检测卵巢癌分子分型的探针池及制备，应用和使用方法技术

本发明专利技术公开了检测卵巢癌分子分型的探针池及制备，应用和使用方法，包括：1)用于I型卵巢癌的探针设计；2)用于II型卵巢癌的探针设计；所述用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的多个区域组合；所述用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因的多个区域组合，本发明专利技术的优点在于结合使用靶向二代测序法一次性便可检测2种常见的卵巢癌分子分型，通量高，精度高，成本低，时效性更好，为卵巢癌分子分型诊断、辅助用药指导及预后预测监控提供了技术保障。预后预测监控提供了技术保障。

【技术实现步骤摘要】
检测卵巢癌分子分型的探针池及制备，应用和使用方法


[0001]本专利技术是关于卵巢癌分子分型领域，特别是关于检测卵巢癌分子分型的探针池及制备，应用和使用方法。

技术介绍

[0002]卵巢恶性肿瘤是女性生殖器官常见的恶性肿瘤之一，其发病率仅次于宫颈癌和子宫内膜癌而列居第三位。其中上皮性肿瘤占原发性卵巢肿瘤的50％
‑
70％，其恶性类型占卵巢恶性肿瘤的85％
‑
90％。手术和化疗可以治愈大多数初期患者，但不能挽救很多晚期患者的生命。卵巢癌对顺铂比较敏感。而靶向治疗(如抗血管生成药物或聚ADP
‑
核糖聚合酶抑制剂)等也可以提高患者生存率。全球每年有220000名妇女患有上皮性卵巢癌。在英国，每年7000名女性患该病(4200人死亡)；在美国，每年22500名女性患该病(14000人死亡)。流行病学研究结果显示女性在不排卵的状态(如口服避孕药)卵巢癌的发病率明显降低。
[0003]卵巢癌组织类型主要有交界性肿瘤、浆液性癌、内膜样癌、透明细胞癌、黏液性癌。近10年来，为了提高卵巢癌的治愈率，人们提出了新的分类方式，将卵巢癌分为I型和II型。I型为低级别肿瘤，包含BRAF，KRAS，PTEN基因突变的内膜样，黏液性，透明细胞癌。II型肿瘤是高级别浆液性和癌肉瘤，包含p53，BRCA1和BRCA2基因突变。同时，NOTCH和FOXM1信号通路与卵巢浆液性癌病理生理机制有关。多数上皮性卵巢癌患者为高级别浆液性癌、子宫内膜样癌和其他高等级未分化类型，常伴有p53基因表达异常。虽然这些肿瘤均由卵巢表面上皮发展而来，但几乎所有BRCA1和BRCA2突变的卵巢癌均为高级别浆液性癌。
[0004]因此，开发一种用于检测精度高、通量高、检测速度快的卵巢癌分子分型检测试剂盒是本领域急需解决的问题。
[0005]公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种检测卵巢癌分子分型的探针池及制备，应用和使用方法，其能够为卵巢癌分子分型诊断、辅助用药指导及预后预测监控提供了技术保障。
[0007]为实现上述目的，本专利技术提供了检测卵巢癌分子分型的探针池，包括：
[0008]1)用于I型卵巢癌的探针设计；2)用于II型卵巢癌的探针设计；
[0009]所述用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的多个区域组合；所述用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因的多个区域组合。
[0010]作为优选的，所述用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的5个以上外显子区域组合。
[0011]作为优选的，所述用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因5个以上外显子区域组合。
[0012]作为优选的，所述DNA探针池中共有223条寡核苷酸探针，每个所述寡核苷酸探针的浓度均为50
‑
250fmole/μL。
[0013]作为优选的，每个所述寡核苷酸探针的5
’
端均有生物素化修饰，3
’
端均有硫代化修饰。
[0014]作为优选的，所述223条寡核苷酸探针的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.223所示。
[0015]检测卵巢癌分子分型的探针池的制备方法，包括如下步骤：
[0016](1)选择权利要求1、2、3中的多个基因区域，并按照碱基互补原则进行探针设计，人基因组库选取hg19；
[0017](2)权利要求1、2中区域探针序列需要避开重复区域位置；
[0018](3)探针需去除在人基因组hg19上匹配次数大于1
‑
200的探针；
[0019](4)探针调整窗口大小在10
‑
30nt之间；
[0020](5)探针调整长度100
‑
160nt后，形成最终探针序列，随后进行探针合成，形成探针池。
[0021]检测卵巢癌分子分型的探针池的应用，提供了一种用于卵巢癌分子分型的试剂盒，所述试剂盒包含权利要求1
‑
7任一项所述的检测卵巢癌分子分型的探针池。
[0022]作为优选的，所述试剂盒还包括DNA提取和二代文库构建的常规组件，所述常规组件包括DNA提取试剂盒、建库预混液、引物混合液、接头预混液、杂交预混液。
[0023]检测卵巢癌分子分型的探针池的应用的使用方法，包括如下步骤：
[0024](1)提取卵巢癌组织样本中DNA，组织样本是福尔马林浸泡样本或蜡块、石蜡切片；
[0025](2)构建DNA二代测序文库；
[0026](3)DNA二代测序文库与权利要求1
‑
7所述DNA探针池杂交；
[0027](4)二代测序及数据分析获得检测结果。
[0028]本专利技术相比于现有技术具有以下有益效果：这一检测卵巢癌分子分型的探针池包含：1)BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的外显子区域探针池设计，用于I型卵巢癌分型；2)TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因的外显子区域探针池设计，用于II型卵巢癌分型，这一技术方案结合使用靶向二代测序法一次性便可检测2种常见的卵巢癌分子分型，通量高，精度高，成本低，时效性更好，为卵巢癌分子分型诊断、辅助用药指导及预后预测监控提供了技术保障。
具体实施方式
[0029]下面对本专利技术的具体实施方式进行详细描述，但应当理解本专利技术的保护范围并不受具体实施方式的限制。
[0030]除非另有其它明确表示，否则在整个说明书和权利要求书中，术语“包括”或其变换如“包含”或“包括有”等等将被理解为包括所陈述的元件或组成部分，而并未排除其它元件或其它组成部分。
[0031]检测卵巢癌分子分型的探针池，包括：1)用于I型卵巢癌的探针设计；2)用于II型卵巢癌的探针设计；
[0032]用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、
POLD基因的多个区域组合；用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CD本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，包括：1)用于I型卵巢癌的探针设计；2)用于II型卵巢癌的探针设计；所述用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的多个区域组合；所述用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因的多个区域组合。2.根据权利要求1所述的检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于I型卵巢癌分型的探针设计包括BRAF、KRAS、NRAS、ARAF、HRAS、PTEN、POLE、POLD基因的5个以上外显子区域组合。3.根据权利要求1所述的检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于II型卵巢癌分型的探针设计包括TP53、BRCA1、BRCA2、ATM、ATR、CCND1、CCNE1、ARID1A、CDK4、CDK6、CDK12、PIK3CA基因5个以上外显子区域组合。4.根据权利要求1
‑
3所述的检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，所述DNA探针池中共有223条寡核苷酸探针，每个所述寡核苷酸探针的浓度均为50
‑
250fmole/μL。5.根据权利要求4所述的检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，每个所述寡核苷酸探针的5
’
端均有生物素化修饰，3
’
端均有硫代化修饰。6.根据权利要求4和5所述的检测卵巢癌分子分型的探针池，其特征在于，所述223条寡核苷酸探针的核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：魏冬凯，闻彬，浦宇，
申请(专利权)人：苏州方科生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：