优先化生物靶标制造技术

公开了一种对生物靶标优先化的计算机实施的方法。所述方法包括：接收一个或多个类别的等级的选择；并且为多个生物靶标中的每个确定所述生物靶标与每个选择的等级的一致性程度。所述方法还包括：基于所述一致性程度对所述生物靶标优先化；并且输出一个或多个优先化的生物靶标的表示。的生物靶标的表示。的生物靶标的表示。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】优先化生物靶标
[0001]本申请涉及用于对生物靶标优先化的系统和方法。当前公开的技术在可能需要具有某些特征的生物靶标的生物化学和药物发现的领域中找到特定应用。

技术介绍

[0002]在药物发现领域，需要鉴定合适的生物靶标，如用于治疗疾病的基因、核酸序列、蛋白质、氨基酸序列、蛋白质复合物或生物途径。通常，潜在合适的生物靶标由该领域的科学专家评审，他们手动评审与靶标相关的数据表，并且根据所需的标准对它们进行排序或以其它方式优先化。例如，科学家可能会手动评审与生物靶标相关的副作用的程度和发生率相关的数据。待评审和考虑的其它类别可以包括成药性(druggability)、其它安全性方面，以及靶标与疾病的成功治疗之间是否存在已知的关联。该人工评审的过程耗时且昂贵，并且可能由于人为偏见或错误而影响结果。
[0003]因此，需要一种用于鉴定合适的生物靶标的改进技术，该技术不需要用户手动评审生物靶标数据。
[0004]下文描述的实施例不限于解决上述已知方法的任何或所有缺点的实施方式。

