一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物及其应用。所述SSR引物包括第一对SSR引物序列或者第二对SSR引物序列：第一对SSR引物序列：正向引物序列FPr1(5'

【技术实现步骤摘要】
一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记
，具体涉及一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物及其应用。

技术介绍

[0002]刺毛杜鹃Rhododendron championiae和鹿角杜鹃Rhododendron latoucheae属杜鹃科Ericaceae杜鹃属Rhododendron马银花亚属subgen.Azaleastrum，花冠3
‑
4cm，花淡粉色至淡紫色或白色，具有淡淡香味，具有园艺观赏性，值得开发利用。然而对这两种杜鹃的研究十分少，它们在市场上也少有人工栽培，未培育出品种，每个野生个体基本都具有不同的遗传背景，属于未开发的状态。
[0003]简单重复序列(Simple Sequence Repeats，SSR)，是一类由几个核苷酸(一般为1
‑
6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，这些序列具有保守性，在生物基因组中大量存在，但在个体间会存在差异，这就造成了位点的多态性。目前利用SSR标记技术进行杂交种鉴定的方法在多种动植物中广泛应用，但因物种的不同，每种物种都有自己的特异引物，仍需要进行探索寻找适合物种杂交种鉴定的SSR引物。例如：
[0004]中国专利申请CN202111218054.1公开了一种栽培茄以及野生茄种间鉴定的引物、试剂盒及检测方法，其利用基因组重测序技术获得一种栽培茄以及野生茄种间鉴定的引物，正向引物DFR1046F为5
’
TGCTT AATCTGGTCCCATGA 3
’
；反向引物DFR1046R为5
’
TTTCAGAAATG TAAGGTAAAAAGAGT 3
’
；该引物对可以快速区分栽培茄与3个野生茄。
[0005]中国专利ZL201910146189.8公开了一种鉴定新郁葡萄和巨峰葡萄杂交种的SSR分子标记及其应用。经过5对SSR标记引物(VMC7h3、Scu15vv、Vchr13a、UDV
‑
088和VrZAG67)筛选新郁葡萄和巨峰葡萄杂交种，其引物为：VMC7h3的核苷酸序列为TCAGATATTGAAGAACACCACA和ACTAGAAAATGCACAATCTCCC；Scu15vv的核苷酸序列为GCCTATGTGCCAGACCAAAAAC和TTGGAAGTAGCCAGCCCAACCTTC；Vchr13a的核苷酸序列为TGGCAGAGCAAATGAATCAA和TTGGATGGATTGGAATGACC；UDV
‑
088的核苷酸序列为CCATGCACACACGCACAT和CCACCAAACAAGTGGAGGTT；VrZAG67的核苷酸序列为ACCTGGCCCGACTCCTCTTGTATGC和TCCTGCCGGCGATAACCAAGCTATG；能鉴定出真杂交种。
[0006]中国专利ZL201810663507.3公开了一种快速鉴定西瓜品种
‘
鄂西瓜16号
’
杂交种子纯度的方法及引物。快速鉴定西瓜品种
‘
鄂西瓜16号
’
杂交种子纯度的引物对是：正向引物序列为EXGF:5
’‑
CATTTCCGTTTCCATTTTCTTCAC
‑3’
；反向引物序列为EXGR:5
’‑
AAGTAACATCAAGCGATTCGCCAT
‑3’
。采用该SSR引物在5
‑
6天之内即可完成种子纯度鉴定工作，具有准确、稳定、简单快速、低成本、便于推广等特点，能够替代传统西瓜新品种杂交种鉴定方法。
[0007]中国专利ZL202011143112.4公开了一种对高体雅罗鱼和瓦氏雅罗鱼杂交种进行快速鉴定的方法。高体雅罗鱼和瓦氏雅罗鱼杂交种鉴定用SSR引物对为Primer1
‑
F:5
’‑
TGATGGTGGTGGTGGAGATG和Primer1
‑
R:5
’‑
TGCACAGTTCCACTGAGTGT；可有效从早期苗种阶段
鉴定高体雅罗鱼和瓦氏雅罗鱼杂交种，保证鱼苗纯正，为耐盐碱新品种的推广应用提供强有力的技术支撑。
[0008]SSR标记在物种中广泛分布，SSR标记的特点之一是多态性高，这意味着每个个体都可能有多个不同的等位基因。因此筛选出多态性低，又在不同群体有明显差异的谱带十分难得。

