用于通过分析循环肿瘤DNA进行分子疾病评定的方法和系统技术方案

本公开提供了评定受试者的肿瘤状态(例如，进展、消退、复发等)的方法。在一方面，一种用于评定受试者的肿瘤状态(例如，进展、消退、复发等)的方法可以包括：基于受试者在不同时间点的cfDNA分子的第一WGS数据和第二WGS数据，确定(i)第一多个CNA和第二多个CNA以及(ii)第一多个片段长度和第二多个片段长度；处理所述第一多个CNA和所述第二多个CNA以确定CNA谱变化；比较所述第一多个片段长度和所述第二多个片段长度以确定片段长度谱变化；至少部分地基于所述CNA谱变化和所述片段长度谱变化，确定所述受试者在第一时间点或第二时间点的第一肿瘤分数或第二肿瘤分数；以及至少部分地基于所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数来检测所述受试者的肿瘤状态。来检测所述受试者的肿瘤状态。来检测所述受试者的肿瘤状态。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于通过分析循环肿瘤DNA进行分子疾病评定的方法和系统
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年12月24日提交的美国临时专利申请第62/953,368号和2020年3月23日提交的第62/993,564号的优先权益，这些临时申请的内容通过引用方式并入本文。
[0003]以ASCII文本文件提交序列表
[0004]以下提交的以ASCII文本文件的内容通过引用整体并入本文：序列表的计算机可读格式(CRF)(文件名：197102004840SEQLIST.TXT，记录日期：2020年12月18日，大小：34KB)。

技术介绍

[0005]肿瘤进展通常可以指在患有癌症的受试者(例如，患者)中，具有严重性进展的肿瘤的情况(例如，肿瘤负荷、肿瘤大小、癌症阶段)。例如，患者的肿瘤进展可能表明患者的肿瘤对癌症的治疗方案没有应答。另一方面，患者的肿瘤未进展可能表明患者的肿瘤对癌症的治疗方案有应答。此外，患者的肿瘤进展或肿瘤未进展状态可以指示受试者对癌症治疗的预后。

技术实现思路

[0006]提供了用于通过分析受试者的体液样品(例如，血液样品)来评定受试者(诸如患有癌症的患者)的肿瘤状态(例如，进展、消退、复发等)的方法和系统。可以通过分析来自受试者样品的肿瘤DNA(例如，来自细胞游离DNA)来评定和/或监测肿瘤进展或肿瘤未进展。受试者的肿瘤进展或肿瘤未进展状态可以指示患有癌症的受试者的诊断、预后或治疗选择。
[0007]在一个方面，本公开提供一种用于评定患有癌症的受试者的肿瘤进展的方法，该方法包括：获得第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中第一多个cfDNA分子是在第一时间点从受试者的第一体液样品获得或衍生，其中第一时间点在对受试者施用配置成治疗癌症的治疗法之前；处理第一WGS数据以确定(i)第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；获得第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中第二多个cfDNA分子是在第二时间点从受试者的第二体液样品获得或衍生，其中第二时间点在对受试者施用治疗法之后；处理第二WGS数据以确定(iii)第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；处理第一多个CNA与第二多个CNA以确定CNA谱变化；处理第一多个片段长度与第二多个片段长度以确定片段长度谱变化；至少部分地基于CNA谱变化和片段长度谱变化来确定受试者在第一时间点的第一肿瘤分数或受试者在第二时间点的第二肿瘤分数；以及至少部分地基于第一肿瘤分数或第二肿瘤分数来检测受试者的肿瘤进展。
[0008]在一个方面，本公开提供一种用于评定患有癌症的受试者的肿瘤状态(例如，肿瘤进展、未进展、消退或复发)的方法，该方法包括：获得第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中第一多个cfDNA分子是在第一时间点从受试者的第一体
液样品获得或衍生，其中第一时间点在对受试者施用配置成治疗癌症的治疗法之前；基于第一WGS数据确定，(i)第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；获得第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中第二多个cfDNA分子是在第二时间点从受试者的第二体液样品获得或衍生，其中第二时间点在对受试者施用治疗法之后；基于第二WGS数据确定，(iii)第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；将第一多个CNA与第二多个CNA进行比较以确定CNA谱变化；基于第一多个片段长度与第二多个片段长度确定片段长度谱变化；至少部分地基于CNA谱变化和片段长度谱变化来确定受试者在第一时间点的第一肿瘤分数或受试者在第二时间点的第二肿瘤分数；以及至少部分地基于第一肿瘤分数或第二肿瘤分数来检测受试者的肿瘤状态(例如，肿瘤进展、未进展、消退或复发)。
