一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记及其应用制造技术

本申请为申请号202110564812.9的分案申请。本发明专利技术提供了一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记及其应用，属于生物技术领域。为了快速和准确的筛选高油分优质大豆品种。本发明专利技术提供了一种大豆高油分含量相关的一个分子标记SNP2，其中SNP2对应的核苷酸位点为Gm01_40780703以及上述这些标记在制备检测大豆高油分的试剂盒中的应用和筛选方法。通过对标记的选择来实现对性状的选择，大幅度提高育种效率，实现定向改良大豆品种的作用即可以选择出高蛋白的大豆品种。择出高蛋白的大豆品种。择出高蛋白的大豆品种。

【技术实现步骤摘要】
一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记及其应用
[0001]本申请为申请号2021105648129、申请日2021年5月24日、专利技术名称“一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记及其应用”的分案申请。


[0002]本专利技术属于生物技术，具体涉及一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记及其应用。

技术介绍

[0003]大豆有着丰富的营养成分，油分在20％左右。人们可以通过食用大豆用以补充所需的营养物质，并且可以预防人体的心血管疾病，大豆同时是重要的油料作物，可以被加工为食用油，可以满足人们的饮食需求，同时主要由五种脂肪酸组成，而脂肪酸可以预防心脏病、癌症等。随着人们的生活水平日益提高，越来越多的人更多的注重于食用健康与食物的营养价值，因此对大豆的需求很大，但我国的大豆更多的是依赖于从其他国家进口，所以我国急需提高大豆油分含量及培育高油大豆品种，满足人们的日常所需。
[0004]大豆子粒的油分是品质相关性状，比较复杂的数量性状，受到多个基因控制，一直以来受到遗传特性和育种方法的限制，传统方法过于缓慢，随着科技的不断进步，分子辅助选择被提出，在传统杂交育种方法的基础上利用分子标记与决定目标性状的基因紧密连锁，通过对标记的选择来实现对性状的选择，大幅度提高育种效率，实现定向改良大豆品种的作用即可以选择出高油分的大豆品种。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是为了快速和准确的筛选高油分优质大豆品种，本专利技术提供了一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列为SNP1，所述SNP1的序列为大豆1号染色体上39.67Mb
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41.16Mb位置的的核苷酸序列，且Gm01号染色体的第40386604核苷酸位点为T或C。
[0006]在一种实施方式中，扩增SNP1的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4或如SEQ ID NO.5所示，扩增SNP1的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
[0007]在一种实施的方式中，所述SNP1的序列上第40780703核苷酸位点为C或G。
[0008]在一种实施方式中，扩增SNP1的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7或如SEQ ID NO.8所示，扩增SNP1的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。
[0009]在一种实施方式中，所述SNP1的序列上第41034358核苷酸位点为A或G。
[0010]在一种实施方式中，扩增SNP1的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.16或如SEQ ID NO.17所示，扩增权利要求1所述的SNP1的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示。
[0011]本专利技术还提供了一种分子标记在制备鉴定高油分含量的大豆的试剂盒中的应用，用(a)～(c)任一组引物扩增SNP1分子标记：
transcriptome profiling reveal hub genes for soybean seed storage composition during seed development。
[0032]实施例1.
[0033]实验群体：选取643份东北地区大豆核心种质测序资源作为实验群体，于2018、2019年在吉林省农科院及东北农业大学向阳农场试验田中种植且3次重复，1m行长，每1行播撒20粒种子，播种的深度为3
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4cm，田间管理方法同大田管理，收获后考察各个性状，选择长势一致的5株进行测量。在营养生长阶段，采取植株顶端最幼嫩处叶片用于提取DNA，收获时每个株系随机取5株进行脱粒，用于测定油分含量。
[0034]一、大豆子粒油分含量测定及处理：使用FOSS谷物分析仪(Infratec1241)用大量法测出实验材料及验证材料的油分含量，该仪器利用近红外透射技术进行全谱扫描，可获得丰富的光谱信息，通过对比定标数据库从而获得精度非常高的油分含量表型数据。测量时要保证子粒在安全含水量范围内，每份单株子粒重复测量3次，取3次测量数据的平均值作为最终油分含量表型数据。利用Microsoft Office excel2013进行表型数据处理，取其平均值，利用SPSS统计分析2年3次重复的大豆子粒油分数据，包括显著性检验，频率分布直方图，计算均值等。通过R软件进行最佳线性无偏预测值(The Best Linear Unbiased Predictions，BLUP)的计算。
[0035]由表1可知，该群体1个品质相关性状两年均无较大变幅，变异系数在4％
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5％之间，其中油分的变异系数最小，达到4.73％。油分性状标准差较小，2年分别为0.98、0.99。通过分析峰度、偏度发现，该群体的1个品质相关性状的油分表现为高度偏态分布。将2018、2019两年油分表型数据进行BLUP分析，并将2018、2019两年油分均值(图1中A和B)及BLUP值利用SPSS软件做了正态分布图(图1中C)，从图中可看出测得的大豆子粒油分的两年数据和BLUP值均显示连续分布，而且分布趋势均很明显，从正态曲线上也能得知大豆子粒油分均呈现出正态分布。其次，从油分的2年及其BLUP值的图中也可以看出，BLUP值的峰值较两年数据也是较低一些，数据分布也较广且较均匀，且该品质性状的BLUP值分布特征也符合数量性状遗传特点，更适合利用BLUP值进行后续分析研究。
[0036]表1大豆测序材料2018、2019年油分品质性状的描述性分析
[0037][0038]DNA提取方法：取大豆3
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4g新鲜叶片装入1.5mL离心管，再加入3颗3mm灭菌的小钢珠。将离心管浸于液氮中，应用组织研磨仪将冻干的叶片组织震荡成粉末。加入650
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700μL预先在65℃水浴锅中水浴的CTAB提取液，置于涡旋震荡仪上充分混匀，65℃水浴1小时，每15min颠倒混匀一次。加入等体积氯仿充分混匀，12,000rpm离心20min，吸取上清液注入新的离心管中，重新加入700μL氯仿，充分颠倒混匀后离心12,000rpm，20min，吸取上清匀速滴加入预先装有
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20℃预冷异丙醇的离心管中，
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20℃环境下保存20min。8,000rpm离心10min，将上清液倒入废液缸，分别用无水乙醇和75％乙醇洗涤底部团状DNA。将离心管开盖置于超净工作台中吹干，加入灭菌水。用分光光度计(NanoDrop)检测提取得到的DNA的质量水平，利用琼脂糖凝胶电泳检测出DNA浓度，统一稀释到工作液浓度20ng/μL。
[0039]二、资源测序材料SNP位点的分层评价：选取643份大豆资源群体进行重测序，20条
染色体共获得SNP位点53,946个，SNP质量控制MAF<0.05，杂合率<10％，平均每条染色体含有2,697个。其中Chr18染色体中SNP数量最多，有4,462个；Chr11染色体中SNP数量最少本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种位于大豆1号染色体上与高油分相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列为SNP2，所述SNP2的序列为大豆1号染色体上39.67Mb
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41.16Mb位置的的核苷酸序列，所述SNP2的序列上第40780703核苷酸位点为C或G。2.根据权利要求2所述的分子标记，其特征在于，扩增权利要求1所述的SNP2的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7或如SEQ ID NO.8所示，扩增权利要求1所述的SNP2的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。3.权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈庆山，齐照明，张战国，刘珊珊，黄仕钰，胡振帮，杨明亮，武小霞，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：