基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合、试剂盒和方法技术

本发明专利技术涉及基因检测技术领域，具体公开了一种基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合、试剂盒和方法。本发明专利技术采用第一代测序技术，其中涉及120个基因及近千个不同位点的致病性突变，本发明专利技术可以根据需求，随机进行不同的基因检测验证，选择所需基因位点的引物组而无需进行相关引物设计，以及后续筛选，可以两步PCR，纯化后直接进行测序，可以一次性进行96个样本检测，很大程度上简化了检测过程，降低了检测成本，准确率较高。准确率较高。准确率较高。

【技术实现步骤摘要】
基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合、试剂盒和方法


[0001]本专利技术涉及基因检测
，尤其是涉及一种基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合、试剂盒和方法。

技术介绍

[0002]遗传代谢性疾病(inherited metabolic diseases，IMD)是指由于基因突变引起酶缺陷、细胞膜功能异常或受体缺陷，从而导致机体生化代谢紊乱，造成中间或旁路代谢产物蓄积或终末代谢产物缺乏而引起一系列临床症状的一组疾病。迄今发现的疾病已经超过1000种。虽然IMD单一病种发病率较低，每种疾病均属少见病或罕见病，但因病种繁多，综合患病率并不低。IMD的临床表现复杂多样，随年龄、性别不同而有差异，危害极大。有些疾病在新生儿早期，例如出生后数小时或几天内即会发病，部分疾病却可能在幼儿期、儿童期、青少年期甚至成年期发病。由此造成的后果是：一方面，临床诊断十分困难；另一方面，如果不及早发现并治疗，疾病可对新生儿造成不可逆转的严重损害，如智力低下、终身残疾，甚至死亡。因此，对IMD应致力于早期诊断和及时治疗，从而避免或减轻疾病的危害。有虽然每种遗传病发病率比例较低，但由于人群基数大，可能获益的患者数量仍然可观。因此，快速、准确、全面的遗传病检测鉴定可以为患者带来更优的医疗决策。
[0003]目前，新生儿遗传病的检测方法主要包括串联质谱分析(LC/MS)、二代测序(NGS)、实时荧光定量PCR(RT
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RCR)等方法。如铂金埃尔默(PE)公司基于串联质谱分析NeoBase新生儿筛查试剂盒，通过串联质谱分析对新生儿干血斑样本中非衍生化多种氨基酸、肉碱和琥珀酰丙酮等含量变化来确定是否患有新生儿代谢性遗传疾病。串联质谱分析是目前临床上检测新生儿代谢性遗传疾病的常用检测方法；NGS目前已被广泛应用于遗传病筛查领域。基于其高通量特性，NGS可以一次性检测成百上千种遗传相关的致病性突变，是目前检测范围最广的一种检测手段；RT
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PCR是一种非常成熟的遗传病检测方法，许多发病风险非常高的单基因遗传病往往可以通过这种方法进行检测，如艾吉泰康的人类HLA
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B27核酸检测试剂盒，使用RT
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PCR的方法用于引起强制性脊柱炎的人类HLA
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B27基因核酸检测，其检测准确性较高。
[0004]串联质谱分析方法通常是对代谢产物进行检测，往往仅限于代谢性遗传病筛查，且无法得出疾病产生的根本原因，同时存在一定假阳性，假阴性的问题；实时荧光定量PCR(RT
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RCR)虽然检测准确率很高，但是往往只能检测单个基因或者极少的几个基因位点的突变，检测范围比较狭窄；二代测序(NGS)检测通量很高，一次性可以检测多种引起遗传病的致病性突变，操作流程比较复杂，检测时间较长，单个样本检测成本高，技术难度相对较大，当然也会存在一定假阳性，假阴性的问题，且检测不够灵活应对多种检测需求。
[0005]目前已有技术成本高、可检测基因的位点少、检测不够灵活，准确性不够等缺点，难以满足目前检测样本数量大、检测位点多、检测时效要求高、检测准确性高等检测要求。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一种基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合、试剂盒和方法。本专利技术采用第一代测序技术，其中涉及120个基因及近千个不同位点的致病性突变，本专利技术可以根据需求，随机进行不同的基因检测验证，选择所需基因位点的引物组而无需进行相关引物设计，以及后续筛选，可以两步PCR，纯化后直接进行测序，可以一次性进行96个样本检测，很大程度上简化了检测过程，降低了检测成本，准确率较高。
[0007]为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为：
[0008]第一目的，本专利技术提供了一种基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合，所述引物库组合包括以下引物：
[0009]1)针对UGT1A1基因(c.211G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物；
[0010]2)针对GJB2基因(c.109G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:3所示的正向引物和SEQ ID NO:4所示的反向引物；
[0011]3)针对GUSB基因(c.104C>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:225所示的正向引物和SEQ ID NO:226所示的反向引物；
[0012]4)针对SLC26A4基因(c.919
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2A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:13所示的正向引物和SEQ ID NO:14所示的反向引物；
[0013]5)针对ABCG5基因(c.904+1G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:51所示的正向引物和SEQ ID NO:52所示的反向引物；
[0014]6)针对LDLR基因(c.1747C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:37所示的正向引物和SEQ ID NO:38所示的反向引物；
[0015]7)针对SLC26A4基因(c.1692dupA)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:131所示的正向引物和SEQ ID NO:132所示的反向引物；
