用于结直肠癌筛查的标志物、探针组合物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于结直肠癌筛查的标志物、探针组合物及其应用，所述标志物选自28个标志物的任一种。本发明专利技术使用所述的标志物，能够灵敏和特异地检测该基因的甲基化的状态，从而可以用于对外周血游离DNA的检测，并且，本发明专利技术所述的组合物以非侵入性的方式用于无症状人群的筛查，降低了侵入性检测造成的危害，所述的组合物具有更高的灵敏度和准确度，能够实现实时监测。实现实时监测。

【技术实现步骤摘要】
用于结直肠癌筛查的标志物、探针组合物及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种用于结直肠癌筛查的标志物、探针组合物及其应用。

技术介绍

[0002]在中国，结直肠癌是发病率最高的癌症之一。据2018年国家癌症中心发布的最新数据显示，2014年我国的结直肠癌新发病例达到37万例，约占全世界的26％；发病率约为28/10万人，在所有的恶性肿瘤中排名第三。早期结直肠癌的治愈率在90％。目前临床上有效的筛查手段是肠镜，但这种侵入性的筛查方法客户依从性查。早期发现是提高患者生存率和治愈率的关键，但目前缺乏准确的非侵入性诊断方法。目前，DNA甲基化已被证明具有组织特异性,可用于早期癌症检测，并可根据循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化特征追踪到肿瘤原发部位。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的在于提供了一种检测结直肠癌的标志物以及探针组合物，可以用于结直肠癌的筛查，所述的标志物以非侵入性的方式用于无症状人群的筛查，以及癌症患者的预后检测，降低了侵入性检测造成的危害，并且具有更高的灵敏度和准确性。
[0004]本专利技术具体技术方案如下：
[0005]1.一种用于检测结直肠癌的标志物，所述标志物对应基因选自下述中的一种：FBLIM1、KIAA1522、AGBL4、VAV3、NGF
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AS1、FAM72B、FAM72A、CD34、ARHGAP22、CEP164、B4GALNT1、EVL、PTPRS、ZNF566、ZNF829、RTN4、PPP1R16B、PRRT3
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AS1、FAM184B、TRAPPC11、PDE8B、RSPO3、CAHM、QKI、AEBP1、NRCAM和GPR85。
[0006]2.根据项1所述的标志物，其中，所述标志物的核苷酸序列选自如SEQ ID NO:1
‑
SEQ ID NO:28所示的一种，优选所述标志物为甲基化后的标志物。
[0007]3.一种探针组合物，所述探针组合物包含靶向项1或2所述标志物甲基化的探针。
[0008]4.根据项3所述的探针组合物，其中，所述探针组合物包含高甲基化的第一探针组合物和低甲基化的第二探针组合物，所述第一探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域杂交，所述第二探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域杂交。
[0009]5.根据项4所述的探针组合物，其中，所述第一探针组合物包括n个探针，所述n个探针与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域的正义链或反义链的每个核苷酸杂交；
[0010]优选的，所述第二探针组合物包括m个探针，所述m个探针与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域的正义链或反义链的每个核苷酸杂交。
[0011]6.根据项5所述的探针组合物，其中，n和m均是1
‑
10中的任意整数。
[0012]7.根据项5或6所述的探针组合物，其中，第n
‑
1个探针和第n个探针之间有x1个核苷酸重叠，优选的，x1为0
‑
100中的任意整数；
[0013]优选的，第m
‑
1个探针和第m个探针之间有x2个核苷酸重叠，优选的，x2为0
‑
100中的任意整数。
[0014]8.根据项5
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7中任一项所述的探针组合物，其中，所述第一探针组合物包括如SEQ ID NO:29
‑
84中的一种或两种，所述第二探针组合物包括如SEQ ID NO:85
‑
140中的一种或两种。
[0015]9.标志物在制备用于检测结直肠癌的试剂盒中的用途，所述标志物对应基因选自下述中的一种：FBLIM1、KIAA1522、AGBL4、VAV3、NGF
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AS1、FAM72B、FAM72A、CD34、ARHGAP22、CEP164、B4GALNT1、EVL、PTPRS、ZNF566、ZNF829、RTN4、PPP1R16B、PRRT3
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AS1、FAM184B、TRAPPC11、PDE8B、RSPO3、CAHM、QKI、AEBP1、NRCAM和GPR85。
[0016]10.根据项9所述的用途，其中，所述标志物的核苷酸序列选自如SEQ ID NO:1
‑
28所示的一种，优选所述标志物为甲基化后的标志物。
[0017]11.探针组合物在制备用于检测结直肠癌的试剂盒中的用途，所述探针组合物用于靶向结直肠癌的甲基化后的标志物。
[0018]12.根据项11所述的用途，其中，所述探针组合物为项3
