预测系统性红斑狼疮活动事件的可溶性介质技术方案

系统性红斑狼疮的特点是与消长变化的临床疾病相关的免疫调节改变。本文所述的实施方案鉴定了生物标记物/介质的集合及其用于提供和/或预测未来SLE疾病活动事件比如即将发生的SLE发作或SLE相关器官炎症的用途。这种方法在狼疮的管理中可能是有益的。在狼疮的管理中可能是有益的。在狼疮的管理中可能是有益的。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】预测系统性红斑狼疮活动事件的可溶性介质
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年9月20日提交的美国临时申请62/903,551的权益，将其内容通过引用并入本文。
[0003]关于联邦资助研究或开发的声明
[0004]本专利技术是在政府支持下完成的，资助编号为：5U19AI082714
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10、5P30GM103510
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05、5U54GM104938
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07、3P30AR053483
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10和1P30AR073750
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01，由美国国家过敏、免疫学和传染病研究所(National Institute of Allergy，Immunology and Infectious Diseases)；国家关节炎、肌肉骨骼和皮肤病研究所(National Institute of Arthritis，Musculoskeletal and Skin Disease)和国家普通医学科学研究所(National Institute of General Medical Sciences)颁发。美国政府享有本专利技术的某些权利。

技术介绍

[0005]系统性红斑狼疮(SLE)是一种慢性、使人虚弱的自身免疫性疾病，其引起不可逆的器官损伤，导致生活质量下降和早期死亡(1，2)。大多数SLE患者经历一段相对静止的疾病期，其间有临床活动增加的时期(3)。由于临床疾病发作和用于抑制疾病活动的主要免疫抑制剂均可引起无法弥补的损害(1)，因此发作的频率和严重性是长期SLE结果的重要预后指标(4
‑
6)。在接受标准护理治疗的患者中，发作率的范围为每人每年0.24到1.8次发作(5
‑
7)。治疗通常依赖于快速作用的毒性剂，比如类固醇。发作的早期识别和治疗可能防止严重的器官损伤并改善SLE患者的生活质量(8)。
[0006]这会在非裔美国人(AA)SLE患者中特别有用，所述患者经常经历更具侵袭性的病程。与欧裔美国人(EA)患者相比，AA SLE患者面临发生不可逆器官系统受累的风险增加，包括永久性CNS、肺和心血管损伤(9
‑
12)、狼疮肾炎和终末期肾病(13)，并且SLE相关死亡率增加三倍(14)。
[0007]当前用于预测临床疾病发作的方法具有一些实用性，但仍有不足，如以下总结的研究所证明。例如，先前的努力集中在单一途径(例如I型IFN)，这导致捕获处于发作前状态的患者数量不准确(28)。已知SLE是非常异质的(29)；因此，为了预测即将发生的SLE疾病活动事件(例如发作或新的/恶化的器官损伤)而捕获异质性一直是困难的。

技术实现思路

[0008]本文所述的实施方案利用预测模型来分析一组可溶性介质的定量表达水平。这样的预测模型生成代表SLE疾病活动事件的可能性的分数，例如即将发生的临床疾病发作或器官炎症和损伤的未来表现。如以下不同实施方案中所述，通过预测模型分析的可溶性介质的组可包括不同数量的可溶性介质(例如，9种生物标记物、10种生物标记物、14种生物标记物、31种生物标记物和其他组合)。可溶性介质的这些组合中的每一种都为评估SLE疾病活动事件的可能性提供了信息。
[0009]本文公开了一种方法，所述方法包括：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受
试者的测试样品的生物标记物表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；和至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于获得的数据集中的表达水平生成狼疮发作预测指数(LFPI)；以及(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。在一些实施方案中，所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
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C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)，所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，并且所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)。在一些实施方案中，所述生物标记物进一步包括至少一种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2和IL
‑
2R
α
。在一些实施方案中，所述至少一种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。在一些实施方案中，所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CC本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，其包括：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
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X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于获得的数据集中的表达水平生成狼疮发作预测指数(LFPI)；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)，所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，并且所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括至少一种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2和IL
‑
2Rα。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述至少一种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。5.根据权利要求1所述的方法，其中：所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
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C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
