一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法及其应用及试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法，其包括以下步骤：(1)提取待测鸡DNA样本；以所述待测鸡DNA为模板，进行PCR扩增，检测是否具有序列如SEQ ID NO：1所示的分子标记。本发明专利技术还公开了SH3RF2基因分子标记在肉鸡体重选育中的应用、试剂盒、以及用于肉鸡体重选育的分子标记。本发明专利技术利用了SH3RF2基因的第6内含子和外显子剪接区域存在19bp的小片段插入缺失变异，该插入突变获得的分子标记显著影响肉鸡6

【技术实现步骤摘要】
一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法及其应用及试剂盒


[0001]本专利技术属于基因工程领域，具体涉及一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法及其应用及试剂盒。

技术介绍

[0002]分子标记辅助选择(MAS，marker
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assisted selection)是目前畜禽分子育种最为常规和有效的育种手段，它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。目前，MAS技术应用主要集中在基因聚合(Gene pyramiding)、基因渗入(Gene transgression)、根据育种计划构建基因系等方面。在鸡育种中最为典型的育种案例即为鸡性连锁矮小基因(dw基因)的鉴定，目前多家育种公司利用该基因的分子标记辅助选育，从而培育出节粮型的矮脚肉鸡和蛋鸡，为推动鸡育种做出极大贡献(牛晓艳，2006；孙建等，2011；楼立峰等，2010)。
[0003]家鸡在驯化过程中，根据人类的需求，人工培育出快大型商品肉鸡和高繁殖力的商用蛋鸡。通过全基因组遗传选择分析，可以揭示控制家鸡重要经济性状的遗传调控机制，进而对鸡进行针对性的选育。2012年，Rubin等人对鸡的多个品系进行全基因组的重测序，发现了许多鸡基因组中的选择性清除区域。结果发现，位于13号染色体上的SH3RF2基因存在18kb的插入缺失突变，该大片段缺失突变与生长性状密切相关，并且缺失型在快大型肉鸡中得到固定，而在低生长或者未经选育的品系中基因频率较低(Rubin等,2010)。这为研究SH3RF2基因与生长性状的关系提供了前期基础。现有技术认为SH3RF2基因上18,961bp的大片段缺失突变是影响肉鸡体重的重要标记，但是在我国大多数地方鸡品种中均未发现此大片段缺失等位基因的存在，中国农业大学曲鲁江研究组同步对国内15个鸡种进行长片段缺失检测，均检测不到大片段的缺失存在(赵妤娟等，2012)。
[0004]以上研究表明，前期针对鸡SH3RF2的遗传标记不存在于当前国内多个地方品种中。而针对该基因是否可以作为国内肉鸡体重性状分子选育的遗传标记基因，值得开展更为精细的基因变异扫描和鉴定，从而确定有效的遗传标记位点，为实施国内肉鸡的分子辅助选育提供新的分子标记，从而促进肉鸡体重的分子选育工作。

