预测免疫检查点抑制剂疗法原发耐药的标志物及方法技术

本发明专利技术提供了能够预测肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的方法。本发明专利技术还提供了耐药基因AKT1和/或CDH1、它们的mRNA、cDNA或蛋白及其检测试剂。本发明专利技术的耐药基因及其检测试剂可以用于预测肿瘤患者对免疫治疗的耐药性，以及靶向疗法联合或不联合免疫治疗的敏感性。本发明专利技术的AKT1和/或CDH1基因突变能够作为预测dMMR/MSI

【技术实现步骤摘要】
预测免疫检查点抑制剂疗法原发耐药的标志物及方法


[0001]本专利技术涉及生物
更具体地，本专利技术涉及一种可用于预测dMMR/MSI
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H胃肠癌患者对免疫检查点321制剂疗法的原发耐药的生物学标志物及其用途和使用方法。

技术介绍

[0002]近年来，免疫检查点抑制剂疗法(immune
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checkpoint inhibitor，ICI，包括抗PD
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1/PD
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L1/CTLA
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4抑制剂)已成为肿瘤治疗中广泛应用的治疗方案。2017年，美国FDA批准dMMR(DNA mismatch repair
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deficient，错配修复功能缺陷)/MSI
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H(microsatellite instability
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high，高度微卫星不稳定)作为泛实体瘤患者进行免疫治疗的生物标志物。胃肠肿瘤，包括胃癌和结直肠癌，是dMMR/MSI
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H型泛实体瘤中最常见的肿瘤之一。ICI对晚期或转移性dMMR/MSI
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H胃肠肿瘤的临床疗效已在多项II期和III期研究中得到充分验证，客观缓解率(objective response rate,ORR)在33％至57.1％不等，即其中仍有一半左右甚至更多患者会发生免疫治疗原发耐药(不响应或快速进展)，不能从中获益。但是，临床上尚缺乏可靠的技术手段来甄别dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者中原发耐药的人群。因此，开发合适的生物标志物，精准筛选dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤免疫治疗耐药人群，减少患者不必要的治疗副作用和经济支出，是临床医生迫切需要解决的问题。
[0003]目前针对dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤免疫治疗耐药人群筛选生物标志物的研究报道较少。国外目前有四篇研究分别纳入了45例dMMR/MSI
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H型胃肠道肿瘤患者、19例dMMR/MSI
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H型胃癌患者、22例MSI
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H型结直肠癌患者和29例高肿瘤突变负荷型(tumor mutational burden
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high；TMB
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H)结直肠癌患者进行预测免疫治疗效果生物标志物的分析，均有分析TMB在区分免疫治疗效果中的作用，但研究结果并不一致。
[0004]尽管TMB已在2020年作为泛实体瘤患者进行免疫治疗的生物标志物获得美国FDA批准，但其批准引起颇多争议，TMB检测尚缺乏标准方法，不同检测机构的产品和算法各异，TMB阈值也无统一定论。针对dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤，有限的预测免疫治疗疗效的生物标志物研究中，有研究表明TMB低水平是免疫治疗效果差的生物标志物，也有研究显示TMB水平与免疫治疗效果无相关性，其中TMB检测平台和计算方法不一样，TMB
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H的阈值为10～41不等。
[0005]因此，本领域急需一种可靠且方便应用于临床的预测dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的原发耐药性的生物标志物。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种能够预测dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的原发耐药性的生物标志物，从而能够可靠且方便应用于临床。
[0007]在第一方面，本专利技术提供AKT1基因和/或CDH1基因、它们的mRNA、cDNA、或蛋白或检测试剂的用途，用于制备预测肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的检测试剂或检测试剂盒；或者预测肿瘤患者对使用靶向AKT1和/或CDH1基因和/或相关信号通路抑制剂的
靶向疗法联合或不联合ICI的敏感性的测试剂或检测试剂盒。
[0008]在具体的实施方式中，所述肿瘤是胃肠肿瘤，包括但不限于胃、小肠、结肠、直肠的肿瘤。
[0009]在具体的实施方式中，所述肿瘤患者为dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者，包括dMMR/MSI
