冠状病毒免疫原性组合物和其用途制造技术

本发明专利技术提供了免疫原性化合物、其药物制剂，和其用于诱导针对哺乳动物的2019新型冠状病毒(SARS

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】冠状病毒免疫原性组合物和其用途
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求以下临时申请的优先权：提交于2020年2月14日的美国系列No.62/977,078；提交于2020年3月20日的美国系列No.62/992,553；提交于2020年4月6日的美国系列No.63/005,923；提交于2020年4月28日的美国系列No.63/016,902；提交于2020年7月12日的美国系列No.63/050,844；提交于2020年8月5日的美国系列No.63/069,792；提交于2020年10月7日的美国系列No.63/088,736；提交于2021年1月21日的美国系列No.63/140,128；提交于2021年1月27日的美国系列No.63/142,077；提交于2021年2月11日的美国系列No.63/148,374，这些临时申请均全文并入本申请中。
[0003]序列表
[0004]本申请包含序列表，该序列表经由EFS
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Web已以ASCII格式电子地提交，并据此全文以引用方式并入。创建于2021年2月11日的所述ASCII副本名称为ALT2029PCT_ST25.TXT并且大小为471,040字节。


[0005]本申请整体涉及一种腺病毒载体冠状病毒抗原药物制剂以用于施用至哺乳动物受试者，该制剂诱导了受试者的免疫应答并且选择性地提供针对新型2019冠状病毒(SARS
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2)的保护。

技术介绍

[0006]冠状病毒为大型包膜、正链RNA(ss RNA)病毒的多样化组，其引起人和其它动物的呼吸道和肠道疾病。例如，人冠状病毒229E(HCoV
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229E)、OC43(HCoV
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OC43)、NL63和HKU1在人群中流行，并且引起高达30％的普通感冒。动物的冠状病毒(如猪类传播性胃肠炎病毒(TGEV)、鼠科肝炎病毒(MHV)和禽类感染性支气管炎病毒(IBV))引起其各自宿主中的呼吸道、胃肠道、神经系统或肝脏疾病。
[0007]冠状病毒具有正义、非分段、单链RNA基因组，其编码至少18种病毒蛋白(诸如非结构蛋白(NSP)1
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13、结构蛋白E、M、N、S，以及RNA依赖性RNA聚合酶)。冠状病毒具有三种主要表面糖蛋白(命名为S、E和M)，并且一些冠状病毒具有另一种表面糖蛋白，称为血凝素酯酶(HE)；此外，N(核衣壳)蛋白为碱性磷蛋白，其一般与基因组相关联并且已记录为抗原性的(Holmes和Lai，《菲尔德病毒学(Fields Virology)》，第34章，1996年)。S(刺突)蛋白(冠状病毒的主要抗原)具有两个域：Sl，其据信涉及受体结合；和S2，其据信介导病毒和靶细胞之间的膜融合(Holmes和Lai，1996年，同上)。
[0008]S(刺突)蛋白可形成非共价连接同源三聚体(寡聚体)，其可介导受体结合和病毒感染。S蛋白的同源三聚体对呈现受体结合域的正确天然构象并且诱发中和抗体应答的应用可能为必需的。此外，S蛋白的胞内加工与显著的翻译后寡糖修饰相关联。通过N
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聚糖基序分析所预期的翻译后寡糖修饰(糖基化)表明，S蛋白具有用于此类修饰的多达23个位点。此外，C
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端半胱氨酸残基也可参与蛋白折叠和保存天然(功能性)S蛋白构象。通过高尔基体
中的胰蛋白酶样蛋白酶或通过胞外定位酶，一些冠状病毒的S蛋白可在S蛋白的中心附近酶解地加工成连接多肽，该连接多肽包N
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端Sl和C
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端S2多肽。目前，冠状病毒细分成α
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属、β
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属(例如，MERS、SARS、SARS
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2)和γ
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属。参见图14。
[0009]冠状病毒感染通过病毒包膜的脂质双层与宿主细胞膜的融合来实现。膜融合通过病毒包膜上的病毒刺突(S)糖蛋白来介导。S
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糖蛋白合成为约180kDa的前体，该前体在内质网中寡聚化；并且在前高尔基体区室并入芽殖型病毒粒子中。S1包含受体结合位点，并且因此有助于限定病毒的宿主范围。S2为跨膜子单元，其有助于介导病毒和细胞膜之间的融合。S2包含两个4,3
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疏水性重复域(HR)，其预计形成盘绕结构。这些区域标注为HR
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1和HR
