一组基因突变及其在诊断胰胆道癌中的应用制造技术

本发明专利技术属于生物医药领域，具体涉及一组基因突变及其在诊断胰胆道癌中的应用。具体地，本发明专利技术提供了一组用于检测胰胆道癌的基因突变，所述基因突变包括AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF、SMAD4、CDKN2A、TERT、TP53、EGFR、FBXW7、FGFR2、HRAS、IDH1、IDH2中一个或多个。IDH2中一个或多个。IDH2中一个或多个。

【技术实现步骤摘要】
一组基因突变及其在诊断胰胆道癌中的应用


[0001]本专利技术属于生物医药领域，具体涉及一组基因突变及其在诊断胰胆道癌中的应用。

技术介绍

[0002]胰胆道癌(Pancreatobiliary tract cance)包括胆道癌(bile tract cancer，BTC)和胰腺癌(pancreatic cancer)。
[0003]胆道癌起源于不同解剖位置的胆管上皮细胞，如肝内、肝外和胆囊，或可能直接起源于肝细胞(hepatocytes)。胆道癌包括胆管癌(cholangiocarcinoma，CCA)、胆囊癌(gallbladder cancer，GBC)和壶腹癌(ampullary cancer)。胆管癌是第二常见的原发性肝癌，约占所有胃肠道肿瘤的3％。胆管癌又分为肝内(iCCA)、肝门周围(pCCA)或远端(dCCA)胆管癌。尽管胆道癌在全球范围内相对不常见，但近年来其全球发病率迅速增加，且在东亚和南亚(如泰国和中国)以及南美洲部分地区的发病率最高。胆道癌的风险因素包括原发性硬化性胆管炎(PSC)、肝吸虫、纤维多囊肝病(例如胆管腺瘤和胆管乳头状瘤病)、胆道和胆囊结石、病毒性肝炎和化学致癌物暴露等。而胰腺癌是全球致死率最高的癌症之一，由于其预后不良，是全世界癌症死亡的第七大原因，具体包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌等。
[0004]胰胆道癌的诊断具有挑战性。由于早期症状无特异性甚至无表现症状，大多数患者确诊时已处于晚期。晚期诊断，至少会是导致BTC患者预后不良，5年总生存率在20％以下。胆管狭窄和黄疸患者可能会患有胆管癌、胆囊癌或胰腺癌，而区分恶性肿瘤和良性狭窄(医源性胆管损伤、原发性硬化性胆管炎(primary sclerosing cholangitis，PSC)和胆总管结石(choledocholithiasis))难度很高。常规情况下，胰胆管癌是通过多种方式联合诊断的，包括临床检查、影像学成像、内镜操作、病理学评价和生化检查(例如CA19
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9)。然而，这些方法存在一些局限性，例如CA19
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9不适用于Lewis抗原阴性的患者(占一般人群的7％)，同时以上方法的敏感性和特异性不令人满意。据报告，约15
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24％接受恶性胆管狭窄手术的患者最终被诊断为良性。
[0005]因此，迫切需要开发一种敏感性、特异性高、安全性高的诊断胰胆道癌的较好检测方式。

