通过单细胞分析从外周血分离T细胞和T细胞受体用于免疫治疗的方法技术

本申请提供了制备对靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群的方法。该方法可以包括从患者的血液样品中分离T细胞；选择具有基因表达谱的分离的T细胞；以及将选择的T细胞与未选择的细胞分离。分离的选择的T细胞提供了对靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群。还提供了分离TCR、制备表达TCR的细胞群、分离的TCR、分离的细胞群、药物组合物以及治疗或预防哺乳动物中的病症的方法。动物中的病症的方法。动物中的病症的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过单细胞分析从外周血分离T细胞和T细胞受体用于免疫治疗的方法
相关申请的交叉引用
[0001]本专利申请要求于2020年3月20日提交的第62/992,715号美国临时专利申请的权益，其通过引用整体并入本文。关于联邦政府赞助的研究或开发的声明
[0002]本专利技术是在政府支持下由国立卫生研究院国家癌症研究所完成的，项目号为ZIA BC 010984。政府享有本专利技术的某些权利。专利技术背景
[0003]使用靶向由癌症特异性突变编码的新抗原的T细胞的过继细胞疗法(ACT)可在一些患者中产生阳性临床反应。然而，ACT成功用于治疗癌症和其它病症仍然存在若干障碍。例如，目前用于产生癌症反应性T细胞的方法需要大量的时间并且可能不容易鉴定结合癌症靶的所需T细胞受体。因此，需要获得用于ACT的分离的细胞群的改进方法。专利技术概述
[0004]本专利技术的一方面提供了制备对靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群的方法，所述方法包括：从患者的血液样品中分离T细胞；选择具有基因表达谱的分离的T细胞；以及将所选择的T细胞与未选择的细胞分离，其中分离的选择的T细胞提供对靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群，其中靶抗原是由癌症特异性突变编码的新抗原、癌症抗原或癌症相关病毒抗原，并且基因表达谱包含：(a)ACTG1
+
,AES
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,ARPC2
+
,ARPC3
+
,CD3D
+
,CD52<br/>+
,CD7
+
,CD62L
+
,CD99
+
,CORO1A
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CXCL13
+
,EMP3
+
,FLNA
+
,FTL
+
,FYB1
+
,GAPDH
+
,H2AFV
+
,HMGB2
+
,IL32
+
,ITGB1
+
,LSP1
+
,LTB
+
,PPIA
+
,S100A10
+
,S100A4
+
,S100A6
+
,SLC25A5
+
,SUB1
+
,TIGIT
+
,TMSB10
+
,VIM
+
,ACTB
‑
,B2M
‑
,BTG1
‑
,CCL4
‑
,CCL4L2
‑
,CCL5
‑
,CD74
‑
,EEF1A1
‑
,FTH1
‑
,GZMK
‑
,HLA
‑
DRA
‑
,MTRNR2L12
‑
,PNRC1
‑
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‑
,RPL13
‑
,RPL3
‑
,RPL30
‑
,RPL32
‑
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‑
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‑
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‑
,RPL5
‑
,RPLP0
‑
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‑
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‑
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‑
,RPS19
‑
,RPS21
‑
,RPS23
‑
,RPS24
‑
,RPS3
‑
,RPS3A
‑
,RPS4X
‑
,RPS6
‑
,和ZC3HAV1
‑
中的一种或多种；(b)CARS
+
,CD39
+
(ENTPD1)
+
,CD62L
+
,CD70
+
,CD82
+
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+
,CXCL13
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,ITAGE
+
,LAG3
+
,LGALS3
+
,PDCD1
+
,SA100A4
+
,TIGIT
+
,和TOX
+
中的一种或多种；(c)CD8
+
以及以下的一种或多种：ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,CARS
+
,CD82
+
,CDC25B
+
,CHN1
+
,CLECL1
+
,COTL1
+
,CYTOR
+
,FLNA
+
,GATA3
