年，平均
±
SD)。30例痛风患者分别用不同中药H(对应痰瘀痹阻痛风)、T(对应湿热蕴结通风)治疗2周，在治疗前(A)和治疗后(B) 采集粪便样本，共取60例。所有被招募的患者，包括痰瘀痹阻痛风患者、湿热蕴结症痛风患者和健康对照者，都被排除在其他药物治疗之外。其中，痛风患者服药后的抽样标准是痛风症状明显缓解或消失，如痛风患者关节肿胀得到缓解。每个健康对照1份，共29份对照。我们的研究最终共使用了全部89份粪便样本。所有入组人员均已被告知并自愿签署知情同意书，并经深圳中医药医院伦理委员会伦理批准后进行抽样。
[0045]宏基因组学文库的构建与测序
[0046]从每个样品中提取总DNA并进行质量检查。使用MGIEasyDNA快速文库准备试剂盒(BGI，目录号，1000006985)，按照制造商的说明，使用0.5μg的高质量 DNA进行文库构建。简单地说，使用CovarisLE220超声仪(Covaris，Woburn， MA，USA)随机分割DNA，选择200
‑
400bp的DNA片段，用AMPureXP磁珠纯化。选择的DNA片段进行PE指数连接，纯化连接的DNA。将纯化本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，其特征在于，基于用药前患者微生物宏基因组数据、用药后患者微生物宏基因组数据以及对照微生物宏基因组数据筛选得到差异数据录入宏基因数据库。2.如权利要求1所述的湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，其特征在于，包括如下步骤：获取步骤：获取湿热蕴结症痛风患者宏基因组的初始数据资源，所述初始数据资源包括用药前患者微生物宏基因组数据、用药后患者微生物宏基因组数据以及对照微生物宏基因组数据；处理步骤：对所述用药前患者微生物宏基因组数据、所述用药后患者微生物宏基因组数据以及所述对照微生物宏基因组数据进行分析，筛选得到差异数据；存储步骤：依照设置的录入格式将处理后的数据进行存储以得到宏基因数据库。3.如权利要求2所述的湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，其特征在于，对所述用药前患者微生物宏基因组数据、所述用药后患者微生物宏基因组数据以及所述对照微生物宏基因组数据进行分析，筛选得到差异数据，包括：通过基因丰度谱分别生成所述初始数据资源的物种、KO和途径丰度谱；通过所述丰度谱，筛选基因和/或物种注释差异和/或KEGG功能差异，得到差异数据。4.如权利要求3所述的湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，其特征在于，所述物种注释差异包括Firmicute、Bacteroidetes、Proteobacteria、Actinobacteria、Fusobacteri和Verrucomicrobia一种或多种丰度差异。5.如权利要求3所述的湿热蕴结症痛风患者宏基因组库构建方法，其特征在于，所述物种注释差异包括Firmicutes门的But...

【专利技术属性】
技术研发人员：张剑勇，邱侠，谢静静，
申请(专利权)人：深圳市中医院，
类型：发明
国别省市：