技术实现思路

[0006]胰胆管癌患者通常临床预后较差，5年总生存率低于20％。这主要与诊断晚有关。此外术前准确区分恶性癌症与良性疾病，可以避免不必要的创伤。因此，迫切需要开发一种灵敏度高、特异性强、安全性高的诊断恶性胰胆管癌的检测方法。
[0007]为实现以上技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]第一方面，本专利技术提供了一组用于检测胰胆道癌的基因突变，所述基因突变包括AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF、SMAD4、CDKN2A、TERT、TP53、EGFR、FBXW7、FGFR2、HRAS、IDH1、IDH2中一个或多个。
[0009]更具体地，如本专利技术具体实施例中所验证的，以以下至少一个基因存在突变为标准诊断胰胆道癌，可以较敏感地区分胰胆道癌患者和非癌症患者：AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF、SMAD4、CDKN2A、TERT、TP53、EGFR、FBXW7、FGFR2、HRAS、IDH1、IDH2。
[0010]本专利技术所述术语“胰胆道癌”也可称为胰胆管癌(Pancreatobiliary tract cance)，其包括胆道癌(bile tract cancer，BTC，亦可成为胆管癌)和胰腺癌(pancreatic cancer)；所述胆管癌包括胆管癌(cholangiocarcinoma，CCA)、胆囊癌(gallbladder cancer，GBC)和壶腹癌(ampullary cancer)；所述胰腺癌包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌。
[0011]优选地，本专利技术中所述非癌患者是在至少12个月内未确诊患有癌症的受试者，可选的，所述非癌患者可能具有以下非恶性肿瘤的症状：胆结石、胆道梗阻、胆道狭窄、胰腺占位、胰腺囊肿、胰腺炎。
[0012]另一方面，本专利技术提供了检测前述基因突变的试剂在制备诊断胰胆道癌的产品中的应用。
[0013]更具体地，所述诊断胰胆道癌是指区分患有恶性肿瘤(胰胆道癌)的患者和不患有恶性肿瘤的患者，所述不患有恶性肿瘤的患者可能患有胆结石、胆道梗阻、胆道狭窄、胰腺占位、胰腺囊肿、胰腺炎等良性疾病。
[0014]优选地，所述产品包括试剂盒、芯片、诊断系统等。
[0015]在一种可选的实施例中，所述检测基因突变的试剂包括以下任意方法中使用的试剂：TaqMan探针法、测序法、芯片法、飞行质谱仪(MALDI
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TOFMS)检测、限制性片段长度多态性法(PCR
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RFLP)、单链构象多态性法(PCR
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SSCP)、等位基因特异性PCR(AS
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PCR)、SNaPshot法、SNPlex分型系统、SNPStream分析系统、Sequenom分型系统、变性高效液相色谱法(DHPLC)、变性梯度凝胶电泳法(DGGE)。
[0016]优选地，本专利技术所述基因突变是对来自受试者样本进行检测而发现的。
[0017]优选地，所述样品取自于胆道。
[0018]具体地，所述样本包括胆汁、胆道中的脱落细胞、组织样本。
[0019]更具体地，所述胆道中的脱落细胞、组织样本可以是ERCP活检/刷检所取得的样本。
[0020]术语“胆道”是从肝向十二指肠运送胆汁的管道的总称。它分为肝内胆管和肝外胆管两部分。
[0021]术语“经内镜逆行性胰胆管造影术(ERCP)”是指将十二指肠镜插至十二指肠降部，找到十二指肠乳头，由活检管道内插入造影导管至乳头开口部，注入造影剂后x线摄片，以显示胰胆管的技术。
[0022]优选地，所述胆汁的采集方法包括但不限于十二指肠引流法、胆囊穿刺法及手术直接采取法。
[0023]更优选地，所述样本需要经过处理，所述处理包括DNA提取的步骤。
[0024]优选地，所述处理还可以包括纯化、质检等步骤。
[0025]优选地，所述受试者包括疑似胰胆道癌患者。
[0026]优选地，本专利技术所述基因突变还可以与其他类型标志物同时使用，所述其他类型标志物包括表达量标志物、甲基化标志物。
[0027]优选地，所述甲基化标志物包括以下任意一个或多个：3
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OST
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2、EBF3、RASSF1、APC、EYA4、RUNX3、BNIP3、FHIT、SALL3、CCND2、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组用于检测胰胆道癌的基因突变，所述基因突变包括AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF、SMAD4、CDKN2A、TERT、TP53、EGFR、FBXW7、FGFR2、HRAS、IDH1、IDH2中一个或多个；优选地，所述基因突变由AKT1、KRAS、APC、NRAS、ARID1A、PIK3CA、AXIN1、PPP2R1A、BAP1、PTEN、BRAF、SMAD4、CDKN2A、TERT、TP53、EGFR、FBXW7、FGFR2、HRAS、IDH1、IDH2组成。2.检测权利要求1所述基因突变的试剂在制备诊断胰胆道癌的产品中的应用。3.如权利要求2所述的应用，所述胰胆道癌包括胆道癌和胰腺癌；优选地，所述胆管癌包括胆管癌、胆囊癌和壶腹癌；优选地，所述胰腺癌包括胰头癌、胰尾癌、弥漫性癌。4.如权利要求2所述的应用，所述检测基因突变的试剂包括以下任意一种或多种方法中使用的试剂：TaqMan探针法、测序法、芯片法、飞行质谱仪检测、限制性片段长度多态性法、单链构象多态性法、等位基因特异性PCR、SNaPshot法、SNPlex分型系统、SNPStream分析系统、Sequenom分型系统、变性高效液相色谱法、变性梯度凝胶电泳法。5.如权利要求2所述的应用，所述基因突变是对来自受试者样本进行检测而发现的；优选地，所述样品取自于胆道；具体地，所述样本包括胆汁、胆道中的脱落细胞、组织样本；更具体地，所述胆道中的脱落细胞、组织样本是ERCP活检/刷检所取得的样本。6.如权利要求2所述的应用，所述权利要求1所述基因突变还与甲基化标志物共同应用，所述甲基化标志物包括SOX17、3
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OST
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2、NXPH1、SEPT9和TERT中一个或多个；优选地，所述甲基化标志物还包括EBF3、RASSF1、APC、EYA4、RUNX3、BNIP3、FHIT、SALL3、CCND2、FOXE1、CD1D、GSTP1、SFRP1、CDH1、hMLH1、SLIT2、CDH13、KCNK12、SLIT3、CDKN2A、MGMT、CDKN2B、NDRG4、CDO1、NPTX2、TFPI2、CLEC11、TIMP3、CNRIP1、PENK、TMEFF2、DAPK1、PRKC...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵宏，焦宇辰，贺舜，蔡建强，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：