与鸡高温耐受相关的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与鸡高温耐受相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记位点对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第9号染色体正义链第23059382位、23062420位、23062522位，且所述的3处位点处的碱基分别是G或A、C或T、G或A。利用本发明专利技术的与鸡高温耐受相关的3个SNP分子标记进行辅助选择，快速而准确地获得遗传进展；且本发明专利技术同时提供了该3个SNP分子标记的序列和引物，可建立快速高效精准的分子标记辅助育种选择技术，加快高温耐受鸡品系的选育工作。系的选育工作。系的选育工作。

【技术实现步骤摘要】
与鸡高温耐受相关的分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及基因工程和遗传育种领域，具体涉及一种与鸡高温耐受相关的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]在过去几十年里，全球变暖已造成许多地区高温季节时间延长，集约化养殖环境下高温胁迫对家禽健康的影响越来越大。由于禽类体表羽毛丰厚，且全身无汗腺，代谢旺盛，体温高，现代商业家禽由于其快速的新陈代谢会产生更多的体温，使得家禽遭受高温时尤为敏感，轻者生长速度慢，重者导致死亡高温，对家禽养殖业造成巨大的经济损失。据统计，高温对全球家禽行业造成的经济损失每年高达1.28亿至1.65亿美元。那么如何保证家禽在高温环境下具有较高的生产性能和经济效益，是目前家禽养殖比较关注的焦点问题。当前家禽生产中也在不断开展有效的缓解之策，包括采用通风降温、营养调控等措施来应对高温环境下的不适应，其中通过育种手段开发高温耐受家禽品系亦可成为有效且长久的举措之一。
[0003]国家科技部重点研发计划申报指南提出“聚焦加快破解农业生物遗传基础科学问题，提升设计育种能力，保障国家粮食安全”的目标，并首次将农业生物重要性状与环境适应性的研究要点作为指南内容之一，凸显了国家对生物与环境适应的高度重视。而家禽育种的主要目的就是为了提高家禽的生产性能，然而家禽生产性能的提高必然需要对环境适应能力的提高，尤其是对未来高温环境能有更好的适应性。因而高温耐受被认为是是家禽的一种环境适应能力，通过遗传育种手段培育高温耐受品系是当代家禽育种的方向之一。利用有效的分子标记进行高温耐受的选择，能够有效促进鸡高温耐受品种或品系的培育。目前仅有少数研究报道了可作为鸡高温耐受的潜在遗传标记，主要集中在已知的基因开展工作，对于鸡基因组上更多潜在的分子标记研究尚缺乏。因此定位高温耐受的SNP分子标记可获得更快的遗传进展，对推动高温耐受鸡新品系培育的进程具有重要的意义。

