用于遗传变异的非侵入性评估的方法和过程技术

本文提供用于遗传变异的非侵入性评估的方法和过程以及操作、系统、装置和设备。装置和设备。

【技术实现步骤摘要】
用于遗传变异的非侵入性评估的方法和过程
[0001]相关专利申请
[0002]本专利申请要求2013年6月21日提交的名为“用于遗传变异的非侵入性评估的方法和过程(METHODS AND PROCESSES FOR NON
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INVASIVE ASSESSMENT OF GENETIC VARIATIONS)”，专利技术人为Sung K.Kim等，案卷号为SEQ
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6071
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PV的美国临时专利申请61/838,048的权益。前述专利申请的全部内容通过引用纳入本文，包括其文本、表格和附图。
[0003]领域
[0004]本文提供的技术部分涉及用于遗传变异的非侵入性评估的方法、过程和设备。
[0005]背景
[0006]活体生物(如动物、植物和微生物)的遗传信息和复制遗传信息的其他形式(如病毒)被编码成脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。遗传信息是代表化学或假定核酸的一级结构的一连串核苷酸或修饰的核苷酸。人的完整基因组包含位于二十四(24)条染色体上的约30,000个基因(见《人类基因组》(The Human Genome)，T.Strachan，BIOS科学出版社、1992)。各基因编码特定蛋白质，所述蛋白质在通过转录和翻译表达之后，在活细胞中实现特定的生物化学功能。
[0007]许多医学病症由一种或多种遗传变异引起。某些遗传变异引起医学病症，包括例如血友病、地中海贫血、杜氏肌营养不良症(DMD)、亨廷顿氏病(HD)、阿尔茨海默病和囊性纤维化(CF)(《人类基因组突变》(Human Genome Mutations)，D.N.Cooper和M.Krawczak，BIOS出版社、1993)。这类遗传疾病可能由特定基因DNA中单个核苷酸的加入、取代或缺失所致。某些出生缺陷由染色体异常(也称为非整倍性)造成，例如21三体性(唐氏综合征)、13三体性(帕陶氏综合征)、18三体性(爱德华氏综合征)、X单体性(特纳氏综合征)和某些性染色体非整倍性如克氏综合征(XXY)。其他遗传变异是胎儿性别，这通常可基于性染色体X和Y来确定。一些遗传变异使个体倾向于或引起许多疾病中的任一种，例如糖尿病、动脉硬化、肥胖症、各种自体免疫疾病和癌症(如结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、肺癌)。
[0008]对一种或多种遗传变异或变化的鉴定可有助于诊断特定医学病症，或确定特定医学病症的诱因。鉴定遗传变异能帮助医疗决策和/或使用有益的医疗方案。在某些实施方式中，对一种或多种遗传变异或变化的鉴定涉及分析无细胞DNA。无细胞DNA(CF
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DNA)由来自细胞死亡和外周血循环的DNA片段组成。高浓度的CF
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DNA能指示某些临床病症，例如癌症、创伤、烧伤、心肌梗塞、中风、败血症、感染和其它疾病。此外，无细胞胎儿DNA(CFF
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DNA)能在母本血流中检测，并且用于多种非侵入性产前诊断。
[0009]胎儿核酸存在于母本血浆中使得通过分析母本血样来进行非侵入性产前诊断。例如，母本血浆中胎儿DNA的定量异常能与多种妊娠相关疾病关联，所述疾病包括先兆子痫、未足月产、产前出血、侵入性胎盘形成、胎儿唐氏综合征和其它胎儿染色体非整倍性。因此，分析母本血浆中的胎儿核酸可以是监控母婴健康的有用机制。
[0010]概述
[0011]在某些方面，本文提供一种评估来自妊娠女性的测试样品中胎儿核酸的分数的方法，所述方法包括：(a)获得映射至参照基因组的部份的序列读数的计数，其中序列读数是
来自妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数、(b)采用微处理器，通过与各部份独立关联的加权因子，将(i)映射至各部份的序列读数的计数，或(ii)其它部份
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特异的参数与部份
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特异的胎儿核酸分数加权，由此提供基于所述加权因子的部份
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特异的胎儿分数估值，其中各加权因子已由以下各部份之间的拟合相关性确定：(i)多个样品中各样品的胎儿核酸分数和(ii)多个样品的映射至各部份的序列读数的计数或其它部份
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特异的参数，和(c)基于所述部份
