本发明专利技术涉及一种用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法，该方法包括确定源自禽群的合并样品中特定毒力因子(VF)的量各自相对于大肠杆菌参考基因ybbW(SEQ ID NO：6)或其功能片段的量的数量比，其中所述特定毒力因子至少包括基因iroN(SEQ ID NO.1)和ompT(SEQ ID NO：2)或其功能片段。2)或其功能片段。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法
专利
[0001]本专利技术涉及一种用于确定禽群中APEC感染的风险的方法。该方法基于确定源自禽群的合并样品中至少毒力因子iroN和ompT的量各自相对于的大肠杆菌参考基因的量的数量比。
[0002]专利技术背景
[0003]大肠杆菌病导致全球家禽生产中最大的疾病和死亡率损失。负责的病原体大肠杆菌的高度多样性使APEC的诊断和针对该病原体的疫苗的开发都变得复杂。大肠杆菌是健康肠道微生物组不可分割的一部分，并且只有具有某些特性的菌株(所谓的APEC(禽病原性大肠杆菌))才会引发各种临床症状，例如呼吸问题、输卵管感染、卵黄囊炎症或肿头综合症。病原性菌株具有毒力因子，使它们能够侵入宿主并降解组织。这些毒力因子(VF)是诊断APEC的潜在生物标志物，但它们在不同的APEC分离株之间不同，并且非病原性菌株也可能携带个别VF。因此，APEC不能通过单个VF来诊断，必须通过一组标志物来检测。
[0004]目前的诊断方法基于在切片后从诸如肝脏、脾脏和肺的内脏组织中的大肠杆菌病典型病变选择性分离出大肠杆菌。然后通过各种VF的基于PCR的检测将分离株分类为病原性或非病原性。
[0005]然而，这些方法不仅耗费时间和成本，而且不能对整个群体APEC状态做出结论。允许区分APEC和非APEC的已知PCR测定通常依赖于检测一组具有对于VF的最小数量的确定阈值的毒力因子。这种方法的一个例子是Johnson(Johnson,T.J.,等人(2008)."Identification of Minimal Predictors of Avian Pathogenic Escherichia coli Virulence for Use as a Rapid Diagnostic Tool."J Clin Microbiol 46(12):3987
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3996)公开的五
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VF PCR，其中菌株只要最少携带五个因子中的四个就被定义为APEC。
[0006]然而，用于检测APEC或确定APEC风险的快速、非侵入性方法尚不清楚。对于整个群体评估，特别需要一种检测从合并的粪便群体样品中获得的DNA中的APEC的方法。这种方法的开发特别复杂，因为(i)球虫病导致多种临床症状，从输卵管炎到肿头综合症(脑膜炎)，但通常不会导致肠道炎症问题，这使得粪便中病原体的检测不明显；和(ii)APEC毒力因子通常不适用于非纯培养样品中的APEC检测，因为由于物种的部分较差的遗传隔离，相同的标志物出现在除大肠杆菌之外的几种密切相关的生物中(Schouler,C.等人(2012)."Diagnostic strategy for identifying avian pathogenic Escherichia coli based on four patterns of virulence genes."JClinMicrobiol 50(5):1673
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1678；Johnson,T.J.等人(2008)."Identification of Minimal Predictors of Avian Pathogenic Escherichia coli Virulence for Use as a Rapid Diagnostic Tool."J Clin Microbiol 46(12):3987
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3996)。此外，选定的毒力因子可能出现在粪便样品中包含的不同菌株中，综合起来会得出因子的关键数量的结果。因此，对粪便中APEC毒力因子的简单PCR检测无法得出关于APEC风险或APEC感染的结论。