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DQA2
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,ITGB1
+
,ITM2A
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
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+
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+
,PASK
+
,RBPJ
+
,S100A11
+
,TIGIT
+
,TPM4
+
,TRADD
+
,UBXN11
+
,CCL4
‑
,CCL5
‑
,CCR7
‑
,CYTIP
‑
,EEF1G
‑
,GZMH
‑
,IMPDH2
‑
,LINC02446
‑
,LYAR
‑
,MYC
‑
,NKG7
‑
,NUCB2
‑
,PITPNC1
‑
,PLAC8
‑
,和TCF7
‑
中的一种或多种；(d)CD8
+
以及以下的一种或多种：本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.制备对靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群的方法，所述方法包括：从患者的血液样品中分离T细胞；选择具有基因表达谱的分离的T细胞；和将所选择的T细胞与未选择的细胞分离，其中分离的选择的T细胞提供对所述靶抗原具有抗原特异性的富集的T细胞群，其中所述靶抗原是由癌症特异性突变编码的新抗原、癌症抗原或癌症相关病毒抗原，并且所述基因表达谱包括：(a)ACTG1
+
,AES
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,ARPC2
+
,ARPC3
+
,CD3D
+
,CD52
+
,CD7
+
,CD62L
+
,CD99
+
,CORO1A
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CXCL13
+
,EMP3
+
,FLNA
+
,FTL
+
,FYB1
+
,GAPDH
+
,H2AFV
+
,HMGB2
+
,IL32
+
,ITGB1
+
,LSP1
+
,LTB
+
,PPIA
+
,S100A10
+
,S100A4
+
,S100A6
+
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+
,SUB1
+
,TIGIT
+
,TMSB10
+
,VIM
+
,ACTB
‑
,B2M
‑
,BTG1
‑
,CCL4
‑
,CCL4L2
‑
,CCL5
‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
DRA
‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
,RPS4X
‑
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‑
和ZC3HAV1
‑
中的一种或多种；(b)CARS
+
,CD39
+
(ENTPD1)
+
,CD62L
+
,CD70
+
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+
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+
,CXCL13
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,ITAGE
+
,LAG3
+
,LGALS3
+
,SA100A4
+
,TIGIT
+
和TOX
+
中的一种或多种；(c)CD8
+
以及以下的一种或多种：ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,CARS
+
,CD82
+
,CDC25B
+
,CHN1
+
,CLECL1
+
,COTL1
+
,CYTOR
+
,FLNA
+
,GATA3
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DQA2
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,ITGB1
+
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+
,LGALS3
+
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+
,MYO1G
+
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+
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+
,RBPJ
+
,S100A11
+
,TIGIT
+
,TPM4
+
,TRADD
+
,UBXN11
+
,CCL4
‑
,CCL5
‑
,CCR7
‑
,CYTIP
‑
,EEF1G
‑
,GZMH
‑
,IMPDH2
‑
,LINC02446
‑
,LYAR
‑
,MYC
‑
,NKG7
‑
,NUCB2
‑
,PITPNC1
‑
,PLAC8
‑
和TCF7
‑
；(d)CD8
+