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1α(MIP
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1α)、C
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X
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C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
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γ诱导蛋白10(IP
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10)、C
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X
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C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
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C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
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1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)，并且
所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)，并且其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。6.一种方法，其包括：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：至少一种先天性细胞因子，其选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；至少一种Th1细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
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12p70、IL
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2和IL
‑
2Rα；至少一种Th2细胞因子，其选自IL
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4和IL
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13；至少一种Th17细胞因子，其选自IL
‑
17A、IL
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6、IL
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21和IL
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23；至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
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1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
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1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。7.一种方法，其包括：(a)获得或已获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：(i)趋化因子或粘附分子，其中所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
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1)、C
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C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)和C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)；(ii)肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子，其中所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)和肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)；(iii)调节介质分子，其中所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，以及(iv)一种或多种系统性红斑狼疮(SLE)介质分子，其中所述一种或多种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且
(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)。10.根据权利要求7
‑
9中任一项所述的方法，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括：C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)。11.根据权利要求7
‑
10中任一项所述的方法，其中所述调节介质分子进一步包括总TGF
‑
β。12.根据权利要求7
‑
11中任一项所述的方法，其中：所述趋化因子或粘附分子进一步包括C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述TNFR超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)；并且所述调节介质分子进一步包括总转化生长因子β(总TGF
‑
β)。13.根据权利要求7
‑
12中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括(vi)一种或多种先天性细胞因子，其中所述一种或多种先天性细胞因子选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β。14.根据权利要求7
‑
13中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括(vii)一种或多种2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述一种或多种Th2细胞因子选自IL
‑
13和IL
‑
4。15.根据权利要求7
‑
