一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组，包括DNA探针组、RNA探针组和RNA反转录引物组。本发明专利技术能够在单管内同时检测单个样本中10至53个基因的SNV，InDel，Fusion；检测性能好，特异性高于现有捕获法技术同时探针均一性又高于多重PCR技术；价格更低可操作性更强，DNA与RNA在1管内共检测体系，降低实验的成本，缩短实验步骤。缩短实验步骤。缩短实验步骤。

【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组及其应用。

技术介绍

[0002]白血病(leukemia)是起源于造血干细胞的恶性克隆性疾病，受累细胞(白血病细胞)出现增殖失控、分化障碍、凋亡受阻，大量蓄积于骨髓和其他造血组织，从而抑制骨髓正常造血功能并浸润淋巴结、肝、脾等组织器官。根据白血病细胞的分化成熟程度和自然病程，将白血病分为急性(AL)和慢性(CL)两大类。
[0003]根据主要受累的细胞系列可将AL分为急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia，ALL)和急性髓系白血病(acute myeloge
‑
nous leukemia，AML)。CL则分为慢性髓系白血病(chronic myelogenous leukemia，CML)、慢性淋巴细胞白血病(chronic lymphocytic leukemia，CLL)及少见类型的白血病如：毛细胞白血病、幼淋巴细胞白血病等。
[0004]我国白血病发病率为(3～4)/10万。在恶性肿瘤所致的死亡率中，白血病居第6位(男)和第7位(女)；儿童及35岁以下成人中，则居第1位。我国AL比CL多见(约5.5∶1)，其中急性髓系白血病最多(1.62/10万)，其次为急性淋巴细胞白血病(0.69/10万)，CML(0.39/10万)，CL少见(0.05/10万)。男性发病率略高于女性(1.81∶1)。成人急性白血病中以急性髓系白血病多见，儿童以急性淋巴细胞白血病多见。慢性髓系白血病随年龄增长而发病率逐渐升高。慢性淋巴细胞白血病在50岁以后发病才明显增多。
[0005]当前市场检测产品主要基于FISH、qPCR、Sanger与NGS的技术，由于白血病用药相关的靶向基因有FLT3，IDH1，IDH2等，其中FLT3
‑
ITD(内部串联重复)的突变种类繁多且突变位置不固定，因此无法用Sanger的方法完全解决，同时白血病中的突变涵盖了多个基因的点突变(SNV)，插入缺失突变(InDel)，融合突变(Fusion)，qPCR在做多基因的检测时存在很大的技术壁垒，FISH检测的突变类型较少，无法涵盖临床所有的需求。而基于NGS平台的产品基于捕获与多重PCR技术的产品较少，因为捕获技术存在操作复杂且成本高，多重PCR的技术又存在特异性及均一性差浪费数据量的问题。

