本发明专利技术公开了一种鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的方法及其专用SNP引物组合。SNP引物组合由2个引物组组成。每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点。2个引物组中各个引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至序列6所示。本发明专利技术提供的SNP引物组合可用于鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜，对农业生产和品种选育过程中明确甜瓜的种群属性具有重要的应用价值。本发明专利技术提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点，具有十分广阔的应用前景。具有十分广阔的应用前景。
【技术实现步骤摘要】
一种鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的方法及其专用SNP引物组合
[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的方法及其专用SNP引物组合。
技术介绍
[0002]甜瓜(Cucumis melo L.)为葫芦科甜瓜属一年生草本植物，果实营养丰富，是一种色、香、味俱佳的世界性水果。我国是甜瓜重要起源地之一，也是世界上生产和出口量最大的国家。国内育种家通常将甜瓜品种分为厚皮甜瓜和薄皮甜瓜：厚皮甜瓜果大肉厚、香甜可口，是高档的水果之一；薄皮甜瓜因脆嫩多汁或面而少汁，皮瓤均可食用，深受广大消费者喜爱。
[0003]由于薄皮甜瓜和厚皮甜瓜的栽培环境和商业用途有很大的区别，因此在农业生产和品种选育过程中必须明确甜瓜的种群属性。然而，随着薄皮甜瓜与厚皮甜瓜两种类型之间不断的杂交选育和基因交流，已不能简单通过比较种子大小来区分薄皮和厚皮甜瓜。据统计，我国申请登记的甜瓜品种已超过2000份，传统的田间表型鉴定费时费力，也不能满足当前数量激增的鉴定需求。因此，必须尽快建立一种简单快速区分薄皮甜瓜和厚皮甜瓜品种的方法，为甜瓜品种选育和种群鉴定提供技术支持。
[0004]SNP作为第三代分子标记，其在基因组中分布广泛，平均每1000bp就会存在一个SNP，遗传稳定且易于自动化检测。KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR技术，是用于SNP分型的常用方法，具有高稳定性、准确性和低成本的特点，已被广泛应用于高通量分子辅助育种和品种鉴定。
技术实现思路
[0005]本专利技术的目的是鉴定甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜。
[0006]本专利技术首先保护SNP引物组合，可包括用于扩增甜瓜基因组的SNP05位点的引物组1和/或用于扩增甜瓜基因组的SNP28位点的引物组2；
[0007]SNP05位点为1号染色体上的第33254142位核苷酸；
[0008]SNP28位点为11号染色体上的第25077228位核苷酸；
[0009]SNP05位点和SNP28位点在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1。
[0010]所述SNP引物组合中，所述引物组1可由SEQ ID NO：1所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成。所述引物组2可由SEQ ID NO：4所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。
[0011]所述SNP引物组合中，所述引物组1可由SEQ ID NO：1自5
’
末端起第22至43位所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2自5
’
末端起第22至44位所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所
示的反向引物1R组成。所述引物组2可由SEQ ID NO：4自5
’
末端起第22至41位所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5自5
’
末端起第22至42位所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。
[0012]上述任一所述引物组中，名称中含有“F1”的引物、名称中含有“F2”的引物和名称中含有“R”的引物的摩尔比具体可为2:2:5。
[0013]上述任一所述SNP引物组合可由所述引物组1和/或所述引物组2组成。
[0014]上文中，序列表中序列1自5
′
末端起第1至21位所示的核苷酸序列为荧光标签序列(即FAM荧光标签序列)，荧光信号具体为蓝色。序列表中序列2自5
′
末端起第1至21位所示的核苷酸序列也为荧光标签序列(即HEX荧光标签序列)，荧光信号具体为红色。
[0015]含有上述任一所述SNP引物组合的试剂盒也属于本专利技术的保护范围。
[0016]所述试剂盒的制备方法也属于本专利技术的保护范围。所述试剂盒的制备方法包括将上述任一所述引物组中的各条引物分别单独包装的步骤。
[0017]所述试剂盒的应用也属于本专利技术的保护范围。所述试剂盒的应用可为鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜。
[0018]上述任一所述的SNP引物组合在制备用于鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的试剂盒中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0019]上述任一所述的SNP引物组合在鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0020]本专利技术还保护一种鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的方法，包括如下步骤：检测待测甜瓜品种基于SNP05位点和/或SNP28位点的基因型，然后进行如下判断：如果基于SNP05位点的基因型为TT纯合型和/或基于SNP28位点的基因型为CC纯合型，则待测甜瓜品种鉴定为或疑似鉴定为薄皮甜瓜；如果基于SNP05位点的基因型为GG纯合型和/或基于SNP28位点的基因型为AA纯合型，则待测甜瓜品种鉴定为或疑似鉴定为厚皮甜瓜；
[0021]SNP05位点为1号染色体上的第33254142位核苷酸；
[0022]SNP28位点为11号染色体上的第25077228位核苷酸；
[0023]SNP05位点和SNP28位点在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1。
[0024]上述方法中，所述检测待测甜瓜品种基于SNP05位点和/或SNP28位点的基因型的步骤可如下：
[0025](1)以待测甜瓜品种的基因组DNA为模板，采用上述任一所述引物组1和/或上述任一引物组2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0026](2)完成步骤(1)后，采用仪器检测PCR扩增产物的荧光信号，根据荧光信号的颜色获得待测甜瓜品种基于SNP05位点和/或SNP28位点的基因型。
[0027]上述方法中，所述检测待测甜瓜品种基于SNP05位点和/或SNP28位点的基因型的步骤如下：
[0028](1)以待测甜瓜品种的基因组DNA为模板，采用上述任一所述引物组1和/或上述任一所述引物组2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0029](2)取步骤(1)得到的PCR扩增产物，测序；
[0030](3)根据步骤(2)得到的测序结果，获得待测甜瓜品种基于SNP05位点和/或SNP28
位点的基因型。
[0031]上述任一所述的方法中，“采用上述任一所述引物组1和/或上述任一引物组2进行PCR扩增”的反应程序具体可为：94℃预变性，15min；94℃变性20s，61℃
‑
55℃(选用touch down程序，每循环降低0.6℃)，1min，扩增10个循环；94℃变性20s，55℃复性&延伸1min，继本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.SNP引物组合，包括用于扩增甜瓜基因组的SNP05位点的引物组1和/或用于扩增甜瓜基因组的SNP28位点的引物组2；SNP05位点为1号染色体上的第33254142位核苷酸；SNP28位点为11号染色体上的第25077228位核苷酸；SNP05位点和SNP28位点在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1。2.根据权利要求1所述的SNP引物组合，其特征在于：所述SNP引物组合由所述引物组1和/或所述引物组2组成。3.根据权利要求1所述的SNP引物组合，其特征在于：所述引物组1由SEQ ID NO：1所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成；所述引物组2由SEQ ID NO：4所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。4.根据权利要求1所述的SNP引物组合，其特征在于：所述引物组1由SEQ ID NO：1自5
’
末端起第22至43位所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2自5
’
末端起第22至44位所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成；所述引物组2由SEQ ID NO：4自5
’
末端起第22至41位所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5自5
’
末端起第22至42位所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。5.权利要求1至4任一所述的SNP引物组合在制备用于鉴定待测甜瓜品种为薄皮甜瓜还是厚皮甜瓜的试剂盒中的应用。6.权利要求1至4任一所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：张建，温常龙，杨静静，张晓飞，夏昌选，赵泓，郭凌，周蒙蒙，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：
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