14中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括(viii)一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。16.根据权利要求7
‑
15中任一项所述的方法，其中所述一种或多种SLE介质分子进一步包括抵抗素。17.根据权利要求8
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16中任一项所述的方法，其中所述Thl细胞因子进一步包括IL
‑
2、IL
‑
12p70和IL
‑
2Rα。18.根据权利要求7
‑
17中任一项所述的方法，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α，并且其中所述调节介质分子进一步包括IL
‑
10。19.根据权利要求7
‑
18中任一项所述的方法，其中：所述Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
2Rα、IL
‑
12p70和IL
‑
2；所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；
所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；所述SLE介质分子包括：干细胞因子(SCF)和抵抗素；并且其中所述生物标记物进一步包括：先天性细胞因子，其中先天性细胞因子包括：IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述Th2细胞因子包括：IL
‑
13和IL
‑
4；以及一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。20.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中生物标记物的表达水平包括蛋白质水平。21.根据权利要求20所述的方法，其中使用ELISA测定、技术或SimplePlex
TM
测定之一来确定生物标记物的所述表达水平。22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中生物标记物的所述表达水平包括mRNA水平。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述mRNA水平获自循环细胞。24.根据权利要求22所述的方法，其中所述mRNA水平获自循环T细胞。25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中基于所述表达水平生成所述LFPI包括应用预测模型。26.根据权利要求25所述的方法，其中应用所述预测模型包括，对于每种生物标记物的表达水平：将所述表达水平对数转换；将所述表达水平标准化；获得所述生物标记物的相应系数；所述相应系数代表所述生物标记物的发作前表达水平与SLE临床疾病活动的测量之间的关联；并且用所述相应系数将所述标准化的表达水平加权以获得所述生物标记物的LFPI子评分；并且对所述LFPI子评分求和以获得所述LFPI。27.根据权利要求26所述的方法，其中对于每个表达水平，所述相应系数获自线性回归模型，所述模型测试SLE临床疾病活动的测量与所述生物标记物的发作前表达水平之间的关联。28.根据权利要求26或27所述的方法，其中将所述表达水平标准化包括将所述表达水平归一化为患有稳定SLE疾病的SLE患者的平均表达值。29.根据权利要求25
‑
28中任一项所述的方法，使用应用机器学习建模方法选择所述生物标记物以包含在所述数据集中。30.根据权利要求29所述的方法，其中所述应用机器学习建模方法是随机森林或梯度提升之一。31.根据权利要求26
‑
30中任一项所述的方法，其中SLE临床疾病活动的测量是红斑狼疮雌激素安全性国家评估版
‑
系统性红斑狼疮疾病活动指数(SELENA
‑
SLEDAI)。32.根据权利要求26
‑
31中任一项所述的方法，其中根据从一组经历发作事件的患者获得的样品确定SLE临床疾病活动的测量。
33.根据权利要求25
‑
32中任一项所述的方法，其中通过大于0.85的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。34.根据权利要求25
‑
32中任一项所述的方法，其中通过大于0.90的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。35.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括对所述受试者施用一种治疗。36.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中获得包括生物标记物表达水平的数据集包括：从所述SLE受试者获得血液、血清或血浆样品；以及评估来自所述SLE受试者的测试样品的生物标记物的表达水平。37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述未来SLE疾病活动事件是未来发作事件或未来器官损伤之一。38.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述数据集进一步包括来自在不同时间点取自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的第二测试样品的生物标记物的表达水平。39.一种存储指令的非暂时性计算机可读介质，当所述指令由处理器执行时，使所述处理器执行以下步骤：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。40.根据权利要求39所述的非暂时性计算机可读介质，其中：所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)，所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，并且
所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)。41.根据权利要求39或40所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述生物标记物进一步包括至少一种1型辅助性T细胞(Thl)细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2和IL
‑
2Rα。42.根据权利要求41所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述至少一种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。43.根据权利要求39所述的非暂时性计算机可读介质，其中：所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)，并且所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)，并且其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。44.一种存储指令的非暂时性计算机可读介质，当所述指令由处理器执行时，使所述处理器执行以下步骤：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：至少一种先天性细胞因子，其选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；至少一种Th1细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2和IL
