与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，引物对包括yfSNP01的正向引物5

【技术实现步骤摘要】
与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用


[0001]本专利技术涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，属于基因工程及植物分子育种领域。

技术介绍

[0002]黄瓜（Cucumis sativus L.）是我国广泛栽培的蔬菜作物，由于其清脆爽口，营养丰富，深受大众欢迎。近年来随着人们生活水平的不断提高，消费者越来越注重黄瓜品质，品质研究也成为当前研究的热点。
[0003]目前市场上常见的黄瓜果肉多为白色和绿色。戚春章等（1983）在云南发现的西双版纳黄瓜以其特有的橙黄色果肉老瓜成为研究果肉颜色的主要资源，后经沈镝等（2009）研究表明β
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胡萝卜素的积累是使其呈现橙黄色的主要原因。β
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胡萝卜素是维生素A的合成前体，维生素A具有预防夜盲症，提高抗氧化能力，增强人体免疫能力等功效，而人体自身不能合成β
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胡萝卜素，只能从外界获取，因此筛选高β
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胡萝卜素的农作物对改进人类膳食营养尤为关键。
[0004]随着现代生物技术的快速发展，分子辅助育种可在植株苗期快速选择目标性状植株，大大缩短了育种年限，且随着2009年的黄瓜基因组测序完成，这更为分子标记辅助育种提供了便利。由于黄色果肉黄瓜种质资源少，研究进展缓慢，目前已发现的与黄瓜黄色果肉连锁标记有：Lu等（2015）利用黄色果肉自交系PI200815和白色果肉自交系931构建的F2代群体，检测到与黄色果肉基因yf连锁分子标记yfSSR108和yfIndel129；沈镝（2009）在西双版纳黄瓜中检测到3与β
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胡萝卜素含量相关的QTL位点βCC4a、βCC4b、βCC7，贡献率分别为52.8%、22.0%、8.2%，以及两个与果肉颜色相关的QTL位点FCG5、FCG7，贡献率分别为7.5%和6.7%。Bo（2012）利用西双版纳黄瓜系SWCC8和栽培黄瓜系CC3获得的F7代重组自交系，获得与黄色内果皮基因ore连锁的分子标记，如SSR20710、SSR19511、SSR15419、SSR07706、SSR23231、SSR11633、SSR20270。因此，挖掘黄瓜黄色果肉种质资源，寻找与其紧密连锁的分子标记，将为黄瓜的品质育种提供很好的技术支撑。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是为了解决现有技术的不足，为了加快黄瓜黄色果肉育种进程，本专利技术提供与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用。
[0006]本专利技术是通过以下技术方案实现：与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记，其特征在于，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。
[0007]一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，其特征在于，SNP标记是yfSNP01；所述引物对包括yfSNP01的正向引物5
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TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA
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（SEQ ID NO.1）和yfSNP01的反向引物5
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GTTCAATCATGGGATGGACA
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（SEQ ID NO.2）。
[0008]所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用；具体方法是： （1）提取待检测黄瓜基因组DNA； （2）以待检测黄瓜基因组DNA为模板，利用所述的dCAPS引物对，进行PCR扩增；（3）使用限制性内切酶Bsphl引物扩增的PCR产物进行酶切；（4）经酶切后将产物进行电泳检测，根据电泳检测结果确定黄瓜果肉颜色，如果条带与XUE1一致，则为白色果肉单株；如果条带与yf
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1一致，则为黄色果肉单株；如果同时具有XUE1和yf
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1的条带，则为白色果肉单株。
[0009]所述的dCAPS引物对在黄瓜黄色果肉基因克隆中的应用。
[0010]所述的dCAPS引物对在黄色果肉黄瓜新品种选育中的应用。
[0011]本专利技术方法先进科学，通过本专利技术，本专利技术具有如下有益效果：本专利技术利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。
[0012]与文献《黄瓜黄色果肉yf连锁的Indel标记及其应用》（申请号：201410043738.6；公开号：CN103740711A）中在7号染色体上的Indel标记相比，本专利技术获得的SNP标记在黄瓜第4号染色体上，位置不同，且分子标记类型不同。本专利技术所使用的材料是自然黄色果肉突变体yf
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1，不同于前人所研究的西双版纳系黄瓜，更利于挖掘黄瓜果肉种质资源。
附图说明
[0013]图1为 yfSNP01标记遗传连锁图：图2 为yfSNP01在亲本及F1、F2群体间的聚丙烯酰胺凝胶电泳多态性检测（P1：白色果肉亲本XUE1，P2：黄色果肉亲本yf
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1，F1：XUE1
×
yf
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1，F2：F1自交后代，y和w分别表示F2植株的黄肉和白肉表型）。
具体实施方式
[0014]下面结合实施例和附图对本专利技术做进一步说明。
[0015]实施例一一、遗传群体构建和表型统计；XUE1（父本）是成熟果果肉为白色的欧洲水果型黄瓜品系，yf
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1（母本）为本实验室前期在欧洲水果型黄瓜品系BY育种过程中发现的自然突变体，其成熟果果肉为黄色，经连续自交6代后，表型稳定遗传。本实施案例利用两个亲本配置杂交组合F1，F1自交产生F2代分离群体。对亲本、F1、F2的果实果肉颜色采用目测法统计表型。根据表型调查，yf
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1为黄色，XUE1果肉为白色，F1均为白色，在221株F2代分离群体中，167株为白色果肉表型，54株为黄色果肉表型，经卡方检验符合3：1孟德尔分离定律（卡方值为0.0136），表明黄瓜黄色果肉为单基因控制，且黄色对白色为隐性。
[0016]二、双亲基因组重测序及SNP分子标记的开发；1、双亲全基因组重测序；使用Highseq2500测序仪对双亲（XUE1和yf
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1）进行基因组DNA重测序，以黄瓜参考
基因组GY14 V2为参考。
[0017]2、黄瓜基因组DNA提取；采用CTAB法提取亲本、F1及F2代分离群体的生长点嫩叶的总DNA。采取黄瓜生长点的一片嫩叶放入2 ml离心管中，在液氮中研磨成粉末，加入750 μL CTAB裂解液，混匀后在65℃水浴1h，期间上下颠倒使其充分混匀。向上述匀浆液中加入750 μl氯仿，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记，其特征在于，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。2. 一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，其特征在于，所述引物对包括yfSNP01的正向引物5
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TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA
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和yfSNP01的反向引物5
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GTTCAATCATGGGATGGACA
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。3.权利要求2所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色...

【专利技术属性】
技术研发人员：许学文，王雪婷，陈学好，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：