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2，并且通过氨基酸残基的居间片段(称为螺旋间域)来分开。这些盘绕区域可能在决定刺突蛋白的天然状态寡聚结构和其融合能力方面发挥重要作用。
[0010]新型冠状病毒SARS
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2，最初记录为2019
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nCoV，由冠状病毒研究组(国际病毒分类委员会的工作组)基于系统发育学、分类学和既定实践(BioRxiv；doi.org/10.1101/2020.02.07.937862)而官方命名为SARS
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2，其导致了如今的全球卫生紧急情况。基因组测序已示出，其为一种正义单链RNA冠状病毒(GenBank登录号MN908947.3；RefSeq NC_045512)。冠状病毒主要通过密切接触进行传播，特别地在大约6英尺(1.8米)范围内通过咳嗽和打喷嚏的呼吸道飞沫进行传播。感染的常见征象包括呼吸道症状、发烧、咳嗽、呼吸短促和呼吸困难。在更严重的情况下，感染可引起肺炎、严重急性呼吸道综合征、肾衰竭和甚至死亡。迫切需求可用于诱导针对SARS
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2的免疫应答的载体和包括其的免疫原性组合物。本专利技术解决了这些问题。

技术实现思路

[0011]在一些实施例中，本专利技术提供了用于诱导和/或改善(例如，增强)针对冠状病毒，特别新型2019年冠状病毒SARS
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2的免疫应答的试剂、组合物和方法。例如，在一些实施例中，本专利技术提供了复制缺陷腺病毒载体，其编码至少一种SARS
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2抗原(例如，E1A/E3缺失的人腺病毒5型(hAd5)(hAd5
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SARS
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2))，和/或不同类型的感染病原体(例如，不同类型的病毒，诸如流感(例如，Ad
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HA))或缺乏转基因("hAdE"；例如，未编码外源性感染病原体的至少一种抗原或免疫原，“空”)的其它一种或多种外源性抗原,该复制缺陷腺病毒载体在本文可统称为“SARS
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2免疫载体”。如本文所讨论，此类载体(和/或包括其的免疫原性组合物)可用于诱导针对SARS
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2(例如，针对保护性SARS
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2表位，诸如刺突(S)蛋白受体结合域本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种包括复制缺陷腺病毒(rdAd)载体的免疫原性组合物，其中所述rdAd载体选自：a)缺乏编码外源性非腺病毒抗原的编码序列的rdAd载体；b)包括表达盒的rdAd载体，所述表达盒包括编码至少一种SARS
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2抗原的SARS
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2抗原编码序列，任选地其中所述抗原包括SARS
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2刺突(S)蛋白受体结合域(RBD)；c)包括表达盒的rdAd载体，所述表达盒包括编码序列，所述编码序列编码SARS
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2以外的感染性病原体的至少一种外源性抗原；d)a)和b)的所述载体的组合，其中所述rdAd载体一起或单独地施用；e)b)和c)的所述载体的组合，其中所述rdAd载体一起或单独地施用；e)a)、b)和c)任一者的所述载体的任一者的组合，其中所述rdAd载体一起或单独地施用；g)b)中两种不同类型的rdAd载体的组合，其中每种类型的rdAd载体包括表达盒，所述表达盒编码不同于由所述组合中的其它类型的rdAd载体所编码的抗原的至少一种SARS
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2抗原，其中所述rdAd载体一起或单独地施用；所述免疫原性组合物配置成在哺乳动物受试者中诱导针对SARS
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2的中和抗体和/或细胞免疫应答，所述免疫原性组合物施用至所述哺乳动物受试者。2.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述表达盒包括用于刺突(S)蛋白或所述刺突蛋白的S1域的SARS
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2抗原编码序列。3.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述表达盒包括选自由以下项组成的组的SARS
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2抗原编码序列：SEQ ID NO:3；与SEQ ID NO:3具有至少80％同源性和/或同一性的序列；SEQ ID NO:12所示序列；与SEQ ID NO:12具有至少80％同源性和/或同一性的序列；SEQ ID NO:15；与SEQ ID NO:15具有至少80％同源性和/或同一性的序列；SEQ ID NO:446；与SEQ ID NO:446具有至少80％同源性和/或同一性的序列；SEQ ID NO:412
