一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用，所述云上黑山羊SNP标记包括26个位点，检测待测羊基因组中上述26个SNP位点的分型结果，将所得26个SNP位点的分型结果带入以参考群数据构建的模型中，计算出每一个SNP位点的分型结果所对应的“是”和“非”的概率值，将26个SNP位点的概率值求和，获得“是”和“非”的总和鉴定概率值，若“是”的总和鉴定概率值大于“非”的总和鉴定概率值，则该待测羊鉴定为云上黑山羊。本发明专利技术首次提出用于鉴定云上黑山羊品种的参考群数据模型，采用本发明专利技术提供的这26个SNP位点及鉴定技术，对云上黑山羊的鉴定准确率高达89.58％，为今后云上黑山羊的鉴定、保种、以及遗传育种提供了有力的技术支持。技术支持。技术支持。

A SNP marker of yunshang black goat and its application in identifying yunshang black goat breeds

【技术实现步骤摘要】
一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用


[0001]本专利技术涉及动物品种鉴定
，具体涉及一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用。
技术背景
[0002]云上黑山羊是针对本地山羊生长速度慢、产肉少、产羔率低、泌乳性能差、不适宜规模化养殖等不足，由云南省畜牧兽医科学院联合云南省种羊繁育推广中心和相关养殖企业，以努比山羊为父本、云岭黑山羊为母本，经22年5个世代系统选育而成的肉用黑山羊新品种。云上黑山羊具有被毛全黑、生长发育快、常年发情、繁殖力高、产肉性能好、适应性强和耐粗饲等优良特性。周岁公羊体重达53.17kg、母羊41.47kg，成年公羊体重达75.79kg、母羊56.49kg；母羊可两年三产，初产母羊产羔率为181.73％、经产母羊为232.00％，羔羊断奶成活率为90％以上；公羊日增重达257.78g、料肉比5.87:1，母羊日增重188.56g、料肉比7.27:1；6月龄以上公母羊的屠宰率均在53％以上。近10年来，云上黑山羊已在云南省16个州(市)120个县以及北京、天津、上海、重庆、河北、山西、辽宁、安徽、江西、山东、湖北、湖南、广东、海南、四川、贵州、甘肃、青海、广西、宁夏和新疆等21个省(市、自治区)推广应用，共推广种羊14.8万只，改良本地羊1107万只，表明云上黑山羊适宜于舍饲、放牧+补饲或全放牧的饲养方式，并能广泛适应与低海拔河谷地区(低于1000m)到较高海拔(2000m左右)的冷凉区，适合在我国南方山羊养殖主产区推广，具有广阔的应用前景。
[0003]随着云上黑山羊产业规模不断扩大、养殖企业逐步增多，为保证云上黑山羊的品种特征、区分真假个体、建立优质优价的市场经营体系、保护云上黑山羊种质资源及其优良性状、提升该品种的品牌价值，需要从基因组层面开展云上黑山羊的品种鉴定工作，深度挖掘该品种特有基因组位点信息。通过基因(SNP)身份证鉴定技术将为云上黑山羊品种鉴定工作提供有力的技术支撑。目前尚无关于用于鉴定云上黑山羊品种的SNP位点的报道，现有技术中对利用SNP位点鉴定羊品种的应用方法也多为通过位点组合或位点匹配的方式来进行鉴定，耗时长且结果准确度还有待于提高。