以及以下的一种或多种：ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,CARS
+
,CD82
+
,CDC25B
+
,CHN1
+
,CLECL1
+
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+
,FLNA
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DQA2
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,ITGB1
+
,ITM2A
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
,MYO1G
+
,PASK
+
,S100A11
+
,TIGIT
+
和UBXN11
+
；(e)CD8
+
以及以下的一种或多种：CD45RO
+
,CD45RA
‑
,HLA
‑
DR
+
,CD39
+
和CD103
+
；(f)CD8
+
以及以下的一种或多种：CD45RO
+
,CD45RA
‑
,HLA
‑
DR
+
,CD39
+
和TIGIT
+
；(g)CD8
+
以及以下的一种或多种：CD45RO
+
,CD45RA
‑
,HLA
‑
DR
+
,CD39
+
和PD
‑1+
；(h)CD4
+
以及以下的一种或多种：CD45RO
+
,CD45RA
‑
,HLA
‑
DR
+
和CD39
+
；(i)CD4
+
以及以下的一种或多种：AK4
+
,APOBEC3G
+
,C12orf75
+
,CCL5
+
,CD74
+
,CLIC1
+
,COTL1
+
,CST7
+
,CXCL13
+
,CXCR3
+
,DUSP2
+
,EEF1A1
+
,F2R
+
,GAPDH
+
,GNLY
+
,GZMA
+
,GZMK
+
,HCST
+
,HLA
‑
DPA1
+
,LYAR
+
,LYST
+
,MRPL10
+
,MYO1G
+
,NKG7
+
,PABPC1
+
,PDCD1
+
,PFN1
+
,PRF1
+
,RAB27A
+
,RPL10
+
,RPL11
+
,RPL13
+
,RPL18A
+
,RPL19
+
,RPL30
+
,RPL32
+
,RPL34
+
,RPL8
+
,RPL9
+
,RPLP1
+
,RPS12
+
,RPS13
+
,RPS23
+
,RPS3A
+
,RPS8
+
,SARAF
+
,SELL
+
,TC2N
+
,TMSB4X
+
和TPT1
+
；(j)CD4
+
以及以下的一种或多种：AC004585.1
+
,ACTB
+
,ACTG1
+
,ALOX5AP
+
,ANXA1
+
,ANXA5
+
,CD52
+
,CD99
+
,CNN2
+
,COTL1
+
,FAM45A
+
,FTH1
+
,FYB1
+
,GAPDH
+
,GIMAP4
+
,GYPC
+
,IFITM1
+
,IFITM2
+
,IGFBP4
+
,ITGB1
+
,LCP1
+
,LIMS1
+
,LMO4
+
,MALAT1
+
,MIF
+
,MSN
+
,MT
‑
ND3
+
,NDUFA12
+
,PASK
+
,PFN1
+
,PGAM1
+
,PPP2R5C
+
,RARRES3
+
,RILPL2
+
,RPL30
+
,RPL32
+
,RPL34
+
,RPL9
+
,RPS13
+
,RPS25
+
,RPS3A
+
,S100A11
+
,S1PR4
+
,SERF2
+
,SLC25A5
+
,SMC4
+
,TIMP1
+
,TMSB4X
+
,VDAC1
+
和ZFP36L2
+
；(k)AHNAK
+
,AK4
+
,ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,ANXA6
+
,ARL6IP1
+
,ARPC4
+
,ATP2B4
+
,BIN1
+
,
BRI3
+
,C12orf75
+
,CALHM2
+
,CAPN2
+
,CAPNS1
+
,CARHSP1
+
,CD74
+
,CD81
+
,CDC25B
+
,CDCA7
+
,CLDND1
+
,CNN2
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CXCR3
+
,CYTOR
+
,DOK2
+
,DYNLL1
+
,EIF3A
+
,ELOVL5
+
,EMB
+
,ESYT1
+
,FLNA
+
,GPR171
+
,GYG1
+
,GZMA
+
,GZMK
+
,H1FX
+
,HACD4
+
,HIST1H1C
+
,HLA
‑
DMA
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DPB1
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,ICAM3
+
,IDH2
+
,IFI27L2
+
,INPP5D
+
,IQGAP2
+
,ITGAL
+
,ITGB1
+
,ITGB7
+
,ITM2A
+
,JPT1
+
,LAG3
+
,LGALS1
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
,LIMS1
+
,MAD1L1
+
,MAP2K2
+
,MAP4K1
+
,MBD2
+
,MED15
+
,MIS18BP1
+
,MKNK2
+
,MXD4
+
