基于侧柏转录组序列开发的EST-SSR标记引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了基于侧柏转录组序列开发的EST

【技术实现步骤摘要】
基于侧柏转录组序列开发的EST
‑
SSR标记引物及其应用


[0001]本专利技术属于植物分子标记
，具体涉及基于侧柏转录组序列开发的EST
‑
SSR标记引物及其应用。

技术介绍

[0002]侧柏(Platycladus orientalis(L.)Franco)为柏科侧柏属常绿乔木，属于单属种针叶植物。侧柏在我国有最广的自然分布范围，是重要的生态抗逆树种，具有较高的生态、经济与社会利用价值。侧柏耐旱耐瘠薄、抗逆性强，适应范围广，是我国造林绿化的重要树种；侧柏木质细密、耐腐力强，可作建筑、农具等用材；侧柏生命力强，具有较长的寿命，是我国主要的古树资源、文化树种；侧柏叶具有抗菌、抗氧化、促进毛发生长、止血等药理学作用；侧柏挥发性次生代谢物丰富，是重要的香料成分。在侧柏育种领域，上世纪80年代，侧柏种源试验在全国展开，但不同分布区、不同科研单位间的品种(无性系、优株)命名不同，严重影响了侧柏种质资源的创新利用、新品种保护及良种推广应用。
[0003]相比其他植物，我国侧柏新品种选育与分子鉴定工作进展较慢。目前植物新品种DUS测试仅局限于植物学表型鉴定，而侧柏优良品种(无性系)无性繁殖后代在苗期形态特征差异较小，表型鉴定很难精确区分，这也为侧柏植物新品种保护构成了严峻挑战。
[0004]微卫星(Simple Sequence Repeats，SSR)分子标记是一种稳定、精确、高效的分子标记技术，被广泛应用于植物遗传评价尤其是遗传多样性分析与亲缘关系鉴定领域。其中，基于表达序列标签的微卫星(EST
‑
SSR)标记相较于传统微卫星标记具有开发效率高、多态性高、重复性好、成本低等优点，在樱桃、皂荚、马尾松、杨树等多种植物遗传多样性研究与亲缘关系鉴定中得以应用。目前，侧柏微卫星分子标记较少，针对侧柏开发的高效多态的EST
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SSR引物标记更少。为了更好地开展侧柏及其栽培变种遗传多样性分析，实现侧柏种质资源分子鉴定，进而更好地服务于侧柏植物新品种保护与良种推广应用，急需开发更多高效、稳定、多态的特异性微卫星分子标记引物。