技术实现思路

[0004]本专利技术提供了一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用，用于解决以上问题。
[0005]本专利技术提供的云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用，所述云上黑山羊SNP标记包括26个位点，各位点的位置及多态性如下：
[0006]3_116568146位于3号染色体第116568146位，其脱氧核苷酸为C或A；
[0007]4_27534255位于4号染色体第27534255位，其脱氧核苷酸为G或A；
[0008]5_27394846位于5号染色体第27394846位，其脱氧核苷酸为G或T；
[0009]5_96914121位于5号染色体第96914121位，其脱氧核苷酸为A或G；
[0010]5_112308839位于5号染色体第112308839位，其脱氧核苷酸为A或G；
[0011]7_480924位于7号染色体第480924位，其脱氧核苷酸为C或T；
[0012]7_19019153位于7号染色体第19019153位，其脱氧核苷酸为T或A；
[0013]7_67980454位于7号染色体第67980454位，其脱氧核苷酸为T或C；
[0014]9_4210890位于9号染色体第4210890位，其脱氧核苷酸为A或G；
[0015]9_6480114位于9号染色体第6480114位，其脱氧核苷酸为C或A；
[0016]9_19778462位于9号染色体第19778462位，其脱氧核苷酸为C或T；
[0017]11_52712411位于11号染色体第52712411位，其脱氧核苷酸为G或A；
[0018]13_72160967位于13号染色体第72160967位，其脱氧核苷酸为A或C；
[0019]15_1341438位于15号染色体第1341438位，其脱氧核苷酸为G或A；
[0020]15_35311828位于15号染色体第35311828位，其脱氧核苷酸为A或G；
[0021]21_9035839位于21号染色体第9035839位，其脱氧核苷酸为G或T；
[0022]21_26850780位于21号染色体第26850780位，其脱氧核苷酸为C或T；
[0023]23_33685044位于23号染色体第33685044位，其脱氧核苷酸为T或A；
[0024]23_34234088位于23号染色体第34234088位，其脱氧核苷酸为G或T；
[0025]23_35769794位于23号染色体第35769794位，其脱氧核苷酸为T或G；
[0026]24_5617052位于24号染色体第5617052位，其脱氧核苷酸为C或G；
[0027]24_7388496位于24号染色体第7388496位，其脱氧核苷酸为T或C；
[0028]24_37720766位于24号染色体第37720766位，其脱氧核苷酸为C或T；
[0029]24_60570385位于24号染色体第60570385位，其脱氧核苷酸为A或G；
[0030]28_14160630位于28号染色体第14160630位，其脱氧核苷酸为C或T；
[0031]28_43951753位于28号染色体第43951753位，其脱氧核苷酸为T或C；
[0032]上述SNP位点的物理位置是基于山羊全基因组标准序列而定，版本号为GCF_001704415.1_ARS1，所述版本号的标准序列记载在如下网址中https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_001704415.1。
[0033]进一步，所述应用为，检测待测羊基因组中上述26个SNP位点的分型结果，将所得26个SNP位点的分型结果带入以参考群数据构建的模型中，计算出每一个SNP位点的分型结果所对应的“是”和“非”的概率值，“是”表示“是云上黑山羊”，“非”表示“非云上黑山羊”，将26个SNP位点的概率值求和，获得“是”和“非”的总和鉴定概率值，若“是”的总和鉴定概率值大于“非”的总和鉴定概率值，则该待测羊鉴定为云上黑山羊；反之，若“是”的总和鉴定概率值小于“非”，则该待测羊鉴定为非云上黑山羊。
[0034]进一步，所述以参考群数据构建的模型是以经过表型鉴定的云上黑山羊和非云上黑山羊为参考群，检测所述26个SNP位点的分型结果，计算出参考群中的每个SNP位点的分型结果对应羊品种的概率值。
[0035]进一步，所述的以参考群数据构建的模型中的每个SNP位点的分型结果对应羊品种的概率值为P(A|B)取自然对数得到的数值，所述P(A|B)的计算公式为P(A|B)＝P(B|A)*P(A)/P(B)本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定云上黑山羊品种的SNP标记，其特征在于，所述云上黑山羊SNP标记包括26个位点，各位点的位置及多态性如下：3_116568146位于3号染色体第116568146位，其脱氧核苷酸为C或A；4_27534255位于4号染色体第27534255位，其脱氧核苷酸为G或A；5_27394846位于5号染色体第27394846位，其脱氧核苷酸为G或T；5_96914121位于5号染色体第96914121位，其脱氧核苷酸为A或G；5_112308839位于5号染色体第112308839位，其脱氧核苷酸为A或G；7_480924位于7号染色体第480924位，其脱氧核苷酸为C或T；7_19019153位于7号染色体第19019153位，其脱氧核苷酸为T或A；7_67980454位于7号染色体第67980454位，其脱氧核苷酸为T或C；9_4210890位于9号染色体第4210890位，其脱氧核苷酸为A或G；9_6480114位于9号染色体第6480114位，其脱氧核苷酸为C或A；9_19778462位于9号染色体第19778462位，其脱氧核苷酸为C或T；11_52712411位于11号染色体第52712411位，其脱氧核苷酸为G或A；13_72160967位于13号染色体第72160967位，其脱氧核苷酸为A或C；15_1341438位于15号染色体第1341438位，其脱氧核苷酸为G或A；15_35311828位于15号染色体第35311828位，其脱氧核苷酸为A或G；21_9035839位于21号染色体第9035839位，其脱氧核苷酸为G或T；21_26850780位于21号染色体第26850780位，其脱氧核苷酸为C或T；23_33685044位于23号染色体第33685044位，其脱氧核苷酸为T或A；23_34234088位于23号染色体第34234088位，其脱氧核苷酸为G或T；23_35769794位于23号染色体第35769794位，其脱氧核苷酸为T或G；24_5617052位于24号染色体第5617052位，其脱氧核苷酸为C或G；24_7388496位于24号染色体第7388496位，其脱氧核苷酸为T或C；24_37720766位于24号染色体第37720766位，其脱氧核苷酸为C或T；24_60570385位于24号染色体第60570385位，其脱氧核苷酸为A或G；28_14160630位于28号染色体第14160630位，其脱氧核苷酸为C或T；28_43951753位于28号染色体第43951753位，其脱氧核苷酸为T或C；上述SNP位点的物理位置是基于...

【专利技术属性】
技术研发人员：洪琼花，欧阳依娜，邵庆勇，兰蓉，江炎庭，李卫娟，朱兰，
申请(专利权)人：云南省畜牧兽医科学院，
类型：发明
国别省市：