检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂、试剂盒和应用制造技术

本发明专利技术提供了检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂、试剂盒和应用，属于山羊分子育种技术领域，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SNP分子标记自5

【技术实现步骤摘要】
检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂、试剂盒和应用


[0001]本专利技术属于山羊分子育种
，尤其涉及检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂、试剂盒和应用。

技术介绍

[0002]PRDM16基因(PR结构域蛋白16)又称MELI，而MELIS为MELI基因表达的另一蛋白产物，但MELIS缺少了PR结构域(PRD)，该结构对于PRDM16功能的发挥具有重要作用。PRDM16基因存在高度同源性，该基因位于人类1号染色体上，是PR结构域家族中第16个成员。人类的PRDM16蛋白由1276个氨基酸组成。许多研究表明，PRDM16是棕色脂肪细胞分化过程中的重要转录调控因子，在维持棕色脂肪细胞的特殊形态(如脂滴和线粒体的形成)、促进关联基因的表达过程中具有重要作用，并最终影响关联基因的产热功能。
[0003]詹芳芳等研究发现PRDM16基因rs2651899位点的等位基因A以及单倍体型AAT可能是超重肥胖发生的危险因素，单倍体型GAC、GCT可能是超重肥胖发生的保护因素，表明PRDM16基因变异与超重肥胖遗传机制具有一定关联性(詹芳芳,刘莉,戚敏杰,卢明,平智广.PRDM16基因rs2651899、rs2236518、rs2282198位点多态性与超重肥胖的关系[J].郑州大学学报(医学版),2015,50(03):354
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358.DOI:10.13705/j.issn.1671
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6825.2015.03.012.)。Harms等研究发现，小鼠体内去甲肾上腺素激活棕色脂肪细胞产热过程中，PRDM16的缺失能影响小鼠耗氧量的降低，导致小鼠瘦肉比率、体重和体长的下降(Harms M J，Ishibashi J，Wang W，et al.Prdm16 is required forthe maintenance of brown adipocyte identity and function in adult mice[J].Cell Metabolism，2014，19(4):593
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604.)。Han等研究发现鸡PRDM16基因核苷酸变异与心重、肝重和小腿长等性状显著相关(Han R L，WeiY，Kang X，et al.Novel SNPs in the PRDM16 gene and their associations with performance traits in chickens[J].Molecular Biology Reports，2012，39(3):3153
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3160.)。Wang等研究发现，PRDM16基因变异与牛的体重和日增重显著相关，但山羊PRDM16基因相关的研究尚未见报道(Wang J，Wang C，Tian R，et al.Sequence variants in the bovine PRDM16 gene associated with body weight in Chinese cattle breeds[J].Genetics&Molecular Research Gmr，2012，11(1):746
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755)。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂、试剂盒和应用；所述分子标记自5
’
端起的第342bp处存在A/G碱基突变，并且存在基因型AG的群体在胸围体尺性状中均显著高于AA和GG型群体，表明等位基因A和等位基因G可能存在互作影响，杂合型具有更高的胸围指标，因此基因型AG可作为白山羊胸围体尺性状的优势基因予以应用。
[0005]本专利技术提供了一种检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂，所述SNP分
子标记为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SNP分子标记自5
’
端起的第342bp处存在A/G碱基突变。
[0006]优选的，所述试剂包括引物组，所述引物组包括如SEQ ID NO.2所示的上游引物F和如SEQ ID NO.3所示的下游引物R。
[0007]优选的，所述白山羊为贵州白山羊。
[0008]优选的，所述白山羊体尺性状为胸围。
[0009]本专利技术提供了一种检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂盒，包括所述的引物组和检测试剂。
[0010]优选的，所述检测试剂包括2
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Taq PCR Star Mix。
[0011]本专利技术提供了所述的试剂、所述的试剂盒在白山羊遗传育种中的应用。
[0012]优选的，所述应用为用所述的试剂、所述的试剂盒对待筛选的白山羊的基因组DNA进行PCR扩增，获得扩增产物后测序，筛选SNP分子标记的基因型为AG的白山羊为高胸围指标的白山羊。
[0013]优选的，所述PCR扩增的扩增体系，以25μL计，包括以下组分2
×
Taq PCR Star Mix 12.50μL，ddH2O 8.75μL，10pmol/L的上游引物F 1.25μL，10pmol/L的下游引物R 1.25μL，基因组DNA 1.25μL。
[0014]优选的，所述PCR扩增的扩增程序如下：94℃预变性5min；94℃变性30s，61℃退火30s，72℃延伸30s，37个循环；72℃终延伸5min；10℃保持。
[0015]与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：本专利技术提供的与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记自5
’
端起的第342bp处存在A/G碱基突变，且发现该变异对贵州白山羊胸围体尺性状具有显著影响(P<0.05)，存在等位基因A具有更高的胸围指标，杂合基因型AG较纯合型具有更高的胸围指标，可作为优势候选基因标记位点运用到贵州白山羊分子标记遗传育种实践中。
附图说明
[0016]图1为PCR产物琼脂糖检测结果，其中M为Marker，1～4分别为检测山羊基因组目的片段；
[0017]图2为PRDM16基因变异位点检测结果。
具体实施方式
[0018]本专利技术提供了一种检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SNP分子标记自5
’
端起的第342bp处存在A/G碱基突变。在本专利技术中，所述SNP分子标记存在于山羊PRDM16基因，所述SNP分子标记的核苷酸序列具体如下：
[0019]cctgggacgctgtttaatcccgtgtctgtgttcaggtgctgcaggtcaatactatacgcagatatggattcacataacaggctcccatctaagttgctctttctcgctgcgtctccgaggggaaggagcaggcatttaaaaatgcttagacattggtgtctgctcagtgggctgtaacggcttt本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂，其特征在于，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SNP分子标记自5
’
端起的第342bp处存在A/G碱基突变。2.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于，所述试剂包括引物组，所述引物组包括如SEQ ID NO.2所示的上游引物F和如SEQ ID NO.3所示的下游引物R。3.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于，所述白山羊为贵州白山羊。4.根据权利要求1或3所述的试剂，其特征在于，所述白山羊体尺性状为胸围。5.一种检测与白山羊体尺性状关联的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的引物组和检测试剂。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述检测试剂包括2
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Taq PCRStarMix。7.权利要求1～4任意一项所述的试剂、权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：安清明，黄琴，杨驰，段明筠，陈昌林，
申请(专利权)人：铜仁学院，
类型：发明
国别省市：