对脆弱类杆菌特异性的1种以上的引物或探针制造技术

[问题]通过避免非特异性地取得来源于脆弱类杆菌以外的生物(例如，其他的近缘的拟杆菌属细菌、人类等宿主)的信息，而特异性地检测脆弱类杆菌。[解决手段]能够检测3

【技术实现步骤摘要】
对脆弱类杆菌特异性的1种以上的引物或探针


[0001]本专利技术涉及对脆弱类杆菌特异性的1种以上的引物或探针等。

技术介绍

[0002]在比较特定的细菌种的组成、其比例时，通常使用以16S rRNA为对象的测序解析和霰弹枪宏基因组解析等全面性解析的数据。但是，全面性解析不仅需要巨大的成本、复杂的信息解析工序，还存在会非特异性地取得来源于检测对象外的生物(例如，近缘种、宿主)的信息的问题。
[0003]此外，由于16S rRNA在细菌基因组中存在多个拷贝，因此存在基于16S rRNA的检测的测定值是细菌量乘以该拷贝数所得的值的问题。
[0004]实际上，已被报道的16S rRNA基因的检测体系被认为会非特异性地检测多种细菌，此外，也有报告称基于以16S rRNA基因为对象的定量性PCR(qPCR)的定量性测定值是实际细菌数的数倍(专利文献1和2、以及非专利文献1)。
[0005]现有技术文献
[0006]专利文献
[0007][专利文献1]日本特开2006
‑
149400号公报
[0008][专利文献2]国际公开第2011/017013号
[0009]非专利文献
[0010][非专利文献1]Matsuda et al.，APPLIED AND ENVIRONMENTAL MI CROBIOLOGY，2007，Vol.73，No.1，p.32
‑
39