‑
2R
α
；至少一种Th2细胞因子，其选自IL
‑
4和IL
‑
13；至少一种Th17细胞因子，其选自IL
‑
17A、IL
‑
6、IL
‑
21和IL
‑
23；至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。
45.一种存储指令的非暂时性计算机可读介质，当所述指令由处理器执行时，使所述处理器执行以下步骤：(a)获得包括来自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的测试样品的生物标记物的表达水平的数据集，其中所述生物标记物包括：(i)趋化因子或粘附分子，其中所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)和C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)；(ii)肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子，其中所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)和肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)；(iii)调节介质分子，其中所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，以及(iv)一种或多种系统性红斑狼疮(SLE)介质分子，其中所述一种或多种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。46.根据权利要求45所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。47.根据权利要求45或46所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)。48.根据权利要求45
‑
47中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括：C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)。49.根据权利要求45
‑
48中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述调节介质分子进一步包括总TGF
‑
β。50.根据权利要求45
‑
49中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中：所述趋化因子或粘附分子进一步包括C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述TNFR超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)；并且所述调节介质分子进一步包括总转化生长因子β(总TGF
‑
β)。51.根据权利要求45
‑
50中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述生物标记物进一步包括(vi)一种或多种先天性细胞因子，其中所述一种或多种先天性细胞因子选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β。52.根据权利要求45
‑
51中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述生物标记
物进一步包括(vii)一种或多种2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述一种或多种Th2细胞因子选自IL
‑
13和IL
‑
4。53.根据权利要求45
‑
52中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述生物标记物进一步包括(viii)一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。54.根据权利要求45
‑
53中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述一种或多种SLE介质分子进一步包括抵抗素。55.根据权利要求46
‑
54中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述Thl细胞因子进一步包括IL
‑
2、IL
‑
12p70和IL
‑
2R
α
。56.根据权利要求45
‑
55中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α，并且其中所述调节介质分子进一步包括IL
‑
10。57.根据权利要求45
‑
56中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中：所述Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
2R
α
、IL
‑
12p70和IL
‑
2；所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；所述SLE介质分子包括：干细胞因子(SCF)和抵抗素；并且其中所述生物标记物进一步包括：先天性细胞因子，其中先天性细胞因子包括：IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述Th2细胞因子包括：IL
‑
13和IL
‑
4；以及一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。58.根据权利要求39
‑
57中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中生物标记物的所述表达水平包括蛋白质水平。59.根据权利要求58所述的非暂时性计算机可读介质，其中使用ELISA测定、技术或SimplePlex
TM
测定之一来确定生物标记物的所述表达水平。60.根据权利要求39
‑
57中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中生物标记物的所述表达水平包括mRNA水平。61.根据权利要求60所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述mRNA水平获自循环细胞。62.根据权利要求60所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述mRNA水平获自循环T细胞。
63.根据权利要求39
‑
62中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中使所述处理器执行基于表达水平生成LFPI的步骤的指令包括在由所述处理器执行时使所述处理器执行应用预测模型的步骤的指令。64.根据权利要求63所述的非暂时性计算机可读介质，其中使所述处理器执行应用所述预测模型的步骤的指令包括在由所述处理器执行时使所述处理器执行下列步骤的指令：对于每种生物标记物的表达水平：将所述表达水平对数转换；将所述表达水平标准化；获得所述生物标记物的相应系数；所述相应系数代表所述生物标记物的发作前表达水平与SLE临床疾病活动的测量之间的关联；并且用所述相应系数将所述标准化的表达水平加权以获得所述生物标记物的LFPI子评分；并且对所述LFPI子评分求和以获得所述LFPI。65.根据权利要求64所述的非暂时性计算机可读介质，其中对于每个表达水平，所述相应系数获自线性回归模型，所述模型测试SLE临床疾病活动的测量与所述生物标记物的发作前表达水平之间的关联。66.根据权利要求64或65所述的非暂时性计算机可读介质，其中使所述处理器执行将表达水平标准化的步骤的指令进一步包括当由所述处理器执行时使所述处理器执行将表达水平归一化为患有稳定的SLE疾病的SLE患者的平均表达值的步骤的指令。67.根据权利要求39
