用于肿瘤学精确测定的组合物和方法技术

提供了用于制备靶核酸序列文库的方法和组合物，所述方法和组合物可用于评估基因突变以对样品进行肿瘤学生物标志物谱分析。具体地，提供了靶特异性引物组，所述靶特异性引物组允许选择性扩增样品中的肿瘤学生物标志物靶序列。一方面，本发明专利技术涉及靶特异性引物，所述靶特异性引物可用于选择性扩增一种或多种与来自两种或更多种样品类型的肿瘤学生物标志物相关的靶序列。在一些方面，使用所公开的方法获得的经扩增的靶序列以及组合物可以用于各种过程，包含核酸测序，并且用于检测与肿瘤学相关的一种或多种靶向序列的遗传变体的存在。在。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于肿瘤学精确测定的组合物和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求了2019年8月30日提交的美国临时申请第62/894,576号的优先权和权益，所述美国临时申请通过引用以其整体并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请在此以引用的方式并入有与此同时提交的电子序列表材料。电子序列表中的材料以2020年8月27日创建的标题为“LT01496_STX.txt”的文本(.txt)文档形式提交，其文件大小是550KB并且以全文引用的方式并入本文中。


[0005]本专利技术涉及制备靶核酸序列文库的组合物和方法和其用途。

技术介绍

[0006]癌症疗法的进展已经开始在肿瘤学中提供有希望的结果。与常规化学疗法相比，靶向疗法、免疫检查点抑制剂、癌症疫苗和T细胞疗法在应答性群体中示出可持续的结果。然而，有效识别应答性候选者和/或监测响应已证明具有挑战性。迫切需要更好地了解肿瘤微环境、肿瘤进化和药物应答生物标志物。可以有效地且高效地检测各种样品类型中的多种相关生物标志物的高通量、系统化和标准化的测定解决方案是期望的。