[0009]在一个方面，本公开提供一种用于治疗受试者的癌症的方法，该方法包括：获得第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中第一多个cfDNA分子是在第一时间点从受试者的第一体液样品获得或衍生，其中第一时间点在对受试者施用配置成治疗癌症的治疗法之前；基于第一WGS数据确定，(i)第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；获得第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中第二多个cfDNA分子是在第二时间点从受试者的第二体液样品获得或衍生，其中第二时间点在对受试者施用治疗法之后；基于第二WGS数据确定，(iii)第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；将第一多个CNA与第二多个CNA进行比较以确定CNA谱变化；基于第一多个片段长度与第二多个片段长度确定片段长度谱变化；至少部分地基于CNA谱变化和片段长度谱变化来确定受试者在第一时间点的第一肿瘤分数或受试者在第二时间点的第二肿瘤分数；至少部分地基于第一肿瘤分数或第二肿瘤分数来检测受试者的肿瘤状态(例如，肿瘤进展、未进展、消退或复发)；以及，基于检测到的肿瘤状态，施用治疗有效剂量的治疗(例如，手术、化学疗法、放射疗法、靶向疗法、免疫疗法、细胞疗法、抗激素剂、抗代谢物化疗剂、激酶抑制剂、甲基转移酶抑制剂、肽、基因疗法、疫苗、基于铂的化疗剂、抗体或检查点抑制剂)来治疗受试者的癌症。在一些实施例中，检测到的肿瘤状态包括肿瘤进展，并且该方法包括向患者施用第二治疗，其中在施用之前，患者已经使用针对癌症的第一治疗进行治疗(并且第一和第二治疗是不同的)。
[0010]在一些实施例中，第一体液样品或第二体液样品选自由以下项组成的组：血液、血清、血浆、玻璃体、痰液、尿液、泪液、汗液、唾液、精液、粘膜分泌物、粘液、脊髓液、脑脊液(CSF)、胸膜液、腹膜液、羊水和淋巴液。在一些实施例中，获得第一WGS数据包括对第一多个cfDNA分子进行测序以产生第一多个测序读数，或其中获得第二WGS数据包括对第二多个cfDNA分子进行测序以产生第二多个测序读数。在一些实施例中，测序是通过纳米孔测序、链终止(Sanger)测序、合成测序(例如，Illumina或Solexa测序)、单分子实时测序、大规模平行测序技术、Polony测序、454焦磷酸测序、联合探针锚定聚合、连接测序(SOLiD测序)或GenapSys测序。在一些实施例中，测序包括全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)、全基因组酶促甲基测序、全外显子组测序、全表观基因组测序、甲基化阵列、简并代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS
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Seq)、TET辅助吡啶硼烷测序(TAPS)、Tet辅助亚硫酸氢盐测序(TAB
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于评定患有癌症的受试者的肿瘤状态的方法，其包括：获得第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中所述第一多个cfDNA分子是在第一时间点从所述受试者的第一体液样品获得或衍生，其中所述第一时间点是在向所述受试者施用经配置用于治疗所述癌症的治疗法之前；基于所述第一WGS数据，确定(i)所述第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)所述第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；获得第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中所述第二多个cfDNA分子是在第二时间点从所述受试者的第二体液样品获得或衍生，其中所述第二时间点是在向所述受试者施用所述治疗法之后；基于所述第二WGS数据，确定(iii)所述第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)所述第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；将所述第一多个CNA与所述第二多个CNA进行比较以确定CNA谱变化；基于所述第一多个片段长度和所述第二多个片段长度确定片段长度谱变化；至少部分地基于所述CNA谱变化和所述片段长度谱变化来确定所述受试者在所述第一时间点的第一肿瘤分数或所述受试者在所述第二时间点的第二肿瘤分数；以及至少部分地基于所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数来检测所述受试者的肿瘤状态。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一体液样品或所述第二体液样品选自由以下项组成的组：血液、血清、血浆、玻璃体、痰液、尿液、泪液、汗液、唾液、精液、粘膜分泌物、粘液、脊髓液、脑脊液(CSF)、胸膜液、腹膜液、羊水和淋巴液。3.根据权利要求1所述的方法，其中获得所述第一WGS数据包括对所述第一多个cfDNA分子进行测序以产生第一多个测序读数，或者其中获得所述第二WGS数据包括对所述第二多个cfDNA分子进行测序以产生第二多个测序读数。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述测序在不超过约25X的深度进行。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述测序在不超过约10X的深度进行。6.根据权利要求3所述的方法，其中所述测序在不超过约8X的深度进行。7.根据权利要求3所述的方法，其中所述测序在不超过约6X的深度进行。8.根据权利要求3所述的方法，其进一步包括将所述第一多个测序读数或所述第二多个测序读数与参考基因组比对，从而产生多个经比对的测序读数。9.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括针对多个基因组区域富集所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述富集包括扩增所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述扩增包括选择性扩增。12.根据权利要求10所述的方法，其中所述扩增包括通用性扩增。13.根据权利要求9所述的方法，其中所述富集包括选择性地分离所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子的至少一部分。14.根据权利要求13所述的方法，其中选择性地分离所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子的所述至少一部分包括使用多个探针，所述多个探针中的每一个与所述