技术实现思路

[0004]为了解决生产中高温耐受新品系的选育问题，本专利技术提供了一种与高温耐受相关的SNP分子遗传标记，所述的SNP标记有助于从遗传水平上改善家禽的高温耐受性，可用于鸡的分子标记辅助选择。
[0005]为达到上述专利技术的目的，本专利技术所采用的技术方案如下：
[0006]本专利技术第一方面提供了一种与鸡高温耐受相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记位点对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第9号染色体正义链第23059382位、23062420位、23062522位，且所述的3处位点处的碱基分别是G或A、C或T、G或A。
[0007]较佳地，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示且第126位碱基是G或A。
[0008]较佳地，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示且第120位碱基是C
或T。
[0009]较佳地，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示且第96位碱基是C或T。
[0010]本专利技术第二方面提供了一种引物组合，所述的引物组合由具有SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.5所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.6所示核苷酸序列的下游引物组成。
[0011]本专利技术第三方面提供了一种选育高温耐受的鸡的方法，包括以下步骤：
[0012](1)检测一定样本数量的基因组DNA中上述的SNP分子标记位点的基因型；
[0013](2)基于SNP位点的基因型对高温耐受鸡进行选择，选择基因型满足3个位点分别为GG、CC、GG鸡，淘汰其他基因型的鸡。
[0014]较佳地，所述的步骤(1)利用所述的引物组合检测三个SNP分子标记的基因型。
[0015]较佳地，所述的步骤(1)中样本数量为100
‑
1000只。
[0016]利用本专利技术的与鸡高温耐受相关的3个SNP分子标记进行辅助选择，快速而准确地获得遗传进展；且本专利技术同时提供了该3个SNP分子标记的序列和引物，可建立快速高效精准的分子标记辅助育种选择技术，加快高温耐受鸡品系的选育工作。
附图说明
[0017]图1a和图1b为鸡基因组上与高温耐受相关的选择信号示意图。
[0018]图2为受选择信号区域3个SNP位点在4个品种中的突变频率示意图。
[0019]图3为3个SNP位点在8个品种群体中的基因型示意图。
[0020]图4为3个SNP位点sanger测序图。
具体实施方式
[0021]为了能够更清楚地理解本专利技术的
技术实现思路
，特举以下实施例详细说明。
[0022]实施例1
[0023]选择中国4个不同环境生长的地方品种鸡包括文昌鸡、东乡绿壳蛋鸡、藏鸡和林甸鸡各50只，翅静脉采集2mL血样于EDTA
‑
Na抗凝管中，利用酚
‑
氯仿法进行基因组DNA提取。通过DNA质控后基于Illumina Hiseq PE150平台进行全基因组测序。过略掉接头序列(＞10nt与适配器进行校准，允许≤10％的错配)，去除低质量的序列包括≥10％未被识别的核苷酸或者＞50％且碱基测序质量＜5的，去除建库过程中可能产生的PCR重复序列。使用BWA(Burrows
‑
Wheeler Aligner)(0.7.8版本)软件包将剩余的高质量的配对序列用命令mem
‑
t 4
‑
k32 M与鸡参考基因组Gallus_gallus
‑
5.0进行匹配分析；同时为了减少测序前PCR扩增产生的错配，通过SAMtools(0.1.19版本)软件包去除重复的序列。将获得的序列根据Gallus_gallus
‑
5.0基因组，使用ANNOVAR软件包进行SNP和InDel注释。
[0024]选择信号筛选：筛选思路即将高温地区生长的文昌鸡(WCC)、非高温生长地区的绿壳蛋鸡(GSC)和藏鸡(TBC)分别与低温地区生长的林甸鸡(LDC)比较筛选受选择信号，三组信号结合分析，从文昌鸡受选择信号中剔除绿壳蛋鸡、藏鸡两组阴性对照(非高温环境)受选择信号来获得高温受选择信号。筛选方法即通过基于群体分化、以哈温平衡为前提种群遗传学统计方法Fst、基于核苷酸多样度的θπratio以及Tajima
’
D相结合的方法定位受选择
信号(见图1)，并分析和筛选受选择信号上与温度适应相关的SNP位点(见图2)。用SAMtools软件包中基于贝叶斯方法在群体中进行SNP分析，计算4个品种的每个个体的基因型(见图3)，生长在高温地区品种鸡的三个位点基因型GG、CC、GG的频率高于生长在温带和寒冷地区品种的鸡；进一步统计样本中的等位基因频率(见图2和表1)，结果发现3个SNPs在文昌鸡上突变频率较低，从绿壳蛋鸡到林甸鸡的突变频率逐渐升高，可能由于家鸡的驯化最初起源于东南亚地区，本身对高温环本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与鸡高温耐受相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记位点对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第9号染色体正义链第23059382位、23062420位、23062522位，且所述的3处位点处的碱基分别是G或A、C或T、G或A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示且第126位碱基是G或A。3.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示且第120位碱基是C或T。4.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示且第96位碱基是C或T。5.一种根据权利要求1所述的SNP分子标记的引物组合，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：施寿荣，邵丹，童海兵，胡艳，肖蕴祺，沈一茹，张珊，王强，张安，陈静龙，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：