与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记技术领域，具体公开了与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用。利用基因芯片技术进行基因分型，基于SNP分子标记进行全基因组关联分析，该分析筛选出4个与大白猪母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记位点。所述SNP分子标记位点分别位于母猪3号染色体的NCOA1基因片段和9号染色体的PRCP和DDIAS基因片段，可用于母猪产畸形仔猪性状的标记辅助选育。猪性状的标记辅助选育。

【技术实现步骤摘要】
与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于猪分子标记
，具体涉及与母猪产畸形仔猪性状相关的 SNP分子标记及应用。

技术介绍

[0002]我国是世界上生猪养殖规模最大的国家，且国民对猪肉产品的消费量居世界第一，而猪的育种工作作为生猪养殖的源头性工作，育种工作取得有效进展即可对我国生猪总产量及其相关行业带来的巨大的经济效益(刘文涛和顾立伟，2016)。至2021年末，据统计我国能繁母猪存栏量达4329万头，年产胎次约为2.3胎，平均窝产仔数约为13头，仔猪畸形发生率为2.9％，我国每年将损失约3753.7万头仔猪(王明华，2022)。近年来随着育种工作的开展，我国地方猪的一些性状得到有效改良。采用常规的育种手段，对背膘厚、瘦肉率等具有中高等遗传力的生产性状的改良取得了较为显著的进展，而对于窝产活仔数、死胎数、畸形仔猪数等具有较低遗传力的繁殖性状的改良面临较大困难(Zhang et al，2019)。
[0003]随着分子生物学及多组学测序技术的发展，分子标记辅助选择育种逐渐成为育种工作的主流手段。许多研究证明，分子标记辅助选择在低遗传力性状选择方面具有显著优势，极大提高了育种效率(Ding et al，2021)。国内外学者已经对与仔猪畸形性状和产畸形仔猪数相关的分子标记进行了大量研究，并挖掘了潜在的功能基因。Hao等人对杜洛克、长白猪、大白猪三个群体进行研究，通过GWAS 筛选出7个与仔猪八字腿综合征(Piglet splay leg syndrome，PSL)显著相关的 SNP，定位到4个候选基因(Hao et al，2017)。Траспов等人通过GWAS在大白猪群体中鉴定到24个与仔猪肛门闭锁、肢蹄问题和仔猪震颤等畸形性状显著相关的SNP，涉及到11个功能基因(Трасповet al，2020)。此外，杨杰等人鉴定到与母猪产畸形仔猪数显著相关的SNP，为猪分子标记辅助选择育种工作做出一定贡献(杨杰等，2021)。纵观国内外研究，对于鉴定与母猪产畸形仔猪相关分子标记的研究较少。
[0004]本专利技术通过GMAT软件进行全基因组关联分析，筛选到4个与母猪产畸形仔猪性状显著关联的SNP位点，为猪分子标记辅助选择育种工作提供了理论基础及应用途径(Wang et al，2020)。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，利用基因芯片技术进行基因分型，与母猪产畸形仔猪性状进行全基因组关联分析，筛选出4个与母猪产畸形仔猪性状显著相关的SNP，为母猪繁殖性状提供了新的SNP分子标记资源。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0007]申请人通过全基因组关联分析筛选得到与母猪产畸形仔猪性状显著相关的 SNP分子标记，并依据Ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到每个SNP上下游100bp的核苷酸序列，具体如下：
[0008]含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和2所示，SNP1标记位于所述序列的第
101位，对应于猪基因组3号染色体第114038560位，对应的基因为 NCOA1，多态性位点为A或C；该位点的基因型为AC时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；
[0009]含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和4所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组9号染色体第17003320位，对应的基因为 PRCP，在dbSNP数据库中的登录号为rs338617139，多态性位点为G或A；该位点的基因型为GA时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；
[0010]含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5和6所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组9号染色体第17029982位，对应的基因为 PRCP，在dbSNP数据库中的登录号为rs318571326，多态性位点为T或A；该位点的基因型为TA时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；
[0011]含有SNP4标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7和8所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组9号染色体第17083124位，对应的基因为 DDIAS，在dbSNP数据库中的登录号为rs340077666，多态性位点为A或G；该位点的基因型为AG时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；
[0012]与现有技术相比，本专利技术具有的有益效果：
[0013]相比于传统筛选方法，本专利技术具有简单、快捷等突出优点。将其应用在母猪产畸形仔猪性状的选择育种上，可降低产畸形仔猪总量，大量减少养猪企业的经济损失、增加生产收益；国家整体观上可以增大养猪业的有效产业规模，且提高国内生猪育种水平、加速育种进程。
附图说明
[0014]图1：实施例2制作的曼哈顿图，将GWAS分析的结果可视化。阈值线以上共有5个SNP，其中14号染色体上的1个SNP位于基因间区，属于非编码区。其余4 个位于基因编码区的为本专利技术筛选出的与大白母猪产畸形仔猪性状显著相关的 SNP分子标记。
[0015]图2：实施例2制作的QQ图，通过比较实际的
‑
log(P)值和期望的
‑
log(P)值概率分布的分位数从而对两个概率分布进行比较，用于进一步判断GWAS结果的可靠性。
具体实施方式
[0016]实施例1基因分型检测及数据处理
[0017](1)DNA提取
[0018]①
采集1175头大白母猪的耳朵组织，将采集到的耳样组织捣碎置于玻璃匀浆器中，加入等体积的由100mmol/L的Tris饱和酚、500mmol/L的乙二胺四乙酸二钠(EDTA)、20mmol/L的氯化钠(NaCL)、10％浓度的十二烷基硫酸钠(SDS)、20ug/ml的胰RNA酶配置成的细胞裂解缓冲液，再加入10ng/mL 的蛋白酶K，混匀，置于65℃恒温水浴锅中水浴30min；
[0019]②
缓慢振荡离心管15min，置于离心机中以12000rpm离心5min后，取上清液入另一离心管中；
[0020]③
加入等体积的苯酚、氯仿、异戊醇(体积比为25:24:1)，振荡混匀，置于离心机中以12000rpm离心5min后，取上清液入另一离心管中；
[0021]④
再加入等体积的苯酚、氯仿、异戊醇(体积比为25:24:1)，振荡混匀，置于离心机
中以12000rpm离心10min，取上清液入另一离心管中；
[0022]⑤
加入2倍体积的预冷无水乙醇，静置待乙醇挥发后，挑出DNA沉淀并使用超纯水溶解DNA；
[0023]⑥
用DNA浓度测定仪和琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。
[0024](2)基因分型检测
[0025]①
根据上述所提取的DNA，使用Illumina公司研制的50K SNP全基因组芯片进行基因分型，该芯片包含超过50000个SNP分子标记位点；
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SNP标记在母猪产畸形仔猪性状选择中的应用，其特征在于，包括如下SNP标记中的至少一种：含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和2所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，多态性位点为A或C；含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和4所示，SNP2标记位于所述序列的第101位，多态性位点为G或A；含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5和6所示，SNP3标记位于所述序列的第101位，多态性位点为T或A；含有S...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，董文君，周游，张赛仙，宋徽，楚金雨，李新云，马云龙，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：