影响产仔间隔性状的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记。该SNP分子标记位于国际猪基因组EnsembleSscrofa11.1版本第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变，该SNP分子标记位点基因片段如SEQIDNO:1所示，所述SEQIDNO:1核苷酸序列中突变位点为第161位碱基M，所述M选自碱基C或A。该分子标记应用于母猪产仔间隔性状选育、培育高繁殖力母猪品系、改善母猪群体繁殖力遗传性状上，可以大大缩短产仔间隔，进而大幅度缩短产程，降低母猪难产风险，减小对母猪的伤害并提高小猪的成活率，提高母猪/群体的繁殖性能，提高生产效率。提高生产效率。提高生产效率。

【技术实现步骤摘要】
影响产仔间隔性状的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子遗产学及动物遗传育种领域，特别涉及一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。
[0003]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及遗传学等研究。
[0004]全基因组关联分析(Genome
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wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。猪的产仔间隔，表示猪的产程长短，产仔间隔越长，母猪发生难产等风险会随之增加，该指标是反映母猪繁殖自主性的一个重要指标。对猪群体进行GWAS研究，有助于快速找到影响猪产仔间隔的有意义的分子标记，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记及其应用，以解决上述问题。r/>[0006]根据本专利技术的一个方面，提供了一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记，该SNP分子标记位于国际猪基因组Ensemble Sscrofa 11.1版本第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变。
[0007]在某些实施方式中，该SNP分子标记位点基因片段如SEQ ID NO.1所示，该SEQ ID NO:1核苷酸序列中突变位点为第161位碱基M，该M表示碱基C或A。
[0008]在某些实施方式中，检测所述分子标记的引物序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。
[0009]本专利技术的第二个方面，提供了一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记在母猪产仔间隔性状选育上的应用。
[0010]在某些实施方式中，该SNP分子标记在母猪产仔间隔性状选育上的应用方法包括如下步骤：
[0011]1)对后备种母猪检测第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变；
[0012]2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为CC基因型的个体，作为留种母猪，可缩短种母猪的产仔间隔，提高繁殖效率。
[0013]本专利技术的第三个方面，提供了一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记在培育高繁殖力母猪品系上的应用，其中，高繁殖力是指母猪生产时产仔间隔短。
[0014]在某些实施方式中，该SNP分子标记在培育高繁殖力母猪品系上的应用方法包括如下步骤：
[0015]1)对后备种母猪检测第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变；
[0016]2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为CC基因型的个体，作为留种母猪，并对该留种母猪进行配种；
[0017]3)对步骤2)中配种出生的母猪检测第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变，保留CC基因型个体，进行繁育，培育出高繁殖力母猪品系。
[0018]本专利技术的第四个方面，提供了一种影响产仔间隔性状的SNP分子标记在改善母猪群体繁殖力遗传性状上的应用。
[0019]在某些实施方式中，该SNP分子标记在改善母猪群体繁殖力遗传性状上的应用方法包括如下步骤：
[0020]1)对后备种母猪检测第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变；
[0021]2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为CC基因型的个体，作为留种母猪，并对该留种母猪进行配种；
[0022]3)对步骤2)中配种出生的母猪检测第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变，保留CC基因型个体，并对CC个体母猪再次进行繁育选配，保留后代母猪中CC基因型个体，淘汰其他基因型，以逐代提高CC优势等位基因型的频率，从而改善和提高后代母猪群体的繁殖力。
[0023]本专利技术的有益效果：
[0024]1、通过筛选得到影响产仔间隔性状的SNP分子标记，由此，为后续在遗传改良上的应用，提供基础。
[0025]2、影响产仔间隔性状的SNP分子标记应用于母猪产仔间隔性状的选育上，可以在后备母猪中就通过筛选，选出产仔间隔短的个体，最终选育为留种母猪，由此可以缩短产程，可以使每头小猪出生时间间隔缩短12.95min，降低母猪难产风险，减小对母猪的伤害并提高小猪的成活率。
[0026]3、影响产仔间隔性状的SNP分子标记应用于培育高繁殖力母猪品系上，由此，获得了具有产仔间隔短的高繁殖力母猪品系，可以大大缩短产程，降低母猪难产风险，减小对母猪的伤害并提高小猪的成活率，提高母猪的繁殖性能，提高生产效率。
[0027]4、影响产仔间隔性状的SNP分子标记应用于改善母猪群体繁殖力遗传性状上，由此，可以将母猪群体的产仔间隔缩短，缩短产程，降低母猪难产风险，减小对母猪的伤害并提高小猪的成活率，提高母猪的繁殖性能，提高生产效率。
附图说明
[0028]图1为GWAS结果的曼哈顿图；
[0029]图2为分子标记的SNP位点CNC10070635C>A不同基因型与产子间隔相关性分析的箱线图。
具体实施方式
[0030]下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。
[0031]1、实验动物
[0032]本专利技术所使用的实验猪群群体为温氏食品集团股份有限公司长白、大白和长大二元母猪共1100头，为公司扩繁和生产群，群体系谱记录详细。猪群自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等始终保持一致，为常规方法。
[0033]2、表型数据采集
[0034]母猪分娩后及时接产，记录分娩开始时间，结束时间，总产仔数以及每头小猪出生的时间，分娩总时间除以总产仔数作为产子间隔的表型值。
[0035]3、样本采集
[0036]收集上述仔猪断尾及耳组织浸泡于75％乙醇中，置于
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20℃冰箱保存备用。
[0037]4、猪全基因组50K SNP基因型检测
[0038]从上述实验猪群群体中选取的1100头母猪中的每个个体采集的耳组织或者断尾组织，用标准苯酚
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氯仿法提取全基因组DNA，经Nanodrop2000/2000C核酸蛋白检测仪准确测定每一份样品的DNA的浓度和OD比值(OD260/280、OD260/230)。经NanoDrop2000/本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.影响产仔间隔性状的SNP分子标记，其中，所述SNP分子标记位于国际猪基因组Ensemble Sscrofa 11.1版本第7号染色体上29375835bp位置处的C>A碱基突变。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其中，所述SNP分子标记位点基因片段如SEQ ID NO:1所示，所述SEQ ID NO:1核苷酸序列中突变位点为第161位碱基M，所述M表示碱基C或A。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其中，检测所述分子标记的引物序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。4.权利要求1或2所述的SNP分子标记在母猪产仔间隔性状选育上的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其中，所述应用的方法包括如下步骤：1)对后备种母猪检测如权利要求1或2所述的分子标记；2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为CC基因型的个体，作为留种母猪，可缩短种母猪的产仔间隔，提高繁殖效率。6.权利要求1或2所述的SNP分子标记在培育高繁殖力母猪品系上的应用，其中所述的高繁殖...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁能水，叶健，艾华水，麻骏武，张志燕，杨杰，蔡更元，吴珍芳，
申请(专利权)人：温氏食品集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：