SNPs分子标记g.43756G＞A及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用制造技术

本发明专利技术属于湖羊分子标记辅助育种技术领域，具体涉及一种湖羊体长性状相关SNPs分子标记g.43756 G＞A、引物对、试剂盒及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。其中，AA型个体的体长显著高于GA型个体，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著。通过本发明专利技术提供的分子标记及其引物对和试剂盒，采用相关检测方法，能够筛选出湖羊的体长性状，起到辅助育种作用。起到辅助育种作用。起到辅助育种作用。

【技术实现步骤摘要】
SNPs分子标记g.43756 G＞A及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用


[0001]本专利技术属于湖羊分子标记辅助育种
，具体涉及一种湖羊体长性状相关SNPs分子标记g.43756 G＞A、引物对、试剂盒及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。

技术介绍

[0002]湖羊是我国著名的一个绵羊品种，以繁殖力强、早期生长速度快、适应舍饲及高湿高热环境等特点而出名。但湖羊产在肉性能方面与杜泊羊、德国美利奴羊等国外肉用绵羊品种还存在较大差异。因此，非常有必要对湖羊生长性能进行选育，提高湖羊的产肉性能。
[0003]本申请人已有授权中国专利技术专利(公开号：CN109251986A、CN109182553A、CN109251987A、CN109251985A、CN109182554A和CN109055579A)公开了利用GWAS技术筛选的湖羊体尺性状候选功能基因及SNPs，并通过SNPs的群体验证，获得了可用于分子标记辅助育种的SNPs，可用于湖羊肉用性状分子标记辅助育种和湖羊肉用系核心群个体的早期选育。
[0004]ARHGAP24基因是Rho GTP酶激活蛋白家族的成员，可作为Rho GTP酶的负调节剂，并影响肌动蛋白重塑、细胞极性、细胞迁移、分化和发育。ARHGAP24(也称为p73
‑
RHOGAP或FilGAP)位于细胞质和细胞连接处，在血管生成过程中发挥重要的调节作用。
[0005]目前发现ARHGAP24基因参与肾脏中癌细胞的增殖、细胞周期、凋亡、迁移和侵袭，在该癌细胞中作用是由活化的ARF6诱导的乳腺癌细胞造成伪足形成，并且通过增加Rac1活性促进胶质母细胞瘤的肿瘤生长。肺腺癌中出现ARHGAP24表达下调，将会出现癌细胞的紫杉醇耐药表型。
[0006]在哺乳动物中Rho GTP家族与多种细胞功能有关，包括肌动蛋白细胞骨架的重组，细胞生长控制，转录调控和膜运输，在动物生长发育过程中还与肺发育，呼吸系统发育，血管形态发生，心脏发育和转录调控有关。在关于杜洛克猪的生产性状的GWAS分析中已经发现ARHGAP24与生产性状显著相关。结合此前的研究，ARHGAP24中的突变可能与细胞生长调控中的某些功能有关，从而从一些未知的通路调控进一步影响了湖羊的生长特性。