多个基因组区域中的基因组区域的至少一部分具有序列互补性。15.根据权利要求13所述的方法，其中所述至少一部分包含肿瘤标志物基因座。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述至少一部分包含多个肿瘤标志物基因座。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述多个肿瘤标志物基因座包括一个或多个选自癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)或癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations incancer，COSMIC)的基因座。18.根据权利要求3所述的方法，其中确定所述第一多个CNA包括确定在所述第一多个测序读数的多个基因组区域中的每一个处的CNA的定量测度，并且其中确定所述第二多个CNA包括确定在所述第二多个测序读数的所述多个基因组区域中的每一个处的CNA的定量测度。19.根据权利要求18所述的方法，其进一步包括针对GC含量和/或可映射性偏差来校正所述第一多个CNA或所述第二多个CNA。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述校正包括使用统计建模分析。21.根据权利要求20所述的方法，其中所述统计建模分析包括LOESS回归或贝叶斯模型。22.根据权利要求18所述的方法，其中所述多个基因组区域包括参考基因组的具有预定大小的非重叠基因组区域。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述预定大小为约50千碱基(kb)、约100kb、约200kb、约500kb、约1兆碱基(Mb)、约2Mb、约5Mb或约10Mb。24.根据权利要求18所述的方法，其中所述多个基因组区域包括至少约1,000个不同的基因组区域。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述多个基因组区域包括至少约2,000个不同的基因组区域。26.根据权利要求1所述的方法，其中确定所述CNA谱变化包括将所述第一多个CNA和所述第二多个CNA与多个参考CNA值进行比较，其中所述多个参考CNA值从获自或衍生自另外的受试者的另外的体液样品的另外的cfDNA分子获得。27.根据权利要求26所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个未患有癌症的受试者。28.根据权利要求26所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个不具有肿瘤进展的受试者。29.根据权利要求26所述的方法，其中所述多个参考CNA值是使用所述受试者的在所述第一时间点之后的一个或多个后续时间点获得的另外的体液样品而获得。30.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括过滤掉满足预定标准的所述第一多个CNA和所述第二多个CNA的子集。31.根据权利要求30所述的方法，其进一步包括：当给定CNA值与对应的参考CNA值之间的差包括不大于约1个标准偏差的差时，过滤掉所述第一多个CNA或所述第二多个CNA值的所述给定CNA值。32.根据权利要求31所述的方法，其进一步包括：当给定CNA值与对应的参考CNA值之间的差包括不大于约2个标准偏差的差时，过滤掉所述第一多个CNA或所述第二多个CNA值的
所述给定CNA值。33.根据权利要求31所述的方法，其进一步包括：当给定CNA值与对应的参考CNA值之间的差包括不大于约3个标准偏差的差时，过滤掉所述第一多个CNA或所述第二多个CNA值的所述给定CNA值。34.根据权利要求30所述的方法，其进一步包括：基于给定CNA值与对应的局部平均片段长度之间的Spearman秩相关性过滤掉所述第一多个CNA或所述第二多个CNA值的所述给定CNA值。35.根据权利要求34所述的方法，其进一步包括：当Spearman秩相关系数(Spearman's rho)小于
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0.1时，过滤掉所述第一多个CNA或所述第二多个CNA值的所述给定CNA值。36.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：基于文库或基因组位置将所述第一多个片段长度或所述第二多个片段长度归一化。37.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：当所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数大于1、大于1.1、大于1.2、大于1.3、大于1.4、大于1.5、大于1.6、大于1.7、大于1.8、大于1.9、大于2、大于3、大于4、或大于5时，检测到所述肿瘤状态包括所述受试者的肿瘤进展。38.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：当所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数小于0.01、小于0.05、小于0.1、小于0.2、小于0.3、小于0.4、或小于0.5时，检测到所述受试者的主要分子学应答(MMR)。39.根据权利要求1至38中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。40.根据权利要求39所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。41.