一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备及应用方法技术

本发明专利技术公开了一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备及应用方法，所述用于POLE型子宫内膜癌分型的探针设计包括POLE、POLD基因的多个区域组合；所述用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计包括RNF43、DOCK3、PIP5K1A、ATRN等基因的多个区域组合；所述用于CN

【技术实现步骤摘要】
一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备及应用方法


[0001]本专利技术是关于子宫内膜癌分子分型，特别是提供了一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备及应用方法。

技术介绍

[0002]子宫内膜癌是最常见的女性生殖道恶性肿瘤,其发病率及病死率逐年提高且呈年轻化的趋势。既往子宫内膜癌的分类主要根据形态学特征,但由于此分类方式主观性大,可重复性低,对预后的预测价值有限。子宫内膜癌传统分型包括基于病理组织学的WHO分型和基于激素依赖性的Bokhman分型。Bokhman分型依据子宫内膜癌与雌激素的关系将子宫内膜癌分为雌激素依赖型(Ⅰ型)和非雌激素依赖型(Ⅱ型)。Ⅰ型子宫内膜癌大部分病理类型为子宫内膜样腺癌，预后较好；Ⅱ型主要组织学类型为浆液性腺癌和透明细胞癌，预后差。
[0003]传统分型对治疗有一定的指导作用，但是仍存在对亚型之间的分类不准确，相同亚型的子宫内膜癌患者会出现预后不同的情况。例如，临床上为高分化子宫内膜样的患者，侵犯子宫肌层内1/2，按传统分型来看该患者应具有较好的预后，且手术后不需要辅助治疗，但实际有少数比例的患者却并非如此，而且出现反复复发，预后差。因此，基于患者基因和分子特征的分子分型还是非常具有临床价值的。
[0004]2020V1版NCCN指南已推荐子宫内膜癌患者进行TCGA分型检测，根据临床预后将子宫内膜癌分为4种分子亚型，包括POLE超突变型、高度微卫星不稳定型(MSI
‑
H)、低拷贝型和高拷贝型，其中POLE超突变型预后最好，高拷贝型预后最差。这种基于分子层面的分型可以指导预后的判断，尤其是对于与传统病理类型预后不符的患者；此外，该分型还有助于治疗决策的选择，例如对于突变负荷较高的MSI
‑
H型患者可以考虑免疫治疗。
[0005]TCGA分子分型虽然全面准确，但其检测方法繁琐，费用高，且未包含透明细胞癌、未分化癌、癌肉瘤等组织学类型，实用性较差。基于其改良的ProMisE分子分型通过基因测序和免疫组化进行分型，检测方法简便，包含黏液性癌、浆液性癌、透明细胞癌、去分化癌、癌肉瘤等多种亚型，用TP53的免疫组化替代拷贝数状态，最终分为POLE核酸外切酶突变型、错配修复功能缺陷型(MMR
‑
d)、p53野生型(p53wt)和p53突变型(p53abn)，临床实用性强，分型效果确定，实施简单且经过了充分论证，为子宫内膜癌患者的预后和治疗提供更准确的信息。
[0006]因此，开发一种用于检测精度高、通量高、检测速度快的子宫内膜癌分子分型检测试剂盒是本领域急需解决的问题。
[0007]公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的在于提供一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备及应用方法，其能够提供一种一次性便可检测4种常见的子宫内膜癌分子分型的检测装置及检测方
法。
[0009]为实现上述目的，本专利技术提供了一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，包括：
[0010]1)用于POLE型子宫内膜癌的探针设计；2)用于MSI型子宫内膜癌的探针设计；3)用于CN
‑
high型子宫内膜癌的探针设计；4)用于CN
‑
low型子宫内膜癌的探针设计；
[0011]所述用于POLE型子宫内膜癌分型的探针设计包括POLE、POLD基因的多个区域组合；
[0012]所述用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计包括RNF43、DOCK3、PIP5K1A、ATRN、MSH3、MORC1、TEAD2、ESRP1、IMPDH1、LMAN1、WRN、FAM115A、ZBTB20、ZFC3H1、TBC1D5、GPR107基因的多个区域组合；
[0013]所述用于CN
‑
high型子宫内膜癌分型的探针设计包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、SOX17、SOX19、MYD88、MYC、TP53基因的多个区域组合；
[0014]所述用于CN
‑
low型子宫内膜癌分型的探针设计包括TP53、ERBB2、POLE基因的多个区域组合。
[0015]作为优选的，所述用于POLE型子宫内膜癌分型的探针设计包括POLE、POLD基因的1个以上外显子区域组合。
[0016]作为优选的，所述用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计包括RNF43、DOCK3、PIP5K1A、ATRN、MSH3、MORC1、TEAD2、ESRP1、IMPDH1、LMAN1、WRN、FAM115A、ZBTB20、ZFC3H1、TBC1D5、GPR107基因10个以上外显子区域或内含子区域组合。
