一种评估猪达100kg体重日龄的方法技术

本发明专利技术公开了一种评估猪达100kg体重日龄的方法,所述方法包括：检测待测猪基因组中的SNP标记的基因型，CT基因型猪的达100kg体重日龄小于CC基因型猪的达100kg体重日龄。所述SNP标记为猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体上如序列1所示序列的第151位核苷酸，其为C或T。本发明专利技术提供的SNP标记与猪100kg体重日龄相关，位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪1号染色体上，且具有T/C多态性。CT基因型个体具有更短的100kg体重日龄。因此，可以通过鉴定该SNP标记的不同基因型来筛选更短的100kg体重日龄的种猪。日龄的种猪。

【技术实现步骤摘要】
一种评估猪达100kg体重日龄的方法


[0001]本专利技术属于分子生物学
，涉及与猪达100kg体重日龄相关SNP标记、检测方法和应用。

技术介绍

[0002]纵观世界各国猪种选育方法，大体上经历了三个阶段。第一阶段为1960年以前的阶段，主要以表型选择为主，即根据性状优劣直接进行选育，由于没有涉及到遗传基础，因此进展缓慢。第二阶段为1960—1985年，这一阶段随着对遗传学和基因组学有关理论的深入了解及计算机技术的发展，人们可以透过复杂的表面现象(表型与表型值)，剖析其遗传基础，根据基因型选种，提出了BLUP法估计育种值等方法，提高了选种效率，加快了选育进展。第三阶段是1986年至今，随着基因工程技术的发展，人们逐步将分子标记技术、DNA重组技术和转基因技术等用于猪的育种领域，由此进入了分子育种与常规育种相结合阶段，进一步提高了育种效率和进度。
[0003]分子标记生物技术是20世纪末人类科技史中最令人瞩目的高新技术之一。其中单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNP)是目前研究和应用最广泛的分子标记。SNP标记包括单个碱基的缺失、插入、转换和颠换，是人类可遗传变异中最为常见的一种，占所有基因多态性的90％以上。SNP通常是一种双等位基因，或多态的变异。SNP在基因组中数量巨大，分布频密，而且其检测易于自动化和批量化，因而被认为是最具应用价值的新一代遗传标记。
[0004]进入21世纪以来，许多家畜如猪、牛等物种的全基因组测序纷纷宣告完成，从而获得了大量的基因组序列信息，并建立了各自物种的基因组数据库。通过生物信息学手段对DNA数据库中的数据进行比较分析，为发现新的SNPs提供了一种便捷的方法，大大提高了研究人员搜寻新SNP的速度，节省了大量人力物力。因此，生物信息学方法手段已成为我们进行分子标记技术研究中必不可少的工具。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于针对猪生长性状的分子育种，提供与猪达100kg体重日龄相关的SNP标记。
[0006]本专利技术提供一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的产品，所述产品为用于检测待测猪基因组中SNP标记rs321528342的多态性或基因型的的物质，所述SNP标记rs321528342为猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体上如序列1所示序列的第151位，其为C或T。
[0007]其中，所述检测SNP标记rs321528342的多态性或基因型的物质如下A1)或A2) 或A3)或A4)：
[0008]A1)用于扩增含有SNP标记rs321528342的DNA片段的引物对；
[0009]A2)含有A1)的PCR试剂；
[0010]A3)含有A1)或A2)的试剂盒；
[0011]A4)用于检测SNP标记rs321528342的多态性或基因型的SNP芯片。
[0012]其中，所述用于扩增含有SNP标记rs321528342的DNA片段的引物对为如下
[0013]UEP_SEQ
‑
1：gggcgCCCTGGCCTTGGCAA(序列2)
[0014]EXT1_SEQ
‑
1：gggcgCCCTGGCCTTGGCAAC(序列3)
[0015]EXT1_SEQ
‑
1：gggcgCCCTGGCCTTGGCAAT(序列4)
[0016]上述的产品在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
[0017]上述的产品在猪育种中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
[0018]本专利技术提供一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中SNP标记rs321528342的基因型，CT基因型猪的达100kg体重日龄小于CC基因型猪的达100kg体重日龄；
[0019]其中，所述SNP标记rs321528342为猪参考基因组10.2中1号染色体上如序列 1所示序列的第151位，其为C或T；
[0020]所述CC基因型为SNP标记rs321528342为CC；
[0021]所述CT基因型为SNP标记rs321528342为CT。
[0022]上述的方法在鉴定或辅助鉴定达100kg体重日龄中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
[0023]上述的方法在猪育种中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
[0024]本专利技术提供一种猪的育种方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中权利要求1 所述SNP标记rs321528342的基因型，选择基因型为CT型的猪进行培育。
[0025]本专利技术采用Sequenom技术进行基因分型，通过关联分析发现了SNP位点rs321528342对猪达100kg体重日龄有显著影响，该位点位于猪ENSSSCG00000004081 基因内。本专利技术发现CT型个体猪达100kg体重日龄显著低于CC型个体。因此，本专利技术提供了一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的方法，可以通过选育 rs330973858核苷酸位点的CT型个体作为种猪，就可以筛选出达100kg体重日龄小的猪群。
[0026]上述猪为约克夏纯种猪。
[0027]上述育种是指培育猪达100kg体重日龄小的猪。
[0028]本专利技术的有益效果在于：本专利技术提供的SNP标记与猪100kg体重日龄相关。该 SNP标记rs321528342位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪1号染色体上，且具有 T/C多态性。该位点处，TC型个体具有更短的100kg体重日龄。因此，可以通过鉴定该SNP标记的不同基因型来筛选更短的100kg体重日龄的种猪，提高养猪企业和整个生猪养殖业的经济效益，具有十分重要的社会价值。
具体实施方式
[0029]下面结合具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本专利技术，而不是为了限制本专利技术的范围。以下提供的实施例可作为本
普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本专利技术的限制。
[0030]下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所
描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0031]实施案例：
[0032]1试验动物来源
[0033]河北衡水种猪场的约克夏纯种猪。
[0034]2提取猪基因组DNA
[0035]采集384头猪耳组织样本，4份/头，其中1份用于个体DNA提取。
[0036]参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，按以下步骤顺序进行DNA 提取：
[0037](1)先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。
[0038](2)采集组织样约100mg置于2mLEP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的产品，所述产品为用于检测待测猪基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质，所述SNP标记为猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体上如序列1所示序列的第151位核苷酸，其为C或T。2.根据权利要求1所述的产品，其特征在于，所述检测SNP标记的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)或A4)：A1)用于扩增含有SNP标记的DNA片段的引物对；A2)含有A1)的PCR试剂；A3)含有A1)或A2)的试剂盒；A4)用于检测SNP标记的多态性或基因型的SNP芯片。3.根据权利要求1所述的产品，其特征在于，所述用于扩增含有SNP标记的DNA片段的成套引物对包括序列为序列2、序列3和序列4所示的DNA分子。4.权利要求1
‑
3任一所述的产品在鉴定或辅助鉴定猪达100kg体...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，姚一龙，易国强，杨亚岚，王柳，
申请(专利权)人：中国农业科学院农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：