根据权利要求40所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。42.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。43.根据权利要求42所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。44.根据权利要求43所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。45.根据权利要求44所述的方法，其进一步包括：以至少约98％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。46.根据权利要求1至45中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。47.根据权利要求46所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。48.根据权利要求47所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。49.根据权利要求1至48中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。
50.根据权利要求49所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。51.根据权利要求50所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。52.根据权利要求1至51中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约0.60的曲线下面积(AUC)检测所述受试者的所述肿瘤状态。53.根据权利要求52所述的方法，其进一步包括：以至少约0.75的曲线下面积(AUC)检测所述受试者的所述肿瘤状态。54.根据权利要求53所述的方法，其进一步包括：以至少约0.90的曲线下面积(AUC)检测所述受试者的所述肿瘤状态。55.根据权利要求1至54中任一项所述的方法，其进一步包括：在未检测到肿瘤进展时确定所述受试者的肿瘤未进展。56.根据权利要求1至55中任一项所述的方法，其进一步包括：基于所述受试者的经确定的肿瘤状态，施用治疗有效剂量的治疗以治疗所述受试者的所述癌症。57.根据权利要求56所述的方法，其中所述治疗包括手术、化学疗法、放射疗法、靶向疗法、免疫疗法、细胞疗法、抗激素剂、抗代谢物化学治疗剂、激酶抑制剂、甲基转移酶抑制剂、肽、基因疗法、疫苗、基于铂的化学治疗剂、抗体或检查点抑制剂。58.根据权利要求1至57中任一项所述的方法，其中检测到的肿瘤状态指示肿瘤进展、未进展、消退或复发。59.根据权利要求1至58中任一项所述的方法，其中所述第一WGS数据和所述第二WGS数据是通过焦磷酸测序、合成测序、单分子测序、纳米孔测序、半导体测序、连接测序、杂交测序、大规模平行测序、链终止测序、单分子实时测序、聚合酶克隆测序(Polonysequencing)、组合探针锚定合成或基于杂交捕获的测序而获得。60.根据权利要求1至59中任一项所述的方法，其中所述第一WGS数据和所述第二WGS数据是通过测序装置或计算机处理器而获得。61.一种用于评定患有癌症的受试者的肿瘤状态的计算机系统，其包括：数据库，其被配置成存储：(i)第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中所述第一多个cfDNA分子是在第一时间点从所述受试者的第一体液样品获得或衍生，其中所述第一时间点是在向所述受试者施用经配置用于治疗所述癌症的治疗法之前；和(ii)第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中所述第二多个cfDNA分子是在第二时间点从所述受试者的第二体液样品获得或衍生，其中所述第二时间点是在向所述受试者施用所述治疗法之后；和一个或多个计算机处理器，其可操作地耦合至所述数据库，其中所述一个或多个计算机处理器被单独或共同编程为：基于所述第一WGS数据，确定(i)所述第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)所述第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；基于所述第二WGS数据，确定(iii)所述第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)所述第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；将所述第一多个CNA与所述第二多个CNA进行比较以确定CNA谱变化；
基于所述第一多个片段长度和所述第二多个片段长度确定片段长度谱变化；至少部分地基于所述CNA谱变化和所述片段长度谱变化来确定所述受试者在所述第一时间点的第一肿瘤分数或所述受试者在所述第二时间点的第二肿瘤分数；以及至少部分地基于所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数来检测所述受试者的肿瘤状态。62.