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H型胃癌或肠癌患者。
[0010]在优选的实施方式中，所述耐药性是原发耐药性。
[0011]在优选的实施方式中，所述预测是通过检测AKT1突变和/或CDH1突变的存在进行预测。
[0012]在优选的实施方式中，AKT1基因突变和/或CDH1基因突变的存在是胃肠肿瘤患者对ICI耐药的指征；AKT1突变和/或CDH1突变的存在是肿瘤患者对靶向AKT1和/或CDH1基因和/或相关信号通路抑制剂的靶向疗法联合或不联合ICI的敏感性的指征。
[0013]在优选的实施方式中，所述突变为点突变，包括但不限于单核苷酸多态性，碱基取代、插入、缺失、沉默突变、错义突变。
[0014]在优选的实施方式中，所述免疫检查点包括但不限于程序性死亡受体1(PD
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1)、程序性死亡配体1(PD
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L1)、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA
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4)；也包括一些新发现的免疫检查点，例如淋巴细胞活化基因3(LAG3)、T
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细胞免疫球蛋白和ITIM结构域(TIGIT)、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白
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3(TIM
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3)、T细胞活化的V结构域免疫球蛋白抑制剂(VISTA)、腺苷A2a受体(A2aR)唾液酸结合性免疫球蛋白样凝集素7/9等；优选PD
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1、或PD
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L1、或CTLA
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4。
[0015]在第二方面，本专利技术提供一种用于预测或筛查肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的试剂盒，所述试剂盒中包括检测AKT1基因突变和/或CDH1基因突变、它们的mRNA、cDNA、或蛋白的试剂。
[0016]在具体的实施方式中，所述试剂盒还包括指导如何利用检测AKT1基因突变和/或CDH1基因突变的试剂来预测或筛查肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的使用说明书。
[0017]在具体的实施方式中，所述肿瘤是胃肠肿瘤，包括但不限于胃、小肠、结肠、直肠的肿瘤。
[0018]在具体的实施方式中，所述肿瘤患者为dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者，包括dMMR/MSI
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H型胃癌或肠癌患者。
[0019]在优选的实施方式中，所述检测剂在核酸水平进行；优选地，所述检测剂用于执行以下任一种方法：聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及HRM法；
[0020]在优选的实施方式中，所述检测剂在蛋白水平进行；优选地，所述检测剂用于执行以下任一种方法：生物质谱法、氨基酸测序法、电泳法以及用特异性针对突变位点所设计的抗体进行检测。
[0021]在优选的实施方式中，所述本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.AKT1基因和/或CDH1基因、它们的mRNA、cDNA、或蛋白或检测试剂的用途，用于制备预测肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的检测试剂或检测试剂盒；或者预测肿瘤患者对使用靶向AKT1和/或CDH1基因和/或相关信号通路抑制剂的靶向疗法联合或不联合ICI的敏感性的测试剂或检测试剂盒。2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述肿瘤是胃肠肿瘤，包括但不限于胃、小肠、结肠、直肠的肿瘤。3.如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述肿瘤患者为dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患者，包括dMMR/MSI
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H型胃癌或肠癌患者。4.一种用于预测或筛查肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的试剂盒，所述试剂盒中包括检测AKT1基因突变和/或CDH1基因突变、它们的mRNA、cDNA、或蛋白的试剂。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括指导如何利用检测AKT1基因突变和/或CDH1基因突变的试剂来预测或筛查肿瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性的使用说明书。6.如权利要求4或5所述的试剂盒，其特征在于，所述肿瘤是胃肠肿瘤，包括但不限于胃、小肠、结肠、直肠的肿瘤。7.如权利要求4或5所述的试剂盒，其特征在于，所述肿瘤患者为dMMR/MSI
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H型胃肠肿瘤患...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈琳，李健，王正航，张琪，齐长松，白跃宗，陈慧，赵飞龙，蔡金萍，陈世清，赵晓忱，熊磊，
申请(专利权)人：上海思路迪医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：