技术实现思路

[0007]为了解决分子标记育种中现有技术的欠缺和现实需要求，本专利技术的目的是提供一种与湖羊体长性状显著相关的SNPs分子标记及其检测引物对和试剂盒，并提供所述分子标记的筛选方法和在湖羊分子标记育种中的应用。
[0008]为了实现上述的专利技术目的，本申请采用了以下的技术方案：
[0009]一种与湖羊体长性状显著相关的SNPs分子标记，该分子标记定位为g.43756G＞A。
[0010]进一步，本申请提供了一种用于检测所述SNPs分子标记的引物对。
[0011]进一步，本申请提供了所述的引物对扩增获得的扩增产物，该扩增产物的序列如SEQ ID NO:1所示。
[0012]进一步，本申请提供了一种用于扩增所述的扩增产物的引物对。
[0013]作为优选，所述引物对的序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。
[0014]进一步，本申请提供了一种包含所述引物对的试剂盒。
[0015]进一步，本申请提供了所述的SNPs分子标记、引物对和试剂盒在筛选湖羊体长性状和湖羊分子标记育种中的应用；其中，AA型个体的体长显著高于GA型个体，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著。
[0016]进一步，本申请还提供了一种筛选湖羊体重体尺性状的方法，该方法包括以下步骤：提取湖羊外周血基因组DNA，采用所述的引物对进行PCR扩增，对扩增产物中所述的SNPs分子标记进行检测，从而筛选出湖羊体长性状；其中，AA型个体的体长显著高于GA型个体，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著。
[0017]作为优选，所述PCR扩增程序为：94℃预变性，2min；98℃变性，10sec，53℃退火，30sec，68℃延伸，30sec，35个循环；4℃保存，∞；所述PCR扩增体系如下：
[0018][0019][0020]进一步，本申请还提供了所述方法在筛选湖羊体长性状和湖羊分子标记育种中的应用；其中，AA型个体的体长显著高于GA型个体，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著。
[0021]本专利技术以214只湖羊为试验材料，以ARHGAP24基因为候选基因，采用PCR扩增，产物直接测序以及序列分析技术筛选SNPs，并通过关联分析筛选出显著影响湖羊体重、体尺性状的SNP位点。
[0022]本专利技术发现，在ARHGAP24基因内含子1部分区内有15个SNPs,其中与湖羊体重、体尺性状显著相关的SNPs位点有4个：1.g.43756 G＞A与湖羊体长显著相关，AA型个体的体长显著高于GA型个体(P＜0.05)，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著(P＞0.05)。2.g.43815 G＞A与湖羊体高显著相关，AA型个体的体高显著高于GG型个体(P＜0.05)，GA型个体与GG，AA型个体相比差异不显著(P＞0.05)。3.g.43851 G＞A与湖羊体长显著相关，AA型个体的体长显著高于GA型个体(P＜0.05)，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著(P＞0.05)。4.g.43917 A＞G与湖羊体长和日增重显著相关，AA与GG型个体的体长显著高于AG型个体(P＜0.05)，AA与GG相比差异不显著(P＞0.05)，GG型个体断奶到六月龄日增重显著高于AA型个体，AG型个体与AA，GG相比差异不显著。
附图说明
[0023]图1：本专利技术检测引物的PCR扩增序列，其中灰色的即为分子标记的位点。
[0024]图2：湖羊ARHGAP24基因SNPs检测引物的PCR扩增(M：DL5000，从上到下依次是5000bp、3000bp、2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp、100bp；泳道1～8为目的片段扩增结
果)。
具体实施方式
[0025]下面通过实施例对本专利技术做进一步说明。
[0026]1.试验材料
[0027]1.1试验动物样本来源
[0028]试验动物均来自杭州庞大农业开发有限公司的湖羊肉用新类群核心群，共213只，饲养管理按照肉羊标准的饲养管理方法进行饲养。每个个体采集颈静脉血10mL，置于EDTA抗凝管，
‑
20℃保存。
[0029]1.2体尺指标的测定
[0030]湖羊体尺测量包括体(斜)长、体高和胸围。每只羊至少测量3次，取平均值作为最终的测量结果。具体测定性状及测定方法见表1。
[0031]表1测定性状及测定方法
[0032][0033]2.试验方法
[0034]2.1外周血基因组DNA提取，按照已知常规方法进行。
[0035]2.2 DNA浓度和纯度检测，按照已知常规本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与湖羊体长性状显著相关的SNPs分子标记，其特征在于，该分子标记定位为g.43756G＞A。2.一种用于检测权利要求1中所述SNPs分子标记的引物对。3.权利要求2所述的引物对扩增获得的扩增产物，该扩增产物的序列如SEQ ID NO:1所示。4.一种用于扩增权利要求3所述的扩增产物的引物对。5.根据权利要求4所述的引物对，其特征在于，所述引物对的序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。6.一种包含权利要求2或4或5所述引物对的试剂盒。7.权利要求1所述的SNPs分子标记、权利要求2或4或5所述的引物对和权利要求6所述的试剂盒在筛选湖羊体长性状和湖羊分子标记育种中的应用；其中，AA型个体的体长显著高于GA型个体，GG型个体与GA，AA型个体相比差异不显著。8.一种...

【专利技术属性】
技术研发人员：单慧丽，姜俊芳，蒋永清，吴建良，曹阳，
申请(专利权)人：浙江省农业科学院，
类型：发明
国别省市：