技术实现思路

[0005]本专利技术的一个目的是针对以上要解决的技术问题，提供一种与肉鸡体重相关的分子标记，其能够对鸡进行有效体重选育。
[0006]为了实现以上专利技术目的，本专利技术提供了一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法，其包括以下步骤：
[0007](1)提取待测鸡DNA；
[0008](2)以所述待测鸡DNA为模板，进行PCR扩增，检测是否具有序列如SEQ ID NO：1所示的分子标记。
[0009]优选地，使用引物对扩增所述待测鸡DNA，所述引物对的正向引物序列如SEQ ID NO：3所示，反向引物序列如SEQ ID NO：4所示。
[0010]优选地，所述PCR扩增的反应体系总体积为10μL，其中所述待测鸡DNA模板1μL，正向引物和反向引物各0.2nmol/μL，PCR通用预混液5μL，最后加入去离子水至总反应体积为10μL。
[0011]优选地，所述PCR扩增的反应条件为：95℃预变性3min后，循环33次95℃变性30s、61℃退火30s、72℃延伸15s；最后72℃延伸3min。
[0012]另一方面，本专利技术还提供了SH3RF2基因分子标记在肉鸡体重选育中的应用，其中，所述分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列第35个碱基处发生19bp的插入突变，所述插入突变的序列如SEQ ID NO：2所示，对应如SEQ ID NO：1所示的序列的第17
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35个碱基片段。
[0013]另一方面，本专利技术还提供了一种用于肉鸡体重选育的分子标记，其中，所述分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列第35个碱基处发生19bp的插入突变，所述插入突变的序列如SEQ ID NO：2所示，对应如SEQ ID NO：1所示的序列的第17
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35个碱基片段相同。
[0014]另一方面，本专利技术还提供了引物对，其中，所述引物对特异性扩增所述的分子标记，所述引物对的正向引物序列如SEQ ID NO：3所示，反向引物序列如SEQ ID NO：4所示。
[0015]另一方面，本专利技术还提供了一种试剂盒，其包括用于检测分子标记的PCR扩增引物对，所述引物对的正向引物序列如SEQ ID NO：3所示，反向引物序列如SEQ ID NO：4所示，所述分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列第35个碱基处发生19bp的插入突变，所述插入突变的序列如SEQ ID NO：2所示，对应如SEQ ID NO：1所示的序列的第17
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35个碱基片段相同。
[0016]优选地，所述试剂盒还包括PCR通用预混液。
[0017]另一方面，本专利技术还提供了一种肉鸡体重选育方法，其中，应用所述的试剂盒对待测样品进行检测。
[0018]本专利技术利用了SH3RF2基因的第6内含子和外显子剪接区域存在19bp的小片段插入缺失变异，该插入突变获得的分子标记显著影响肉鸡6
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12周龄的体重。使用该分子标记，可以快速检测肉鸡群体中不同个体的基因型，进而依据基因型来预测不同个体体重的差异，进行地方鸡种肉鸡生长性状如体重的选育，剔除生长体重较轻的个体，从而提高选育效率。
附图说明
[0019]图1是本专利技术分子标记的PCR产物检测分型图。图中，II为插入型基因型，DD为未插入型基因型，ID为杂合型，M为DL2000分子标志物，用于判断序列长度。
[0020]图2是本专利技术分子标记所涉及的19bp插入变异的测序图。
具体实施方式
[0021]以下结合具体实施例，对本专利技术作进一步说明。应理解，以下实施例仅用于说明本专利技术，而非用于限制本专利技术的范围。
[0022]除非特别说明，以下实施例中所使用的的实验仪器、试剂、通用实验步骤均为现有的实验仪器、试剂、通用实验步骤，本领域技术人员可通过商业渠道购买获得。
EDTA
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Na2含量制备鸡的抗凝血样品，其中EDTA
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Na2由生工生物工程(上海)股份有限公司提供。依据实施例1中所述的方法进行抗凝血检测样本DNA的制备。
[0043]选取221个通过以上制得的个体样本的DNA进行基因分型检测，具体方法参照实施例1中分子标记序列的扩增制备、PCR检测和个体等位基因分型。
[0044]最后依据基因型和群体的生长表型体重指标进行基因型和表型间的关联分析，为育种筛选生长性状相关的优势等位基因提供方案。
[0045]实验结果及分析具体如下：
[0046](1)根据实施例1中的方案进行群体的基因分型检测，其中检测后获得36个个体为插入型(II)，39个个体为本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种利用分子标记对鸡进行体重选育的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)提取待测鸡DNA；(2)以所述待测鸡DNA为模板，进行PCR扩增，检测是否具有序列如SEQ ID NO：1所示的分子标记。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，使用引物对扩增所述鸡样本DNA，所述引物对的正向引物序列如SEQ ID NO：3所示，反向引物序列如SEQ ID NO：4所示。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系总体积为10μL，其中所述待测鸡DNA模板1μL，正向引物和反向引物各0.2nmol/μL，PCR通用预混液5μL，最后加入去离子水至总反应体积为10μL。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应条件为：95℃预变性3min后，循环33次95℃变性30s、61℃退火30s、72℃延伸15s；最后72℃延伸3min。5.SH3RF2基因分子标记在肉鸡体重选育中的应用，其特征在于，所述分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列第35个碱基处发生19bp的插入突变，所述插入...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾新正，陈淑慧，贾少炎，谢夏兰，林树茂，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：