技术实现思路

[0005]为了解决针对侧柏高效、多态、稳定的微卫星分子标记不足的技术问题，本专利技术基于侧柏转录组序列开发了一套EST
‑
SSR引物，该套EST
‑
SSR引物具有扩增稳定、重复性能好、高效多态的优点，可有效实现侧柏属植物品种的鉴定、遗传多样性分析和亲缘关系鉴定。
[0006]第一，本专利技术保护成套EST
‑
SSR引物。
[0007]本专利技术保护的成套EST
‑
SSR引物包括引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物对5、引物对6、引物对7、引物对8、引物对9、引物对10和引物对11；
[0008]所述引物对1(记作编号为PoE9的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成；
[0009]所述引物对2(记作编号为PoE64的EST
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SSR标记引物)由序列表中序列3所示的单链DNA分子和序列表中序列4所示的单链DNA分子组成；
[0010]所述引物对3(记作编号为PoE74的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列5所示的单链DNA分子和序列表中序列6所示的单链DNA分子组成；
[0011]所述引物对4(记作编号为PoE84的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列7所示的单链DNA分子和序列表中序列8所示的单链DNA分子组成；
[0012]所述引物对5(记作编号为PoE85的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列9所示的单链DNA分子和序列表中序列10所示的单链DNA分子组成；
[0013]所述引物对6(记作编号为PoE89的EST
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SSR标记引物)由序列表中序列11所示的单链DNA分子和序列表中序列12所示的单链DNA分子组成；
[0014]所述引物对7(记作编号为PoE97的EST
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SSR标记引物)由序列表中序列13所示的单链DNA分子和序列表中序列14所示的单链DNA分子组成；
[0015]所述引物对8(记作编号为PoE105的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列15所示的单链DNA分子和序列表中序列16所示的单链DNA分子组成；
[0016]所述引物对9(记作编号为PoE133的EST
‑
SSR标记引物)由序列表中序列17所示的单链DNA分子和序列表中序列18所示的单链DNA分子组成；
[0017]所述引物对10(记作编号为PoE139的EST
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SSR标记引物)由序列表中序列19所示的单链DNA分子和序列表中序列20所示的单链DNA分子组成；
[0018]所述引物对11(记作编号为PoE166的EST
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SSR标记引物)由序列表中序列21所示的单链DNA分子和序列表中序列22所示的单链DNA分子组成。
[0019]其中，所述编号为PoE9的EST
‑
SSR标记引物的重复序列为(AT)6，所述编号为PoE64的EST
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SSR标记引物的重复序列为(CT)8，所述编号为PoE74的EST
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SSR标记引物的重复序列为(CA)8，所述编号为PoE84的EST
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SSR标记引物的重复序列为(AT)9，所述编号为PoE85的EST
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SSR标记引物的重复序列为(CTG)5，所述编号为PoE89的EST
‑
SSR标记引物的重复序列为(TC)
18
，所述编号为PoE97的EST
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SSR标记引物的重复序列为(GTTT)5，所述编号为PoE105的EST
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SSR标记引物的重复序列为(TTG)7，所述编号为PoE133的EST
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SSR标记引物的重复序列为(ATAC)6，所述编号为PoE139的EST
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SSR标记引物的重复序列为(TA)
20
，所述编号为PoE166的EST
‑
SSR标记引物的重复序列为(AG)7。
[0020]上述成套EST
‑
SSR引物中的每个引物对均采用降落式PCR进行扩增，每个引物对的退火温度为55
‑
65℃，引物长度均为20bp，PCR产物大小为110
‑
258bp。
[0021]进一步的，所述成套EST
‑
SSR引物由引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物对5、引物对6、引物对7、引物对8、引物对9、引物对10和引物对11组成。
[002本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.成套EST
‑
SSR引物，其包括引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物对5、引物对6、引物对7、引物对8、引物对9、引物对10和引物对11；所述引物对1由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成；所述引物对2由序列表中序列3所示的单链DNA分子和序列表中序列4所示的单链DNA分子组成；所述引物对3由序列表中序列5所示的单链DNA分子和序列表中序列6所示的单链DNA分子组成；所述引物对4由序列表中序列7所示的单链DNA分子和序列表中序列8所示的单链DNA分子组成；所述引物对5由序列表中序列9所示的单链DNA分子和序列表中序列10所示的单链DNA分子组成；所述引物对6由序列表中序列11所示的单链DNA分子和序列表中序列12所示的单链DNA分子组成；所述引物对7由序列表中序列13所示的单链DNA分子和序列表中序列14所示的单链DNA分子组成；所述引物对8由序列表中序列15所示的单链DNA分子和序列表中序列16所示的单链DNA分子组成；所述引物对9由序列表中序列17所示的单链DNA分子和序列表中序列18所示的单链DNA分子组成；所述引物对10由序列表中序列19所示的单链DNA分子和序列表中序列20所示的单链DNA分子组成；所述引物对11由序列表中序列21所示的单链DNA分子和序列表中序列22所示的单链DNA分子组成。2.根据权利要求1所述的成套EST
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SSR引物，其特征在于：所述成套EST
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SSR引物由引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物对5、引物对6、引物对7、引物对8、引物对9、引物对10和引物对11组成。3.根据权利要求1或2所述的成套EST
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SSR引物，其特征在于：每个引物对中的一条引物进行荧光标记。4.权利要求1
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3任一所述的成套EST
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SSR引物在如下m1)
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m10)中任一种中的应用：m1)侧柏鉴定和/或分类；m2)侧柏遗传多样性分析和/或遗传结构分析；m3)侧柏亲缘关系分析与鉴定；m4)侧柏分子标记辅助育种；m5)侧柏种质资源保护与利用；m6)制备侧柏鉴定和/或分类的产品；m7)制备侧柏遗传多样性分析和/或遗传结构分析的产品；m8)制备侧柏亲缘关系分析与鉴定的产品；m9)制备侧柏分子标记辅助育种的产品；
m10)制备侧柏种质资源保护与利用的产品。5.含有权利要求1
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3任一所述成套EST
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SSR引物的PCR试剂。6.含有权利要求1
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3任一所述成套EST
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SSR引物的试剂盒或含有权利要求5...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘国彬，曹均，廖婷，郭丽琴，王烨，姚砚武，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：