一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法技术

本发明专利技术公开了一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，其包括如下步骤：S1、DNA提取：提取DNA，并进行DNA定量检测；S2、DNA破碎及末端修饰：将DNA打断为DNA片段，再将片段化DNA3

【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，更具体地，涉及一种一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法。

技术介绍

[0002]Turner综合征(Turner syndrome，TS)，又称先天性卵巢发育不全综合征，是由于全部或部分体细胞中的一条X染色体全部或部分缺失，或X染色体存在其他结构异常所致，是迄今为止人类唯一能够存活的单体综合征，活产女婴发病率为1/2000～1/4000，是常见的一种染色体疾病。Turner综合征临床表现为身矮、生殖器与第二性征不发育和一组躯体的发育异常。身高一般低于150厘米。女性外阴，发育幼稚，有阴道，子宫小或缺如。躯体特征为多痣、眼睑下垂、耳大位低、腭弓高、后发际低、颈短而宽、有颈蹼、胸廓桶状或盾形、乳头间距大、乳房及乳头均不发育、肘外翻、第4或5掌骨或跖骨短、掌纹通关手、下肢淋巴水肿、肾发育畸形、主动脉弓狭窄等。智力发育程度不一，寿命与正常人同。
[0003]TS患者出现的上述多种先天性或后天性的临床症状及体征，均与其复杂的染色体核型有着密切关联。正常女性染色体核型为46,XX，而TS患者主要有四种核型：(1)单体型，45,X是TS患者的经典核型，在本病中约36％-45％，此型所导致的受损系统明显较其它核型多，如较多的特殊体征、听力损伤、行为认知障碍等；(2)X染色体结构异常，包括长臂环状、等臂、易位和丢失等，其中长臂等臂染色体Xq约占此类核型的5％-11％，该类染色体核型种类众多，是TS核型较为繁多且复杂的原因之一；(3)嵌合体型，包括单体型与正常核型的嵌合，单体型与X染色体结构异常核型的嵌合，正常核型与X染色体结构异常核型的嵌合，甚至出现多种核型同时并存的更为复杂的嵌合型，包括45,X/46,XX、45,X/46,X(Xq)、45,X/46,XX/47,XXX等，该型约占44％-54％；(4)含Y染色体核型，主要为45,X/46,XY，该种核型较少见，占6.9％-10.5％。
[0004]Turner综合征是目前唯一能够通过治疗达到改善身高的染色体疾病，因此，若能加强对本病的认知，早期诊断，给予规范的生长激素和性激素治疗，对患儿身高的改善、性腺功能的替代和生存质量的全面提升有积极的意义。但由于患者染色体核型组成的差别，其临床表现各有不同，TS嵌合体的患者多因生长发育缓慢、女性患者闭经、月经不规律或成年后因不孕来就诊时发现患有该病，并且该病只能通过染色体核型分析做出诊断，因嵌合体患者其临床特征不典型，增加了误诊率及漏诊率。目前对于Turner综合征的检查方法通常是进行激素水平检测、染色体检查、骨密度检查，辅以阴道镜检查、腹腔镜检查，并通常要结合长期的临床表型进行判断。因此，现有的检测方式通常检测时间过长，需要综合检查的项目较多，易出现漏诊和误诊，检测通量低。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在克服上述现有技术的至少一种缺陷，提供一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，所述基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法敏感性
好、特异性强，检测时间短，检测通量高，且准确性强。
[0006]本专利技术采取的技术方案如下：
[0007]一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，包括如下步骤：
[0008]S1、DNA提取：采用DNA提取试剂盒运用磁珠法提取DNA，核酸纯化，并进行DNA定量检测；
[0009]S2、DNA破碎及末端修饰：采用超声法将DNA打断为DNA片段，再将片段化DNA3
’
末端修饰，在DNA3
’
末端加A反应；
[0010]S3、多重连接依赖探针扩增：使用PCR仪按照多重连接依赖探针扩增技术的试剂盒操作说明进行扩增；
[0011]S4、电泳鉴定：对多重连接依赖探针扩增后的产物进行电泳检测，鉴定扩增实验成功的PCR扩增实验；
[0012]S5、文库构建；对鉴定后的扩增产物进行文库构建；
[0013]S6、文库定量检测及测序：检测文库质量以及文库产量，检测合格的文库在测序仪上测序；