‑
66中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中使用应用机器学习建模方法选择所述生物标记物以包含在所述数据集中。68.根据权利要求67所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述应用机器学习建模方法是随机森林或梯度提升之一。69.根据权利要求64
‑
68中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中SLE临床疾病活动的测量是红斑狼疮雌激素安全性国家评估版
‑
系统性红斑狼疮疾病活动指数(SELENA
‑
SLEDAI)。70.根据权利要求64
‑
69中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中根据从一组经历发作事件的患者获得的样品确定SLE临床疾病活动的测量。71.根据权利要求63
‑
70中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中通过大于0.85的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。72.根据权利要求63
‑
70中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中通过大于0.90的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。73.根据权利要求39
‑
72中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述未来SLE疾病活动事件是未来发作事件或未来器官损伤之一。74.根据权利要求39
‑
73中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述数据集进一步包括来自在不同时间点取自系统性红斑狼疮(SLE)受试者的第二测试样品的生物标记物的表达水平。75.一种方法，其包括：(a)从所述SLE受试者获得血液、血清或血浆样品；以及
(b)评估来自所述SLE受试者的测试样品的生物标记物的表达水平，其中所述生物标记物包括：至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素。76.根据权利要求75所述的方法，其中所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)，所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，并且所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)。77.根据权利要求75或76所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括至少一种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2和IL
‑
2Rα。78.根据权利要求77所述的方法，其中所述至少一种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。79.根据权利要求75所述的方法，其中：所述至少四种趋化因子或粘附分子包括C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述至少两种TNFR超家族成员分子包括肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)，所述至少两种调节介质分子包括天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)，并且所述至少一种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)，并且其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助性T细胞(Th1)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。
80.一种方法，其包括：(a)从所述SLE受试者获得血液、血清或血浆样品；以及(b)评估来自所述SLE受试者的测试样品的生物标记物的表达水平，其中所述生物标记物包括：至少一种先天性细胞因子，其选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；至少一种Th1细胞因子，其选自干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
12p70、IL
‑
2知IL
‑
2R
α
；至少一种Th2细胞因子，其选自IL
‑
4和IL
‑
13；至少一种Th17细胞因子，其选自IL
‑
17A、IL
‑
6、IL
‑
21和IL
‑
23；至少四种趋化因子或粘附分子，其选自C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白
‑
1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；至少两种TNFR超家族成员分子，其选自肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)和肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；至少两种调节介质分子，其选自天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；以及至少一种SLE介质分子，其选自干细胞因子(SCF)和抵抗素；(b)基于所述获得的数据集中的表达水平生成LFPI；并且(c)基于所述LFPI确定所述SLE受试者中的未来SLE疾病活动事件的可能性。81.一种评估系统性红斑狼疮(SLE)受试者中的表达水平的方法，所述方法包括：(a)从所述SLE受试者获得血液、血清或血浆样品；以及(b)评估来自所述SLE受试者的测试样品的生物标记物的表达水平，其中所述生物标记物包括：趋化因子或粘附分子，其中所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)和C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)；肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子，其中所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)和肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)；调节介质分子，其中所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)，以及一种或多种系统性红斑狼疮(SLE)介质分子，其中所述一种或多种SLE介质分子包括干细胞因子(SCF)。82.根据权利要求81所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种1型辅助