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417的任一者；SEQ ID NO:438
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445的任一者；和SEQ ID NO:475
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476或460的任一者；与SEQ ID NO:412
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417，SEQ ID NO:438
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445和SEQ ID NO:475
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476和460的任一者具有至少80％同源性和/或同一性的序列。4.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列编码刺突蛋白序列，所述刺突蛋白序列包括以下项：其中S1/S2可裂解位点和/或S2'对蛋白质组降解耐受的序列，和/或其中融合肽已缺失或修饰以防止其融合活性的序列，和/或其中胞内域已被修饰或部分地修饰以更改内质网保留基序的序列，任选地包括编码序列，所述编码序列编码包括以下项的至少一者的序列：所述S1/S2裂解位点处的NSPQQAQSVAS(SEQ ID NO:451)、NSPSGAGSVAS(SEQ ID NO:456)或NSP
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VAS(SEQ ID NO:461)，所述S2'裂解位点处的KRSFIADA(SEQ ID NO:453)、PSKPSKQSF(SEQ ID NO:457)、PSKPSKNSF(SEQ ID NO:458)、PSKPSNASF(SEQ ID NO:459)，或SRLDPPEAEV(SEQ ID NO:455)，和/或表1和/或表2中所呈现的任何序列修饰。5.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列为SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20所示序列，或其免疫原性片段。6.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列至少编码SEQ ID NO:3的氨基酸331
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527。7.根据权利要求6所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列编码刺
突蛋白受体结合域(RBD)序列，所述刺突蛋白受体结合域(RBD)序列包括下述取代的一者或多者：K417N、K417T、R403K、N439K、G446V、G446S、L452R、G476A、S477N、T478K、E484D、T478I、E484K、F490S、Q493R、S494P、P499H和/或N501Y。8.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列编码刺突蛋白受体结合域(RBD)序列，或其免疫原性片段；和/或包括以下项的氨基酸序列：SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO 14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:412
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417、SEQ ID NO:438
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445、SEQ ID NO:475
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476、SEQ ID NO:446和SEQ ID NO:460；或其免疫原性片段。9.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述复制缺陷腺病毒载体的所述表达盒还包括编码序列，所述编码序列编码SARS
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2结构蛋白包膜(E)、膜(M)或核衣壳(N)的一者或多者。10.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，包括额外复制缺陷腺病毒载体，所述额外复制缺陷腺病毒载体包括编码序列，所述编码序列编码SARS
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2结构蛋白包膜(E)、膜(M)或核衣壳(N)的一者或多者。11.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述复制缺陷腺病毒载体的所述表达盒包括SEQ ID NO:411的修饰形式的编码序列，其包括：氨基酸333
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388、390
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395、397
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399、401
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411、413
