一种用于检测融合基因的核酸组合物及其试剂盒和检测方法技术

技术编号:33703308 阅读:24 留言:0更新日期:2022-06-06 08:20
本发明专利技术公开了一种用于检测融合基因的核酸组合物及其试剂盒和检测方法,涉及分子生物学技术领域,本发明专利技术提供的核酸组合物适用于对多种融合基因在RNA层面的同时检测,且检测的灵敏度高、准确性好,检测结果很稳定的同时,显著降低了检测成本,有助于辅助评估融合基因的转录活跃状态,为更精准靶向用药提供了有效的数据支持。数据支持。数据支持。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测融合基因的核酸组合物及其试剂盒和检测方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学
,具体而言,涉及一种用于检测融合基因的核酸组合物及其试剂盒和检测方法。

技术介绍

[0002]融合基因是指两个基因的编码区首尾相连构成的嵌合基因。当染色体发生易位,重排或者缺失时,都有可能产 生融合基因。融合基因广泛分布在各个癌种,是重要的致癌机制,多种融合基因已经成为了癌症的治疗靶点。通过 对融合基因的精确检出,能为肿瘤后续治疗提供更多的帮助。
[0003]目前,常用的在核酸水平检测融合基因的技术有荧光原位杂交法(fluorescence in situ hybridization,FISH),逆 转录聚合酶链反应(reverse transcriptase

polymerase chain reaction,RT

PCR)以及NGS测序。FISH和RT

PCR一个 反应只能检测一种融合基因类型,检测通量低且操作复杂。而NGS测序可以进行DNA,RNA层面的融合基因检测, 但是DNA层面由于内含子部分序列的复杂性,探针覆盖以及测序深度等问题,会影响融合基因检测的准确性以及有 效数据占比。RNA层面的NGS测序,如全转录组测序通常需要较大的测序数据量和测序深度才能满足融合基因检测 的准确性,由此带来了检测成本大幅度的提高。如何在低成本地实现多种融合基因的有效检测成为如今亟待解决的 问题之一。
[0004]鉴于此,特提出本专利技术。
专利技术内容
[0005]本专利技术的目的在于提供一种用于检测融合基因的核酸组合物及其试剂盒和检测方法。
[0006]本专利技术是这样实现的:
[0007]第一方面,本专利技术实施例提供了一种用于检测融合基因的核酸组合物,其包括(1)~(71)中的至少一项:(1) 用于检测BCR