性T细胞(Thl)细胞因子，其中所述一种或多种Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)。83.根据权利要求81或82所述的方法，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)。84.根据权利要求81
‑
83中任一项所述的方法，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)。85.根据权利要求81
‑
84中任一项所述的方法，其中所述调节介质分子进一步包括总TGF
‑
β。86.根据权利要求81
‑
85中任一项所述的方法，其中：所述趋化因子或粘附分子进一步包括C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)和细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)；所述TNFR超家族成员分子进一步包括肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)；并且所述调节介质分子进一步包括总转化生长因子β(总TGF
‑
β)。87.根据权利要求81
‑
86中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种先天性细胞因子，其中所述一种或多种先天性细胞因子选自IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β。88.根据权利要求81
‑
87中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述一种或多种Th2细胞因子选自IL
‑
13和IL
‑
4。89.根据权利要求81
‑
88中任一项所述的方法，其中所述生物标记物进一步包括一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。90.根据权利要求81
‑
89中任一项所述的方法，其中所述一种或多种SLE介质分子进一步包括抵抗素。91.根据权利要求82
‑
90中任一项所述的方法，其中所述Th1细胞因子进一步包括IL
‑
2、IL
‑
12p70和IL
‑
2R
α
。92.根据权利要求81
‑
91中任一项所述的方法，其中所述趋化因子或粘附分子进一步包括CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8，其中所述肿瘤坏死因子受体(TNFR)超家族成员分子进一步包括Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α，并且其中所述调节介质分子进一步包括IL
‑
10。93.根据权利要求81
‑
92中任一项所述的方法，其中：所述Th1细胞因子包括干扰素
‑
γ(IFN
‑
γ)、IL
‑
2R
α
、IL
‑
12p70和IL
‑
2；所述趋化因子或粘附分子包括：C
‑
C基序趋化因子配体2(CCL2)/单核细胞趋化蛋白1(MCP
‑
1)、C
‑
C基序趋化因子配体3(CCL3)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1α(MIP
‑
1α)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体10(CXCL10)/IFN
‑
γ诱导蛋白10(IP
‑
10)、C
‑
X
‑
C基序趋化因子配体9(CXCL9)/干扰素
‑
γ诱导单核因子(MIG)、C
‑
C基序趋化因子配体4(CCL4)/巨噬细胞炎性蛋白
‑
1β(MIP
‑
1β)、细胞间粘附分子1(ICAM
‑
1)、CCL7/MCP
‑
3、VCAM
‑
1和CXCL8/IL
‑
8；所述TNFR超家族成员分子包括：肿瘤坏死因子受体I(TNFRI)、肿瘤坏死因子受体II(TNFRII)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、Fas、NGF
‑
β和TNF
‑
α；所述调节介质分子包括：天然转化生长因子β(天然TGF
‑
β)、白细胞介素1受体拮抗剂(IL
‑
1RA)、总转化生长因子β(总TGF
‑
β)和IL
‑
10；所述SLE介质分子包括：干细胞因子(SCF)和抵抗素；并且其中所述生物标记物进一步包括：
先天性细胞因子，其中先天性细胞因子包括：IL
‑
7、IL
‑
1α和IL
‑
1β；2型辅助性T细胞(Th2)细胞因子，其中所述Th2细胞因子包括：IL
‑
13和IL
‑
4；以及一种或多种Th17细胞因子，其中所述一种或多种Th17细胞因子包括IL
‑
17A。94.根据权利要求75
‑
93中任一项所述的方法，其中生物标记物的所述表达水平包括蛋白质水平。95.根据权利要求94所述的方法，其中使用ELISA测定、技术或SimplePlexT
M
测定之一来确定生物标记物的所述表达水平。96.根据权利要求75
‑
93中任一项所述的方法，其中生物标记物的所述表达水平包括mRNA水平。97.根据权利要求96所述的方法，其中所述mRNA水平获自循环细胞。98.根据权利要求96所述的方法，其中所述mRNA水平获自循环T细胞。99.根据权利要求75
‑
98中任一项所述的方法，其进一步包括：确定SLE受试者将具有未来SLE疾病活动事件的可能性，其中所述确定包括：确定所述Th1、趋化因子/粘附分子和TNFR超家族成员的表达水平与来自所述SLE受试者的先前样品中的表达水平相比升高并且所述调节介质分子的表达水平降低。100.根据权利要求99所述的方法，其进一步包括在确定所述SLE受试者可能具有未来SLE疾病活动事件之后给所述SLE受试者施用治疗。101.根据权利要求75
‑
100中任一项所述的方法，进一步包括：基于所述评估的表达水平生成LFPI。102.根据权利要求101所述的方法，其中基于所述表达水平生成所述LFPI包括应用预测模型。103.根据权利要求102所述的方法，其中应用所述预测模型包括，对于每种生物标记物的所述评估的表达水平：将所述表达水平对数转换；将所述表达水平标准化；获得所述生物标记物的相应系数；所述相应系数代表所述生物标记物的发作前表达水平与SLE临床疾病活动的测量之间的关联；并且用所述相应系数将所述标准化的表达水平加权以获得所述生物标记物的LFPI子评分；并且对所述LFPI子评分求和以获得所述LFPI。104.根据权利要求103所述的方法，其中对于每个评估的表达水平，所述相应系数获自线性回归模型，所述模型测试SLE临床疾病活动的测量与所述生物标记物的发作前表达水平之间的关联。105.根据权利要求103或104所述的方法，其中将所述评估的表达水平标准化包括将所述表达水平归一化为患有稳定SLE疾病的SLE患者的平均表达值。106.根据权利要求103
‑
105中任一项所述的方法，其中SLE临床疾病活动的测量是红斑狼疮雌激素安全性国家评估版
‑
系统性红斑狼疮疾病活动指数(SELENA
‑
SLEDAI)。107.根据权利要求103
‑
106中任一项所述的方法，其中根据从一组经历发作事件的患者获得的样品确定SLE临床疾病活动的测量。
108.根据权利要求102
‑
107中任一项所述的方法，其中通过大于0.85的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。109.根据权利要求102
‑
108中任一项所述的方法，其中通过大于0.90的接受者操作特征曲线下面积来表征所述预测模型的性能。110.根据权利要求99

【专利技术属性】
技术研发人员：朱迪斯，
申请(专利权)人：俄克拉荷马医学研究基金会，
类型：发明
国别省市：