Fascin-2(FSCN2)变体及其用途制造技术

本公开提供了治疗患有听力损失的受试者的方法、鉴定发展出听力损失的风险增加的受试者的方法，以及检测Fascin

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】Fascin
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2(FSCN2)变体及其用途
[0001]对序列表的引用
[0002]本申请包括作为文本文件以电子方式提交的序列表，所述文本文件命名为18923803802SEQ，于2021年3月4日创建，大小为76千字节。所述序列表以引用的方式并入本文。


[0003]本公开总体上涉及治疗患有听力损失的受试者、鉴定具有增加的发展出听力损失的风险的受试者的方法以及检测FSCN2变体核酸分子和变体多肽的方法。

技术介绍

[0004]听力障碍是人最常见的感觉缺陷，影响了大约15％的美国人。研究表明，大约每1000名婴儿中就有1名出生时有一定程度的耳聋，这会影响他们的语言发育和言语感知(McHugh和Friedman,Anat.Rec.A Discov.MoI.Cell Evol.Biol.,2006,288,370
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381)。听力损失通常对教育、社会交往和职业机会产生负面影响，并且因此与重大的社会和财务成本相关。听力损失对个体的影响可能非常显著(Yoshinaga
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Itano,Otolaryngol Clin.North Am.,1999,32,1089
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1102；Mohr和Feldman,Int.J.Technol.Assess.Health Care,2000,16,1120
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35)。
[0005]听力损失的程度从轻度耳聋到重度耳聋不等。其可以是稳定的，或者听力损失会随着时间而进展。耳聋可在出生时出现或在晚年发展出来。迄今为止，最大的听力损失人群是老年人，其中许多人出现与年龄相关的听力损失或老年性耳聋(Petit，Trends MoI.Med.,2006,12,57
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64)。遗传和环境因素都可能导致耳聋。遗传因素是大多数患有听力损失的儿童和年轻人耳聋的潜在病因。遗传因素在与年龄相关的听力损失中起重要作用。听力损失可能与其他临床特征相关(综合征性听力损失)或是孤立的(非综合征性听力损失)(Petersen和Willems,Clin.Genet.,2006,69,37l
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392)。
[0006]FSCN2是fascin蛋白家族的成员。Fascin在动态细胞延伸中将肌动蛋白交联成丝状束。FSCN2被提出在光感受器盘形态发生中发挥作用。此基因的突变导致常染色体显性色素性视网膜炎和黄斑变性的一种形式。FCSN2似乎在组织肌动蛋白丝阵列的特殊子集中发挥作用，所述肌动蛋白丝阵列包含紧密成束的平行肌动蛋白丝的膜包膜突起，其包括丝状伪足、微绒毛和内耳静纤毛。这些突起增强了细胞转导胞外信号和运输必需代谢物的能力。内耳感觉毛细胞的静纤毛是肌动蛋白突起的特别夸张的实例。数十至数百个耦合的静纤毛构成了将声音或头部运动转换成电信号的毛束(内耳中的细胞器)。已报道FSCN2在毛细胞中含量丰富，并且受到发育调节，在伸长的最后阶段出现在内毛细胞静纤毛中。晚期表达和与钙粘蛋白23的遗传相互作用表明FSCN2在发育后稳定静纤毛方面起关键作用。