ABL1融合基因的引物对1~6中的至少一组;(2)用于检测ETV6

ABL1融合基因的引物对7;(3) 用于检测NUP214

ABL1融合基因的引物对8~13中的至少一组;(4)用于检测EML4

ALK融合基因的引物对14~19 中的至少一组;(5)用于检测KIAA1549

BRAF融合基因的引物对20~24中的至少一组;(6)用于检测LMNA

NTRK1 融合基因的引物对25;(7)用于检测TFG

NTRK1融合基因的引物对26~27中的至少一组;(8)用于检测TP53

NTRK1 融合基因的引物对28~30中的至少一组;(9)用于检测QKI

NTRK2融合基因的引物对31;(10)用于检测 NACC2

NTRK2融合基因的引物对32;(11)用于检测ETV6

NTRK3融合基因的引物对33~34中的至少一组;(12) 用于检测NTRK3

ETV6融合基因的引物对35;(13)用于检测CCDC6

RET融合基因的引物对36~38中的至少一组; (14)用于检测NCOA4

RET融合基因的引物对39;(15)用于检测KIF5B

RET融合基因的引物对40~44中的至少 一组;(16)用于检测PRKAR1A

RET融合基因的引物对45;(17)用于检测GOLGA5

RET融合基因的引物对46; (18)用于检测CD74

ROS1融合基因的引物对47~48中的至少一组;(19)
用于检测SLC34A2

ROS1融合基因的引 物对49~50中的至少一组;(20)用于检测EZR

ROS1融合基因的引物对51;(21)用于检测GOPC

ROS1融合基因 的引物对52~53中的至少一组;用于检测SDC4

ROS1融合基因的引物对54~57中的至少一组;(22)用于检测 LRIG3

ROS1融合基因的引物对58;(23)用于检测TPM3

ROS1融合基因的引物对59~60中的至少一组;(24)用 于检测EWSR1

FLI1融合基因的引物对61~65中的至少一组;(25)用于检测EWSR1

ATF1融合基因的引物对66~68 中的至少一组;(26)用于检测EWSR1

ERG融合基因的引物对69~72中的至少一组;(27)用于检测EWSR1

WT1 融合基因的引物对73~76中的至少一组;(28)用于检测EWSR1

NR4A3融合基因的引物对77~79中的至少一组;(29) 用于检测EWSR1

CREB1融合基因的引物对80;(30)用于检测EWSR1

DDIT3融合基因的引物对81~82中的至少 一组;(31)用于检测EWSR1

POU5F1融合基因的引物对83~85中的至少一组;(32)用于检测EWSR1

FEV融合基 因的引物对86~87中的至少一组;(33)用于检测EWSR1

PBX1融合基因的引物对88;(34)用于检测EWSR1

ETV1 融合基因的引物对89;(35)用于检测EWSR1

NFATC2融合基因的引物对90;(36)用于检测EWSR1

ETV4融合基 因的引物对91~92中的至少一组;(37)用于检测FGFR1

PLAG1融合基因的引物对93~94中的至少一组;(38)用 于检测FGFR1

ZNF703融合基因的引物对95;(39)用于检测FGFR3

TACC3融合基因的引物对96~99中的至少一 组;(40)用于检测PCM1

JAK2融合基因的引物对100~103中的至少一组;(41)用于检测JAK2

PCM1融合基因的 引物对104~105中的至少一组;(42)用于检测ETV6

JAK2融合基因的引物对106;(43)用于检测JAK2

ETV6融 合基因的引物对107;(44)用于检测BCR

JAK2融合基因的引物对108~110中的至少一组;(45)用于检测PAX5

JAK2 融合基因的引物对111;(46)用于检测SEC31A

JAK2融合基因的引物对112;(47)用于检测SSBP2

JAK2融合基 因的引物对113;(48)用于检测ETV6

PDGFRB融合基因的引物对11本文档来自技高网
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测融合基因的核酸组合物,其特征在于,其包括(1)~(71)中的至少一项:(1)用于检测BCR

ABL1融合基因的引物对1~6中的至少一组;(2)用于检测ETV6

ABL1融合基因的引物对7;(3)用于检测NUP214

ABL1融合基因的引物对8~13中的至少一组;(4)用于检测EML4

ALK融合基因的引物对14~19中的至少一组;(5)用于检测KIAA1549

BRAF融合基因的引物对20~24中的至少一组;(6)用于检测LMNA

NTRK1融合基因的引物对25;(7)用于检测TFG

NTRK1融合基因的引物对26~27中的至少一组;(8)用于检测TP53

NTRK1融合基因的引物对28~30中的至少一组;(9)用于检测QKI

NTRK2融合基因的引物对31;(10)用于检测NACC2

NTRK2融合基因的引物对32;(11)用于检测ETV6

NTRK3融合基因的引物对33~34中的至少一组;(12)用于检测NTRK3

ETV6融合基因的引物对35;(13)用于检测CCDC6

RET融合基因的引物对36~38中的至少一组;(14)用于检测NCOA4

RET融合基因的引物对39;(15)用于检测KIF5B

RET融合基因的引物对40~44中的至少一组;(16)用于检测PRKAR1A

RET融合基因的引物对45;(17)用于检测GOLGA5

RET融合基因的引物对46;(18)用于检测CD74

ROS1融合基因的引物对47~48中的至少一组;(19)用于检测SLC34A2

ROS1融合基因的引物对49~50中的至少一组;(20)用于检测EZR

ROS1融合基因的引物对51;(21)用于检测GOPC

ROS1融合基因的引物对52~53中的至少一组;用于检测SDC4

ROS1融合基因的引物对54~57中的至少一组;(22)用于检测LRIG3

ROS1融合基因的引物对58;(23)用于检测TPM3

ROS1融合基因的引物对59~60中的至少一组;(24)用于检测EWSR1

FLI1融合基因的引物对61~65中的至少一组;(25)用于检测EWSR1

ATF1融合基因的引物对66~68中的至少一组;(26)用于检测EWSR1

ERG融合基因的引物对69~72中的至少一组;(27)用于检测EWSR1

WT1融合基因的引物对73~76中的至少一组;(28)用于检测EWSR1

NR4A3融合基因的引物对77~79中的至少一组;(29)用于检测EWSR1

CREB1融合基因的引物对80;(30)用于检测EWSR1

DDIT3融合基因的引物对81~82中的至少一组;(31)用于检测EWSR1

POU5F1融合基因的引物对83~85中的至少一组;(32)用于检测EWSR1

FEV融合基因的引物对86~87中的至少一组;(33)用于检测EWSR1

PBX1融合基因的引物对88;(34)用于检测EWSR1

ETV1融合基因的引物对89;(35)用于检测EWSR1

NFATC2融合基因的引物对90;(36)用于检测EWSR1

ETV4融合基因的引物对91~92中的至少一组;
(37)用于检测FGFR1

PLAG1融合基因的引物对93~94中的至少一组;(38)用于检测FGFR1

ZNF703融合基因的引物对95;(39)用于检测FGFR3

TACC3融合基因的引物对96~99中的至少一组;(40)用于检测PCM1

JAK2融合基因的引物对100~103中的至少一组;(41)用于检测JAK2

PCM1融合基因的引物对104~105中的至少一组;(42)用于检测ETV6

JAK2融合基因的引物对106;(43)用于检测JAK2

ETV6融合基因的引物对107;(44)用于检测BCR

JAK2融合基因的引物对108~110中的至少一组;(45)用于检测PAX5

JAK2融合基因的引物对111;(46)用于检测SEC31A

JAK2融合基因的引物对112;(47)用于检测SSBP2

JAK2融合基因...

【专利技术属性】
技术研发人员:李晓爽张利利王伟伟田埂
申请(专利权)人:元码基因科技北京股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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