技术实现思路

[0007]在本专利技术的一方面，提供用于对样品中的可执行肿瘤学生物标志物进行单流多重测定的组合物。在一些实施例中，组合物由多种引物试剂组成，所述多种引物试剂针对多个靶序列以快速地且高效地检测样品中的低水平靶标。所提供的组合物靶向肿瘤学基因序列，其中多个基因序列选自DNA热点突变基因、拷贝数变异(CNV)基因、基因间融合基因和基因内融合基因中的靶标。所提供的组合物在集成和自动化的工作流程中，在一天内最大限度地检测来自各种样品(例如，FFPE组织、血浆)的关键生物标志物，例如EGFR、ALK、BRAF、ROS1、HER2、MET、NTRK和RET。
[0008]在一些实施例中，样品中的多个可执行靶基因确定所述样品中指示潜在的诊断、预后、候选治疗方案和/或不良事件的肿瘤学活性的变化。在特定实施例中，所提供的组合物包含多种选自表A的引物试剂。在一些实施例中，提供了包括本专利技术的组合物的多重测定。在一些实施例中，提供了包括本专利技术的组合物的测试试剂盒。
[0009]在本专利技术的另一方面，提供了用于确定生物样品中的可执行肿瘤学生物标志物的方法。此类方法包括对来自含有靶序列的生物样品的多个靶序列进行多重扩增。扩增包括在存在聚合酶的情况下在扩增条件下使用多个靶特异性引物接触包括多个所关注靶序列的样品的至少一部分，以产生多个经扩增的靶序列。所述方法进一步包括检测所述多个靶肿瘤学序列中的每个靶序列的存在，其中与对照样品相比，一种或多种可执行肿瘤学生物标志物的检测确定了所述样品中指示潜在的诊断、预后、候选治疗方案和/或不良事件的肿
瘤学活性的变化。本文描述的方法使用本文提供的本专利技术的组合物。在一些实施例中，靶基因选自由以下组成的组：DNA热点突变基因、拷贝数变异(CNV)基因、基因间融合基因和基因内融合基因。在某些实施例中，靶基因选自表1的基因。在特定实施例中，所述靶基因由表1的基因组成。
[0010]此外，使用所提供的组合物和包括所提供的组合物的试剂盒分析核酸文库的序列是本专利技术的其它方面。在一些实施例中，提供了对所得文库的序列的分析能够检测低频等位基因、改进基因融合和新型融合的检测和/或检测所关注样品和/或所关注的多个样品中的基因突变。在某些实施例中，考虑所提供的组合物和方法的手动、部分自动化和全自动化实施方案。在特定实施例中，提供组合物的用途在用于样品遗传分析的完全集成的文库制备、模板化和测序系统中实施。在某些实施例中，所提供的本专利技术的组合物和方法的用途为研究和临床应用提供了益处，包含组织和/或血浆样本的一线测试以及对样本的持续监测以用于生物标志物的复发和/或耐药性检测。
[0011]本说明书中所提及的所有公开、专利和专利申请都在本文中通过引用并入，程度如同每一单独的公开、专利或专利申请被专门并且单独地指示以引用的方式并入一般。
[0012]对于各种核酸分析，期望用于从复杂样品中产生涵盖可执行肿瘤学生物标志物的目标文库的有效方法。本专利技术尤其提供制备靶核酸序列的文库的方法，允许快速产生高度多重化的目标文库，包含独特的标签序列；并且所得文库组合物可用于多种应用，包含测序应用。所提供的组合物设计用于检测组织和血浆衍生样品中的突变、拷贝数变异(CNV)和基因融合。所提供的组合物包括用于高通量样品的靶向引物组和试剂，以产生用于遗传分析的下一代工作流程。在特定实施例中，在完全集成的样品到分析系统上实施用途。本专利技术的新型特征在附属权利要求中具体阐述；并且通过参考阐述了说明性实施例的以下详细描述，将获得对本专利技术的这些特征和优势的完整理解，在所述说明性实施例中利用了本专利技术的原理。
具体实施方式
[0013]本文中使用的章节标题仅用于组织目的并且不应理解为以任何方式限制所描述的主题。本申请案中所引用的所有文献和类似材料，包含(但不限于)专利案、专利申请案、论文、书籍、专著和互联网网页，都以全文引用的方式明确地併入以用于任何目的。当并入的参考文献中的术语的定义呈现为与本专利技术教示中提供的定义不同时，应以本专利技术教示中提供的定义为准。应了解，在本专利技术教示中论述的温度、浓度、时间等之前存在暗示的“约”，使得微小并且非实质的偏差在本文中的本专利技术教示的范围内。在本申请案中，除非另外明确陈述，否则单数的使用包含复数。应注意，除非明确地并且肯定地限于一个指示物，否则如本说明书中所使用的单数形式“一(a/an)”和“所述”和任何词的单数用途包含多个指示物。此外，“包含(comprise/comprises/comprising)”、“含有(contain/contains/containing)”以及“包括(include/includes/including)”的使用并不打算是限制性的。应理解，一般说明仅是例示性和解释性的，并且不限制本专利技术。
[0014]除非另外定义，否则结合本文中所述的本专利技术使用的科学和技术术语应具有所属领域的技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另外要求，单数术语应该包含复数含义并且复数术语应该包括单数含义。一般来说，本文中所使用的与细胞和组织培养、分子生物
学以及蛋白质和寡核苷酸或聚核苷酸化学和杂交结合使用的命名法是所属领域中众所周知并且常用的命名法。除非另外指出，否则本主题的实践可采用在所属领域的技能内的有机化学、分子生物学(包含重组技术)、细胞生物学和生物化学的常规技术和描述。此类常规技术包含但不限于合成多核苷酸的制备、聚合技术、聚合物粒子的化学和物理分析、核酸文库的制备、核酸测序和分析等。合适技术的具体说明可参考本文提供的实例使用。也可以使用其它等效的常规程序。此类常规技术和说明可以在以下标准实验室手册中找到：如《基因组分析：实验室手册系列(Genome Analysis:A Laboratory Manual Series)》(第I
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IV卷)，《PCR引物：实验室手册(PCR Primer:A La本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于对样品中的可执行肿瘤学生物标志物进行单流多重测定的组合物，所述组合物由多组引物对试剂组成，所述多组引物对试剂针对多个靶序列以检测所述样品中的低水平靶标，其中靶基因选自由以下功能组成的组：DNA热点突变基因、拷贝数变异(CNV)基因、基因间融合基因和基因内融合基因。2.根据权利要求1所述的组合物，其中其中样品中的一个或多个可执行靶基因确定所述样品中指示潜在的诊断、预后、候选治疗方案和/或不良事件的肿瘤学活性的变化。3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述靶基因选自表1的基因。4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述靶基因由表1的基因组成。5.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多个靶序列包括由表A的引物检测到的扩增子序列。6.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多个靶序列包含由表A的引物检测到的扩增子序列中的每个扩增子序列。7.根据权利要求1所述的组合物，其中多种引物试剂选自表A的引物。8.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种引物试剂由表A的引物中的每个引物组成。9.一种多重测定，其包括根据权利要求1到8中任一项所述的组合物。10.一种测试试剂盒，其包括根据权利要求1到8中任一项所述的组合物。11.一种用于在生物样品中确定样品中一种或多种可执行肿瘤学生物标志物的存在的方法，所述方法包括：对来自生物样品...

【专利技术属性】
技术研发人员：D，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：