鉴定用于靶向基因的一种或多种化合物制造技术

提供了鉴定工具化合物的计算机实施的方法。该方法包括：在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第一靶基因的第一候选化合物；通过以下方式为每个第一候选化合物生成第一指纹：在所述数据库中搜索与第一候选化合物相关的基因，并预测与第一候选化合物相关的基因；和利用第一指纹过滤第一候选化合物，以鉴定出靶向所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定用于靶向基因的一种或多种化合物
[0001]本申请涉及用于识别工具化合物的系统和方法。工具化合物是可用于靶向基因以测试该基因是否与研究中的疾病相关的化合物。

技术介绍

[0002]在药物发现领域，疾病靶标假设是一种疾病与靶基因相关的假设。为了测试疾病靶标假设，药物发现科学家有兴趣了解哪些是可用于靶向基因的优化工具化合物。
[0003]然而，鉴定用于测试基因的最有效和商业上可行的工具化合物的过程是耗时的，这给药物发现计划带来了显著的延迟和成本。
[0004]需要一种更有效地鉴定用于靶向基因的工具化合物的技术，以帮助实现疾病靶标假设的快速、大量验证。
[0005]下文所描述的实施方案不限于解决上文所描述的已知方法的任何或全部缺点的实施方式。

技术实现思路

[0006]提供本
技术实现思路
的目的是以简化形式介绍下文在具体实施方式中进一步描述的一系列概念。本
技术实现思路
不旨在标识要求保护的主题的关键特征或必要特征，也不旨在用于确定要求保护的主题的范围。
[0007]在第一方面，本公开提供了一种鉴定工具化合物的计算机实施的方法，该方法包括：在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第一靶基因的第一候选化合物；通过以下方式为每个第一候选化合物生成第一指纹：在所述数据库中搜索与第一候选化合物相关的基因，并预测与第一候选化合物相关的基因；并利用第一指纹过滤第一候选化合物，以鉴定出靶向所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。
[0008]任选地，预测与第一候选化合物相关的基因可以包括使用经训练的机器学习模型来预测与一系列化合物的基因相互作用谱。
[0009]任选地，该模型可以包括神经网络。
[0010]任选地，该方法可以包括仅在数据库中没有可用关联数据时预测与第一候选化合物相关的基因。
[0011]任选地，过滤第一候选化合物可以包括将每个第一指纹与理论工具化合物的理想指纹进行比较。
[0012]任选地，该比较可以包括计算相似度分数。
[0013]任选地，该方法包括将与理论工具化合物最相似的第一候选化合物鉴定为第一优化化合物。
[0014]任选地，过滤第一候选化合物可以包括使用第一指纹生成度量并使用该度量过滤第一候选化合物。
[0015]任选地，生成第一指纹可以包括获得关于一个或多个第一候选化合物的元数据。
[0016]任选地，元数据可以包括临床试验阶段数据、药物名称或特性、或来自化合物供应
商的信息。
[0017]任选地，该方法可以包括使用库评估框架来检索每个第一候选化合物具有多少靶标的指示。
[0018]任选地，该方法可以包括：在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第二靶基因的第二候选化合物；通过以下方式为每个第二候选化合物生成第二指纹：在数据库中搜索与第二候选化合物相关的基因，并预测与第二候选化合物相关的基因；以及使用第一指纹和第二指纹过滤包含第一候选化合物和第二候选化合物的组，以鉴定出所述第一优化化合物并鉴定出靶向所述一个或多个第二靶基因的第二优化化合物。
[0019]在第二方面，本公开提供了一种用于鉴定工具化合物的系统，该系统包括：化合物搜索模块，其被配置为在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第一靶基因的第一候选化合物；指纹模块，其被配置成为每个第一候选化合物生成第一指纹，所述指纹模块包括：基因搜索模块，其被配置为在数据库中搜索与第一候选化合物相关的基因，以及预测模块，其被配置为预测与第一候选化合物相关的基因；和过滤器模块，其被配置为使用第一指纹过滤第一候选化合物以鉴定用于靶向所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。
[0020]任选地，预测模块可以被配置为使用经过训练来预测与一系列化合物的基因相互作用谱的模型。
[0021]任选地，该模型可以包括神经网络。
[0022]任选地，预测模块可以被配置为仅在数据库中没有可用关联数据时预测与第一候选化合物相关的基因。
[0023]任选地，过滤器模块可以被配置为通过将每个第一指纹与理论工具化合物的理想指纹进行比较来过滤第一候选化合物。
[0024]任选地，该比较可以包括计算相似度分数。
[0025]任选地，过滤器模块可以被配置为鉴定与理想工具化合物最相似的一个或多个第一候选化合物。
[0026]任选地，过滤器模块可以被配置为选择与理想工具化合物最相似的第一候选化合物作为第一优化化合物。
[0027]任选地，指纹模块可以被配置为获得关于一个或多个第一候选化合物的元数据。
[0028]任选地，元数据可以包括临床试验阶段数据、药物名称或特性、或来自化合物供应商的信息。
