用于检测甜瓜种皮颜色SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种鉴定甜瓜种皮颜色的SNP分子标记及其应用，通过大量研究发现了一种所述甜瓜种皮颜色共分离的SNP位点，位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A；设计SNP位点的dCAPs分子标记；设计一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，将甜瓜dCAPs分子标记在甜瓜种皮颜色分子标记辅助筛选和育种中应用。可为鉴定甜瓜种皮颜色提供新手段。可为鉴定甜瓜种皮颜色提供新手段。

【技术实现步骤摘要】
用于检测甜瓜种皮颜色SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及一种鉴定甜瓜种皮颜色的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]甜瓜(Cucumis melon L.)是葫芦科甜瓜属(2n＝2x＝24)一年生的蔓性草本植物，在世界范围内被广泛种植。甜瓜种皮颜色丰富，是甜瓜重要的农艺性状之一，对种子吸水量、休眠和萌发有一定的影响。种皮由珠被发育而来，对胚和胚乳具有保护作用，在种子的发育过程中有至关重要的作用。研究表明，类黄酮类物质影响种皮颜色，类黄酮生物合成途径中的基因和转录因子调控种皮颜色的形成，而且其中一些基因还参与调控种子储藏物质的积累过程。
[0003]甜瓜种皮颜色丰富，但相关研究较少，张可鑫等(2018)1496
‑
1503发现甜瓜种皮颜色(白色vs黄色)为质量性状，已将控制种皮颜色(白色vs黄色)的基因初步定位在第5连锁群。梁长志(2019)6
‑
10的研究认为甜瓜种皮颜色(黄色vs红色)为一对基因控制的质量性状，且黄色对红色为显性。目前还未见控制甜瓜种皮颜色候选基因的相关报道。

技术实现思路

[0004]本专利技术要解决的技术问题是提供一种甜瓜种皮颜色相关的SNP分子标记和应用，确定甜瓜种皮颜色的基因型。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术采用如下技术方案：
[0006]一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。
[0007]同时，本专利技术还提供一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记的检测引物在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，所述引物的上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG(SEQ ID NO.5)，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC(SEQ ID NO.6)。
[0008]所述的应用，以待测甜瓜样本基因组为模板，用所述引物进行扩增，对扩增产物用限制性内切酶TaqI进行酶切，再通过电泳进行检测。
[0009]本专利技术还提供一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，该方法包括以下步骤：
[0010]a.待测甜瓜样品的DNA提取，优选地利用改良CTAB法提取甜瓜植株总DNA；
[0011]b.PCR扩增：以所述提取的DNA为模板，用引物进行扩增，所述引物如下：
[0012]上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC。
[0013]优选地，反应体系为：甜瓜植株总DNA 1μL、上游引物0.5μL、下游引物0.5μL、2
×
Taq Master Mix 5μL、ddH2O 4μL；
[0014]反应程序为：94℃4min，36个循环的94℃15s、54℃16s、72℃30s、72℃4min；
[0015]c.酶切反应，用TaqI限制性内切酶对扩增产物进行酶切，优选的，其反应体系为：PCR产物5μl，TaqI限制性内切酶0.2μl，10
×
buffer 1μl，ddH2O 3.8μl；反应程序为：65℃恒温处理2小时；
[0016]d.电泳图谱分析：对所述酶切产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳、显影、染色和带型判读，如果仅存在164bp的条带，待甜瓜为甜瓜黄色种皮基因型，若仅存在185bp的条带，待甜瓜为甜瓜褐色种皮基因型，如果存在这两种条带，待甜瓜为黄色种皮基因型。
[0017]本专利技术还提供甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在甜瓜种皮颜色辅助筛选或育种中的应用，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。
[0018]本专利技术还提供一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法在甜瓜种皮颜色辅助筛选或育种中的应用；所述的应用包括如下步骤：
[0019](1)黄色种皮品种(例如TG1506)和褐色种皮(例如TG1526)进行杂交，获得杂交种子F1；
[0020](2)种植F1杂交种子获得F2，对F2群体单株利用所述的鉴定方法进行基因型鉴定；
[0021](3)利用上述(2)中鉴定的基因型结果，根据分子标记的基因型对不同单株进行分类，并利用种皮颜色表型数据进行鉴定和验证。
[0022]与现有技术相比，本专利技术的有益技术效果在于：根据甜瓜种皮颜色的SNP位点开发的dCAPS标记CmSC与甜瓜种皮颜色基因共分离，对200株F2群体单株和180份甜瓜材料进行了基因型分析，发现基因型分析结果与田间调查结果完全一致。因此，本专利技术设计的甜瓜种皮颜色基因共分离的分子标记，可应用于进行分子标记辅助选择育种，能以更快速、准确的进行甜瓜种皮颜色的定向遗传改良。本专利技术在甜瓜种皮颜色育种中进行了应用，可为鉴定甜瓜种皮颜色提供新手段，提高育种的准确性和选择效率。
附图说明
[0023]图1利用种皮颜色标记CmSC的引物在表2中部分甜瓜材料基因组(前33个)的扩增结果。
具体实施方式
[0024]下面结合附图和实施例来说明本专利技术的具体实施方式，但以下实施例只是用来详细说明本专利技术，并不以任何方式限制本专利技术的范围。
[0025]在以下实施例中所涉及的仪器设备如无特别说明，均为常规仪器设备；所涉及的试剂如无特别说明，均为市售常规试剂；所涉及的试验方法，如无特别说明，均为常规方法。
[0026]实施例一：甜瓜种皮颜色连锁分子标记的开发
[0027]1.利用“TG1506”和“TG1526”构建F2分离群体，利用亲本重测序和BSA混池测序，在6号染色体上得到一个与甜瓜种皮颜色性状关联的候选区域，根据甜瓜基因组注释信息，发现6号染色体11,967,142bp处存在一个与甜瓜褐色种皮颜色紧密连锁的一个非同义SNP突变，其碱基由G突变为A，与甜瓜褐色种皮连锁的片段其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，与甜瓜黄色种皮连锁的片段其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
[0028]2.其他地方在两个亲本之间不存在序列差异。只有这一处突变位点，所以设计了
一个dCAPs标记，所以根据上述SNP位点开发一个dCAPs分子标记，上游引物命名为CmSC
‑
F，其下游引物命名为CmSC
‑
R，该引物对的核苷酸序列为：
[0029]CmSC
‑
F：TAACAACTAGCTCATTGGTCG(SEQ ID NO.5)；
[0030]CmSC
‑
R：TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC(SEQ ID NO.6)。
[0031]采用的限制性内切酶为TaqI。
[0032]实施例二：甜瓜F2群体分子标记分析
[0033]1.利用CTAB法提取西瓜F2群体叶片总D本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，其特征在于，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。2.一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记的检测引物在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，其特征在于，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物的上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，以待测甜瓜样本基因组为模板，用所述引物进行扩增，对扩增产物用限制性内切酶TaqI进行酶切，再通过电泳进行检测。5.一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：a. 待测甜瓜样品的DNA提取，优选地利用改良CTAB法提取甜瓜植株总DNA；b. PCR扩增：以所述提取的DNA为模板，用引物进行扩增，所述引物如下：上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC；优选地，反应体系为：甜瓜植株总DNA 1μL、上游引物 0.5 μL、下游引物 0.5 μL、2
×
Taq Master Mix 5 μL、ddH2O 4 μ...

【专利技术属性】
技术研发人员：付秋实，王怀松，胡志程，张爱爱，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：