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8中任一项所述的探针组合物。
[0019]13.一种用于结直肠癌检测的组合物，所述组合物包括用于检测选自下述标志物对应基因中任一种甲基化的核酸：FBLIM1、KIAA1522、AGBL4、VAV3、NGF
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AS1、FAM72B、FAM72A、CD34、ARHGAP22、CEP164、B4GALNT1、EVL、PTPRS、ZNF566、ZNF829、RTN4、PPP1R16B、PRRT3
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AS1、FAM184B、TRAPPC11、PDE8B、RSPO3、CAHM、QKI、AEBP1、NRCAM和GPR85。
[0020]14.根据项13所述的组合物，其中，所述标志物的核苷酸序列选自如SEQ ID NO:1
‑
SEQ ID NO:28所示的一种。
[0021]15.根据项13或14所述的组合物，其中，所述核酸包括项3
‑
8中任一项所述的探针组合物。
[0022]16.根据项13或14所述的组合物，其中，所述核酸包括：
[0023]引物，所述引物为所述标志物的靶序列中的至少9个核苷酸的片段，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0024]17.根据项13
‑
14以及16中任一项所述的组合物，其中，所述核酸还包括：
[0025]探针，所述探针为在中等严紧或严紧条件下与所述标志物的靶序列中的至少15个核苷酸片段杂交，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0026]18.根据项13
‑
14以及16
‑
17中任一项所述的组合物，其中，所述组合物还包括将标志物的靶序列的5位未甲基化胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶的试剂，优选的，所述用于检测标志物的靶序列甲基化的核酸还包括：
[0027]优先与处于非甲基化状态的靶序列结合的阻断剂。
[0028]19.一种试剂盒，其包含项1或2所述的标志物或者项3
‑
8中任一项所述的探针组合物或者项13
‑
18中任一项所述的组合物。
[0029]20.一种芯片，其包含项1或2所述的标志物或者项3
‑
8中任一项所述的探针组合物或者项13或14所述的组合本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测结直肠癌的标志物，所述标志物对应基因选自下述中的一种：FBLIM1、KIAA1522、AGBL4、VAV3、NGF
‑
AS1、FAM72B、FAM72A、CD34、ARHGAP22、CEP164、B4GALNT1、EVL、PTPRS、ZNF566、ZNF829、RTN4、PPP1R16B、PRRT3
‑
AS1、FAM184B、TRAPPC11、PDE8B、RSPO3、CAHM、QKI、AEBP1、NRCAM和GPR85。2.根据权利要求1所述的标志物，其中，所述标志物的核苷酸序列选自如SEQ ID NO:1
‑
SEQ ID NO:28所示的一种，优选所述标志物为甲基化后的标志物。3.一种探针组合物，所述探针组合物包含靶向权利要求1或2所述标志物甲基化的探针。4.根据权利要求3所述的探针组合物，其中，所述探针组合物包含高甲基化的第一探针组合物和低甲基化的第二探针组合物，所述第一探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域杂交，所述第二探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域杂交；优选的，所述第一探针组合物包括n个探针，所述n个探针与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域的正义链或反义链的每个核苷酸杂交；优选的，所述第二探针组合物包括m个探针，所述m个探针与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域的正义链或反义链的每个核苷酸杂交；优选的，n和m均是1
‑
10中的任意整数；优选的，第n
‑
1个探针和第n个探针之间有x1个核苷酸重叠，优选的，x1为0
‑
100中的任意整数；优选的，第m
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1个探针和第m个探针之间有x2个核苷酸重叠，优选的，x2为0
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100中的任意整数；进一步优选的，所述第一探针组合物包括如SEQ ID NO:29
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84中的一种或两种，所述第二探针组合物包括如SEQ ID NO:85
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140中的一种或两种。5.标志物在制备用于检测结直肠癌的试剂盒中的用途，所述标志物对应基因选自下述中的一种：FBLIM1、KIAA1522、AGBL4、VAV3、NGF
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AS1、FAM72B、FAM72A、CD34、ARHGA...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴宁宁，韩晓亮，连明，王小奇，刘栓平，魏闯，杨亚东，
申请(专利权)人：博尔诚北京科技有限公司，
类型：发明
国别省市：