梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用制造技术

本发明专利技术公开了梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用，涉及分子标记开发技术领域。包括43316个SNP分子标记。上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明专利技术提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。此外，本发明专利技术开发的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。用的准确性。用的准确性。

【技术实现步骤摘要】
梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用


[0001]本专利技术涉及分子标记开发
，具体而言，涉及梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态性(SNP)是指：在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，被广泛应用于动物个体鉴别和种源鉴定。目前，CN112210611A专利公开了4个用于鉴别梅花鹿北海道亚种的分子标记，CN107447020B专利公开了24个梅花鹿个体识别的分子标签，现有的这些专利虽然能够一定程度上用于鉴别梅花鹿个体，然而仅仅28个位点难以满足梅花鹿群体的分型和种源鉴定需求。
[0003]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供系统完整的梅花鹿的SNP标记，以期后续用于梅花鹿群体的分型和种源鉴定。SNP位点的开发对于梅花鹿全基因组关联分析、遗传图谱构建、梅花鹿群体分型和鉴定以及梅花鹿资源的保护具有重要的价值。
[0005]本专利技术提供的SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，且开发出的分子标记不受环境因素影响，能直接反应动物基因水平的差异，因而可以被广泛应用于梅花鹿个体鉴别和种源鉴定。
[0006]本专利技术是这样实现的：
[0007]本专利技术提供了一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其包括43316个SNP分子标记，43316个SNP分子标记的位点信息具体如下：
[0008][0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051][0052][0053][0054][0055][0056][0057][0058][0059][0060][0061][0062][0063][0064][0065][0066][0067][0068][0069][0070][0071][0072][0073][0074][0075][0076][0077][0078][0079][0080][0081][0082][0083][0084][0085][0086][0087][0088][0089][0090][0091][0092][0093][0094][0095][0096][0097][0098][0099][0100][0101][0102][0103][0104][0105][0106][0107][0108][0109][0110][0111][0112][0113][0114][0115][0116][0117][0118][0119][0120][0121][0122]其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。
[0123]经过样本测试验证，专利技术人发现，上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本专利技术提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。
[0124]本专利技术提供的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。
[0125]本领域的技术人员可以根据上述SNP分子标记组合开发相应的检测探针、检测引物。
[0126]本专利技术还提供了一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，梅花鹿全基因组SNP分子标记组合还包括139个GWAS分子标记，139个GWAS分子标记的位点信息具体如下：
[0127]1_21328625_C3_112183465_G5_88305985_A7_66091155_A10_3298969_G20_16138247_G1_55465409_C3_37243723_T5_88353618_T7_89934875_C10_19285550_C20_34170371_T1_21328625_C3_45633540_C5_12436359_T7_57408335_A11_19056847_C20_51189148_T1_55465409_C4_28354294_A5_20738265_C7_56997980_C11_1160873_A20_49326097_A1_79155872_A4_49495894_C5_21848587_A7_56980012_A11_954791_A21_40393065_T1_54013883_G4_109314507_G5_24025004_G7_56206726_C11_943935_T21_51005710_T2_62606395_A4_7633884_C5_24127218_G7_56045457_A11_563730_A21_49117095_T2_62531769_G4_4405726_C5_24593086_C7_12896661_G12_56981873_G21_49040655_C2_62508884_T4_4296015_G6_16841362_A7_46448361_C12_54457152_A21_24942219_C2_62377776_T4_4274291_T6_25736030_G7_46326061_T12_53570448_G21_24391167_C2_93165765_G4_69819988_T6_30709714_A7_46236692_G13_55632186_C21_22781159_C2_93038630_G9_23581832_C6_56637998_C7_44568678_C13_55168715_C21_21451926_C2_48957417_A9_21990515_C6_69198357_C7_25886356_A13_55104019_C21_21289006_G2_17520848_C9_39293019_C6_70982537_A8_60716503_A13_55060780_T22_11340107_T2_17894479_A9_70380010_T6_71320845_G8_60438594_A13_55042407_T22_19387129_T2_82496873_A9_70197423_G30_17964474_G8_60396623_G13_55026992_A23_30142419_T15_6154759_C9_65739489_G30_16929045_C8_59823615_C13_本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其特征在于，其包括43316个SNP分子标记，43316个SNP分子标记的位点信息具体如下：
其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。2.一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其特征在于，所述梅花鹿全基因组SNP分子标记组合还包括139个GWAS分子标记，139个GWAS分子标记的位点信息具体如下：
1_21328625_C3_112183465_G5_88305985_A7_66091155_A10_3298969_G20_16138247_G1_55465409_C3_37243723_T5_88353618_T7_89934875_C10_19285550_C20_34170371_T1_21328625_C3_45633540_C5_12436359_T7_57408335_A11_19056847_C20_51189148_T1_55465409_C4_28354294_A5_20738265_C7_56997980_C11_1160873_A20_49326097_A1_79155872_A4_49495894_C5_21848587_A7_56980012_A11_954791_A21_40393065_T1_54013883_G4_109314507_G5_24025004_G7_56206726_C11_943935_T21_51005710_T2_62606395_A4_7633884_C5_24127218_G7_56045457_A11_563730_A21_49117095_T2_62531769_G4_4405726_C5_24593086_C7_12896661_G12_56981873_G21_49040655_C2_62508884_T4_4296015_G6_16841362_A7_46448361_C12_54457152_A21_24942219_C2_62377776_T4_4274291_T6_25736030_G7_46326061_T12_53570448_G21_24391167_C2_93165765_G4_69819988_T6_30709714_A7_46236692_G13_55632186_C21_22781159_C2_93038630_G9_23581832_C6_56637998_C7_44568678_C13_55168715_C21_21451926_C2_48957417_A9_21990515_C6_69198357_C7_25886356_A13_55104019_C21_21289006_G2_17520848_C9_39293019_C6_70982537_A8_60716503_A13_55060780_T22_11340107_T2_17894479_A9_70380010_T6_71320845_G8_6043859...

【专利技术属性】
技术研发人员：王桂武，杨福合，郑军军，刘琳玲，张禾垟，周雅，李浩东，
申请(专利权)人：中国农业科学院特产研究所，
类型：发明
国别省市：