一种非暂时性计算机可读介质，其包含机器可执行指令，所述机器可执行指令在由一个或多个计算机处理器执行时，进行用于评定患有癌症的受试者的肿瘤状态的方法，所述方法包括：获得第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一全基因组测序(WGS)数据，其中所述第一多个cfDNA分子是在第一时间点从所述受试者的第一体液样品获得或衍生，其中所述第一时间点是在向所述受试者施用经配置用于治疗所述癌症的治疗法之前；基于所述第一WGS数据，确定(i)所述第一多个cfDNA分子中的第一多个拷贝数畸变(CNA)和(ii)所述第一多个cfDNA分子的第一多个片段长度；获得第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二全基因组测序(WGS)数据，其中所述第二多个cfDNA分子是在第二时间点从所述受试者的第二体液样品获得或衍生，其中所述第二时间点是在向所述受试者施用所述治疗法之后；基于所述第二WGS数据，确定(iii)所述第二多个cfDNA分子中的第二多个拷贝数畸变(CNA)和(iv)所述第二多个cfDNA分子的第二多个片段长度；将所述第一多个CNA与所述第二多个CNA进行比较以确定CNA谱变化；基于所述第一多个片段长度和所述第二多个片段长度确定片段长度谱变化；至少部分地基于所述CNA谱变化和所述片段长度谱变化来确定所述受试者在所述第一时间点的第一肿瘤分数或所述受试者在所述第二时间点的第二肿瘤分数；以及至少部分地基于所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数来检测所述受试者的肿瘤状态。63.一种用于评定患有癌症的受试者的肿瘤状态的方法，其包括：获得跨基因组的区域的第一多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第一甲基化测序(MS)数据，其中所述第一多个cfDNA分子是在第一时间点从所述受试者的第一体液样品获得或衍生，其中所述第一时间点是在向所述受试者施用经配置用于治疗所述癌症的治疗法之前；基于所述第一MS数据确定所述基因组的所述区域中一个或多个CpG岛中的每一个的平均甲基化分数，从而获得第一平均甲基化分数谱；获得跨所述基因组的所述区域的第二多个细胞游离DNA(cfDNA)分子的第二MS数据，其中所述第二多个cfDNA分子是在第二时间点从所述受试者的第二体液样品获得或衍生，其中所述第二时间点是在向所述受试者施用所述治疗法之后；基于所述第二MS数据确定所述基因组的所述区域中一个或多个CpG岛中的每一个的平均甲基化分数，从而获得第二平均甲基化分数谱；将跨所述一个或多个CpG岛的所述第一平均甲基化分数谱与跨所述一个或多个CpG岛的所述第二平均甲基化分数谱进行比较以确定甲基化分数谱；至少部分地基于相应甲基化分数谱来确定所述受试者在所述第一时间点的第一肿瘤分数或所述受试者在所述第二时间点的第二肿瘤分数；以及
至少部分地基于所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数来检测所述受试者的肿瘤状态。64.根据权利要求63所述的方法，其中所述第一体液样品或所述第二体液样品选自由以下项组成的组：血液、血清、血浆、玻璃体、痰液、尿液、泪液、汗液、唾液、精液、粘膜分泌物、粘液、脊髓液、脑脊液(CSF)、胸膜液、腹膜液、羊水和淋巴液。65.根据权利要求63所述的方法，其中获得所述第一MS数据包括对所述第一多个cfDNA分子进行甲基化测序以产生第一多个测序读数，或者其中获得所述第二WGS数据包括对所述第二多个cfDNA分子进行甲基化测序以产生第二多个测序读数。66.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序包括全基因组亚硫酸氢盐测序。67.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序包括全基因组酶促甲基测序。68.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序包括氧化亚硫酸氢盐测序、TET辅助吡啶硼烷测序(TAPS)、TET辅助亚硫酸氢盐测序(TABS)、氧化亚硫酸氢盐测序(oxBS
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Seq)、APOBEC偶联表观遗传测序(ACE
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seq)、甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)测序、羟甲基化DNA免疫沉淀(hMeDIP)测序、甲基化阵列分析、简并代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS
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Seq)或胞嘧啶5
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羟甲基化测序。69.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序在不超过约25X的深度进行。70.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序在不超过约10X的深度进行。71.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序在不超过约8X的深度进行。72.根据权利要求65所述的方法，其中所述甲基化测序在不超过约6X的深度进行。73.根据权利要求65所述的方法，其进一步包括将所述第一多个测序读数或所述第二多个测序读数与参考基因组比对，从而产生多个经比对的测序读数。74.根据权利要求65所述的方法，其进一步包括针对所述基因组的所述区域富集所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子。75.根据权利要求74所述的方法，其中所述富集包括扩增所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子。76.根据权利要求75所述的方法，其中所述扩增包括选择性扩增。77.根据权利要求75所述的方法，其中所述扩增包括通用性扩增。78.根据权利要求74所述的方法，其中所述富集包括选择性地分离所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子的至少一部分。79.根据权利要求78所述的方法，其中选择性地分离所述第一多个cfDNA分子或所述第二多个cfDNA分子的所述至少一部分包括使用多个探针，所述多个探针中的每一个与所述基因组的所述区域的至少一部分具有序列互补性。80.根据权利要求78所述的方法，其中所述至少一部分包含肿瘤标志物基因座。81.根据权利要求80所述的方法，其中所述至少一部分包含多个肿瘤标志物基因座。82.根据权利要求81所述的方法，其中所述多个肿瘤标志物基因座包括一个或多个选自癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)或癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations incancer，COSMIC)的基因座。83.根据权利要求63所述的方法，其中所述基因组的所述区域包括以下项中的一者或多者：CpG岛、CpG岸、患者特异性部分甲基化结构域、常见部分甲基化结构域、启动子、基因