,MYADM
+
,MYO1F
+
,MYO1G
+
,NCK2
+
,NDUFA7
+
,NFATC2
+
,OPTN
+
,OSBPL8
+
,P2RY8
+
,PAG1
+
,PARP1
+
,PASK
+
,PHACTR2
+
,PRDX3
+
,PREX1
+
,PRKCB
+
,PSD4
+
,PSMA2
+
,PYCARD
+
,RAD23B
+
,RASA3
+
,RBM38
+
,RBPJ
+
,RCSD1
+
,RNPEPL1
+
,S1PR4
+
,SH2D1A
+
,SH3KBP1
+
,SHMT2
+
,SIT1
+
,SLC16A3
+
,SLC2A4RG
+
,SLC4A7
+
,SLF1
+
,SPN
+
,STK24
+
,TC2N
+
,TEX264
+
,TGFB1
+
,TIGIT
+
,TLN1
+
,TMC8
+
,TMX4
+
,TOX
+
,TPM4
+
,TRAPPC5
+
,TXN
+
,UBXN11
+
,UCP2
+
,VOPP1
+
,WNK1
+
,YWHAE
+
和YWHAQ
+
中的一种或多种；(l)ALOX5AP
+
,ARID5B
+
,CCR4
+
,CD55
+
,CDKN1B
+
,COTL1
+
,CREM
+
,DCXR
+
,DGKA
+
,ELOVL5
+
,EML4
+
,EZR
+
,GATA3
+
,GPR183
+
,ICAM2
+
,IL7R
+
,ISG20
+
,ITGB1
+
,ITM2A
+
,LEF1
+
,LEPROTL1
+
,LTB
+
,NR3C1
+
,P2RY10
+
,PASK
+
,PLP2
+
,PPP2R5C
+
,PRKX
+
,RALA
+
,RASA3
+
,RCAN3
+
,RHBDD2
+
,RNASET2
+
,S100A11
+
,S1PR1
+
,S1PR4
+
,SAMHD1
+
,SAMSN1
+
,SELL
+
,SESN3
+
,SETD2
+
,SMCHD1
+
,TMEM123
+
,TRAT1
+
和ZFP36
+
中的一种或多种；(m)ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,ARID5B
+
,CAPN2
+
,CARS
+
,CDC25B
+
,CLDND1
+
,COTL1
+
,CREM
+
,CRIP1
+
,CXCR3
+
,CYTOR
+
,DCXR
+
,EMB
+
,FBXW5
+
,FLNA
+
,GATA3
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DPB1
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,HNRNPUL1
+
,ICAM2
+
,IL10RA
+
,ISG15
+
,ISG20
+
,ITGB1
+
,ITGB7
+
,ITM2A
+
,KLF2
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
,MED15
+
,MX1
+
,NDUFA12
+
,NR3C1
+
,NSMCE1
+
,P2RY8
+
,PASK
+
,PPP2R5C
+
,RHBDD2
+
,RNASET2
+
,S100A11
+
,S1PR4
+
,SAMHD1
+
,SAMSN1
+
,SELPLG
+
,SMCHD1
+
,SPN
+
,TIGIT
+
,TRADD
+
和UBXN11
+
中的一种或多种；(n)ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,APOBEC3G
+
,ARHGEF1
+
,ARID5B
+
,BIN1
+
,BIN2
+
,C12orf75
+
,C4orf48
+
,CAMK4
+
,CAPN2
+
,CAPZB
+
,CARD16
+
,CARS
+
,CCNDBP1
+
,CD5
+
,CD55
+
,CD82
+
,CDC25B
+
,CHN1
+
,CLECL1
+
,CNN2
+
,CORO1B
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CYTOR
+
,DCXR
+
,DYNLL1
+
,DYNLT1
+
,EID1
+
,EIF3A
+
,ELOVL5
+
,EMB
+
,ETHE1
+
,FLNA
+
,FYB1
+
,GATA3
+
,GNG2
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DPB1
+
,HLA
‑
DQA2
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,ICAM2
+
,ICAM3
+
,IL10RA
+
,IRF7
+
,ISG15
+
,ISG20
+
,ITGAE
+
,ITGB1
+
,ITGB7
+
,ITM2A
+
,KLF2
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
,LY6E
+
,MAD1L1
+
,MED15
+
,MFNG
+
,MTERF4
+
,MX1
+
,MYO1G
+
,NDUFA12
+
,NDUFB9
+
,NELL2
+
,NR3C1
+
,OCIAD2
+
,OPTN
+
,P2RY8
+
,PARP1
+
,PASK
+
,PLP2
+
,PPP1R7
+
,PPP2R5C
+
,PSMB2