[0029]任选地，指纹模块可以被配置为使用库评估框架来检索每个第一候选化合物具有多少靶标的指示。
[0030]任选地，所述化合物搜索模块可用于在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第二靶基因的第二候选化合物；所述指纹模块可以被配置成为每个第二候选化合物生成第二指纹；所述基因搜索模块可以被配置为在数据库中搜索与第二候选化合物相关的基因；所述预测模块可以被配置为预测与第二候选化合物相关的基因；以及所述过滤器模块可以被配置为使用第一指纹和第二指纹过滤包含第一候选化合物和第二候选化合物的组以鉴定所述第一优化化合物并鉴定用于靶向所述一个或多个第二靶基因的第二优化化合物。
[0031]在第三方面，本公开提供一种存储代码的计算机可读介质，当由计算机执行时，该代码使计算机执行第一方面的方法。
[0032]本文中所描述的方法可以由呈机器可读形式的软件在例如呈计算机程序的形式的有形存储介质上执行，所述计算机程序包含适于在所述程序在计算机上运行时以及在所述计算机程序可以在计算机可读介质上体现的情况下执行本文中所描述的任何方法的所有步骤的计算机程序代码构件。有形(或非暂时性)存储介质的实例包括磁盘、拇指驱动器、存储卡等，并且不包括传播的信号。所述软件可以适用于在并行处理器或串行处理器上执行，使得所述方法步骤可以以任何适合的顺序或同时执行。
[0033]本申请确认固件和软件可以是有价值的、可单独交易的商品。旨在涵盖在“哑”或标准硬件上运行或控制“哑”或标准硬件的软件，以实现期望的功能。还旨在涵盖“描述”或定义硬件的配置的软件，如HDL(硬件描述语言)软件，如用于设计硅芯片或用于配置通用可配置芯片，以实现期望的功能。
[0034]如对技术人员显而易见的，优选特征可以适当地结合，并且可以与本专利技术的任何方面结合。
附图说明
[0035]将通过举例并参考附图来描述本专利技术的实施方案，在附图中：
[0036]图1是表示用于鉴定靶向靶基因的优化工具化合物的本专利技术实施方案的示意图；
[0037]图2是鉴定靶向靶基因的优化工具化合物的方法的流程图；
[0038]图3是候选化合物的多药理指纹的示意图；
[0039]图4是表示用于鉴定靶向基因集的优化工具化合物的本专利技术实施方案的示意图；
[0040]图5是表示用于鉴定靶本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种鉴定工具化合物的计算机实施的方法，所述方法包括：在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第一靶基因的第一候选化合物；通过以下方式为每个第一候选化合物生成第一指纹：在所述数据库中搜索与第一候选化合物相关的基因，以及预测与第一候选化合物相关的基因；和使用第一指纹过滤第一候选化合物以鉴定用于靶向所述一个或多个第一靶基因的第一优化化合物。2.根据权利要求1所述的计算机实施的方法，其中预测与第一候选化合物相关的基因包括使用经训练的机器学习模型来预测与一系列化合物的基因相互作用谱。3.根据权利要求2所述的计算机实施的方法，其中所述模型包含神经网络。4.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其包括仅在所述数据库中没有可用关联数据时预测与第一候选化合物相关的基因。5.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其中过滤第一候选化合物包括将每个第一指纹与理论工具化合物的理想指纹进行比较。6.根据权利要求5所述的计算机实现的方法，其中所述比较包括计算相似性分数。7.根据权利要求5或6所述的计算机实施的方法，其包括将与所述理论工具化合物最相似的第一候选化合物鉴定为第一优化化合物。8.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其中过滤第一候选化合物包括使用第一指纹生成度量并使用所述度量过滤第一候选化合物。9.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其中生成第一指纹包括获得关于一个或多个第一候选化合物的元数据。10.根据权利要求9所述的计算机实施的方法，其中所述元数据包括临床试验阶段数据、药物名称或特性、或来自化合物供应商的信息。11.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其包括使用库评估框架来检索每个第一候选化合物具有多少靶标的指示。12.根据任一前述权利要求所述的计算机实施的方法，其包括：在所述数据库中搜索每个都靶向一个或多个第二靶基因的第二候选化合物；通过以下方式为每个第二候选化合物生成第二指纹：在所述数据库中搜索与第二候选化合物相关的基因，以及预测与第二候选化合物相关的基因；和使用第一指纹和第二指纹过滤包含第一候选化合物和第二候选化合物的组，以鉴定所述第一优化化合物并鉴定用于靶向所述一个或多个第二靶基因的第二优化化合物。13.一种鉴定工具化合物的系统，所述系统包括：化合物搜索模块，其被配置为在数据库中搜索每个都靶向一个或多个第一靶基因的第一候选化合物；指纹模块，其被配置成为每个第一候选化合物生成第一指纹，所述指纹模块包括：基因搜索模块，其被配置为在所述数据库中搜索与第一...

【专利技术属性】
技术研发人员：M塞尔伍德，
申请(专利权)人：伯耐沃伦人工智能科技有限公司，
类型：发明
国别省市：