本发明专利技术涉及与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用，属于分子标记与遗传育种技术领域。本发明专利技术所述与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上106992693bp位点处。本发明专利技术所述分子标记与绵羊单胎高产羔数性状显著相关，利用本发明专利技术所述分子标记对初生绵羊KIRREL1基因型进行快速分型即可确定待测绵羊产羔性能，便于种羊选留。便于种羊选留。便于种羊选留。
【技术实现步骤摘要】
与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用
[0001]本专利技术涉及分子标记与遗传育种
，具体涉及与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用。
技术介绍
[0002]据2021年国家统计局数据，2020年底我国活羊存栏量3亿多只，其中绵羊1.73亿只，在我国肉羊生产中占据了大半江山。随着人们生活水平的提高以及对美好生活的向往，羊肉的消费和需求量显著增加，提升肉羊生产水平是现阶段亟待解决的关键问题。绵羊产单羔极大的制约了肉羊产业的发展，而提高绵羊母羊的每胎产羔数是快速提升肉羊整体产肉量、提高生产经济效益的重要措施，也是培育具有单胎多羔性状新品种的重要方法。因此，应用基因组学方法能在整个基因组的水平去筛选出与绵羊产羔数性状相关的候选基因和分子标记，在肉羊群体中广泛推广应用，可对我国绵羊业的健康高质量发展带来巨大的经济效益。挖掘出其与绵羊产羔数相关的分子标记可为高繁殖力绵羊育种和羊肉产量提升提供有效工具。
技术实现思路
[0003]本专利技术的目的在于提供与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用。本专利技术所述分子标记与绵羊单胎高产羔数性状显著相关，通过对初生绵羊KIRREL1基因型进行快速分型即可确定待测绵羊产羔性能，便于种羊选留。
[0004]本专利技术提供了一种与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上106992693bp位点处。
[0005]优选的是，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述分子标记在SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5
’
端起第101位存在C/T碱基突变。
[0006]本专利技术还提供了基于上述技术方案所述的分子标记的利用Sequenom技术检测绵羊单胎产羔数的引物组，所述引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的上游引物、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的下游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的延伸引物。
[0007]本专利技术还提供了一种利用Sequenom技术检测绵羊单胎产羔数的试剂盒，所述试剂盒包括检测上述技术方案所述分子标记的试剂或上述技术方案所述的引物组。
[0008]优选的是，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg
2+
、PCR反应缓冲液、SAP酶和SNP分子标记标准阳性模板。
[0009]本专利技术还提供了基于上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒的检测绵羊单胎产羔数的方法，包括以下步骤：
[0010]1)提取待测绵羊的基因组DNA；
[0011]2)以所述待测绵羊的基因组DNA为模板，利用上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒中的正向引物和反向引物进行PCR反应，获得PCR产物，用SAP酶消化所述PCR产物，得到消化产物；
[0012]3)以所述消化产物为模板，使用上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒中的延伸引物进行延伸反应，得到延伸产物；
[0013]4)利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术分析延伸产物，确定绵羊KIRREL1基因型。
[0014]优选的是，所述PCR反应的反应体系，每5μL包括：浓度为10ng/μL基因组DNA样品1μL，10
×
PCR反应缓冲液0.5μL，25mmol/L MgCl2溶液0.4μL，25μmol/L dNTPs 0.1μL，5U/μL Taq DNA聚合酶0.2μL，10pmol/L正向引物和反向引物各0.5μL和去离子水1.8μL；
[0015]所述PCR反应的反应程序为：95℃2min；95℃20s，58℃30s，72℃60s，40个循环；72℃5min。
[0016]优选的是，所述延伸反应的反应体系，每2μL包括：10
×
iplex Buffer Plus 0.2μL，iplex Terminator 0.2μL，0.6～1.3μmol/L延伸引物0.94μL，iplex Enzyme 0.041μL，去离子水0.619μL；
[0017]所述延伸反应的反应程序为：95℃30s；95℃5s，(52℃5s，80℃5s，5个循环)，40个循环；72℃3min。
[0018]本专利技术还提供了检测上述技术方案所述SNP分子标记的试剂在单胎多羔绵羊新品种培育或绵羊群体繁殖力提升中应用。
[0019]本专利技术还提供了上述技术方案所述的引物组或上述技术方案所述的试剂盒在检测绵羊KIRREL1基因型中的应用。
[0020]本专利技术提供了与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记。本专利技术所述分子标记基于绵羊基因组序列信息(Oar_v3.1)，该SNP分子标记在绵羊第12号染色体上第106992693bp位点上存在C/T碱基突变，与绵羊单胎高产羔数性状显著相关。本专利技术通过对初生绵羊KIRREL1基因型进行快速分型即可确定待测绵羊产羔性能，便于种羊选留。本专利技术提供的检测所述绵羊SNP位点基因型的方法，灵敏度、准确性、稳定性好、性价比更高，可对所述SNP位点实现自动化检测。在绵羊生产过程中，可对TT和CT型个体进行选留，从而提高绵羊群体的繁殖力。
附图说明
[0021]图1为本专利技术提供的通过扩增和延伸后，产物的飞行质谱检测图。
具体实施方式
[0022]本专利技术提供了一种与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上106992693bp位点处。KIRREL是类IRRE蛋白1系属(Kin of IRRE
‑
like protein 1，亦被称为NEPH1)，所述SNP分子标记位于KIRREL1基因内，存在C/T碱基突变。
[0023]在本专利技术中，所述分子标记的核苷酸序列优选如SEQ ID NO.1所示：AGAGATGACTCCAGGGCTGGGCTTTCAGTCATCAGGGCACTGTTGGCCACATCCTGCACTGACTCTGCTCTGCTCTTCCCCACAGTC
CCCCCAGAGGACAYCAGGATTGATGGCGGTCCTGTGATCCTGCTGCAGGCGGGCACCCCCCACAACCTCACATGCCGCGCCTT，Y＝C/T，所述分子标记在SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5
’
端起第101位存在C/T碱基突变。
[0024]本专利技术还提供了基于上述技术方案所述的分子标记的利用Sequenom技术检测绵羊单胎产羔数的引物组，所述引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的上游引物(F)：ACGTTGGATGCTGACTCTGCTCTGCTCTTC、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的下游引物(R)：ACGTTGGATGTGCAGCAGGATCAC本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，其特征在于，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上106992693bp位点处。2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述分子标记在SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5
’
端起第101位存在C/T碱基突变。3.基于权利要求1或2所述的分子标记的利用SequenomSNP技术检测绵羊单胎产羔数的引物组，其特征在于，所述引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的上游引物、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的下游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的延伸引物。4.一种利用SequenomSNP技术检测绵羊单胎产羔数的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括检测权利要求1或2所述分子标记的试剂或权利要求3所述的引物组。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg
2+
、PCR反应缓冲液、SAP酶和SNP分子标记标准阳性模板。6.基于权利要求3所述引物组或权利要求4或5所述试剂盒的检测绵羊单胎产羔数的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2)以所述待测绵羊的基因组DNA为模板，利用权利要求3所述引物组或权利要求4或5所述试剂盒中的正向引物和反向引物进行PCR反应，获得PCR产物，用SAP酶消化所述PCR产物，得到消化产物；3)以...
【专利技术属性】
技术研发人员：贺小云，储明星，狄冉，王翔宇，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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