用于诊断胰胆道癌的甲基化标志物组合制造技术

本发明专利技术属于生物医药领域，具体涉及用于诊断胰胆道癌的甲基化标志物组合。具体地，所述甲基化标志物包括SOX17、3

【技术实现步骤摘要】
用于诊断胰胆道癌的甲基化标志物组合


[0001]本专利技术属于生物医药领域，具体涉及用于诊断胰胆道癌的甲基化标志物组合。

技术介绍

[0002]胰胆道癌(Pancreatobiliary tract cance)包括胆道癌(bile tract cancer，BTC) 和胰腺癌(pancreatic cancer)。
[0003]胆道癌起源于不同解剖位置的胆管上皮细胞，如肝内、肝外和胆囊，或可能直接起源于肝细胞(hepatocytes)。胆道癌包括胆管癌(cholangiocarcinoma，CCA)、胆囊癌(gallbladder cancer，GBC)和壶腹癌(ampullary cancer)。胆管癌是第二常见的原发性肝癌，约占所有胃肠道肿瘤的3％。胆管癌又分为肝内(iCCA)、肝门周围(pCCA)或远端(dCCA)胆管癌。尽管胆道癌在全球范围内相对不常见，但近年来其全球发病率迅速增加，且在东亚和南亚以及南美洲部分地区的发病率最高。胆道癌的风险因素包括原发性硬化性胆管炎(PSC)、肝吸虫、纤维多囊肝病(例如胆管腺瘤和胆管乳头状瘤病)、胆道和胆囊结石、病毒性肝炎和化学致癌物暴露等。而胰腺癌是全球致死率最高的癌症之一，由于其预后不良，是全世界癌症死亡的第七大原因，具体包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌等。
[0004]胰胆道癌的诊断具有挑战性。由于早期症状无特异性甚至无表现症状，大多数患者确诊时已处于晚期。晚期诊断，至少会是导致BTC患者预后不良，5年总生存率在20％以下。胆管狭窄和黄疸患者可能会患有胆管癌、胆囊癌或胰腺癌，而区分恶性肿瘤和良性狭窄(医源性胆管损伤、原发性硬化性胆管炎(primarysclerosing cholangitis，PSC)和胆总管结石(choledocholithiasis))难度很高。常规情况下，胰胆管癌是通过多种方式联合诊断的，包括临床检查、影像学成像、内镜操作、病理学评价和生化检查(例如CA19
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9)。然而，这些方法存在一些局限性，例如CA19
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9不适用于Lewis抗原阴性的患者(占一般人群的7％)，同时以上方法的敏感性和特异性不令人满意。据报告，约15
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24％接受恶性胆管狭窄手术的患者最终被诊断为良性。
[0005]因此，迫切需要开发一种敏感性、特异性高、安全性高的诊断胰胆道癌的较好检测方式。