体、均匀间隔的全基因组箱和转座元件。84.根据权利要求63所述的方法，其中所述基因组的所述区域包括所述基因组的多个非重叠区域。85.根据权利要求84所述的方法，其中所述基因组的所述多个非重叠区域具有预定大小。86.根据权利要求85所述的方法，其中所述预定大小为约50千碱基(kb)、约100kb、约200kb、约500kb、约1兆碱基(Mb)、约2Mb、约5Mb或约10Mb。87.根据权利要求84所述的方法，其中所述基因组的所述多个非重叠区域包括至少约1,000个不同区域。88.根据权利要求87所述的方法，其中所述基因组的所述多个非重叠区域包括至少约2,000个不同区域。89.根据权利要求63所述的方法，其中确定所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数包括将所述甲基化分数谱与一个或多个参考甲基化分数谱进行比较，其中所述一个或多个参考甲基化分数谱从获自或衍生自另外的受试者的另外的体液样品的另外的cfDNA分子获得。90.根据权利要求89所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个患有癌症的受试者。91.根据权利要求89所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个未患有癌症的受试者。92.根据权利要求89所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个具有肿瘤进展的受试者。93.根据权利要求89所述的方法，其中所述另外的受试者包括一个或多个不具有肿瘤进展的受试者。94.根据权利要求89所述的方法，其中所述一个或多个参考甲基化分数谱是使用所述受试者的在所述第一时间点之后的一个或多个后续时间点获得的另外的体液样品而获得。95.根据权利要求63所述的方法，其进一步包括：当所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数大于1、大于1.1、大于1.2、大于1.3、大于1.4、大于1.5、大于1.6、大于1.7、大于1.8、大于1.9、大于2、大于3、大于4、或大于5时，检测到所述肿瘤状态包括所述受试者的肿瘤进展。96.根据权利要求63所述的方法，其进一步包括：当所述第一肿瘤分数或所述第二肿瘤分数小于0.01、小于0.05、小于0.1、小于0.2、小于0.3、小于0.4、或小于0.5时，检测到所述受试者的主要分子学应答(MMR)。97.根据权利要求63至96中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。98.根据权利要求97所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。99.根据权利要求98所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的灵敏度检测所述受试者的所述肿瘤状态。100.根据权利要求63至99中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。
101.根据权利要求100所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。102.根据权利要求101所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。103.根据权利要求102所述的方法，其进一步包括：以至少约98％的特异度检测所述受试者的所述肿瘤状态。104.根据权利要求63至103中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。105.根据权利要求104所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。106.根据权利要求105所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的阳性预测值(PPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。107.根据权利要求63至106中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约50％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。108.根据权利要求107所述的方法，其进一步包括：以至少约70％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。109.根据权利要求108所述的方法，其进一步包括：以至少约90％的阴性预测值(NPV)检测所述受试者的所述肿瘤状态。110.根据权利要求63至109中任一项所述的方法，其进一步包括：以至少约0.60的曲线下面积(AUC)检测所述受...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚历克斯，
申请(专利权)人：莱森特生物公司，
类型：发明
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