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特异的胎儿分数估值，评估测试样品的胎儿核酸的分数。
[0012]本文还提供一种评估来自妊娠女性的测试样品中胎儿核酸的分数的方法，所述方法包括(a)获得映射至参照基因组的部份的序列读数的计数，其中，序列读数是来自妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数、(b)(i)采用微处理器，根据独立分配至各部份的加权因子，调节映射至各部份的序列读数的计数，由此提供关于所述部份的经调节的计数，或(b)(ii)采用微处理器，选择部份的子集，由此提供计数的子集，其中(b)(i)中的调节或(b)(ii)中的选择基于这样的部份，其中，映射至所述部份的来自胎儿核酸的读数的量增加，和(c)基于经调节的计数或计数的子集评估测试样品的胎儿核酸分数。
[0013]本文还提供一种提高妊娠女性的测试样品中胎儿核酸的分数的评估的精确性的方法，所述方法包括获得映射至参照基因组的部份的序列读数的计数，所述序列读数是妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数，其中至少所获计数的子集源自所述基因组的区域，所述区域有利于得到比相对基因组其他区域总计数的胎儿核酸计数更大数量的相对该区域总计数的胎儿核酸计数。
[0014]本文还提供一种系统、装置或设备，其包含一个或多个微处理器和存储器，其中存储器包含可由所述一个或多个微处理器执行的指令，并且其中该可由一个或多个微处理器执行的指令用于(a)访问映射至参照基因组的部份的核苷酸序列读数，其中，序列读数是来自妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数、(b)基于与各部份独立关联的加权因子，将(i)映射至各部份的序列读数的计数，或(ii)其它部份
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特异的参数，与部份
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特异的胎儿核酸分数加权，由此提供基于该加权因子的部份
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特异的胎儿分数估值，其中各加权因子已由如下二者之间的各部份的拟合相关性确定：(i)多个样品中各样品的胎儿核酸的分数，和(ii)多个样品的映射至各部份的序列读数的计数，或其它部份
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特异的参数，和(c)基于所述部份
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特异的胎儿分数估值，评估测试样品的胎儿核酸的分数。
[0015]本文还提供一种装置，其包含一个或多个一个或多个微处理器和存储器，其中存储器包含可由所述一个或多个微处理器执行的指令，并且其中存储器包含映射至参照基因组的部份的核苷酸序列读数，其中序列读数是来自妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数，并且其中可由所述一个或多个微处理器执行的指令用于(a)基于与各部份独立关联的加权因子，采用微处理器，将(i)映射至各部份的序列读数的计数，或(ii)其它部份
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特异的参数与部份
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特异的胎儿核酸分数加权，由此提供基于所述加权因子的部份
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特异的胎儿分数估值，其中，各所述加本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种评估来自妊娠女性的测试样品中胎儿核酸分数的方法，所述方法包括：(a)获取映射至参照基因组各部份的序列读数的计数，其中序列读数是妊娠女性测试样品的循环无细胞核酸的读数，(b)选择部份的子集，由此提供计数子集，所述计数子集来自基因组如下所述的区域，即所述区域有利于得到比相对基因组其他区域总计数的胎儿核酸计数更大数量的相对该区域总计数的胎儿核酸计数；以及(c)基于所述部份的子集来评估所述测试样品的胎儿核酸分数。2.如权利要求1所述的方法，其中，(b)中的选择是根据胎儿核酸序列读数映射数量大于其他部分的胎儿核酸序列读数映射数量的部分。3.如权利要求1所述的方法，其中，(b)中的选择是根据如下所述的部分，即所述部分的相对非胎儿核酸的映射至所述部分的胎儿核酸序列读数数量大于其他部分的相对非胎儿核酸的胎儿核酸序列读数数量。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，映射有增加量的胎儿核酸读数的部份根据X与Y的比率确定，其中，X是源自长度短于第一选定片段长度的循环无细胞(CCF)片段的...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：塞昆纳姆股份有限公司，
类型：发明
国别省市：