[0007]鉴于上述情况，本专利技术的目的是提供一种用于确定禽群中APEC感染的风险的快速、可靠、非侵入性、死前过程中方法，该方法可以以低成本和最小的努力进行。
[0008]专利技术概述
[0009]该目的通过一种用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法来得到解决，该方法包括确定源自禽群的合并样品中特定毒力因子(VF)的量各自相对于大肠杆菌参考基因ybbW(SEQ ID NO：6)或其功能片段的量的数量比，其中所述特定毒力因子至少包括基因iroN(SEQ ID NO.：1)和ompT(SEQ ID NO：2)或其功能片段。
[0010]专利技术详述
[0011]本专利技术人出乎意料地发现，可以基于源自禽群的合并样品中特定毒力因子iroN(SEQ ID NO.：1)和ompT(SEQ ID NO：2)的量各自相对于大肠杆菌参考基因ybbW(SEQ ID NO：6)的量的数量比来确定禽群中APEC感染的风险。
[0012]即，包含在来自禽群的合并样品中的标志物基因iroN/ybbW和ompT/ybbW的量的组合数量比允许对所述禽群进行APEC风险评估。APEC风险评估基于以下发现：在APEC感染期间，携带colV质粒上编码的毒力因子的克隆病原性菌株占主导地位，并超过非病原性共生大肠杆菌。在这种情况下，VF/ybbW的比率将在疾病进展期间显著增加，并且非病原性或非大肠杆菌菌株中的VF计数变得可以忽略不计。
[0013]毒力因子及其功能片段分别在DNA水平上进行检测。这同样适用于大肠杆菌参考基因。
[0014]特定毒力因子还可包括hlyF(SEQ ID NO：3)、iss(SEQ ID NO：4)、iutA(SEQ ID NO：5)或其功能片段中的至少一种。因此，在根据本专利技术的这些实施方案中，该方法包括确定iroN/ybbW和ompT/ybbW的量的数量比，以及hlyF/ybbW、iss/ybbW和iutA/ybbW的量的比率中的至少一种。
[0015]根据本专利技术的APEC毒力因子和大肠杆菌参考基因总结如下：
[0016][0017]根据本专利技术的禽群优选是家禽。根据本专利技术优选的家禽是鸡、火鸡、鸭和鹅。家禽可以针对生产幼畜进行优化。这种类型的家禽也被称为亲代和祖亲代动物。因此，优选的亲代和祖代动物是(祖)亲代肉鸡、(祖)亲代鸭、(祖代)亲代火鸡和(祖代)亲代鹅。
[0018]根据本专利技术的家禽还可以选自观赏型家禽和野禽。优选的观赏型家禽或野禽是孔雀、野鸡、鹧鸪、珍珠鸡、鹌鹑、松鸡、鹅、鸽子和天鹅。根据本专利技术的进一步优选的家禽是鸵鸟和鹦鹉。根据本专利技术的最优选的家禽是肉鸡。
[0019]源自禽群的合并样品优选地是收集在容纳禽群的禽舍中的环境样品。术语“环境样品”应理解为足以表征禽群的直接环境并且以非侵入方式从禽群的禽舍中取回的样品。
[0020]这种环境样品的例子是排泄物材料、垫料材料、空气粉尘材料或它们的组合。通常，术语“垫料”应理解为禽类排泄物与垫底材料的混合物。
[0021]在本专利技术的上下文中，术语“空气粉尘”应理解为在禽舍内的禽群的直接环境中发现的空气传播的颗粒。
[0022]空气粉尘样品通过应用空气传播颗粒收集装置(电气化或非电气化)进行回收，并通过以下一本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法，所述方法包括确定源自禽群的合并样品中特定毒力因子(VF)的量各自相对于大肠杆菌参考基因ybbW(SEQ ID NO：6)或其功能片段的量的数量比，其中所述特定毒力因子至少包括基因iroN(SEQ ID NO.：1)和ompT(SEQ ID NO：2)或其功能片段。2.根据权利要求1
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2所述的方法，其中所述特定毒力因子还包括选自hlyF(SEQ ID NO：3)、iss(SEQ ID NO：4)、iutA(SEQ ID NO：5)或其功能片段的至少一种基因。3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中源自禽群的合并样品是收集在容纳所述禽群的禽舍中的环境样品。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述环境样品选自排泄物材料、垫料材料、空气粉...
【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：赢创运营有限公司，
类型：发明
国别省市：
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