小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦单株穗数及耐热性性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦单株穗数及耐热性性状中的用途。本发明专利技术为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的农业实践和/或相关科学研究中均具有重要意义。中均具有重要意义。中均具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，尤其涉及一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其分子标记、检测试剂盒、检测引物及其相关应用。

技术介绍

[0002]小麦(Triticum aestivum L)是禾本科小麦属植物，其颖果可作为食物，除此之外还有六分之一可作为饲料。中国是较早种植小麦的国家之一，同时小麦也是我国重要的粮食作物之一，小麦产业发展是直接关系到国家粮食安全和社会稳定的大事。近年来人口的增加对小麦产业发展提出了更大的挑战。国内资源环境、粮食供求格局和国际贸易形势都发生了深刻变化，因此提升小麦的高产稳产水平显得尤为重要。
[0003]小麦产量是由单位面积穗数、每穗粒数和千粒重三要素构成的。千粒重作为影响小麦产量的因素之一，对小麦增产具有一定的作用。因此，挖掘调控千粒重的优异等位变异并开发功能标记在小麦高产育种中具有重要的应用价值。
[0004]目前，研究者已经定位了大量调控千粒重的QTL。王瑞霞等利用已构建的含有170个SSR标记和2个EST标记的遗传图谱进行了QTL定位分析。共检测到35个QTLs,可解释表型变异的4.36％～16.80％；涉及小麦1A、1B、2A、2D、3A、3B、4A、4D、5A、5B、6D和7D染色体,特别是1B、2A、3B染色体上(Xwmc269、Xgwm33、Xwmc419、Xbarc124、Xgwm636、Xgwm359、Xgwm533、Xwmc307、Xwmc418)的QTL可在多个环境下稳定的表达,为千粒重的QTL精细定位和分子标记辅助选择奠定了基础。严俊等采用来自以色列Gitit的野生二粒小麦(编号:G18
‑
16)与来自欧洲的硬粒小麦栽培种Langdon杂交构建的重组自交系F6代152个家系,进行千粒重数量性状基因位点(QTL)的研究分析。结果表明:全部家系在3个生态环境下千粒重表现出宽广的遗传差异；共有6个千粒重QTL被分别定位在1A(2个),4A,4B,6B和7A染色体上,LOD值为3.0～10.6,贡献率为2.1％～18.5％。廖祥政等以含85个株系的F2:3群体为材料,利用复合区间作图法检测到3个千粒重QTL,其对表型变异的贡献率为10.90％～33.79％，其中Am3的等位基因能够增加千粒重2.3～4.8g。
[0005]尽管目前已经定位了如此大量的与小麦千粒重相关的QTL。但是，由于绝大多数这些QTL多为微效QTL，且不同生态环境中很难稳定表达，所以这些QTL难以应用于小麦千粒重的遗传改良。

技术实现思路

[0006]本专利技术要解决的技术问题是提供一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用。
[0007]为解决上述技术问题，本专利技术所采取的技术方案如下。
[0008]一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第979位碱基。
[0009]作为本专利技术的一种优选技术方案，所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相
对应的基因型是乙。
[0010]作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。
[0011]一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第979位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。
[0012]5、根据权利要求4所述的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。
[0013]一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5
’
末端839
‑
1004位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5
’
末端557
‑
1311位序列。
[0014]上述试剂盒、引物、分子标记在鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状中的应用。
[0015]上述试剂盒、引物、分子标记在小麦育种中的应用。
[0016]一种鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的方法，包括如下步骤：
[0017]A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第979位碱基；
[0018]B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙；
[0019]C、根据待测小麦基因型鉴定或辅助鉴定待测小麦的千粒重性状。
[0020]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5
’
末端839
‑
1004bp；所述PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R；所述酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶NheI酶切PCR产物。
[0021]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤B中：若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为C/C，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为T/T，基因型为乙。
[0022]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤C中：鉴定或辅助鉴定的标准为：基因型甲纯合的小麦大于/候选大于基因型乙纯合的小麦。
[0023]采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本专利技术公开了一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其应用；本专利技术还提供了检测所述SNP的dCAPS标记；实验证明，通过检测所述该SNP，即可找到千粒重较高的小麦。本专利技术为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的农业实践和/或相关科学研究中均具有重要意义。
附图说明
[0024]图1是本专利技术的SNP开发dCAPS标记酶切产物电泳检测结果；其中，泳道M为分子量标准；泳道C为能被NheI切开的条带，泳道T为不能被NheI切开的条带。
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第979位碱基。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。4.一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第979位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。5.根据权利要求4所述的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。6.一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5
’
末端839
‑
1004位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5
’
末端557
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1311位序列。7.权利要求1或2或3所述的试剂盒、权利要求4或5所述的引物、权利要求6所述的分子标记在...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭琳，张腾腾，赵丹，刘西岗，
申请(专利权)人：河北师范大学，
类型：发明
国别省市：