技术实现思路

[0006]胰胆管癌患者通常临床预后较差，5年总生存率低于20％。这主要与诊断晚有关。此外术前准确区分恶性癌症与良性疾病，可以避免不必要的创伤。因此，迫切需要开发一种灵敏度高、特异性强、安全性高的诊断恶性胰胆管癌的检测方法。
[0007]为实现以上技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]第一方面，本专利技术提供了检测甲基化标志物的试剂在诊断胰胆道癌的产品中的应用，所述甲基化标志物包括SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT中一个或多个。
[0009]优选地，所述甲基化标志物由SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT 组成。
[0010]优选地，所述甲基化标志物还可以包括EBF3、RASSF1、APC、EYA4、RUNX3、 BNIP3、
FHIT、SALL3、CCND2、FOXE1、CD1D、GSTP1、SFRP1、CDH1、hMLH1、 SLIT2、CDH13、KCNK12、SLIT3、CDKN2A、MGMT、CDKN2B、NDRG4、 CDO1、NPTX2、TFPI2、CLEC11、TIMP3、CNRIP1、PENK、TMEFF2(HPP1)、 DAPK1、PRKCB、VIM、DCLK1、PTCHD2、ZSCAN18、DLC1、RARβ2(RARB) 中的任意一个或多个。
[0011]优选地，所述检测甲基化标志物是指检测其甲基化程度。
[0012]优选地，所述甲基化标志物可通过本领域所公知的方法进行检测，具体地例如：全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)、焦磷酸测序(Pyrosequencing)、亚硫酸氢盐测序、甲基化特异性聚合酶链式反应(甲基化特异性PCR，Methylation
‑ꢀ
Specific PCR，MS
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PCR)、亚硫酸氢盐特异性聚合酶链式反应、甲基化敏感限制性内切酶
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PCR/Southern法、结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法(CombinedBisulfite Restriction Analysis，COBRA)、数字聚合酶链式反应、限制性界标基因组扫描、CpG岛微阵列、单核苷酸引物延伸SNUPE、甲基化图谱分析(MethylationProfiling)、甲基化芯片中一种或多种。
[0013]本专利技术所述术语“胰胆道癌”也可称为胰胆管癌(Pancreatobiliary tract cance)，其包括胆道癌(bile tract cancer，BTC，亦可成为胆管癌)和胰腺癌(pancreaticcancer)；所述胆管癌包括胆管癌(cholangiocarcinoma，CCA)、胆囊癌(gallbladdercancer，GBC)和壶腹癌(ampullary cancer)；所述胰腺癌包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌。
[0014]优选地，本专利技术中所述非癌患者在至少12个月内未确诊患有癌症的受试者，可选的，所述非癌患者可能具有以下非恶性肿瘤的症状：胆结石、胆道梗阻、胆道狭窄、胰腺占位、胰腺囊肿、胰腺炎。
[0015]优选地，所述检测是针对来源于受试者的样本进行的。
[0016]本领域可选用的样本包括胆汁、细胞、组织、外周血、血液、血清、血浆、尿液、唾液、泪液等；如本专利技术具体实施例所应用地，优选的样本包括胆汁或取自胆道的细胞、组织。更具体地，所述取自胆道的细胞组织包括经内镜逆行性胰胆管造影术(ERCP)活检/刷检所取得的样本。
[0017]更优选地，所述样本需要经过处理，所述处理包括DNA提取的步骤。
[0018]优选地，所述提取DNA的提取试剂可包括裂解缓冲液、结合缓冲液、清洗缓冲液和洗脱缓冲液任意一种或多种。裂解缓冲液通常由蛋白变性剂、去垢剂、 pH缓冲剂和核酸酶抑制剂组成。结合缓冲液通常由蛋白变性剂和pH缓冲剂组成。所述蛋白变性剂选自异硫氰酸胍、盐酸胍和尿素中的一种或多种；去垢剂选自Tween20、IGEPAL CA
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630、Triton X
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100、NP
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40和SDS中的一种或多种； pH缓冲剂选自Tris、硼酸、磷酸盐、MES和HEPES中的一种或多种；核酸酶抑制剂选自EDTA、EGTA和DEPC中的一种或多种。
[0019]优选地，所述处理还可以包括纯化、质检等步骤。
[0020]优选地，所述受试者包括疑似胰胆道癌患者。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测甲基化标志物的试剂在诊断胰胆道癌的产品中的应用，所述甲基化标志物包括SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT中一个或多个；优选地，所述甲基化标志物由SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT组成；优选地，所述甲基化标志物还包括EBF3、RASSF1、APC、EYA4、RUNX3、BNIP3、FHIT、SALL3、CCND2、FOXE1、CD1D、GSTP1、SFRP1、CDH1、hMLH1、SLIT2、CDH13、KCNK12、SLIT3、CDKN2A、MGMT、CDKN2B、NDRG4、CDO1、NPTX2、TFPI2、CLEC11、TIMP3、CNRIP1、PENK、TMEFF2(HPP1)、DAPK1、PRKCB、VIM、DCLK1、PTCHD2、ZSCAN18、DLC1、RARβ2(RARB)中的任意一个或多个。2.如权利要求1所述的应用，所述胰胆道癌包括胆道癌和胰腺癌；优选地，所述胆管癌包括胆管癌、胆囊癌和壶腹癌；优选地，所述胰腺癌包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌。3.如权利要求1所述的应用，所述甲基化标志物的检测试剂包括以下任意一种或多种方法中使用的试剂：全基因组重亚硫酸盐测序、焦磷酸测序、亚硫酸氢盐测序、甲基化特异性聚合酶链式反应、亚硫酸氢盐特异性聚合酶链式反应、甲基化敏感限制性内切酶
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PCR、结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法、数字聚合酶链式反应、限制性界标基因组扫描、CpG岛微阵列、单核苷酸引物延伸SNUPE、甲基化图谱分析、甲基化芯片。4.如权利要求1所述的应用，所述检测是针对来源于受试者的样本进行的；优选地，所述样本包括胆汁、细胞、组织、外周血、血液、血清、血浆、尿液、唾液、泪液等；优选地，所述样本包括胆汁或取自胆道的细胞、组织；更具体地，所述胆道中的脱落细胞、组织样本是ERCP活检/刷检所取得的样本；优选地，所述受试者包括疑似胰胆道癌患者；优选地，所述样本还需要经过处理，所述处理包括DNA提取的步骤；优选地，所述处理还包括纯化、质检的步骤。5.如权利要求1所述的应用，使用SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT共同诊断时，最佳阈值为0.422。6.权利要求1所述的检测甲基化标志物的试剂和检测其他标志物的试剂共同在诊断胰胆道癌的产品中的应用，所述其他标志物包括以下基因突变：AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵宏，焦宇辰，贺舜，蔡建强，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：