技术实现思路

[0009]本专利技术利用人工杂交的方法，利用野生杜鹃花资源，首次成功培育出刺毛杜鹃
×
鹿角杜鹃的杂交种。杂交种进行5
‑
7年的栽培可开花，杂交种在形态特征上与亲本有所不同，但要结合花、茎、叶、果实等各器官进行鉴定，才可以确定为杂交种，经历的时间较长。同时不同亲本个体的杂交组合的杂交种在表型上差异不明显，不易区分。为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物，用于区分鉴定刺毛杜鹃、鹿角杜鹃、刺毛杜鹃
×
鹿角杜鹃杂交种，能够实现准确区分。
[0010]一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物，包括以下第一对SSR引物序列或者第二对SSR引物序列：
[0011]第一对SSR引物序列：
[0012]正向引物序列FPr1(5'
‑
3')：CCATTGCACCAAGAGACAGA(SEQ ID NO：1)；
[0013]反向引物序列RPr1(5'
‑
3')：GTACCTCCATTCCCCCTTGT(SEQ ID NO：2)；
[0014]第二对SSR引物序列：
[0015]正向引物序列FPr2(5'
‑
3')：TTGTGCATTCTCTAGGCACG(SEQ ID NO：3)；
[0016]反向引物序列RPr2(5'
‑
3')：GACAAGAAAACCACCCGAAA(SEQ ID NO：4)。
[0017]为了适用荧光检测器，所述SSR引物可引入不同颜色的荧光基团如6
‑
羧基荧光素(FAM)、六氯
‑6‑
甲基荧光素(HEX)、6
‑
羧基四甲基若丹明(TAMRA)、四氯
‑6‑
羧基荧光素(TET)等中的一种或多种设计成荧光SSR标记引物。
[0018]可选地，所述荧光SSR标记引物为FAM荧光SSR标记引物、HEX荧光SSR标记引物、TAMRA荧光SSR标记引物、TET荧光SSR标记引物等中的一种。
[0019]所述荧光基团接入所述SSR引物的位置可按照本领域的常规操作，以FAM荧光SSR标记第一对引物为示例，包括以下引物序列：
[0020]正向引物序列FPr1(5'
‑
3')：FAM
‑
CCATTGCACCAAGAGACAGA；
[0021本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种杜鹃杂交种鉴定的SSR引物，其特征在于，所述SSR引物包括以下第一对SSR引物序列或者第二对SSR引物序列：第一对SSR引物序列：正向引物序列FPr1(5'
‑
3')：CCATTGCACCAAGAGACAGA；反向引物序列RPr1(5'
‑
3')：GTACCTCCATTCCCCCTTGT；第二对SSR引物序列：正向引物序列FPr2(5'
‑
3')：TTGTGCATTCTCTAGGCACG；反向引物序列RPr2(5'
‑
3')：GACAAGAAAACCACCCGAAA。2.根据权利要求1所述的SSR引物，其特征在于，所述SSR引物为荧光SSR标记引物。3.根据权利要求2所述的SSR引物，其特征在于，所述荧光SSR标记引物为FAM荧光SSR标记引物、HEX荧光SSR标记引物、TAMRA荧光SSR标记引物、TET荧光SSR标记引物中的一种。4.根据权利要求1或2所述的SSR引物，其特征在于，所述杜鹃杂交种鉴定包括刺毛杜鹃、鹿角杜鹃、刺毛杜鹃与鹿角杜鹃杂交种的鉴定。5.根据权利要求1
‑
3任一项所述的杜鹃杂交种鉴定的SSR引物在区分刺毛杜鹃、鹿角杜鹃、刺毛杜鹃与鹿角杜鹃杂交种中的应用。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述区分刺毛杜鹃与鹿角杜鹃杂交种包括区分刺毛杜鹃与鹿角杜鹃杂交种的不同亲本个体的杂交组合，所述SSR引物为第一对SSR引物序列。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述刺毛杜鹃包括扩增条带有230bp特异条带的第一刺毛杜鹃和/或扩增条带有239bp和249bp特异条带的第二刺毛杜鹃；所述鹿角杜鹃包括扩增条带有243bp和246bp...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨华，宋绪忠，王秀云，
申请(专利权)人：浙江省林业科学研究院，
类型：发明
国别省市：