急性淋巴性白血病甲基化生物标记物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种急性淋巴性白血病甲基化生物标记物及其应用，本发明专利技术公开了15个用于急性淋巴性白血病诊断的甲基化生物标记物，通过研究这些基因组片段在ALL患者及健康人群中的甲基化修饰差异，发现以上基因组片段组合都能够作为ALL诊断标记物。本发明专利技术联合分析至少1个基因组片段上的多个甲基化胞嘧啶的共甲基化特征作为判断ALL发病的生物标记物准确度高，特异性强，对于ALL的预测、靶向药物开发和伴随诊断、特别是治疗后微小残留病监测(MRD)的筛查诊断意义重大。查诊断意义重大。

【技术实现步骤摘要】
急性淋巴性白血病甲基化生物标记物及其应用


[0001]本专利技术涉及生物医药领域，特别是涉及一种急性淋巴性白血病甲基化生物标记物及其应用。

技术介绍

[0002]急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia，ALL)是淋巴母细胞异常增生引起的恶性克隆性肿瘤，是最常见的发生于儿童的癌症，占儿童全部癌症的26％，占儿童急性白血病的75％
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80％，其中B细胞急性淋巴细胞白血病在儿童所有ALL中占80％，是最为常见的ALL类型。成人ALL患者的发病率较低，约占成人急性白血病的20％。
[0003]正常情况下，骨髓生成的血液干细胞，也叫免疫细胞，将会分化为成熟血细胞。血液干细胞可转化为髓质干细胞和淋巴干细胞两种。其中髓质干细胞将分化为三种成熟血细胞，包括载氧和其他底物到身体不同器官组织的红细胞；起凝血作用的血小板和抗外源感染和疾病的粒细胞(白细胞)。髓质干细胞异常是急性髓性白血病(AML)的主要发病原因；淋巴干细胞首先分化为淋巴母细胞，进而分化为机体生产抗体，抵御外援感染的B淋巴细胞和协助B淋巴细胞产生抗体的T淋巴细胞，以及攻击肿瘤细胞和病毒的自然杀伤细胞。ALL患者大量干细胞转为淋巴母细胞、B淋巴细胞或T淋巴细胞，又称为白血病细胞，他们不能有效的防御外源感染，导致血液和骨髓中白细胞，红细胞和血小板细胞数量降低，引发感染、贫血或出血。对于绝大多数肿瘤，越早发现对于其后续的临床治疗越发简单，患者收益越高。然而，到目前为止，世界上没有特殊的应用于急性淋巴性白血病的检测技术方法，白血病常规检测为骨髓或血液样本显微镜检，通过白细胞等的大小、形状和其他特征对其进行鉴定和分类，最主要的指标是血细胞是否成熟。ALL患者的确诊通常需要骨髓中至少20％的细胞为幼稚细胞，正常情况下，幼稚细胞不超过骨髓细胞的5％。
[0004]另一方面，对于复发难治性白血病患者，存在治疗监测难和预后难等问题，复发治疗极易产生药物抗性，治疗效果逐渐降低。患者用药缓解后微小残留病变(minimal residual disease，MRD)的检测已成为不同肿瘤临床治疗检测研究热点。白血病患者在经过治疗达到完全缓解(CR)后，虽然用常规的形态学方法(放大100倍显微镜观察骨髓)不能检测到的明显的白血病细胞，但体内可能仍然存留少量白血病残留细胞。即使用流式细胞学方法来检测，灵敏度可以达到10
‑4～10
‑5(也就是1万～10万个细胞中可发现1个白血病细胞)，然而却无法检测到更早期的出现细胞形态变化前的细胞。应用分子诊断学方法可以发现更早期的具有基因变异或基因表达差异的白血病细胞，目前临床检测的分子标记物主要集中在细胞遗传学异常，如融合基因和点突变等。但是携带此类细胞遗传学异常和突变异常的患者仅仅占患病人群的一部分。鉴于白血病的复杂性，寻找可用于精确诊断和预后分层的分子标记物具有重要意义。
[0005]国内外大量研究表明，DNA甲基化的异常调控贯穿于肿瘤的发生、发展和预后。血浆游离DNA甲基化不仅与早期肿瘤发生密切相关，而且可分辨组织源性(PMID:29035356、PMID:26392541)。不同基因DNA甲基化分子标记物组合也陆续应用于肿瘤筛查，特别是泛癌
症的早期诊断(CN 111742062 A、CN 109680060 A)。在血液病方面，公开专利技术专利(CN 111647661 A)通过一组特异性基因元件CYP26C1
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DMR，DGKG
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DMR，WT1
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DMR和TRIM40
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DMR的甲基化信息，建立了一种辅助诊断急性髓性白血病的方法，发现AML患者甲基化水平要明显高于正常人，通过logistic回归模型p值判定患者是否发病。此外，公开专利申请(CN111411157 A)和(CN109852672 A)分别通过全基因组甲基化和全基因组CpG位点甲基化捕获测序发现DNA甲基化在幼年型粒单核细胞白血病和急性髓系白血病预后方面呈现一定的特异性。然而在急性淋巴性白血病诊断、治疗以及微小残留病变(MRD)监测方面，DNA甲基化检测分子标记物的鉴定临床意义重大，然而研究相对比较有限。