[0017]作为优选的，所述用于CN
‑
high型子宫内膜癌分型的探针设计包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、SOX17、SOX19、MYD88、MYC、TP53基因的3个以上外显子区域组合。
[0018]作为优选的，所述用于CN
‑
low型子宫内膜癌分型的探针设计包括GS型子宫内膜癌分型的探针设计包括TP53、ERBB2、POLE基因的1个以上外显子区域组合。
[0019]作为优选的，该检测子宫内膜癌分子分型的探针池包括142条寡核苷酸探针，所述142条寡核苷酸探针的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.142所示，每条所述寡核苷酸探针的浓度均为50
‑
250fmole/μL。
[0020]作为优选的，每条所述寡核苷酸探针的5
’
端均有生物素化修饰，3
’
端均有硫代化修饰。
[0021]一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的制备方法，所述制备方法包括如下步骤：
[0022]S1、选择权利要求1
‑
5中的多个基因区域，并按照碱基互补原则进行探针设计，人基因组库选取hg19；
[0023]S2、权利要求1和3中用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计的区域探针序列需要避开重复区域位置；
[0024]S3、探针需去除在人基因组hg19上匹配次数大于1
‑
200的探针；
[0025]S4、探针调整窗口大小在10
‑
30nt之间；
[0026]S5、探针调整长度100
‑
160nt后，形成最终探针序列，随后进行探针合成，形成探针池。
[0027]一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的应用，提供一种包含权利要求1
‑
9任一项所述的一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池的用于子宫内膜癌分子分型试剂盒，所述
用于子宫内膜癌分子分型的试剂盒还包括DNA提取和二代文库构建的常规组件，所述常规组件包括DNA提取试剂盒、建库预混液、引物混合液、接头预混液本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，其特征在于，包括：1)用于POLE型子宫内膜癌的探针设计；2)用于MSI型子宫内膜癌的探针设计；3)用于CN
‑
high型子宫内膜癌的探针设计；4)用于CN
‑
low型子宫内膜癌的探针设计；所述用于POLE型子宫内膜癌分型的探针设计包括POLE、POLD基因的多个区域组合；所述用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计包括RNF43、DOCK3、PIP5K1A、ATRN、MSH3、MORC1、TEAD2、ESRP1、IMPDH1、LMAN1、WRN、FAM115A、ZBTB20、ZFC3H1、TBC1D5、GPR107基因的多个区域组合；所述用于CN
‑
high型子宫内膜癌分型的探针设计包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、SOX17、SOX19、MYD88、MYC、TP53基因的多个区域组合；所述用于CN
‑
low型子宫内膜癌分型的探针设计包括TP53、ERBB2、POLE基因的多个区域组合。2.根据权利要求1所述的一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于POLE型子宫内膜癌分型的探针设计包括POLE、POLD基因的1个以上外显子区域组合。3.根据权利要求1所述的一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于MSI型子宫内膜癌分型的探针设计包括RNF43、DOCK3、PIP5K1A、ATRN、MSH3、MORC1、TEAD2、ESRP1、IMPDH1、LMAN1、WRN、FAM115A、ZBTB20、ZFC3H1、TBC1D5、GPR107基因10个以上外显子区域或内含子区域组合。4.根据权利要求1所述的一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于CN
‑
high型子宫内膜癌分型的探针设计包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、SOX17、SOX19、MYD88、MYC、TP53基因的3个以上外显子区域组合。5.根据权利要求1所述的一种检测子宫内膜癌分子分型的探针池，其特征在于，所述用于CN
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low型子宫内膜癌分型的探针设计包括GS型子宫内膜癌分型的探针设计包括TP53、ERBB2、POL...

【专利技术属性】
技术研发人员：魏冬凯，闻彬，徐康萍，
申请(专利权)人：苏州方科生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：