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415、417
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419、424、426
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435、437、439
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442、444
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446、449、450、452、453、455
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463、465、467
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473、475
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479、481
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486、490、491、493
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495、499
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510和/或513
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526中的任何一者或多者的一个或多个取代；氨基酸367、403、417、439、446、449、452、453、455、456、470、473、475、476、477、478、484、486、490、493、494、495、496、499、500、501、502、503、504和/或505中的任何一者或多者的一个或多个取代；选自由以下项组成的组的一个或多个取代：氨基酸367(V)被F、I、L S或A取代、氨基酸403(R)被K或S取代、417(K)被N或T取代、氨基酸439(N)被K取代、氨基酸446(G)被V、S或A取代、氨基酸449(Y)被N取代、氨基酸452(L)被L、M或Q取代、氨基酸453(Y)被F取代、氨基酸455(L)被F取代、氨基酸456(F)被L取代、氨基酸470(T)被I、A或N取代、氨基酸473(Y)被V取代、氨基酸475(A)被V取代、氨基酸476(G)被S或A取代、氨基酸477(S)被N、R、T、G、A或I取代、氨基酸476(G)被S或A取代、氨基酸477(S)被N、R、T、G、A或I取代、氨基酸478(T)由I、K、R或A取代、氨基酸484(E)被Q、K、D、A或R取代、氨基酸486(F)被L或S取代、氨基酸490(F)被L或S取代、氨基酸493(Q)被L或R取代、氨基酸494(S)被P或L取代、氨基酸495(Y)被N或F取代、氨基酸496(G)被V或S取代、氨基酸499(P)被H，S或R取代、氨基酸500(T)被I取代、氨基酸501(N)被Y、T或S取代、氨基酸502(G)被R、D或C取代、氨基酸503(V)被L、I或F取代、氨基酸504(G)被V、D或S取代、氨基酸505(Y)被H、E、W或C取代。12.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中SARS
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2之外的感染性病原体的至少一种抗原来源于流感病毒。13.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，包括a)
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c)的所述rdAd载体的任何两者的组合。14.根据权利要求13所述的免疫原性组合物，其中所述免疫原性组合物为两部分组合物，所述两部分组合物含有包括a)
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c)的rdAd载体的至少一种组合物和包括a)
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c)的不同
rdAd载体的至少第二组合物。15.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，还配置成针对SARS
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2诱导粘膜、体液和T细胞保护性免疫应答的组合。16.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述编码序列至少编码一个或多个B细胞表位、一个或多个CD8+T细胞表位，和/或一个或多个CD4+T细胞表位。17.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述编码序列对于所述哺乳动物受试者进行密码子优化。18.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述中和抗体针对哺乳动物受试者的SARS
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2感染为血清保护的，任选地其中所述哺乳动物受试者为人类。19.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述复制缺陷腺病毒载体为人腺病毒，任选地Ad5或Ad26。20.根据权利要求1所述的免疫原性组合物，其中所述复制缺陷腺病毒载体为牛腺病毒、犬腺病毒、非人灵长类腺病毒、鸡腺病毒、猪或猪型腺病毒。21.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述复制缺陷腺病毒载体为E1、E3和/或E4缺失或破坏的腺病毒。22.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述SARS