[0016]8)针对GALT基因(c.821
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7A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:93所示的正向引物和SEQ ID NO:94所示的反向引物。
[0017]作为本专利技术所述引物库组合的优选实施方式，所述新生儿遗传病基因还包括ABCD4、ABCG8、ACAD8、ACADM、ACADS、ACADSB、ACADVL、ACAT1、ACSF3、ADA、AGL、AHCY、ALDH7A1、ALDOB、APOB、ARG1、ARSA、ARSB、ASL、ASS1、ATP7A、ATP7B、AUH、BCKDHA、BCKDHB、BTD、CBS、CPS1、CPT1A、CPT2、CYP11B1、DBT、DDC、DLD、ETFA、ETFB、ETFDH、MUT、ETHE1、F9、FAH、G6PC、G6PD、GAA、GALC、GALE、GALK1、GALNS、GAMT、GBA、GCDH、GCH1、GJB3、GLA、GLB1、GLDC、GNMT、GNPTAB、HADHA、HADHB、HBB、HEXA、HLCS、HMGCL、HPD、HSD17B10、IDS、IDUA、IVD、L2HGDH、LDLR、LMBRD1、MAT1A、MCCC1、MCCC2、MMAA、MMAB、MMACHC、MMADHC、MTHFR、MTR、MT
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RNR1、MTRR、NAGLU、NAGS、NPC1、NPC2、OTC、PAH、PC、PCCA、PCCB、PCSK9、PHGDH、PHKA2本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于一代测序平台检测新生儿遗传病基因的引物库组合，其特征在于，包括以下引物：1)针对UGT1A1基因(c.211G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物；2)针对GJB2基因(c.109G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:3所示的正向引物和SEQ ID NO:4所示的反向引物；3)针对GUSB基因(c.104C>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:225所示的正向引物和SEQ ID NO:226所示的反向引物；4)针对SLC26A4基因(c.919
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2A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:13所示的正向引物和SEQ ID NO:14所示的反向引物；5)针对ABCG5基因(c.904+1G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:51所示的正向引物和SEQ ID NO:52所示的反向引物；6)针对LDLR基因(c.1747C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:37所示的正向引物和SEQ ID NO:38所示的反向引物；7)针对SLC26A4基因(c.1692dupA)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:131所示的正向引物和SEQ ID NO:132所示的反向引物；8)针对GALT基因(c.821
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7A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:93所示的正向引物和SEQ ID NO:94所示的反向引物。2.如权利要求1所述的引物库组合，其特征在于，所述新生儿遗传病基因还包括ABCD4、ABCG8、ACAD8、ACADM、ACADS、ACADSB、ACADVL、ACAT1、ACSF3、ADA、AGL、AHCY、ALDH7A1、ALDOB、APOB、ARG1、ARSA、ARSB、ASL、ASS1、ATP7A、ATP7B、AUH、BCKDHA、BCKDHB、BTD、CBS、CPS1、CPT1A、CPT2、CYP11B1、DBT、DDC、DLD、ETFA、ETFB、ETFDH、MUT、ETHE1、F9、FAH、G6PC、G6PD、GAA、GALC、GALE、GALK1、GALNS、GAMT、GBA、GCDH、GCH1、GJB3、GLA、GLB1、GLDC、GNMT、GNPTAB、HADHA、HADHB、HBB、HEXA、HLCS、HMGCL、HPD、HSD17B10、IDS、IDUA、IVD、L2HGDH、LDLR、LMBRD1、MAT1A、MCCC1、MCCC2、MMAA、MMAB、MMACHC、MMADHC、MTHFR、MTR、MT
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RNR1、MTRR、NAGLU、NAGS、NPC1、NPC2、OTC、PAH、PC、PCCA、PCCB、PCSK9、PHGDH、PHKA2、PNPO、PRODH、PTS、PYGL、QDPR、SGSH、SLC10A1、SLC12A3、SLC22A5、SLC25A13、SLC25A15、SLC25A20、SLC37A4、SLC6A8、SMPD1、SPR、SUCLG1、TAT、TH中的至少一种。3.如权利要求2所述的引物库组合，其特征在于，所述引物库组合还包括以下引物：针对SLC10A1基因(c.800C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:5所示的正向引物和SEQ ID NO:6所示的反向引物；针对GALC基因(c.1901T>C)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:7所示的正向引物和SEQ ID NO:8所示的反向引物；针对SLC25A13基因(c.852_855delTATG)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:9所示的正向引物和SEQ ID NO:10所示的反向引物；针对PRODH基因(c.1322T>C)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:11所示的正向引物和SEQ ID NO:12所示的反向引物；针对SLC22A5基因(c.1400C>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:15所示的正向引物和SEQ ID NO:16所示的反向引物；针对SLC25A20基因(c.199
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10T>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:17所示的正向引物和SEQ ID NO:18所示的反向引物；针对ACADSB基因(c.1165A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:19所示的正向引物和SEQ ID NO:20所示的反向引物；针对ATP7B基因(c.2755C>G)多态