技术实现思路

[0006]基于此，本专利技术的目的之一在于提供一种用于急性淋巴性白血病检测的甲基化生物标记物或其组合。
[0007]实现上述目的的技术方案如下：
[0008]一种用于急性淋巴性白血病检测的甲基化生物标记物或其组合，包括CG04357841和/或CG00589581，CG05955436，CG07690127，CG08670465，CG11731671，CG12366968，CG14018153，CG15225364，CG15460454，CG17001566，CG19513987，CG21940655，CG23367351，CG23375948中的至少一种。
[0009]在其中一些实施例中，上述甲基化生物标记物组合包括选自CG04357841和CG14018153、CG19513987、CG23367351、CG23375948中的任意至少一种。
[0010]在其中一些实施例中，上述甲基化生物标记物组合包括CG00589581，CG05955436，CG07690127，CG08670465，CG11731671，CG12366968，CG14018153，CG15225364，CG15460454，CG17001566，CG19513987，CG21940655，CG23367351和CG23375948。
[0011]在其中一些实施例中，上述CG04357841的序列如SEQ I D NO.66或其互补序列所示，上述CG00589581的序列如SEQ I D NO.65或其互补序列所示，上述CG05955436的序列如SEQ I D NO.67或其互补序列所示，上述CG07690127的序列如SEQ I D NO.68或其互补序列所示，上述CG08670465的序列如SEQ I D NO.69或其互补序列所示，上述CG11731671的序列如SEQ I D NO.70或其互补序列所示，上述CG12366968的序列如SEQ I D NO.71或其互补序列所示，上述CG14018153的序列如SEQ I D NO.72或其互补序列所示，上述CG15225364的序列如SEQ I D NO.73或其互补序列所示，上述CG15460454的序列如SEQ I D NO.74或其互补序列所示，上述CG17001566的序列如SEQ I D NO.75或其互补序列所示，上述CG19513987的序列如SEQ I D NO.76或其互补序列所示，上述CG21940655的序列如SEQ I D NO.77或其互补序列所示，上述CG23367351的序列如SEQ I D NO.78或其互补序列所示，上述CG23375948的序列如SEQ I D NO.79或其互补序列所示。
[0012]在本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于急性淋巴性白血病检测的甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化生物标记物或其组合包括CG04357841和/或CG00589581，CG05955436，CG07690127，CG08670465，CG11731671，CG12366968，CG14018153，CG15225364，CG15460454，CG17001566，CG19513987，CG21940655，CG23367351，CG23375948中的至少一种。2.根据权利要求1所述甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化生物标记物组合包括选自CG04357841和CG14018153、CG19513987、CG23367351、CG23375948中的任意至少一种。3.根据权利要求2所述甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化生物标记物组合包括CG00589581，CG05955436，CG07690127，CG08670465，CG11731671，CG12366968，CG14018153，CG15225364，CG15460454，CG17001566，CG19513987，CG21940655，CG23367351和CG23375948。4.根据权利要求1所述甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述CG04357841的序列如SEQ ID NO.66或其互补序列所示，所述CG00589581的序列如SEQ ID NO.65或其互补序列所示，所述CG05955436的序列如SEQ ID NO.67或其互补序列所示，所述CG07690127的序列如SEQ ID NO.68或其互补序列所示，所述CG08670465的序列如SEQ ID NO.69或其互补序列所示，所述CG11731671的序列如SEQ ID NO.70或其互补序列所示，所述CG12366968的序列如SEQ ID NO.71或其互补序列所示，所述CG14018153的序列如SEQ ID NO.72或其互补序列所示，所述CG15225364的序列如SEQ ID NO.73或其互补序列所示，所述CG15460454的序列如SEQ ID NO.74或其互补序列所示，所述CG17001566的序列如SEQ ID NO.75或其互补序列所示，所述CG19513987的序列如SEQ ID NO.76或其互补序列所示，所述CG21940655的序列如SEQ ID NO.77或其互补序列所示，所述CG23367351的序列如SEQ ID NO.78或其互补序列所示，所述CG23375948的序列如SEQ ID NO.79或其互补序列所示。5.根据权利要求1
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4任一项所述甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化生物标记物组合包括选自SEQ ID NO.66或其互补序列和SEQ ID NO.72或其互补序列，SEQ ID NO.79或其互补序列，SEQ ID NO.76或其互补序列，以及SEQ ID NO.78或其互补序列中的任意至少一种。6.根据权利要求3所述甲基化生物标记物或其组合，其特征在于，所述DNA甲基化标记物组合包括SEQ ID NO.65
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SEQ ID NO.79所示序列或SEQ ID NO.65
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SEQ ID NO.79的完全互补序列。7.权利要求1
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6任一项所述甲基化生物标记物或其组合在制备检测、分类或预测、治疗监测、预后或其它评价急性淋巴性白血病的试剂盒中的应用。8.一种急性淋巴性白血病检测试剂盒，其特征在于，包括检测权利要求1
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6任一项所述的甲基化生物标记物或其组合的甲基化状态的试剂。9.根据权利要求8所述急性淋巴性白血病检测试剂盒，其特征是在于，所述试剂盒是采
用聚合酶链式反应技术、原位杂交技术、酶学突变检测技术、化学剪切错配技术、质谱分析技术、基因芯片技术或基因测序技术或它们的组合制备而成；所述试剂盒采用的技术优选为包括聚合酶链式反应技术，所述聚合酶链式反应是RT
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【专利技术属性】
技术研发人员：高飞，奚永志，
申请(专利权)人：奚永志，
类型：发明
国别省市：