+
,PSTPIP1
+
,PYCARD
+
,RBPJ
+
,RHBDD2
+
,RNASEH2B
+
,RNASET2
+
,S100A11
+
,S100A4
+
,S1PR4
+
,SAMSN1
+
,SELPLG
+
,SH3KBP1
+
,SHMT2
+
,SIT1
+
,SMCHD1
+
,SPN
+
,STK38
+
,SYTL1
+
,SYTL3
+
,TAGAP
+
,TBC1D10C
+
,TIGIT
+
,TMPO
+
,TMX4
+
,TPGS1
+
,TPM4
+
,TRADD
+
,TSPO
+
,TXN
+
,UBE2L6
+
,UBXN11
+
,UCP2
+
和YWHAB
+
中的一种或多种；或(o)ALOX5AP
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,APOBEC3G
+
,ARHGEF1
+
,ARID5B
+
,BIN1
+
,BIN2
+
,C12orf75
+
,C4orf48
+
,CAMK4
+
,CAPN2
+
,CAPZB
+
,CARD16
+
,CARS
+
,CCNDBP1
+
,CD5
+
,CD55
+
,CD82
+
,CDC25B
+
,CHN1
+
,CLECL1
+
,CNN2
+
,CORO1B
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CYTOR
+
,DCXR
+
,DYNLL1
+
,DYNLT1
+
,EID1
+
,EIF3A
+
,ELOVL5
+
,EMB
+
,ETHE1
+
,FBXW5
+
,FLNA
+
,FYB1
+
,GATA3
+
,GNG2
+
,GSTK1
+
,HLA
‑
DPA1
+
,HLA
‑
DPB1
+
,HLA
‑
DQA2
+
,HLA
‑
DQB1
+
,HLA
‑
DRA
+
,HLA
‑
DRB1
+
,HLA
‑
DRB5
+
,HNRNPUL1
+
,ICAM2
+
,ICAM3
+
,IL10RA
+
,IRF7
+
,ISG15
+
,ISG20
+
,ITGAE
+
,ITGB1
+
,ITGB7
+
,ITM2A
+
,KLF2
+
,LGALS3
+
,LIME1
+
,LY6E
+
,MAD1L1
+
,MED15
+
,MFNG
+
,MTERF4
+
,MX1
+
,MYO1G
+
,NDUFA12
+
,NDUFB9
+
,NELL2
+
,NR3C1
+
,NUDT21
+
,OCIAD2
+
,OPTN
+
,P2RY8
+
,PARP1
+
,PASK
+
,PLP2
+
,PPP1R7
+
,PPP2R5C
+
,PSMB2
+
,PSTPIP1
+
,PYCARD
+
,RBPJ
+
,RHBDD2
+
,RNASEH2B
+
,RNASET2
+
,S100A11
+
,S100A4
+
,S1PR4
+
,SAMSN1
+
,SELPLG
+
,SH3KBP1
+
,SHMT2
+
,SIT1
+
,SMCHD1
+
,SPN
+
,STK38
+
,SYTL1
+
,SYTL3
+
,TAGAP
+
,TBC1D10C
+
,TGFB1
+
,TIGIT
+
,TMPO
+
,TMX4
+
,TPGS1
+
,TPM4
+
,TRADD
+
,TSPO
+
,TXN
+
,UBE2L6
+
,UBXN11
+
,UCP2
+
,YWHAB
+
,ANKRD12
‑
,APMAP
‑
,CCL4
‑
,CCL5
‑
,CCR7
‑
,CD48
‑
,CD8B
‑
,CXCR4
‑
,CYTIP
‑
,DARS
‑
,EEF1B2
‑
,EEF1G
‑
,GZMH
‑
,HSP90AB1
‑
,IMPDH2
‑
,ISCU
‑
,LBH
‑
,LINC02446
‑
,LYAR
‑
,MGST3
‑
,MT
‑
ND2
‑
,MT
‑
ND5
‑
,MYC
‑
,NDUFV2
‑
,NFKBIA
‑
,NKG7
‑
,NUCB2
‑
,PDCD4
‑
,PITPNC1
‑
,PLAC8
‑
,PRF1
‑
,PRMT2
‑
,RPL17
‑
,RPS17
‑
,SNHG7
‑
,SNHG8
‑
,STK17A
‑
,TCF7
‑
,TOMM7
‑
,WSB1
‑
和ZFAS1
‑
中的一种或多种。2.如权利要求1所述的方法，其中：(a)所述基因表达谱包括以下的全部：ACTG1
+
,AES
+
,ANXA2
+
,ANXA5
+
,ARPC2
+
,ARPC3
+
,CD3D
+
,CD52
+
,CD7
+
,CD62L
+
,CD99
+
,CORO1A
+
,COTL1
+
,CRIP1
+
,CXCL13
+
,EMP3
+
,FLNA
+
,FTL
+
,FYB1
+
,GAPDH
+
,H2AFV
+
,HMGB2
+
,IL32
+
,ITGB1
+
,LSP1
+
,LTB
+
,PPIA
+
,S100A10
+
,S100A4
+
,S100A6
+
,SLC25A5
+
,SUB1
+
,TIGIT
+
,TMSB10
+
,VIM
+
,ACTB
‑
,B2M
‑
,BTG1
‑
,CCL4
‑
,CCL4L2
‑
,CCL5
‑
,CD74
‑
,EEF1A1
‑
,FTH1
‑
,GZMK
‑
,HLA
‑
DRA
‑
,MTRNR2L12
‑
,PNRC1
‑
,RPL10
‑
,RPL13
...

【专利技术属性】
技术研发人员：拉米，
申请(专利权)人：美国卫生和人力服务部，
类型：发明
国别省市：