一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的132bp处，多态性为G/T。本发明专利技术方案利用所述分子标记，可以快速准确的检测辣椒的疫病抗性，可用于分子标记辅助选择育种，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的筛选抗性品种，加快辣椒抗疫病新品种的选育进程。病新品种的选育进程。病新品种的选育进程。

【技术实现步骤摘要】
一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]辣椒(Capsicum annuum L.)是一种广泛种植的蔬菜。辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)是一种病原真菌，最早在美国发现，可侵染辣椒的根、茎、叶、果，目前已在多个国家和地区的辣椒种植区传播，成为威胁辣椒生产的主要病害。疫霉菌可在土壤中长期存活，一旦传入辣椒种植区就难以根治。生产上常用的化学药剂不仅无法根治辣椒疫病，还会使病菌产生抗药性，增加疫病的防治难度。
[0003]相比化学药剂防治，培育辣椒抗疫病品种具有安全、环保等特点，在防治疫病方面具有突出优势。目前，相关技术已定位出多个与疫病抗性相关的数量性状基因座(QTL)。但是，辣椒疫病抗性的鉴定需要人为接种相应病菌，易受外界因素影响，测定数据可能出现偏差。目前，可用于辣椒抗疫病品种选育的分子标记较少，并且这些分子标记需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，大大的限制了抗疫病新品种的选育进程。因此，开发辣椒疫病连锁的SNP分子标记，可快速高通量的筛选抗病品种，加快新品种的选育进程，对减少辣椒疫病带来的产量损失具有重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记。
[0005]本专利技术还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
[0006]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0007]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0008]本专利技术还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0009]本专利技术还提出上述SNP分子标记的检测方法。
[0010]根据本专利技术的第一方面实施方式的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的132bp处，多态性为G/T。
[0011]根据本专利技术第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0012]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。
[0013]根据本专利技术的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的通用引物序列。
[0014]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0015]在本专利技术的一些实施方式中，所述引物组在辣椒基因型检测中的应用。
[0016]根据本专利技术第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0017]根据本专利技术第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0018]根据本专利技术的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：
[0019](1)在鉴定或辅助鉴定待测辣椒的辣椒疫病抗性中的应用；
[0020](2)在制备鉴定或辅助鉴定待测辣椒的辣椒疫病抗性的产品中的应用；
[0021](3)在选育具有高等辣椒疫病抗性的辣椒中的应用；
[0022](4)在制备选育具有高等辣椒疫病抗性的辣椒的产品中的应用；
[0023](5)在辣椒育种中的应用；
[0024](6)在制备辣椒育种的产品中的应用。
[0025]根据本专利技术的第六方面实施方式，利用上述SNP分子标记检测辣椒疫病抗性的方法，所述方法包括以下步骤：
[0026]S1、从辣椒中提取基因组DNA；
[0027]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP分子标记的多态性检测，根据检测结果判断待测辣椒材料的疫病抗性。
[0028]在本专利技术的一些实施方式中，只检测到引物Primer X所对应的碱基，判定测试的辣椒材料不具有疫病抗性或中等疫病抗性；若只检测到引物Primer Y所对应的碱基，判定测试的辣椒材料具有高等疫病抗性，如果同时检测到Primer X与Primer Y对应的荧光信号，则检测位点碱基为G:T，该测试材料为杂合基因型，表现为中等疫病抗性。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，辣椒中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0030]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP分子标记进行检测。
[0031]一种辣椒育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择具有高等辣椒疫病抗性的样品进行后续育种。
[0032]根据本专利技术实施方式的与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记，至少具有如下有益效果：结合KASP技术，利用与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记对辣椒样品进行检测，可以快速准确的检测辣椒的疫病抗性。本专利技术的分子标记可用于识别辣椒疫病抗性，利用分子标记辅助选择育种，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的筛选抗性品种，加快辣椒抗疫病新品种的选育进程。
[0033]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0034]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0035]图1为本专利技术实施例1中的分子标记开发流程图；
[0036]图2为本专利技术实施例1中的Ca900002_K01分子标记的分型图；
[0037]图3为本专利技术实施例1中的分子标记Ca900002_K01在16份辣椒材料中分型结果图。
具体实施方式
[0038]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本专利技术的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本专利技术的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本专利技术的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本专利技术保护的范围。实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到的试剂和材料。
[0039]本专利技术实施例为：一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记，该分子标记的设计过程，如图1所示，通过已发表文献中SSR标记信息，在SSR标记连锁区域进行SNP位点挖掘，通过序列对比分析得到SNP位点，提取SNP位点和侧翼序列，通过设计和合成标记的引物序列，再对标记进行筛选测试，具体如下：
[0040]1引物设计
[0041]根据已发表文献中SSR标记ZL6726在参考基因组中的位置，比对重测序BAM文件，挖掘与该标记连锁的SNP位点，发现在zunla
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1参考基因组5号染本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的132bp处，多态性为G/T。2.用于扩增如权利要求1所述的与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
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5任一项所述的引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
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5任一项所述的引物组。8.如权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾佩陇，刘发万，叶昌荣，彭佩，田冰川，郭铭凯，唐顺学，
申请(专利权)人：云南省农业科学院园艺作物研究所，
类型：发明
国别省市：