技术实现思路

[0007]本公开提供了鉴定发展出听力损失的风险增加的受试者的方法，其中所述方法包
括：确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码人FSCN2多肽的FSCN2预测功能丧失变体核酸分子；其中：当受试者是FSCN2参考时，则受试者发展出听力损失的风险不增加；并且当受试者对于FSCN2预测功能丧失变体是杂合的或者对于FSCN2预测功能丧失变体是纯合的时，则受试者发展出听力损失的风险增加。
[0008]本公开还提供了用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失，所述方法包括以下步骤：通过如下方式确定受试者是否具有编码人FSCN2多肽的FSCN2预测功能丧失变体核酸分子：获得或已经获得来自受试者的生物样品；和对生物样品进行或已经进行序列分析以确定受试者是否具有包含FSCN2预测功能丧失变体核酸分子的基因型；以及当受试者是FSCN2参考时，则以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂；以及当受试者对于FSCN2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，则以等于或大于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂；其中具有编码人FSCN2多肽的FSCN2预测功能丧失变体核酸分子的基因型的存在指示受试者发展出听力损失的风险增加。
[0009]本公开还提供了检测受试者中人FSCN2变体核酸分子的方法，所述方法包括测定从受试者获得的样品以确定样品中的核酸分子是否是：i)包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；ii)包含以下的核苷酸序列的mRNA分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或iii)包含以下的核苷酸序列的cDNA分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0010]本公开还提供了检测人FSCN2变体多肽的存在的方法，所述方法包括对从受试者获得的样品进行测定以确定样品中的FSCN2蛋白是否包含在对应于根据SEQ ID NO:17的第138位的位置处的酪氨酸，或在对应于根据SEQ ID NO:18的第138位的位置处的酪氨酸。
[0011]本公开还提供了治疗或抑制听力损失的治疗剂，其用于治疗具有以下的受试者的听力损失：i)具有编码人FSCN2多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；ii)具有编码人FSCN2多肽的核苷酸序列的mRNA分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或iii)具有编码人FSCN2多肽的核苷酸序列的cDNA分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】ID NO:14的第553位或其互补物；或根据SEQ ID NO:22的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中的所述FSCN2 cDNA分子的所述测序部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述FSCN2 cDNA分子是FSCN2预测功能丧失变体cDNA分子。7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述FSCN2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置；b)将所述引物至少延伸通过所述FSCN2基因组核酸分子的核苷酸序列的对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶。8.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述FSCN2 mRNA分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据SEQ ID NO:6的第548位、根据SEQ ID NO:7的第469位、根据SEQ ID NO:8的第553位或根据SEQ ID NO:20的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述FSCN2 mRNA分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:6的第548位、根据SEQ ID NO:7的第469位、根据SEQ ID NO:8的第553位或根据SEQ ID NO:20的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶。9.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述FSCN2 cDNA分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据SEQ ID NO:12的第548位、根据SEQ ID NO:13的第469位、根据SEQ ID NO:14的第553位或根据SEQ ID NO:22的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述FSCN2 cDNA分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:12的第548位、根据SEQ ID NO:13的第469位、根据SEQ ID NO:14的第553位或根据SEQ ID NO:22的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。10.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人FSCN2多肽的所述核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；
c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人FSCN2多肽的所述核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。12.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人FSCN2多肽的所述核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述受试者对于FSCN2预测功能丧失变体是杂合或纯合的，并且向所述受试者进一步施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。14.一种用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失，所述方法包括以下步骤：通过如下方式确定所述受试者是否具有编码人Fascin
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2(FSCN2)多肽的FSCN2预测功能丧失变体核酸分子：
获得或已经获得来自所述受试者的生物样品；以及对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含所述FSCN2预测功能丧失变体核酸分子的基因型；以及当所述受试者是FSCN2参考时，则以标准剂量量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或抑制听力损失的治疗剂；以及当所述受试者对于FSCN2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，则以等于或大于标准剂量量的量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或抑制听力损失的治疗剂；其中具有编码所述人FSCN2多肽的所述FSCN2预测功能丧失变体核酸分子的基因型的存在指示所述受试者发展出听力损失的风险增加。15.根据权利要求14所述的方法，其中所述FSCN2预测功能丧失变体核酸分子是编码FSCN2 H138Y多肽的核酸分子。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述FSCN2预测功能丧失变体核酸分子是：具有以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶；具有以下的核苷酸序列的mRNA分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶；或由mRNA分子产生的cDNA分子，其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的胸腺嘧啶。17.根据权利要求15或权利要求16所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述FSCN2基因组核酸分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置或其互补物；其中当所述生物样品中所述FSCN2基因组核酸分子的所述测序部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述FSCN2基因组核酸分子是FSCN2预测功能丧失变体基因组核酸分子。18.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述FSCN2 mRNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:6的第548位或其互补物；根据SEQ ID NO:7的第469位或其互补物；根据SEQ ID NO:8的第553位或其互补物；或根据SEQ ID NO:20的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中所述FSCN2 mRNA分子的所述测序部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:20的第567位的位置处的尿嘧啶时，则所述生物样品中的所述FSCN2 mRNA分子是FSCN2预测功能丧失mRNA分子。19.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样
品中的所述FSCN2 cDNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:12的第548位或其互补物；根据SEQ ID NO:13的第469位或其互补物；根据SEQ ID NO:14的第553位或其互补物；或根据SEQ ID NO:22的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中的所述FSCN2 cDNA分子的所述测序部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据SEQ ID NO:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述FSCN2 cDNA分子是FSCN2预测功能丧失变体cDNA分子。20.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述FSCN2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置；b)将所述引物至少延伸通过所述FSCN2基因组核酸分子的核苷酸序列的对应于根据SEQ ID NO:2的第548位的位置；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含在对应于根据SEQ ID NO:2的第54...

【专利技术属性】
技术研发人员：K，
申请(专利权)人：雷杰纳荣制药公司，
类型：发明
国别省市：