性位点的检测引物：如SEQ ID NO:21所示的正向引物和SEQ ID NO:22所示的反向引物；针对G6PD基因(c.1478G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:23所示的正向引物和SEQ ID NO:24所示的反向引物；针对PAH基因(c.1174T>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:25所示的正向引物和SEQ ID NO:26所示的反向引物；针对GAA基因(c.752C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:27所示的正向引物和SEQ ID NO:28所示的反向引物；针对ACADS基因(c.1031A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:29所示的正向引物和SEQ ID NO:30所示的反向引物；针对PTS基因(c.259C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:31所示的正向引物和SEQ ID NO:32所示的反向引物；针对MMACHC基因(c.609G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:33所示的正向引物和SEQ ID NO:34所示的反向引物；针对MT
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RNR1基因(m.1555A>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:35所示的正向引物和SEQ ID NO:36所示的反向引物；针对APOB基因(c.10579C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:39所示的正向引物和SEQ ID NO:40所示的反向引物；针对HLCS基因(c.1522C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:41所示的正向引物和SEQ ID NO:42所示的反向引物；针对GJB3基因(c.538C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:43所示的正向引物和SEQ ID NO:44所示的反向引物；针对MUT基因(c.1663G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:45所示的正向引物和SEQ ID NO:46所示的反向引物；针对ETFDH基因(c.250G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:47所示的正向引物和SEQ ID NO:48所示的反向引物；针对ALDOB基因(c.1013C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:49所示的正向引物和SEQ ID NO:50所示的反向引物；针对GCDH基因(c.1244
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2A>C)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:53所示的正向引物和SEQ ID NO:54所示的反向引物；针对GBA基因(c.1448T>C)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:55所示的正向引物和SEQ ID NO:56所示的反向引物；针对TH基因(c.698G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:57所示的正向引物和SEQ ID NO:58所示的反向引物；针对NAGLU基因(c.1562C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:59所示的正向引物和SEQ ID NO:60所示的反向引物；针对CPS1基因(c.2407C>G)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:61所示的正向引物和SEQ ID NO:62所示的反向引物；针对GALE基因(c.505C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:63所示的正向引物和SEQ ID NO:64所示的反向引物；针对PYGL基因(c.2467C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:65所示的正向引物和SEQ ID NO:66所示的反向引物；针对G6PC基因(c.648G>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:67所示的正向引物和SEQ ID NO:68所示的反向引物；针对ASS1基因(c.1087C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:69所示的正向引物和SEQ ID NO:70所示的反向引物；针对MAT1A基因(c.1070C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:71所示的正向引物和SEQ ID NO:72所示的反向引物；针对AGL基因(c.1735+1G>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:73所示的正向引物和SEQ ID NO:74所示的反向引物；针对ACADM基因(c.449_452delCTGA)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:75所示的正向引物和SEQ ID NO:76所示的反向引物；针对SMPD1基因(c.1133G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:77所示的正向引物和SEQ ID NO:78所示的反向引物；针对SLC25A15基因(c.535C>T)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:79所示的正向引物和SEQ ID NO:80所示的反向引物；针对SGSH基因(c.703G>A)多态性位点的检测引物：如SEQ ID NO:81所示的正向引物和SEQ ID NO:82所示的反向引
ID NO:143所示的正向引物和SEQ ID NO:144所示的反向引物；针对PCCA基因(c.802C>T)多态性位点的检测引...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩凯斌，陈佳，朱丽叶，
申请(专利权)人：广州盛安医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：