[0014]S7：数据分析：使用专业软件进行SNP和Indel的查询和分析，确定Turner综合征核型。
[0015]优选地，步骤S1中所述DNA提取试剂盒为QIAamp DNA Blood Mini Kit 50次提取试剂盒。
[0016]优选地，步骤S2具体为：采用超声法将DNA打断为200-300bp的DNA片段，再采用Enzymatics试剂盒将片段化DNA3
’
末端修复，DNA3
’
末端加A反应，连接Illumina Hiseq PE文库接头。
[0017]优选地，步骤S3中多重连接依赖探针扩增具体为：
[0018](1)DNA变性：先于95℃使DNA变性5min，进行扩增前冷却至室温：
[0019](2)PCR扩增反应：准备2μL多重连接依赖探针扩增缓冲液，准备2μL包括8个X染色体检测位点与4个Y染色体检测位点的探针混合物，混合均匀得到4μL杂交混合液，在PCR仪上进行扩增；PCR扩增体系为：70μL DNA样品、20μL PCR缓冲液、4μL杂交混合液、4μLDNA连接酶T4、2μL SALSA聚合酶；PCR扩增条件为：95℃预变性2min，98℃变性30s、70℃退火30s、75℃延伸60s，30个循环；再在72℃孵育10min，之后4℃保存。
[0020]优选地，步骤S4为中PCR扩增后的产物是在1.5％琼脂糖凝胶上进行电泳检测。
[0021]优选地，步骤S5具体为：将鉴定后的扩增产物置于离心管中，进行适合Illumina测序分型的index PCR-free DNA文库的构建。
[0022]优选地，步骤S6中使用的测序仪为Illumina Hiseq 2000。
[0023]优选地，步骤S7中所述的专业软件为BWA软件、SOAPsnp软件和Samtools软件。
[0024]与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：本专利技术所述的基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法可以同时对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，所获得的测序数据经计算机分析后即可获得完整的DNA序列信息，并能够迅速直接地获得大批量样本的序列变异信息，采用高通量测序方法可以快速进行Turner综合征核型分析，且所述基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法敏感性好、特异性强，检测时间短，检测通量高，且准确性强。
具体实施方式
[0025]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合具体实施例将对本专利技术的技术方案进行详细的描述。显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所得到的所有其它实施方式，都属于本专利技术所保护的范围。
[0026]下述实施例中所用的实验原料、试剂材料等本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、DNA提取：采用DNA提取试剂盒运用磁珠法提取DNA，核酸纯化，并进行DNA定量检测；S2、DNA破碎及末端修饰：采用超声法将DNA打断为DNA片段，再将片段化DNA3
’
末端修饰，在DNA3
’
末端加A反应；S3、多重连接依赖探针扩增：使用PCR仪按照多重连接依赖探针扩增技术的试剂盒操作说明进行扩增；S4、电泳鉴定：对多重连接依赖探针扩增后的产物进行电泳检测，鉴定扩增实验成功的PCR扩增实验；S5、文库构建；对鉴定后的扩增产物进行文库构建；S6、文库定量检测及测序：检测文库质量以及文库产量，检测合格的文库在测序仪上测序；S7：数据分析：使用专业软件进行SNP和Indel的查询和分析，确定Turner综合征核型。2.根据权利要求1所述的基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，其特征在于，步骤S1中所述DNA提取试剂盒为QIAamp DNA Blood Mini Kit 50次提取试剂盒。3.根据权利要求1所述的基于高通量测序的Turner综合征核型分析方法，其特征在于，步骤S2具体为：采用超声法将DNA打断为200-300bp的DNA片段，再采用Enzymatics试剂盒将片段化DNA3
’
末端修复，DNA3
’
末端加A反应，连接Illumina Hiseq PE文库接头。4.根据权利要求1所述的基于...

【专利技术属性】
技术研发人员：段志峰，
申请(专利权)人：广州源古纪科技有限公司，
类型：发明
国别省市：