技术实现思路

[0006]本专利技术目的在于克服现有技术缺陷，提供一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组。
[0007]本专利技术的另一目的在于提供一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测试剂盒。
[0008]本专利技术的再一目的在于提供上述探针引物组在制备基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测试剂盒中的应用。
[0009]本专利技术的技术方案如下：
[0010]一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组，包括DNA探针组、RNA探针组和RNA反转录引物组，其中，
[0011]DNA探针组包括如SEQ ID NO.0059至0066、SEQ ID NO.0102至0131、SEQ ID NO.0158至0172、SEQ ID NO.0244至0280、SEQ ID NO.0285至0293、SEQ ID NO.0520至0625和SEQ ID NO.0821至0836所示的序列，且该DNA探针组中的序列均磷酸化；
[0012]RNA探针组包括如SEQ ID NO.1077、SEQ ID NO.1082至1168、SEQ ID NO.1170至1171、SEQ ID NO.1174、SEQ ID NO.1176、SEQ ID NO.1184至1186、SEQ ID NO.1188至1198、SEQ ID NO.1201、SEQ ID NO.1203至1221、SEQ ID NO.1234至1238、SEQ ID NO.1249至1252、SEQ ID NO.1266、SEQ ID NO.1271至1357、SEQ ID NO.1359至1360、SEQ ID NO.1363、SEQ ID NO.1365、SEQ ID NO.1373至1375、SEQ ID NO.1377至1387、SEQ ID NO.1390、SEQ ID NO.1392至1410、SEQ ID NO.1423至1427和SEQ ID NO.1438至1441所示的序列；SEQ ID NO.1077、SEQ ID NO.1082至1168、SEQ ID NO.1170至1171、SEQ ID NO.1174、SEQ ID NO.1176、SEQ ID NO.1184至1186、SEQ ID NO.1188至1198、SEQ ID NO.1201、SEQ ID NO.1203至1221、SEQ ID NO.1234至1238和SEQ ID NO.1249至1252所示的序列中，从5
’
端开始的六个核苷酸均有硫代修饰；SEQ ID NO.1266、SEQ ID NO.1271至1357、SEQ ID NO.1359至1360、SEQ ID NO.1363、SEQ ID NO.1365、SEQ ID NO.1373至1375、SEQ ID NO.1377至1387、SEQ ID NO.1390、SEQ ID NO.1392至1410、SEQ ID NO.1423至1427和SEQ ID NO.1438至1441所示的序列均磷酸化，且从3
’
端开始的六个核苷酸均有硫代修饰；
[0013]RNA反转录引物组包括如SEQ ID NO.1455、SEQ ID NO.1460至1546、SEQ ID NO.1548至1549、SEQ ID NO.1552、SEQ ID NO.1554、SEQ ID NO.1562至1564、SEQ ID NO.1566至1576、SEQ ID NO.1579、SEQ ID NO.1581至1599、SEQ ID NO.1612至1616和SEQ ID NO.1627至1630所示的序列。
[0014]在本专利技术的一个优选实施方案中，
[0015]所述DNA探针组包括如SEQ ID NO.0001至0008、SEQ ID NO.0059至0082、SEQ ID NO.0102至0131、SEQ ID NO.0158至0172、SEQ ID NO.0184至0280、SEQ ID NO.0285至0293、SEQ ID NO.0296至0302、SEQ ID NO.0346至0351、SEQ ID NO.0355至0459、SEQ ID NO.0520至0640、SEQ ID NO.0692至0836、SEQ ID NO.0850至1001和SEQ ID NO.1026至1074所示的序列，且该DNA探针组中的序列均磷酸化；...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组，其特征在于：包括DNA探针组、RNA探针组和RNA反转录引物组，其中，DNA探针组包括如SEQ ID NO.0059至0066、SEQ ID NO.0102至0131、SEQ ID NO.0158至0172、SEQ ID NO.0244至0280、SEQ ID NO.0285至0293、SEQ ID NO.0520至0625和SEQ ID NO.0821至0836所示的序列，且该DNA探针组中的序列均磷酸化；RNA探针组包括如SEQ ID NO.1077、SEQ ID NO.1082至1168、SEQ ID NO.1170至1171、SEQ ID NO.1174、SEQ ID NO.1176、SEQ ID NO.1184至1186、SEQ ID NO.1188至1198、SEQ ID NO.1201、SEQ ID NO.1203至1221、SEQ ID NO.1234至1238、SEQ ID NO.1249至1252、SEQ ID NO.1266、SEQ ID NO.1271至1357、SEQ ID NO.1359至1360、SEQ ID NO.1363、SEQ ID NO.1365、SEQ ID NO.1373至1375、SEQ ID NO.1377至1387、SEQ ID NO.1390、SEQ ID NO.1392至1410、SEQ ID NO.1423至1427和SEQ ID NO.1438至1441所示的序列；SEQ ID NO.1077、SEQ ID NO.1082至1168、SEQ ID NO.1170至1171、SEQ ID NO.1174、SEQ ID NO.1176、SEQ ID NO.1184至1186、SEQ ID NO.1188至1198、SEQ ID NO.1201、SEQ ID NO.1203至1221、SEQ ID NO.1234至1238和SEQ ID NO.1249至1252所示的序列中，从5
’
端开始的六个核苷酸均有硫代修饰；SEQ ID NO.1266、SEQ ID NO.1271至1357、SEQ ID NO.1359至1360、SEQ ID NO.1363、SEQ ID NO.1365、SEQ ID NO.1373至1375、SEQ ID NO.1377至1387、SEQ ID NO.1390、SEQ ID NO.1392至1410、SEQ ID NO.1423至1427和SEQ ID NO.1438至1441所示的序列均磷酸化，且从3
’
端开始的六个核苷酸均有硫代修饰；RNA反转录引物组包括如SEQ ID NO.1455、SEQ ID NO.1460至1546、SEQ ID NO.1548至1549、SEQ ID NO.1552、SEQ ID NO.1554、SEQ ID NO.1562至1564、SEQ ID NO.1566至1576、SEQ ID NO.1579、SEQ ID NO.1581至1599、SEQ ID NO.1612至1616和SEQ ID NO.16...

【专利技术属性】
技术研发人员：洪强，金保雷，殷子强，傅烨霖，赵静波，董华，郑方克，罗捷敏，郑立谋，
申请(专利权)人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：