技术实现思路

[0005]提供此
技术实现思路
来以简化形式介绍概念的选择，这些概念将在下文的具体实施方式中进一步描述。此
技术实现思路
并非旨在鉴定所要求保护的主题的关键特征或必要特征，也不旨在用于确定所要求保护的主题的范围。
[0006]在第一方面，本公开提供了一种对生物靶标优先化的计算机实施的方法，所述方法包括：接收一个或多个类别(category)的等级(class)的选择；为多个生物靶标中的每个确定所述生物靶标与每个选择的等级的一致性(alignment)程度；基于所述一致性程度对所述生物靶标优先化；并且输出一个或多个优先化的生物靶标的表示(representation)。
[0007]任选地，所述类别的等级表示所述类别的数值或数值范围。任选地，所述类别中的一个的所选择的等级不相互毗邻。任选地，所述等级的选择包括相同类别的至少两个等级。任选地，所述类别表示所述生物靶标的性质。任选地，所述方法包括：接收用户输入，所述用户输入包括所述一个或多个类别的等级的选择。任选地，生物靶标与选择的等级之间的所述一致性程度包括所述生物靶标属于所选择的等级的可能性。任选地，所述可能性对应于相同类别的所有等级中标准化的分布。任选地，所述方法包括：确定来自一个或多个数据源的所述一致性程度。任选地，所述方法包括：基于各自的数据源从分级中汇总所述一致性程度。任选地，所述方法包括：使用经过训练的机器学习分级器确定所述一致性程度。任选地，所述生物靶标包括基因、核酸序列、蛋白质、氨基酸序列、蛋白质复合物和/或生物途径。任选地，对所述生物靶标优先化包括通过为每个选择的等级应用最小所需的一致性程度来鉴定匹配所述用户输入的生物靶标。任选地，所述方法包括：确定所述一致性程度的置信量度(confidence metrics)，并且任选地，基于所述置信量度对匹配所述用户输入的所述生物靶标排序。任选地，所述方法包括：使用机器学习技术确定所述置信量度。任选地，对所述生
物靶标优先化包括基于它们的与所选择的等级的一致性程度对所述生物靶标排序。任选地，所述用户输入包括所述类别的相对重要性的标示，并且对所述生物靶标优先化包括使用所述相对重要性的标示。任选地，所述方法包括：输出匹配所述用户输入的所述生物靶标的表示。任选地，所述方法包括：输出所述排序的表示。任选地，所述方法包括：输出所述置信量度的表示。任选地，所述方法包括：提供图形用户界面作为输入和/或输出工具。任选地，所述方法包括：提供用户输入工具以使用户能够生成手动标记命令以覆写输出的至少一部分，所述手动标记命令指定所述生物靶标中的一个是否属于所述等级中的一个。任选地，所述方法包括：基于所述手动标记命令训练所述分级器和/或使用覆写命令以增加一组训练数据。
[0008]在第二方面，本公开提供了一种存储代码的计算机可读介质，当由计算机执行所述代码时，使计算机实施前述权利要求中任一项所述的方法。
[0009]在第三方面，本公开提供了一种用于对生物靶标优先化的系统，所述系统包括：输入模块，其配置成接收一个或多个类别的等级的选择；分析模块，其配置成为多个生物靶标中的每个确定所述生物靶标与每个选择的等级的一致性程度；优先化模块，其配置成基于所述一致性程度对所述生物靶标优先化；以及输出模块，其配置成输出一个或多个优先化的生物靶标的表示。
[0010]本文所描述的方法可以由有形存储介质上的机器可读形式的软件实施，例如以包括计算机程序代码方式的计算机程序的形式，当程序在计算机上运行并且其中的计算机程序可以在计算机可读介质上体现时，该计算机程序代码方式适于实施本文所描述的任何方法的所有步骤。有形(或非暂时性)存储介质的示例包括磁盘、拇指驱动器、存储卡等，但不包括传播的信号。软件可以适合于在并行处理器或串行处理器上执行，使得可以以任何合适的顺序或同时实施方法步骤。
[0011]此应用承认固件和软件可以是有价值的、可单独交易的商品。它旨在涵盖在“简易(dumb)”或标准硬件上运行或控制以实施所需功能的软件。它还旨在涵盖“描述”或定义硬件的配置的软件，如用于设计硅芯片或配置通用可编程芯片的以实施所需功能的HDL(硬件描述语言)软件。
[0012]优选的特征可以适当地组合，这对本领域技术人员来说是显而易见的，并且可以与本专利技术的任何方面组合。
附图说明
[0013]将参考以下附图以示例的方式描述本专利技术的实施例，其中：
[0014]图1为根据本专利技术的实施例的用于对生物靶标优先化的系统的框图；
[0015]图2为根据本专利技术的实施例的可以由图1的系统实施的方法的流程图；
[0016]图3为显示任选的特征的系统的分析模块的框图；
[0017]图4为系统可以使用的示例数据源的框图；
[0018]图5为显示任选的特征的系统的优先化模块的框图；
[0019]图6为系统的示例实施方式的框图；
[0020]图7为根据本专利技术另一个实施例的系统的变型的框图；以及
[0021]图8为适于实施本专利技术的实施例的计算机的框图。
[0022]在所有附图中使用共同的附图标记以表示相似的特征。
具体实施方式
[0023]下文仅以示例的方式描述本专利技术的实施例。这些示例表示申请人当前已知的实施本专利技术的最佳方式，尽管它们不是可以实现此的仅有方式。描述阐述了示例的功能以及用于构建和操作示例的步骤的顺序。然而，相同或等效的功能和顺序可以通过不同示例来完成。
[0024]在生物化学领域，开发疾病的新疗法的任务通常涉及尝试鉴定合适的生物靶标，如可以与药物相互作用的基因、核酸序列、蛋白质、氨基酸序列、蛋白质复合物或生物途径。为避免疑义，在本文件中，“核酸序列”包括脱氧核糖核酸(DNA)(包括基因)，以及核糖核酸(RNA)，并且“生物靶标”包括可以被用于治疗疾病的药物靶向的生物分子、复合物或途径。为了从大量潜在候选物中鉴定适合的生物靶标，可以实施对它们的特征的评估和关于哪些候选物符合一组本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种对生物靶标优先化的计算机实施的方法，所述方法包括：接收一个或多个类别的等级的选择；为多个生物靶标中的每个确定所述生物靶标与每个选择的等级的一致性程度；基于所述一致性程度对所述生物靶标优先化；并且输出一个或多个优先化的生物靶标的表示。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述类别的等级表示所述类别的数值或数值范围。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述类别中的一个的所述选择的等级不相互毗邻。4.根据权利要求1或2或3所述的方法，其中，所述等级的选择包括相同类别的至少两个等级。5.根据任一项前述权利要求所述的方法，其中，所述类别表示所述生物靶标的性质。6.根据任一项前述权利要求所述的方法，包括：接收用户输入，所述用户输入包括所述一个或多个类别的等级的选择。7.根据任一项前述权利要求所述的方法，其中，生物靶标与选择的等级之间的所述一致性程度包括所述生物靶标属于所述选择的等级的可能性。8.根据任一项前述权利要求所述的方法，其中，所述可能性对应于相同类别的所有等级中标准化的分布。9.根据任一项前述权利要求所述的方法，包括：确定来自一个或多个数据源的所述一致性程度。10.根据任一项前述权利要求所述的方法，包括：基于各自的数据源从分级中汇总所述一致性程度。11.根据任一项前述权利要求所述的方法，包括：使用经过训练的机器学习分级器确定所述一致性程度。12.根据任一项前述权利要求所述的方法，其中，所述生物靶标包括基因、核酸序列、蛋白质、氨基酸序列、蛋白质复合物和/或生物途径。13.根据任一项前述权利要求所述的方法，其中，对所述生物靶标优先化包括通过为每个选择的等级应用最小所需的一致性程度来鉴定匹配所述用户输入的生物靶标。14.根据权利要求12所述的方法，包括：确定所述一致性程度的置信量度，并且...

【专利技术属性】
技术研发人员：T，
申请(专利权)人：伯耐沃伦人工智能科技有限公司，
类型：发明
国别省市：