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2抗原编码序列编码一个或多个肽，所述一个或多个肽包括表3A的一个或多个T细胞表位，表3B的一组或多组T细胞表位，或SEQ ID NO:27
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282；和/或SEQ ID NO:25
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68的一个或多个B细胞表位；和/或SEQ ID NO:328
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369的一者或多者；任选地其中所述肽进行串联，并且通过两个至十个氨基酸的连接子氨基酸序列来分开。23.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述rdAd载体还包括至少一种分子佐剂，所述分子佐剂选自由以下项组成的组：一种或多种多肽或肽，所述多肽或肽作用为共刺激组分；一种或多种细胞因子；一种或多种趋化因子；一种或多种免疫抑制蛋白；一种或多种TLR激动剂，任选地其中所述一种或多种TLR激动剂选自由SEQ ID NO:463
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474；和其组合组成的组。24.根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物，其中所述rdAd载体包括至少一个多核苷酸序列，所述至少一个多核苷酸序列编码至少一种SARS
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2阻断蛋白；其中所述至少一个多核苷酸序列编码至少一种肽或多肽：所述肽或多肽诱导免疫应答，所述免疫应答干扰所述SARS
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2S蛋白与其细胞受体的结合，直接地干扰所述SARS
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2S蛋白与其细胞受体的结合，为RBD结合剂，为ACE2结合剂，和/或既为RBD结合剂又为ACE2结合剂。25.一种多核苷酸，所述多核苷酸编码根据任一项前述权利要求所述的免疫原性组合物的rdAd载体。26.一种rdAd载体，所述rdAd载体在宿主细胞表达权利要求25所述的多核苷酸时产生。27.一种包含根据权利要求26所述的rdAd载体的组合物。28.一种药物制剂，所述药物制剂包括有效量的根据权利要求1至24所述的免疫原性组合物，和药学上可接受的稀释剂或载体，任选地其中所述稀释剂为磷酸盐缓冲盐水。29.根据权利要求28所述的药物制剂，所述药物制剂配置用于非侵入性施用。30.根据权利要求28或29所述的药物制剂，所述药物制剂配置用于鼻内施用至所述哺乳动物受试者。
31.根据权利要求28至30中任一项所述的药物制剂，其中所述药物制剂施用至所述哺乳动物受试者，诱导了所述哺乳动物受试者的保护性免疫应答，任选地诱导了粘膜、体液和T细胞保护性免疫应答的组合。32.根据权利要求28至31中任一项所述的药物制剂，其中所述药学上可接受载体为喷雾或气溶胶形式。33.根据权利要求28至32中任一项所述的药物制剂，其中所述有效量为至少107个病毒颗粒(vp)，至少108个病毒颗粒(vp)，或至少109个病毒颗粒(vp)。34.根据权利要求28至33中任一项所述的药物制剂，所述药物制剂配置为单次鼻内剂量。35.根据权利要求28至34中任一项所述的药物制剂，所述药物制剂配置为两次或更多次鼻内剂量。36.一种适用于单次剂量鼻内施用至人受试者的药物制剂，所述药物制剂包括：根据权利要求1至31所述的免疫原性组合物的有效量的至少107个病毒颗粒(vp)，所述免疫原性组合物包括至少一个复制缺陷腺病毒载体，所述复制缺陷腺病毒载体包括表达盒，所述表达盒包括至少编码SARS
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2刺突(S)蛋白受体结合域(RBD)或其至少一个免疫原性片段的编码序列，其中所述有效量诱导了粘膜、体液和T细胞保护性免疫应答的组合；和，药学上可接受稀释剂或载体。37.根据权利要求36所述的药物制剂，其中所述制剂配置成向所述人受试者提供针对SARS
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2的血清保护至少6个月或优选9个月。38.根据权利要求36或37所述的药物制剂，其中所述编码序列对于所述人受试者进行密码子优化。39.一种用于鼻内施用的药物剂型，所述药物剂量包括：喷雾或气溶胶形式的药学可接受载体，所述药学可接受载体与根据权利要求1至27所述的免疫原性组合物进行混合，其中所述剂量被配置为用于鼻内施用并非侵入性地诱导针对SARS
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2的保护性免疫应答。40.根据权利要求39所述的药物剂型，其中所述免疫原性组合物包括有效量的至少107个病毒颗粒(vp)，至少108个病毒颗粒(vp)，或至少109个病毒颗粒(vp)。41.根据权利要求39所述的药物剂型，其中所述有效量诱导了粘膜、体液和T细胞保护性免疫应答的组合。42.根据权利要求39至41中任一项所述的药物剂型，其被配置为单次剂量以诱导针对冠状病毒的保护性免疫应答。43.根据权利要求39至42中任一项所述的药物剂型，其被配置为两次或更多次剂量以诱导针对SARS
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2的保护性免疫应答。44.一种用于诱导针对冠状病毒的免疫应答的方法，所述方法包括将有效量的根据权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：B，
申请(专利权)人：艾天穆股份有限公司，
类型：发明
国别省市：