技术实现思路

[0011]本专利技术所解决的技术问题r/>[0012]脆弱类杆菌(Bacteroides fragilis)是构成人类正常的肠内细菌丛的主要细菌之一，已知其根据健康状态有时会成为疾病的原因，也具有对免疫进行调节而抑制肠道炎症的良好效果，是被认为是机会性细菌的细菌。因此，人类肠内等中存在的脆弱类杆菌的量被认为作为用于评价生体环境的一个指标是有用的。脆弱类杆菌的量可以通过测定人类粪便等样品中存在的脆弱类杆菌的量而间接地确定。因此，需要针对粪便等人类样品中存在的脆弱类杆菌的特异性的检测和定量。
[0013]本专利技术的目的在于：通过避免非特异性地取得来源于脆弱类杆菌以外的生物(例如，其他近缘的拟杆菌属细菌、人类等宿主)的信息，而特异性地检测脆弱类杆菌。
[0014]本专利技术的另一目的在于：在定量性PCR(qPCR)等定量性方法中，以更精确地反映实际的细菌数的方式，对脆弱类杆菌进行定量性检测。
[0015]解决技术问题的技术手段
[0016]本专利技术者们经过深入研究的结果，想到：通过使用以脆弱类杆菌中特异性的并且只能认为为单拷贝的基因为检测对象的核酸分子，能够解决所述问题。基于该构思，本专利技术
者们通过在脆弱类杆菌中确定这样的基因，而成功地提供以这样的基因为检测对象的核酸分子，并且成功地实际使用这样的核酸分子对脆弱类杆菌进行定量性检测等，由此完成了本专利技术。
[0017]即，本专利技术如下。
[0018][1][0019]一种引物或探针，其为能够检测选自下述1)～49)中的1种以上的基因的、对脆弱类杆菌特异性的1种以上的引物或探针：
[0020]1)3
‑
羰基
‑5‑
α
‑
类固醇4
‑
脱氢酶1(KO编号：K12343)；
[0021]2)CRP/FNR家族转录调节因子，多糖利用系转录调节因子(KO编号：K21556)；
[0022]3)软骨素AC裂解酶(KO编号：K19049)；
[0023]4)二肽基
‑
肽酶III(KO编号：K01277)；
[0024]5)α
‑
N
‑
乙酰氨基葡萄糖苷酶(KO编号：K01205)；
[0025]6)(R)
‑
柠苹酸合酶(KO编号：K09011)；
[0026]7)α
‑
淀粉酶(KO编号：K07405)；
[0027]8)4
‑
O
‑
β
‑
D
‑
甘露糖基
‑
D
‑
葡萄糖磷酸化酶(KO编号：K16212)；
[0028]9)N
‑
乙酰氨基葡萄糖2
‑
差向异构酶(KO编号：K01787)；
[0029]10)葡聚糖1,4
‑
α
‑
葡萄糖苷酶(KO编号：K21574)；
[0030]11)β
‑
1,4
‑
甘露寡糖/β
‑
1,4
‑
甘露糖基
‑
N
‑
乙酰氨基葡萄糖磷酸化酶(KO编号：K18785)；
[0031]12)淀粉结合外膜蛋白SusE/F(KO编号：K21571)；
[0032]13)甘露聚糖内切
‑
1,4
‑
β
‑
甘露糖苷酶(KO编号：K19355)；
[0033]14)2,3
‑
二磷酸甘油酸
‑
非依赖性磷酸甘油酸变位酶(KO编号：K15635)；
[0034]15)N
‑
琥珀酰
‑
L
‑
鸟氨酸转氨甲酰酶(KO编号：K13043)；
[0035]16)TonB
‑
依赖性淀粉结合外膜蛋白SusC(KO编号：K21573)；
[0036]17)UDP
‑3‑
O
‑
[3
‑
羟基肉豆蔻酰基]N
‑
乙酰氨基葡萄糖脱乙酰酶/3
‑
羟基酰基
‑
[酰基
‑
载体
‑
蛋白质]脱水酶(KO编号：K16363)；
[0037]18)细胞色素c亚硝酸还原酶小亚基(KO编号：K15876)；
[0038]19)组氨酸脱羧酶(KO编号：K01590)；
[0039]20)未表征的蛋白质(KO编号：K07079)；
[0040]21)二磷酸
‑
依赖性磷酸果糖激酶(KO编号：K00895)；
[0041]22)二氨基二酸脱氢酶(KO编号：K03340)；
[0042]23)未表征的蛋白质(KO编号：K01163)；
[0043]24)唾液酸O
‑
乙酰酯酶(KO编号：K05970)；
[0044]25)天冬氨酸4
‑
脱羧酶(KO编号：K09758)；
[0045]26)透明质酸氨基葡萄糖苷酶(KO编号：K01197)；
[0046]27)三角蛋白酶(KO编号：K08676)；
[0047]28)阿拉伯聚糖内切
‑
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种引物或探针，其为能够检测选自下述1)～49)中的1种以上的基因的、对脆弱类杆菌特异性的1种以上的引物或探针：1)3
‑
羰基
‑5‑
α
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类固醇4
‑
脱氢酶1(KO编号：K12343)；2)CRP/FNR家族转录调节因子，多糖利用系转录调节因子(KO编号：K21556)；3)软骨素AC裂解酶(KO编号：K19049)；4)二肽基
‑
肽酶III(KO编号：K01277)；5)α
‑
N
‑
乙酰氨基葡萄糖苷酶(KO编号：K01205)；6)(R)
‑
柠苹酸合酶(KO编号：K09011)；7)α
‑
淀粉酶(KO编号：K07405)；8)4
‑
O
‑
β
‑
D
‑
甘露糖基
‑
D
‑
葡萄糖磷酸化酶(KO编号：K16212)；9)N
‑
乙酰氨基葡萄糖2
‑
差向异构酶(KO编号：K01787)；10)葡聚糖1,4
‑
α
‑
葡萄糖苷酶(KO编号：K21574)；11)β
‑
1,4
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甘露寡糖/β
‑
1,4
‑
甘露糖基
‑
N
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乙酰氨基葡萄糖磷酸化酶(KO编号：K18785)；12)淀粉结合外膜蛋白SusE/F(KO编号：K21571)；13)甘露聚糖内切
‑
1,4
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β
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甘露糖苷酶(KO编号：K19355)；14)2,3
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二磷酸甘油酸
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非依赖性磷酸甘油酸变位酶(KO编号：K15635)；15)N
‑
琥珀酰
‑
L
‑
鸟氨酸转氨甲酰酶(KO编号：K13043)；16)TonB
‑
依赖性淀粉结合外膜蛋白SusC(KO编号：K21573)；17)UDP
‑3‑
O
‑
[3
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羟基肉豆蔻酰基]N
‑
乙酰氨基葡萄糖脱乙酰酶/3
‑
羟基酰基
‑
[酰基
‑
载体
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蛋白质]脱水酶(KO编号：K16363)；18)细胞色素c亚硝酸还原酶小亚基(KO编号：K15876)；19)组氨酸脱羧酶(KO编号：K01590)；20)未表征的蛋白质(KO编号：K07079)；21)二磷酸
‑
依赖性磷酸果糖激酶(KO编号：K00895)；22)二氨基二酸脱氢酶(KO编号：K03340)；23)未表征的蛋白质(KO编号：K01163)；24)唾液酸O
‑
乙酰酯酶(KO编号：K05970)；25)天冬氨酸4
‑
脱羧酶(KO编号：K09758)；26)透明质酸氨基葡萄糖苷酶(KO编号：K01197)；27)三角蛋白酶(...

【专利技术属性】
技术研发人员：汤原悟志，中林武尊，
申请(专利权)人：合同会社予幸集团中央研究所，
类型：发明
国别省市：