一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法技术

本发明专利技术涉及鱼类遗传育种技术领域，公开了一种黄鳍棘鲷SNP标记，包括46对引物组；还公开了筛选方法。本发明专利技术首次在黄鳍棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP分子标记，为黄鳍棘鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种、亲子鉴定等研究提供了强有力的工具，弥补了现有技术中黄鳍棘鲷SNP分子标记的缺乏；同时筛选检测过程简便、快捷、高效，节约了人力和成本。节约了人力和成本。

【技术实现步骤摘要】
一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法


[0001]本专利技术涉及鱼类遗传育种
，具体涉及一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法。

技术介绍

[0002]黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)隶属于鱼纲Pisces、鲈形目Perciformes、鲷科Sparidae、棘鲷属Acanthopagrus，广泛分布于红海、阿拉伯海、印度洋、西太平洋沿岸和中国台湾、福建、广东、广西沿海。黄鳍棘鲷生活于近岸海域及河口湾，杂食性，是一种重要的经济鱼类，黄鳍棘鲷养殖周期偏长，极大限制了渔民养殖该品种的热情。近年来，由于环境污染、过度捕捞等导致黄鳍棘鲷自然种群严重衰退、种质严重退化，同时黄鳍棘鲷养殖群体的近亲繁殖、小规格亲本人工育苗等原因，导致黄鳍棘鲷养殖种质严重退化，抗病力减弱，养殖性能下降。以上问题严重制约了黄鳍棘鲷养殖业的持续健康发展。
[0003]目前在黄鳍棘鲷遗传育种方面开展的工作较少，朱克诚等人利用微卫星亲子鉴定技术手段筛选的微卫星标记能为黄鳍棘鲷增殖放流、种群选育和分子辅助家系管理提供基础信息；吴仁协等人开发的47个高多态性的黄鳍棘鲷微卫星标记可以为鲷科鱼类的种群遗传学分析提供标记来源。此外，还有学者筛选了少量与黄鳍棘鲷生长相关的单核苷酸多态性(Single
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nucleotide polymorphisms，SNPs)位点。目前随着测序技术的飞速发展，大量的SNP应用到了水产动物中，如鲷科鱼类的二长棘鲷(Parargyrops edita)、黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)、金头鲷(Sparus aurata)等，这些SNPs具有高多态性、分布广泛等众多优点，在鲷科鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景，但目前还未见大批量的黄鳍棘鲷SNP位点筛选的报道。

技术实现思路

[0004]基于以上问题，本专利技术提供一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法，本专利技术首次在黄鳍棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP标记，为其家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种等研究提供了强有力的工具。
[0005]为解决以上技术问题，本专利技术提供了一种黄鳍棘鲷SNP标记，包括46对引物组。
[0006]为解决以上技术问题，本专利技术还提供了利用SNP标记筛选黄鳍棘鲷的方法，具体步骤如下：
[0007]S1：提取黄鳍棘鲷基因组DNA；
[0008]S2：利用46对引物组对步骤S1中的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增反应体系为10μL体系，具体包括：100ng/μL的基因组DNA0.5μL，Buffer 1μL，dNTP 0.15μL，Taq酶0.15μL，ddH2O 7.6μL，正反向引物均为0.3μL；
[0009]PCR扩增反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸40s，30个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存；
[0010]S3：对步骤S2中的PCR扩增反应产物进行检测分析。
[0011]与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：本专利技术首次在黄鳍棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP分子标记，为黄鳍棘鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种、亲子鉴定等研究提供了强有力的工具，弥补了现有技术中黄鳍棘鲷SNP分子标记的缺乏；同时筛选检测过程简便、快捷、高效，节约了人力和成本。
具体实施方式
[0012]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚明白，下面结合实施例，对本专利技术作进一步的详细说明，本专利技术的示意性实施方式及其说明仅用于解释本专利技术，并不作为对本专利技术的限定。
[0013]实施例：
[0014]本实施例通过提取黄鳍棘鲷样品的基因组DNA来建立测序文库，采用Illumina HiSeq测序平台进行简化基因组测序，获得黄鳍棘鲷原始序列，将获得的原始序列去除接头并进行质量过滤后获得高质量序列，使用Trinity软件对高质量序列进行从头组装，得到890,134,500bp黄鳍棘鲷Clean Base。有效测序数据通过BWA软件(参数：mem
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M)比对到参考基因组，比对结果经SAMTOOLS去除重复(参数：rmdup)。采用SAMTOOLS等软件对20个样本进行群体SNP的检测，SAMTOOLS软件检测公共的SNP位点，经过滤，最后获得高质量的SNP位点用于后续分析，对于所有的SNP位点，利用Primer 5.0软件设计出38200对引物。紧接着使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取黄鳍棘鲷鳍条的DNA，随机选取100对上述特异性引物对提取的DNA进行PCR扩增，检测扩增的PCR产物的多态性，PCR产物的多态性利用直接测序法，根据相应位置的碱基来判定基因型，最终筛选出如表1所示的46对具有多态性位点的扩增引物组，获得黄鳍棘鲷微卫星标记，其中46对引物组的引物序列及核苷酸序列表位置均示于表1中，其中引物组1～引物组46的扩增序列大小分别为557bp、887bp、572bp、817bp、561bp、516bp、785bp、839bp、586bp、571bp、640bp、505bp、529bp、645bp、547bp、552bp、502bp、835bp、658bp、562bp、741bp、901bp、719bp、501bp、593bp、872bp、511bp、500bp、538bp、641bp、507bp、503bp、520bp、517bp、722bp、524bp、652bp、654bp、851bp、588bp、706bp、505bp、809bp、518bp、657bp、721bp。
[0015]表1 46对具有多态性位点的扩增引物组
[0016][0017][0018][0019]上述46对引物针对112个位点(ALSNP1
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ALSNP112)进行扩增，每对引物组均包括一正向引物和一反向引物。在上述黄鳍棘鲷SNP分子标记的筛选方法中，PCR扩增的反应体系为10μL，包括100ng/μL基因组DNA 0.5μL、Buffer 1μL、dNTP 0.15μL、Taq酶0.15μL、ddH2O 7.6μL、正反向引物均为0.3μL。PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸40s，30个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存。
[0020]本实施例进行了遗传多样性分析，选取上述最具多态性的46对引物组对阳江的黄鳍棘鲷野生群体进行遗传多样性分析。根据直接测序法得到相应位置的碱基，来确定基因型，之后使用Arlequin version 3.5软件统计各标记在野生群体的等位基因数(NA)，观测杂合度(HO)，期望杂合度(HE)，最小等位基因频率(Minor allele frequency，MAF)，并进行哈迪
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温伯格平衡(HWE)检验；使用Fstat2.93计算各标记在各样本的遗传分化程度(FIS)；使用PIC_CALC 0.本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种黄鳍棘鲷SNP标记，其特征在于，包括如下表所示的46对引物组及对应的引物序列和核苷酸序列表位置：
2.利用权利要求1所述的SNP标记筛选黄鳍棘鲷的方法，其特征在于，具体步骤如下：S1：提取黄鳍棘鲷基因组DNA；S2：利用46对引物组对步骤S1中的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增反应体系为10μL体系，具体包括：100ng/μL的...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱克诚，李勇，张殿昌，于方兆，刘宝锁，罗志平，郭华阳，张楠，郭梁，
申请(专利权)人：珠海市现代农业发展中心珠海市金湾区台湾农民创业园管理委员会，珠海市农渔业科研与推广中心，
类型：发明
国别省市：